ФАМ63А
| МИНДИ1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | MINDY1 , FAM63A, MINDY лизин 48 деубиквитиназа 1, MINDY-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | ОМИМ : 618407; МГИ : 1922257; гомологен : 32409; GeneCards : MINDI1; OMA :MINDY1 — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Семейство с последовательностью сходства 63, член A - это белок , который кодируется геном FAM63A у людей. Он расположен на минус-цепи хромосомы 1 в локусе 1q21.3. [5]
Эволюционно ортологи FAM63A обнаружены у большинства позвоночных , а отдаленные гомологи FAM63A обнаружены у беспозвоночных . [6] FAM63A повсеместно экспрессируется во всех тканях человека и присутствует на каждой стадии развития. [5]
Его связывают с биомаркером хронической болезни почек и болезни Альцгеймера . [7]
Ген
Локус
FAM63A расположен на минус-цепи хромосомы 1 в полосе 1q21.3, охватывая 11 829 п.н. Другие гены, окружающие FAM63A, включают ANXA9 и Prune. [5]
Псевдонимы
FAM63A имеет два псевдонима KIAA1390 и PR11-316M1.5 . [8]
мРНК
Первичная структура
У людей существует четыре изоформы FAM63A, и есть 10 предсказанных изоформ. Изоформа 1 FAM63A имеет молекулярную массу 51,8 килодальтон и содержит 11 экзонов . [9] [10] Различные изоформы, как правило, отличаются на 5' или 3' конце путем усечения. Транскрипция производит 23 интрона , 14 сплайсированных вариантов и 6 несплайсированных форм. [10]
Белок
Домены и мотивы
FAM63A содержит домен неизвестной функции (DUF 544). DUF544 содержит 125 аминокислот , идущих от Met143 до Thr267. [6] Хотя этот домен не полностью консервативен, он высококонсервативен среди позвоночных , беспозвоночных и растений . [11] FAM63A не содержит трансмембранного домена и в основном встречается в ядерных областях клетки . [ 12]
Два повтора из четырех остатков глутамина наблюдаются в аминокислотах 400-403 и 426-429, что приводит к повышенному содержанию глутамина на С-конце .
Состав
FAM63A состоит из 469 аминокислот . [13] Повышенное присутствие глутамина обнаружено вблизи C-конца, что делает FAM63A богатым глутамином. FAM63A содержит большее количество отрицательно заряженных (кислых) аминокислот, чем положительно заряженных (основных) аминокислот, что делает FAM63A слