ДНК-штрихкодирование грибов
Идентификация видов грибов благодаря специфическим последовательностям ДНК
Часть серии статей о
ДНК-штрихкодирование
 
ДНК-штрихкодирование • Метабаркодирование
 
По таксонам
Другой

Штрихкодирование ДНК грибов — это процесс идентификации видов биологического царства грибов посредством амплификации и секвенирования определенных последовательностей ДНК и их сравнения с последовательностями, хранящимися в базе данных штрихкодов ДНК, такой как справочная база данных ISHAM [1] или Система данных Barcode of Life (BOLD). В этой попытке штрихкодирование ДНК опирается на универсальные гены, которые в идеале присутствуют во всех грибах с одинаковой степенью вариации последовательностей. Межвидовая вариация, т. е. вариация между видами, в выбранном гене штрихкода ДНК должна превышать внутривидовую (внутривидовую) вариацию. [2]

Фундаментальной проблемой в систематике грибов является существование телеоморфных и анаморфных стадий в их жизненных циклах. Эти морфы обычно резко различаются по своему фенотипическому виду, что не позволяет напрямую связать бесполую анаморфу с половой телеоморфой. Более того, виды грибов могут включать несколько штаммов, которые могут различаться по своей морфологии или по таким признакам, как использование углерода и азота, что часто приводило к их описанию как разных видов, в конечном итоге производя длинные списки синонимов. [3] Штрихкодирование ДНК грибов может помочь идентифицировать и связать анаморфные и телеоморфные стадии грибов и тем самым сократить запутанное множество названий грибов. По этой причине микологи были одними из первых, кто возглавил исследование дискриминации видов с помощью последовательностей ДНК, [3] [4] [5] [6] [7] [8] по крайней мере на 10 лет раньше предложения Пола Д. Н. Хеберта и его коллег о ДНК-штрихкодировании для животных в 2003 году, которые популяризировали термин «ДНК-штрихкодирование». [9] [10]

Успех идентификации грибов с помощью последовательностей ДНК-штрихкодов зависит от количественного (полнота) и качественного (уровень идентификации) аспекта справочной базы данных. Без базы данных, охватывающей широкий таксономический диапазон грибов, многие запросы на идентификацию не приведут к удовлетворительно близкому совпадению. Аналогично, без существенных кураторских усилий по поддержанию записей на высоком таксономическом уровне идентификации, запросы — даже если они могут иметь близкое или точное совпадение в справочной базе данных — не будут информативными, если ближайшее совпадение будет определено только на уровне типа или класса . [11] [12]

Другим важным условием для ДНК-штрихкодирования является возможность однозначно проследить происхождение данных ДНК-штрихкода до первоначально отобранного образца, так называемого образца-ваучера. Это обычная практика в биологии наряду с описанием новых таксонов , где образцы-ваучеры, на которых основано таксономическое описание, становятся типовыми образцами . Когда идентичность определенного таксона (или генетической последовательности в случае ДНК-штрихкодирования) вызывает сомнения, исходный образец может быть повторно исследован для рассмотрения и, в идеале, решения проблемы. Образцы-ваучеры должны быть четко обозначены как таковые, включая постоянный идентификатор ваучера, который однозначно связывает образец с данными ДНК-штрихкода, полученными из него. Кроме того, эти образцы-ваучеры должны быть помещены в общедоступные хранилища, такие как научные коллекции или гербарии, чтобы сохранить их для будущего использования и облегчить исследования с использованием помещенных образцов. [13]

Маркеры ДНК штрих-кода

Внутренний транскрибируемый спейсер (ITS) – основной грибковый штрихкод

Тандемные повторы генного кластера эукариотической рДНК , содержащие генетические последовательности для субъединиц 18S, 5.8S и 28S рибосомы . ETS – внешний транскрибируемый спейсер, ITS – внутренние транскрибируемые спейсеры 1 и 2, пронумерованные с 5'-конца; NTS – нетранскрибируемый спейсер.

У грибов внутренний транскрибируемый спейсер ( ITS ) представляет собой область длиной примерно 600 пар оснований в кластере генов тандемного повтора рибосомы ядерного генома . Область фланкирована последовательностями ДНК для малой субъединицы рибосомы (SSU) или субъединицы 18S на 5'-конце и большой субъединицей (LSU) или субъединицей 28S на 3'-конце. [14] [15] Сам внутренний транскрибируемый спейсер состоит из двух частей, ITS1 и ITS2 , которые отделены друг от друга субъединицей 5.8S , вложенной между ними. Подобно фланкирующим субъединицам 18S и 28S, субъединица 5.8S содержит высококонсервативную последовательность ДНК, поскольку они кодируют структурные части рибосомы , которая является ключевым компонентом внутриклеточного синтеза белка .

Благодаря нескольким преимуществам ITS (см. ниже) и обширному объему данных о последовательностях, накопленных в 1990-х и начале 2000-х годов, Бегеров и др. (2010) и Шох и др. (2012) предложили использовать регион ITS в качестве первичного региона штрихкода ДНК для генетической идентификации грибов . [12] [2]

UNITE [16] — это открытая база данных штрихкодов ITS для грибов и всех других эукариот.

Праймеры

Консервативные фланкирующие области 18S и 28S служат точками привязки для праймеров , используемых для ПЦР- амплификации области ITS . [17] Более того, консервативная вложенная область 5.8S позволяет конструировать «внутренние» праймеры, т. е. праймеры, прикрепляющиеся к комплементарным последовательностям в области ITS. Уайт и др. (1990) предложили такие внутренние праймеры, названные ITS2 и ITS3, вместе с фланкирующими праймерами ITS1 и ITS4 в субъединицах 18S и 28S соответственно. [17] Благодаря их почти универсальной применимости к секвенированию ITS у грибов, эти праймеры до сих пор широко используются. Оптимизированные праймеры специально для секвенирования ITS у Dikarya (включая Basidiomycota и Ascomycota ) были предложены Тоджу и др. (2012). [18]

Для большинства грибов праймеры ITS, предложенные Уайтом и др. (1990), стали стандартными праймерами, используемыми для ПЦР-амплификации. Эти праймеры: [17]

Преимущества и недостатки

Основным преимуществом использования региона ITS в качестве молекулярного маркера и ДНК-штрихкода грибов является то, что весь кластер рибосомных генов организован в тандемные повторы, т. е. в множественных копиях. [15] Это позволяет проводить его ПЦР-амплификацию и секвенирование по Сэнгеру даже из небольших образцов материала (при условии, что ДНК не фрагментирована из-за возраста или других дегенеративных влияний ). [14] Следовательно, при амплификации ITS обычно наблюдается высокий уровень успешности ПЦР . Однако этот уровень успешности сильно варьируется среди групп грибов: от 65% у не-Dikarya (включая теперь парафилетические Mucoromycotina , Chytridiomycota и Blastocladiomycota ) до 100% у Saccharomycotina и Basidiomycota [2] (за исключением очень низкого успеха у Pucciniomycotina ). [19] Кроме того, выбор праймеров для амплификации ITS может вносить смещения в сторону определенных таксономических групп грибов. [20] Например, «универсальные» праймеры ITS [17] не способны амплифицировать около 10% протестированных образцов грибов. [19]

Тандемные повторы кластера рибосомных генов вызывают проблему значительной внутригеномной гетерогенности последовательностей, наблюдаемой среди копий ITS нескольких групп грибов. [21] [22] [23] При секвенировании по Сэнгеру это приведет к тому, что прочтения последовательностей ITS разной длины будут накладываться друг на друга, что потенциально сделает полученную хроматографию нечитаемой. Кроме того, из-за некодирующей природы области ITS , которая может привести к значительному количеству инделей , невозможно последовательно выровнять последовательности ITS из сильно расходящихся видов для дальнейшего более масштабного филогенетического анализа. [9] [14] Степень внутригеномной гетерогенности последовательностей можно исследовать более подробно с помощью молекулярного клонирования изначально амплифицированных с помощью ПЦР последовательностей ITS с последующим секвенированием клонов. Эта процедура начальной ПЦР-амплификации, за которой следует клонирование ампликонов и , наконец, секвенирование клонированных ПЦР-продуктов, является наиболее распространенным подходом к получению последовательностей ITS для метабаркодирования ДНК образцов окружающей среды, в которых одновременно может присутствовать множество различных видов грибов. Однако этот подход секвенирования после клонирования редко применялся для последовательностей ITS , которые составляют референтные библиотеки, используемые для идентификации с помощью штрихкода ДНК, что потенциально приводит к недооценке существующей вариации последовательности ITS во многих образцах. [24]

Средневзвешенное арифметическое внутривидовой (внутривидовой) изменчивости ITS среди грибов составляет 2,51%. Однако эта изменчивость может варьироваться от 0%, например, у Serpula lacrymans (n=93 образца) и более 0,19% у Tuber melanosporum (n=179) до 15,72% у Rhizoctonia solani (n=608) или даже 24,75% у Pisolithus tinctorius (n=113). В случаях высокой внутривидовой изменчивости ITS применение порогового значения изменчивости последовательности в 3% — канонического верхнего значения для внутривидовой изменчивости — приведет к более высокой оценке операционных таксономических единиц (OTU), т. е. предполагаемых видов, чем их фактически имеется в образце. [25] В случае видов грибов, имеющих медицинское значение, более строгий порог изменчивости ITS в 2,5% позволяет точно идентифицировать до уровня вида только около 75% всех видов. [1]

С другой стороны, морфологически хорошо определенные, но эволюционно молодые комплексы видов или виды-братья могут отличаться (если вообще отличаться) только несколькими нуклеотидами последовательностей ITS . Таким образом, опора исключительно на данные штрихкода ITS для идентификации таких пар или комплексов видов может скрыть фактическое разнообразие и привести к неправильной идентификации, если не сопровождать это исследованием морфологических и экологических признаков и/или сравнением дополнительных диагностических генетических маркеров . [19] [24] [26] [27] Для некоторых таксонов ITS (или его часть ITS2 ) недостаточно изменчив, как грибковый ДНК-штрихкод, как, например, было показано у Aspergillus , Cladosporium , Fusarium и Penicillium . [28] [29] [30] [31] Таким образом, попытки определить универсально применимое пороговое значение изменчивости ITS , которое разграничивает внутривидовую и межвидовую (межвидовую) изменчивость, остаются тщетными. [25]

Тем не менее, вероятность правильной идентификации вида с помощью региона ITS высока в Dikarya , и особенно в Basidiomycota , где даже часть ITS1 часто достаточна для идентификации вида. [32] Однако ее дискриминационная способность частично заменяется способностью ДНК-направленной РНК-полимеразы II субъединицы RPB1 (см. также ниже). [2]

Из-за недостатков ITS как первичного ДНК-штрихкода грибов была выражена необходимость создания второго маркера ДНК-штрихкода. [9] Было предпринято несколько попыток создания других генетических маркеров, которые могли бы служить дополнительными ДНК-штрихкодами, [19] [33] [34] аналогично ситуации в растениях , где пластидные гены rbcL , matK и trnH-psbA , а также ядерный ITS часто используются в комбинации для ДНК-штрихкодирования. [35]

Фактор трансляционного удлинения 1α (TEF1α) – вторичный грибковый штрихкод

Фактор удлинения трансляции 1α является частью комплекса фактора удлинения эукариот 1 , основная функция которого заключается в содействии удлинению аминокислотной цепи полипептида в процессе трансляции экспрессии гена . [36]

Stielow et al. (2015) исследовали ген TEF1α , среди прочих, как потенциальный генетический маркер для ДНК-штрихкодирования грибов. Ген TEF1α , кодирующий фактор трансляционной элонгации 1α, как правило, считается имеющим медленную скорость мутации , и поэтому он, как правило, лучше подходит для исследования более старых расщеплений, более глубоких в филогенетической истории группы организмов. Несмотря на это, авторы приходят к выводу, что TEF1α является наиболее перспективным кандидатом на роль дополнительного маркера ДНК-штрихкода в грибах, поскольку он также имеет области последовательностей с более высокой скоростью мутаций. [19] После этого была создана справочная база данных с контролируемым качеством, которая была объединена с ранее существовавшей базой данных ISHAM-ITS для ДНК-штрихкодов грибов ITS [1] для формирования базы данных ISHAM. [37]

TEF1α успешно использовался для идентификации нового вида Cantharellus из Техаса и отличия его от морфологически похожего вида. [38] Однако в родах Ochroconis и Verruconis (Sympoventuriaceae, Venturiales) маркер не позволяет различать все виды. [39] TEF1α также использовался в филогенетическом анализе на уровне рода, например, в случае Cantharellus [40] и энтомопатогенного Beauveria [41] , а также для филогенетики ранних расходящихся линий грибов. [42]

Праймеры

Праймеры TEF1α , использованные в широкомасштабном скрининге производительности кандидатов на роль генов ДНК-штрихкода Stielow et al. (2015), представляли собой прямой праймер EF1-983F с последовательностью 5'-GCYCCYGGHCAYCGTGAYTTYAT-3' и обратный праймер EF1-1567R с последовательностью 5'-ACHGTRCCRATACCACCRATCTT-3' . [41] Кроме того, был разработан ряд новых праймеров, причем пара праймеров, выделенная жирным шрифтом, дала высокий средний успех амплификации в 88%: [19]

Праймеры, используемые для исследования Rhizophydiales и особенно Batrachochytrium dendrobatidis , патогена амфибий, представляют собой прямой праймер tef1F с нуклеотидной последовательностью 5'-TACAARTGYGGTGGTATYGACA-3' и обратный праймер tef1R с последовательностью 5'-ACNGACTTGACYTCAGTRGT-3' . [43] Эти праймеры также успешно амплифицировали большинство видов Cantharellus, исследованных Buyck et al. (2014), за исключением нескольких видов, для которых были разработаны более специфичные праймеры: прямой праймер tef-1Fcanth с последовательностью 5'-AGCATGGGTDCTYGACAAG-3' и обратный праймер tef-1Rcanth с последовательностью 5'-CCAATYTTRTAYACATCYTGGAG-3' . [40]

Домен D1/D2 рибосомальной РНК LSU

Домен D1/D2 является частью ядерной большой субъединицы ( 28S ) рибосомальной РНК, и поэтому он расположен в том же кластере генов тандемного повтора рибосомы, что и внутренний транскрибируемый спейсер ( ITS ). Но в отличие от некодирующих последовательностей ITS, домен D1/D2 содержит кодирующую последовательность. Приблизительно с 600 парами оснований он имеет примерно ту же длину нуклеотидной последовательности, что и ITS , [44], что делает амплификацию и секвенирование довольно простыми, преимущество, которое привело к накоплению большого количества данных о последовательностях D1/D2, особенно для дрожжей . [3] [7] [44]

Что касается молекулярной идентификации базидиомицетовых дрожжей, D1/D2 (или ITS ) можно использовать отдельно. [44] Однако Фелл и др. (2000) и Скорцетти и др. (2002) рекомендуют комбинированный анализ регионов D1/D2 и ITS , [3] [44] практика, которая позже стала стандартной требуемой информацией для описания новых таксонов аско- и базидиомицетовых дрожжей. [14] При попытке идентифицировать ранние расходящиеся грибковые линии исследование Шоха и др. (2012), сравнивающее эффективность идентификации различных генетических маркеров, показало, что большая субъединица (а также малая субъединица ) рибосомальной РНК работает лучше, чем ITS или RPB1 . [2]

Праймеры

Для базидиомицетовых дрожжей прямой праймер F63 с последовательностью 5'-GCATATCAATAAGCGGAGGAAAAG-3' и обратный праймер LR3 с последовательностью 5'-GGTCCGTGTTTCAAGACGG-3' были успешно использованы для ПЦР-амплификации домена D1/D23. [3] Домен D1/D2 аскомицетовых дрожжей, таких как Candida, можно амплифицировать с помощью прямого праймера NL-1 (такого же, как F63 ) и обратного праймера NL-4 (такого же, как LR3 ). [6]

Субъединица РНК-полимеразы II RPB1

Эукариотическая РНК-полимераза II Saccharomyces cerevisiae , [45] с субъединицей RPB1, окрашенной в красный цвет . Другие субъединицы: RPB3 – оранжевый , RPB11 – желтый , RPB2 – пшеничный , RPB6 – розовый ; остальные семь субъединиц окрашены в серый цвет.

Субъединица РНК-полимеразы II RPB1 является крупнейшей субъединицей РНК-полимеразы II . У Saccharomyces cerevisiae она кодируется геном RPO21 . [46] Успешность ПЦР- амплификации RPB1 сильно зависит от таксона, варьируясь от 70 до 80% у Ascomycota до 14% у ранних расходящихся линий грибов. [2] Помимо ранних расходящихся линий, RPB1 имеет высокую скорость идентификации видов во всех группах грибов. У богатых видами Pezizomycotina она даже превосходит ITS. [2]

В исследовании, сравнивающем эффективность идентификации четырех генов, RPB1 оказался среди наиболее эффективных генов при объединении двух генов в анализе: комбинированный анализ либо с ITS , либо с большой субъединицей рибосомальной РНК дал наивысший успех идентификации. [2]

В других исследованиях также использовался RPB2 , вторая по величине субъединица РНК-полимеразы II, например, для изучения филогенетических связей между видами рода Cantharellus [40] или для филогенетического исследования, проливающего свет на связи между ранними дивергентными линиями в царстве грибов. [42]

Праймеры

Праймеры, успешно амплифицирующие RPB1, особенно в Ascomycota, представляют собой прямой праймер RPB1-Af с последовательностью 5'-GARTGYCCDGGDCAYTTYGG-3' и обратный праймер RPB1-Ac-RPB1-Cr с последовательностью 5'-CCNGCDATNTCRTTRTCCATRTA-3' . [2]

Межгенный спейсер (IGS) генов рибосомной РНК

Межгенный спейсер ( IGS ) — это область некодирующей ДНК между отдельными тандемными повторами кластера рибосомных генов в ядерном геноме , в отличие от внутреннего транскрибируемого спейсера (ITS), который расположен внутри этих тандемных повторов.

IGS успешно использовался для дифференциации штаммов Xanthophyllomyces dendrorhous [47], а также для различения видов в психрофильном роде Mrakia ( Cystofilobasidiales ). [48] Благодаря этим результатам IGS был рекомендован в качестве генетического маркера для дополнительной дифференциации (наряду с D1/D2 и ITS ) близкородственных видов и даже штаммов в пределах одного вида у базидиомицетовых дрожжей. [3]

Недавнее открытие дополнительных некодирующих генов РНК в области IGS некоторых базидиомицетов предостерегает от некритического использования последовательностей IGS для ДНК-штрихкодирования и филогенетических целей. [49]

Другие генетические маркеры

Ген субъединицы цитохром с оксидазы I ( COI ) превосходит ITS в ДНК-штрихкодировании видов Penicillium (Ascomycota), с видоспецифичными штрихкодами для 66% исследованных видов по сравнению с 25% в случае ITS . Кроме того, часть гена β-тубулина A ( BenA ) демонстрирует более высокое таксономическое разрешение в различении видов Penicillium по сравнению с COI и ITS . [50] Однако в близкородственном комплексе Aspergillus niger COI недостаточно изменчив для различения видов. [51] У Fusarium COI во многих случаях демонстрирует паралоги , а гомологичные копии недостаточно изменчивы для различения видов. [52]

COI также плохо работает при идентификации базидиомикотов ржавчины порядка Pucciniales из-за наличия интронов . Даже когда препятствие интронов преодолено, ITS и LSU рРНК ( 28S ) превосходят COI в качестве маркера штрихкода ДНК. [53] В подразделении Agaricomycotina успех ПЦР-амплификации был плохим для COI , даже с несколькими комбинациями праймеров. Успешно секвенированные образцы COI также включали интроны и возможные паралогичные копии, как сообщалось для Fusarium . [52] [54] Было обнаружено, что Agaricus bisporus содержит до 19 интронов, что делает ген COI этого вида самым длинным зарегистрированным, с 29 902 нуклеотидами. [55] Помимо существенных проблем секвенирования COI , COI и ITS в целом одинаково хорошо работают при различении базидиомикотов грибов. [54]

Топоизомераза I ( TOP1 ) была исследована в качестве дополнительного кандидата на роль ДНК-штрихкода Льюисом и др. (2011) на основе данных протеома , а разработанная универсальная пара праймеров [33] была впоследствии протестирована на реальных образцах Стилоу и др. (2015). Прямой праймер TOP1_501-F с последовательностью 5'-TGTAAAACGACGGCCAGT-ACGAT-ACTGCCAAGGTTTTCCGTACHTACAACGC-3' (где первая часть обозначает хвост универсального прямого праймера M13, вторая часть состоит из ACGAT, спейсера, а третья часть — собственно праймер) и обратный праймер TOP1_501-R с 5'-CAGGAAACAGCTATGA-CCCAGTCCTCGTCAACWGACTTRATRGCCCA-3' (первая часть обозначает хвост универсального обратного праймера M13, вторая часть — собственно обратный праймер TOP1) амплифицируют фрагмент приблизительно из 800 пар оснований. [19]

TOP1 оказался перспективным кандидатом на роль ДНК-штрихкода для аскомицетов, где он может различать виды в родах Fusarium и Penicillium , в которых первичный ITS- штрихкод работает плохо. Однако слабый успех амплификации с универсальными праймерами TOP1 наблюдается в ранних расходящихся грибковых линиях и базидиомицетах, за исключением Pucciniomycotina (где ITS- ПЦР работает плохо). [19]

Как и TOP1 , фосфоглицераткиназа ( PGK ) была среди генетических маркеров, исследованных Льюисом и др. (2011) и Стилоу и др. (2015) в качестве потенциальных дополнительных грибковых ДНК-штрихкодов. Был разработан ряд универсальных праймеров [33] , при этом пара праймеров PGK533, амплифицирующая фрагмент длиной около 1000 пар оснований, оказалась наиболее успешной у большинства грибов, за исключением базидиомицетов. Как и TOP1 , PGK превосходит ITS в дифференциации видов в родах аскомицетов, таких как Penicillium и Fusarium , и как PGK , так и TOP1 работают так же хорошо, как TEF1α, в различении близкородственных видов в этих родах. [19]

Приложения

Безопасность пищевых продуктов

Проект гражданской науки исследовал консенсус между маркировкой сушеных, продаваемых в коммерческих целях грибов и результатами ДНК-штрихкодирования этих грибов. Было обнаружено, что все образцы были правильно маркированы. Однако препятствием была ненадежность справочных баз данных ITS с точки зрения уровня идентификации, поскольку две базы данных (GenBank и UNITE), используемые для сравнения последовательностей ITS, давали разные результаты идентификации в некоторых образцах. [56] [57]

Правильная маркировка грибов, предназначенных для потребления, также была исследована Раджа и др. (2016), которые использовали область ITS для штрихкодирования ДНК из сушеных грибов, порошков мицелия и капсул диетических добавок . Только в 30% из 33 образцов этикетка продукта правильно указывала биномиальное название гриба. В других 30% случаев название рода было правильным, но видовой эпитет не совпадал, а в 15% случаев даже название рода биномиального названия, указанного на этикетке продукта, не совпадало с результатом полученного штрихкода ITS . Для оставшихся 25% образцов не удалось получить последовательность ITS . [58]

Сян и др. (2013) показали, что с помощью последовательностей ITS можно надежно идентифицировать до уровня вида коммерчески ценный гусеничный гриб Ophiocordyceps sinensis и его поддельные версии ( O. nutans , O. robertsii , Cordyceps cicadae , C. gunnii , C. militaris и растение Ligularia hodgsonii ). [59]

Патогенные грибы

Исследование Vi Hoang et al. (2019) было сосредоточено на точности идентификации патогенных грибов с использованием как первичных ( ITS ), так и вторичных ( TEF1α ) маркеров штрихкода. Их результаты показывают, что у Diutina (сегрегат Candida [60] ) и Pichia идентификация видов проста как с помощью ITS , так и с помощью TEF1α , а также с помощью комбинации обоих. В сообществе Lodderomyces , которое содержит три из пяти наиболее распространенных патогенных видов Candida ( C. albicans , C. dubliniensis и C. parapsilosis ), ITS не смог различить Candida orthopsilosis и C. parapsilosis , которые являются частью комплекса Candida parapsilosis близкородственных видов. [61] TEF1α , с другой стороны, позволил идентифицировать все исследованные виды клады Lodderomyces . Похожие результаты были получены для видов Scedosporium , которые приписываются широкому спектру локализованных и инвазивных заболеваний: ITS не смог отличить S. apiospermum от S. boydii , тогда как с TEF1α все исследованные виды этого рода могли быть точно идентифицированы. Таким образом, это исследование подчеркивает полезность применения более одного маркера штрихкодирования ДНК для идентификации видов грибов. [62]

Сохранение культурного наследия

Штрихкодирование ДНК грибов успешно применялось для исследования феномена «лисицы» , серьезной проблемы в сохранении бумажных документов . Секейра и др. (2019) секвенировали ITS из пятен «лисицы» и обнаружили, что Chaetomium globosum , Ch. murorum , Ch. nigricolor , Chaetomium sp., Eurotium rubrum , Myxotrichum deflexum , Penicillium chrysogenum , P. citrinum , P. commune , Penicillium sp. и Stachybotrys chartarum населяют исследуемые пятна на бумаге. [63]

В другом исследовании изучались грибы, которые действуют как биодеградирующие агенты в Старом соборе Коимбры , части Университета Коимбры , объекта Всемирного наследия ЮНЕСКО . Секвенирование штрих-кода ITS десяти образцов с помощью классического метода Сенгера , а также с помощью методов секвенирования следующего поколения Illumina , позволило идентифицировать 49 видов грибов. Aspergillus versicolor , Cladosporium cladosporioides , C. sphaerospermum , C. tenuissimum , Epicoccum nigrum , Parengyodontium album , Penicillium brevicompactum , P. crustosum , P. glabrum , Talaromyces amestolkiae и T. stollii были наиболее распространенными видами, выделенными из образцов. [64]

Другое исследование, касающееся объектов культурного наследия , изучало разнообразие грибов на холсте картины Паулы Рего с использованием подрегиона ITS2 маркера ITS . Всего было обнаружено 387 OTU (предполагаемых видов) в 117 родах 13 различных классов грибов. [65]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ abc Irinyi L, Serena C, Garcia-Hermoso D, Arabatzis M, Desnos-Ollivier M, Vu D и др. (май 2015 г.). "International Society of Human and Animal Mycology (ISHAM)-ITS reference DNA barcoding database—the quality controled standard tool for routine identify of human and animal pathogenic fungi" (PDF) . Medical Mycology . 53 (4): 313–37. doi : 10.1093/mmy/myv008 . PMID  25802363. Архивировано (PDF) из оригинала 26 июля 2022 г. . Получено 6 июня 2024 г. .
  2. ^ abcdefghi Schoch CL, Seifert KA, Huhndorf S, Robert V, Spouge JL, Levesque CA, Chen W (апрель 2012 г.). "Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi" (PDF) . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 109 (16): 6241–6. doi : 10.1073/pnas.1117018109 . PMC 3341068 . PMID  22454494. Архивировано (PDF) из оригинала 7 июля 2020 г. . Получено 12 марта 2020 г. . 
  3. ^ abcdef Fell JW, Boekhout T, Fonseca A, Scorzetti G, Statzell-Tallman A (май 2000 г.). «Биоразнообразие и систематика базидиомицетовых дрожжей, определенные с помощью анализа последовательности домена D1/D2 крупной субъединицы рДНК». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 50 Pt 3 (3): 1351–1371. doi : 10.1099/00207713-50-3-1351 . PMID  10843082. S2CID  44194598.
  4. ^ Bruns TD, White TJ, Taylor JW (1991). «Молекулярная систематика грибов». Annual Review of Ecology and Systematics . 22 (1): 525–564. doi :10.1146/annurev.es.22.110191.002521. PMID  12702331.
  5. ^ Messner R, Prillinger H, Ibl M, Himmler G (1995). «Последовательности рибосомных генов и внутренние транскрибируемые спейсеры перемещают три паразитических гриба растений, Eremothecium ashbyi, Ashbya gossypii и Nematospora coryli, в сторону Saccharomyces cerevisiae». Журнал общей и прикладной микробиологии . 41 : 31–42. doi : 10.2323/jgam.41.31 . Архивировано из оригинала 4 мая 2019 г. Получено 9 апреля 2020 г.
  6. ^ ab Kurtzman CP, Robnett CJ (май 1997). «Идентификация клинически важных аскомицетовых дрожжей на основе нуклеотидной дивергенции в 5'-конце гена большой субъединицы (26S) рибосомальной ДНК». Журнал клинической микробиологии . 35 (5): 1216–23. doi : 10.1128/JCM.35.5.1216-1223.1997. PMC 232732. PMID  9114410. 
  7. ^ ab Kurtzman CP, Robnett CJ (май 1998). «Идентификация и филогения аскомицетовых дрожжей на основе анализа частичных последовательностей ядерной большой субъединицы (26S) рибосомальной ДНК» . Антони ван Левенгук . 73 (4): 331–71. doi :10.1023/a:1001761008817. PMID  9850420. S2CID  29373623. Архивировано из оригинала 31 марта 2023 г. Получено 9 апреля 2020 г.
  8. ^ Kurtzman CP, Robnett CJ (октябрь 1998 г.). "Три новых вида дрожжей рода Candida, связанных с насекомыми" . Canadian Journal of Microbiology . 44 (10): 965–73. doi :10.1139/w98-085. PMID  9933915. Архивировано из оригинала 22 июля 2023 г. Получено 12 марта 2020 г.
  9. ^ abc Seifert KA (май 2009). «Прогресс в направлении ДНК-штрихкодирования грибов». Molecular Ecology Resources . 9 Suppl s1 (Suppl. 1): 83–9. doi :10.1111/j.1755-0998.2009.02635.x. PMID  21564968.
  10. ^ Hebert PD , Cywinska A, Ball SL, deWaard JR (февраль 2003 г.). «Биологическая идентификация с помощью ДНК-штрихкодов». Труды. Биологические науки . 270 (1512): 313–21. doi :10.1098/rspb.2002.2218. PMC 1691236. PMID  12614582 . 
  11. ^ Nilsson RH, Ryberg M, Abarenkov K, Sjökvist E, Kristiansson E (июль 2009 г.). «Регион ITS как цель для характеристики грибковых сообществ с использованием новых технологий секвенирования». FEMS Microbiology Letters . 296 (1): 97–101. doi : 10.1111/j.1574-6968.2009.01618.x . PMID  19459974.
  12. ^ ab Begerow D, Nilsson H, Unterseher M, Maier W (июнь 2010 г.). «Современное состояние и перспективы ДНК-штрихкодирования грибков и процедур быстрой идентификации». Прикладная микробиология и биотехнология . 87 (1): 99–108. doi :10.1007/s00253-010-2585-4. PMID  20405123. S2CID  25172732.
  13. ^ Agerer R, Ammirati J, Baroni TJ, Blanz P, Courtecuisse RE, Desjardin DE и др. (2000). «Открытое письмо научному сообществу микологов» . Прикладная почвенная экология . 15 (3): 295–298. doi :10.1016/S0929-1393(00)00076-7.
  14. ^ abcd Xu J (ноябрь 2016 г.). «Штрихкодирование ДНК грибов». Геном . 59 (11): 913–932. doi : 10.1139/gen-2016-0046 . PMID  27829306.
  15. ^ ab Wurzbacher C, Larsson E, Bengtsson-Palme J, Van den Wyngaert S, Svantesson S, Kristiansson E, et al. (январь 2019 г.). «Введение в рибосомальное тандемное повторение штрихкодирования для грибов». Molecular Ecology Resources . 19 (1): 118–127. doi : 10.1111/1755-0998.12944 . PMID  30240145. S2CID  52309438. Архивировано из оригинала 15 августа 2020 г. Получено 7 июня 2020 г.
  16. ^ Нильссон, Рольф Хенрик; Ларссон, Карл-Хенрик; Тейлор, Энди Ф.С.; Бенгтссон-Пальме, Йохан; Йеппесен, Томас С.; Шигель, Дмитрий; Кеннеди, Питер; Пикард, Кэтрин; Глёкнер, Франк Оливер (8 января 2019 г.). «База данных UNITE для молекулярной идентификации грибов: обработка темных таксонов и параллельных таксономических классификаций». Nucleic Acids Research . 47 (D1): D259–D264. doi :10.1093/nar/gky1022. ISSN  0305-1048. PMC 6324048. PMID 30371820  . 
  17. ^ abcd White TJ, Bruns T, Lee SJ, Taylor J (1990). «Амплификация и прямое секвенирование генов рибосомальной РНК грибов для филогенетики». В Innis MA, Gelfand DH, Sninsky JJ, White TJ (ред.). Протоколы ПЦР: руководство по методам и применению. Нью-Йорк: Academic Press, Inc. стр. 315–322. Архивировано из оригинала 6 июня 2024 г. . Получено 12 марта 2020 г. .
  18. ^ Toju H, Tanabe AS, Yamamoto S, Sato H (2012). "Высокоохватные ITS-праймеры для идентификации аскомицетов и базидиомицетов на основе ДНК в образцах окружающей среды". PLOS ONE . 7 (7): e40863. Bibcode : 2012PLoSO...740863T. doi : 10.1371/journal.pone.0040863 . PMC 3395698. PMID  22808280 . 
  19. ^ abcdefghi Stielow JB, Lévesque CA, Seifert KA, Meyer W, Iriny L, Smits D и др. (декабрь 2015 г.). «Один грибок, какие гены? Разработка и оценка универсальных праймеров для потенциальных вторичных грибковых ДНК-штрихкодов». Persoonia . 35 : 242–63. doi :10.3767/003158515X689135. PMC 4713107 . PMID  26823635. 
  20. ^ Bellemain E, Carlsen T, Brochmann C, Coissac E, Taberlet P, Kauserud H (июль 2010 г.). «ITS как экологический ДНК-штрихкод для грибов: подход in silico выявляет потенциальные смещения ПЦР». BMC Microbiology . 10 (189): 189. doi : 10.1186/1471-2180-10-189 . PMC 2909996 . PMID  20618939. 
  21. ^ Smith ME, Douhan GW, Rizzo DM (декабрь 2007 г.). «Внутривидовая и внутриспорокарповая вариация ITS эктомикоризных грибов, оцененная с помощью секвенирования рДНК спорокарпов и объединенных эктомикоризных корней из лесной зоны Quercus». Mycorrhiza . 18 (1): 15–22. Bibcode :2007Mycor..18...15S. doi :10.1007/s00572-007-0148-z. PMID  17710446. S2CID  195072428. Архивировано из оригинала 6 июня 2024 г. Получено 21 апреля 2020 г.
  22. ^ Линднер DL, Баник MT (2011). «Внутригеномная изменчивость в регионе ITS рДНК скрывает филогенетические связи и завышает оценки операционных таксономических единиц в роде Laetiporus ». Mycologia . 103 (4): 731–40. doi :10.3852/10-331. PMID  21289107. S2CID  21154111.
  23. ^ Kovács GM, Balázs TK, Calonge FD, Martín MP (2011). «Разнообразие трюфелей пустыни Терфезия: новые виды и высоковариабельный комплекс видов с гетерогенностью внутриспорокарпической ДНК ITS» (PDF) . Mycologia . 103 (4): 841–53. doi :10.3852/10-312. PMID  21289106. S2CID  22648182. Архивировано (PDF) из оригинала 6 июня 2024 г. . Получено 9 апреля 2020 г. .
  24. ^ ab Kiss L (июль 2012 г.). «Ограничения последовательностей внутреннего транскрибируемого спейсера (ITS) ядерной рибосомальной ДНК как видовых штрихкодов для грибов» (PDF) . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 109 (27): E1811, ответ автора E1812. Bibcode :2012PNAS..109E1811K. doi : 10.1073/pnas.1207143109 . PMC 3390822 . PMID  22715287. Архивировано (PDF) из оригинала 23 марта 2020 г. . Получено 14 апреля 2020 г. . 
  25. ^ ab Nilsson RH, Kristiansson E, Ryberg M, Hallenberg N, Larsson KH (май 2008 г.). «Внутривидовая изменчивость ITS в царстве грибов, выраженная в международных базах данных последовательностей, и ее значение для молекулярной идентификации видов». Evolutionary Bioinformatics Online . 4 : 193–201. doi :10.4137/EBO.S653. PMC 2614188. PMID 19204817  . 
  26. ^ Xu J, Vilgalys R, Mitchell TG (октябрь 2000 г.). «Множественные генеалогии генов выявляют недавнюю дисперсию и гибридизацию патогенного для человека грибка Cryptococcus neoformans ». Молекулярная экология . 9 (10): 1471–81. Bibcode : 2000MolEc...9.1471X. doi : 10.1046/j.1365-294x.2000.01021.x. PMID  11050543. S2CID  18291790.
  27. ^ Stockinger H, Krüger M, Schüssler A (июль 2010 г.). «ДНК-штрихкодирование арбускулярных микоризных грибов» (PDF) . The New Phytologist . 187 (2): 461–74. doi : 10.1111/j.1469-8137.2010.03262.x . PMID  20456046. Архивировано (PDF) из оригинала 6 июня 2024 г. . Получено 6 июня 2024 г. .
  28. ^ Geiser DM, Klich MA, Frisvad JC, Peterson SW, Varga J, Samson RA (2007). «Текущее состояние распознавания и идентификации видов у Aspergillus». Исследования по микологии . 59 : 1–10. doi :10.3114/sim.2007.59.01. PMC 2275194. PMID 18490947  . 
  29. ^ Schubert K, Groenewald JZ, Braun U, Dijksterhuis J, Starink M, Hill CF и др. (2007). «Биоразнообразие в комплексе Cladosporium herbarum (Davidiellaceae, Capnodiales) со стандартизацией методов таксономии и диагностики Cladosporium». Исследования по микологии . 58 : 105–56. doi :10.3114/sim.2007.58.05. PMC 2104742. PMID  18490998 . 
  30. ^ O'Donnell K, Cigelnik E (февраль 1997 г.). "Два дивергентных внутригеномных типа рДНК ITS2 в пределах монофилетической линии грибка Fusarium неортологичны" . Молекулярная филогенетика и эволюция . 7 (1): 103–16. Bibcode : 1997MolPE...7..103O. doi : 10.1006/mpev.1996.0376. PMID  9007025.
  31. ^ Skouboe P, Frisvad JC, Taylor JW, Lauritsen D, Boysen M, Rossen L (1999). "Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей из области ITS тервертициллятных видов Penicillium" . Mycological Research . 103 (7): 873–881. doi :10.1017/S0953756298007904. Архивировано из оригинала 6 июня 2024 г. . Получено 16 марта 2020 г. .
  32. ^ Osmundson TW, Robert VA, Schoch CL, Baker LJ, Smith A, Robich G и др. (2013). «Заполнение пробелов в знаниях о биоразнообразии макрогрибов: вклад и оценка проекта по секвенированию штрихкодов ДНК гербарной коллекции». PLOS ONE . 8 (4): e62419. Bibcode : 2013PLoSO...862419O. doi : 10.1371/journal.pone.0062419 . PMC 3640088. PMID  23638077 . 
  33. ^ abc Lewis CT, Bilkhu S, Robert V, Eberhardt U, Szoke S, Seifert KA, Lévesque CA (2011). «Идентификация грибковых ДНК-штрихкодов и праймеров ПЦР на основе семейств белков Pfam и таксономической иерархии» (PDF) . The Open Applied Informatics Journal . 5 (suppl. 1–M5): 30–44. doi : 10.2174/1874136301005010030 . Архивировано (PDF) из оригинала 19 октября 2021 г. . Получено 14 апреля 2020 г. .
  34. ^ Vincent Robert L, Szöke S, Eberhardt U, Cardinali G, Meyer W, Seifert KA, Lévesque CA, Lewis CT (2011). «В поисках общего и надежного грибкового ДНК-штрихкода» (PDF) . The Open Applied Informatics Journal . 5 (suppl. 1–M6): 45–61. doi : 10.2174/1874136301005010045 . Архивировано (PDF) из оригинала 23 сентября 2020 г. . Получено 14 апреля 2020 г. .
  35. ^ Кресс В. Дж. (2017). «Растительные ДНК-штрихкоды: применение сегодня и в будущем». Журнал систематики и эволюции . 55 (4): 291–307. doi : 10.1111/jse.12254 .
  36. ^ Sasikumar AN, Perez WB, Kinzy TG (2012). «Множественные роли комплекса фактора удлинения эукариот 1». Wiley Interdisciplinary Reviews. РНК . 3 (4): 543–55. doi :10.1002/wrna.1118. PMC 3374885. PMID  22555874 . 
  37. ^ Meyer W, Irinyi L, Hoang MT, Robert V, Garcia-Hermoso D, Desnos-Ollivier M и др. (март 2019 г.). «Создание базы данных для вторичного фактора удлинения трансляции ДНК-штрихкода грибов 1α (TEF1α)». Геном . 62 (3): 160–169. doi : 10.1139/gen-2018-0083 . hdl : 1807/93998 . PMID  30465691.
  38. ^ Buyck B, Cruaud C, Couloux A, Hofstetter V (2011). " Cantharellus texensis sp. nov. из Техаса, южный двойник C. cinnabarinus, выявленный с помощью данных последовательности tef-1". Mycologia . 103 (5): 1037–46. doi :10.3852/10-261. PMID  21558500. S2CID  29384238.
  39. ^ Samerpitak K, Gerrits van den Ende BH, Stielow JB, Menken SB, de Hoog GS (февраль 2016 г.). «Штрихкодирование и распознавание видов оппортунистических патогенов у Ochroconis и Verruconis» (PDF) . Fungal Biology . 120 (2): 219–30. Bibcode :2016FunB..120..219S. doi :10.1016/j.funbio.2015.08.010. PMID  26781378. Архивировано (PDF) из оригинала 18 февраля 2019 г. . Получено 14 апреля 2020 г. .
  40. ^ abc Buyck B, Kauff F, Eyssartier G, Couloux A, Hofstetter V (2014). "Мультилокусная филогения для всемирно известных Cantharellus (Cantharellales, Agaricomycetidae)" (PDF) . Fungal Diversity . 64 : 101–121. doi :10.1007/s13225-013-0272-3. S2CID  11264350. Архивировано (PDF) из оригинала 6 июня 2024 г. . Получено 12 марта 2020 г. .
  41. ^ ab Rehner SA, Buckley E (2005). « Филогения Beauveria , выведенная из последовательностей ядерного ITS и EF1-альфа: доказательства скрытой диверсификации и связи с телеоморфами Cordyceps ». Mycologia . 97 (1): 84–98. doi :10.1080/15572536.2006.11832842. PMID  16389960. S2CID  22209059.
  42. ^ ab James TY, Kauff F, Schoch CL, Matheny PB, Hofstetter V, Cox CJ, et al. (октябрь 2006 г.). «Реконструкция ранней эволюции грибов с использованием филогении из шести генов» . Nature . 443 (7113): 818–22. Bibcode : 2006Natur.443..818J. doi : 10.1038/nature05110. PMID  17051209. S2CID  4302864. Архивировано из оригинала 11 июля 2022 г. Получено 9 апреля 2020 г.
  43. ^ Morehouse EA, James TY, Ganley AR, Vilgalys R, Berger L, Murphy PJ, Longcore JE (февраль 2003 г.). «Мультилокусное типирование последовательностей предполагает, что патоген хитридиевых бактерий амфибий является недавно возникшим клоном». Molecular Ecology . 12 (2): 395–403. Bibcode :2003MolEc..12..395M. doi :10.1046/j.1365-294X.2003.01732.x. PMID  12535090. S2CID  13448384.
  44. ^ abcd Scorzetti G, Fell JW, Fonseca A, Statzell-Tallman A (декабрь 2002 г.). «Систематика базидиомицетовых дрожжей: сравнение больших субъединиц D1/D2 и внутренних транскрибируемых спейсерных областей рДНК». FEMS Yeast Research . 2 (4): 495–517. doi :10.1111/j.1567-1364.2002.tb00117.x. PMID  12702266.
  45. ^ Armache KJ, Mitterweger S, Meinhart A, Cramer P (февраль 2005 г.). «Структуры полной РНК-полимеразы II и ее подкомплекса, Rpb4/7» (PDF) . The Journal of Biological Chemistry . 280 (8): 7131–4. doi :10.2210/pdb1wcm/pdb. PMID  15591044. Архивировано (PDF) из оригинала 24 июля 2018 г. . Получено 13 марта 2020 г. .
  46. ^ Strathern J, Malagon F, Irvin J, Gotte D, Shafer B, Kireeva M и др. (январь 2013 г.). «Точность транскрипции: мутации RPB1 (RPO21), которые увеличивают транскрипционное проскальзывание у S. cerevisiae». Журнал биологической химии . 288 (4): 2689–99. doi : 10.1074/jbc.M112.429506 . PMC 3554935. PMID  23223234 . 
  47. ^ Fell JW, Blatt GM (июль 1999). «Разделение штаммов дрожжей Xanthophyllomyces dendrorhous и Phaffia rhodozyma на основе анализа последовательностей рДНК IGS и ITS». Журнал промышленной микробиологии и биотехнологии . 23 (1): 677–81. doi : 10.1038/sj.jim.2900681 . PMID  10455500. S2CID  22545332.
  48. ^ Diaz MR, Fell JW (январь 2000 г.). «Молекулярный анализ областей IGS и ITS рДНК психрофильных дрожжей рода Mrakia ». Антони ван Левенгук . 77 (1): 7–12. doi :10.1023/A:1002048008295. PMID  10696872. S2CID  41560178.
  49. ^ Alm Rosenblad M, Larsson E, Walker A, Thongklang N, Wurzbacher N, Nilsson RH (2022). «Доказательства дополнительных некодирующих генов РНК в грибковой рДНК». MycoKeys (90): 203–213. doi : 10.3897/mycokeys.90.84866 . PMC 9849065 . PMID  36760425. 
  50. ^ Зайферт К.А., Самсон Р.А., Деваард Дж.Р., Хубракен Дж., Левеск К.А., Монкальво Дж.М. и др. (март 2007 г.). «Перспективы идентификации грибов с использованием штрих-кодов ДНК CO1 на примере Penicillium» (PDF) . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (10): 3901–6. дои : 10.1073/pnas.0611691104 . ПМК 1805696 . ПМИД  17360450. 
  51. ^ Geiser DM, Klich MA, Frisvad JC, Peterson SW, Varga J, Samson RA (2007). «Текущее состояние распознавания и идентификации видов у Aspergillus». Исследования по микологии . 59 : 1–10. doi :10.3114/sim.2007.59.01. PMC 2275194. PMID 18490947  . 
  52. ^ ab Gilmore SR, Gräfenhan T, Louis-Seize G, Seifert KA (май 2009). «Множественные копии цитохромоксидазы 1 у видов грибкового рода Fusarium». Molecular Ecology Resources . 9 Suppl s1 (Suppl. 1): 90–8. doi : 10.1111/j.1755-0998.2009.02636.x . PMID  21564969.
  53. ^ Vialle A, Feau N, Allaire M, Didukh M, Martin F, Moncalvo JM, Hamelin RC (май 2009 г.). «Оценка митохондриальных генов как ДНК-штрихкода для Basidiomycota». Ресурсы молекулярной экологии . 9 Suppl s1 (Suppl. 1): 99–113. doi : 10.1111/j.1755-0998.2009.02637.x . PMID  21564970.
  54. ^ ab Dentinger BT, Didukh MY, Moncalvo JM (2011). "Сравнение COI и ITS как маркеров ДНК-штрихкода для грибов и их родственников (Agaricomycotina)". PLOS ONE . 6 (9): e25081. Bibcode : 2011PLoSO...625081D. doi : 10.1371/journal.pone.0025081 . PMC 3178597. PMID  21966418 . 
  55. ^ Ферандон С., Муха С., Каллак П., Бенедетто Дж.П., Кастровьехо М., Баррозу Г. (ноябрь 2010 г.). «Ген Agaricus bisporus cox1: самый длинный митохондриальный ген и самый большой резервуар интронов митохондриальной группы I». ПЛОС ОДИН . 5 (11): e14048. Бибкод : 2010PLoSO...514048F. дои : 10.1371/journal.pone.0014048 . ПМЦ 2987802 . ПМИД  21124976. 
  56. ^ Дженсен-Варгас Э., Марицци К. (июнь 2018 г.). «ДНК-штрихкодирование для идентификации грибов, имеющих потребительское значение и продаваемых в Нью-Йорке: мощный инструмент для гражданских ученых?». Продукты питания . 7 (6): 87. doi : 10.3390/foods7060087 . PMC 6025134. PMID  29890621 . 
  57. ^ Йенсен-Варгас Э., Абреу А. ДНК-штрихкодирование для идентификации грибов, имеющих потребительское значение и продаваемых в Нью-Йорке (PDF) (Отчет). Архивировано (PDF) из оригинала 3 мая 2022 г. Получено 4 мая 2020 г.
  58. ^ Raja HA, Baker TR, Little JG, Oberlies NH (январь 2017 г.). «ДНК-штрихкодирование для идентификации грибов, имеющих потребительское значение: частичное решение для сертификации продукции?» (PDF) . Пищевая химия . 214 : 383–392. doi : 10.1016/j.foodchem.2016.07.052 . PMID  27507489. Архивировано (PDF) из оригинала 18 ноября 2023 г. . Получено 6 июня 2024 г. .
  59. ^ Xiang L, Song J, Xin T, Zhu Y, Shi L, Xu X и ​​др. (октябрь 2013 г.). «ДНК-штрихкодирование коммерческого китайского гусеничного грибка». FEMS Microbiology Letters . 347 (2): 156–62. doi : 10.1111/1574-6968.12233 . PMID  23927075.
  60. ^ Кхуннамвонг П., Лертваттанасакул Н., Джиндаморакот С., Лимтонг С., Лашанс М.А. (декабрь 2015 г.). «Описание Diutina gen. nov., Diutina siamensis, fa sp. nov. и отнесение Candida catenulata, Candida mesorugosa, Candida neorugosa, Candida pseudorugosa, Candida ranongensis, Candida Rugosa и Candida scorzettiae к роду Diutina» (PDF) . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 65 (12): 4701–9. дои : 10.1099/ijsem.0.000634 . PMID  26410375. Архивировано (PDF) из оригинала 6 июня 2024 года . Получено 5 мая 2020 г.
  61. ^ Таванти А., Дэвидсон А.Д., Гоу Н.А., Maiden MC, Odds FC (январь 2005 г.). «Candida ortopsilosis и Candida Metapsilosis spp. Ноябрь для замены Candida parapsilosis групп II и III». Журнал клинической микробиологии . 43 (1): 284–92. doi :10.1128/JCM.43.1.284-292.2005. ПМК 540126 . ПМИД  15634984. 
  62. ^ Hoang MT, Irinyi L, Chen SC, Sorrell TC, Meyer W (2019). «Двойное ДНК-штрихкодирование для молекулярной идентификации агентов инвазивных грибковых инфекций». Frontiers in Microbiology . 10 (1647): 1647. doi : 10.3389/fmicb.2019.01647 . PMC 6657352. PMID  31379792 . 
  63. ^ Секейра СО, HP C, Мескита НУ, Португалия АН, Маседо МФ (2019). «Грибковые пятна на бумаге: что видишь, то и получаешь?» (PDF) . Консерватор Патримонио . 32 : 18–27. дои : 10.14568/cp2018007 . Архивировано (PDF) из оригинала 15 марта 2020 г. Проверено 17 апреля 2020 г.
  64. ^ Трован Х, Португалия А, Соареш Ф, Пайва Д.С., Мескита Н, Коэльо С, Пиньейру AC, Катарино Л, Жил Ф, Тьягу I (2019). «Грибковое разнообразие и распространение в различных явлениях биологического разрушения в известняковых стенах старого собора Коимбры, объекта Всемирного наследия ЮНЕСКО». Международная биопорча и биодеградация . 142 : 91–102. Бибкод : 2019IBiBi.142...91T. doi :10.1016/j.ibiod.2019.05.008. S2CID  182913598.
  65. ^ Пайва де Карвалью Х, Оливейра Секейра С, Пиньо Д, Трован Х, Фернандес да Кошта Р.М., Эгас С, Маседу МФ, Португалия А (2019). «Сочетание инновационного неинвазивного метода отбора проб и высокопроизводительного секвенирования для определения характеристик грибковых сообществ на холсте». Международная биопорча и биодеградация . 145 : 104816. Бибкод : 2019IBiBi.14504816P. doi :10.1016/j.ibiod.2019.104816. S2CID  208554023.

Дальнейшее чтение

  • Эберхардт У (июль 2010 г.). «Конструктивный шаг к выбору ДНК-штрихкода для грибов». The New Phytologist . 187 (2): 265–8. doi : 10.1111/j.1469-8137.2010.03329.x . PMID  20642723.
  • Список праймеров Aftol (использованный в шестигенной филогении Джеймса и др. 2006 г.)
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Fungal_DNA_barcoding&oldid=1227497900"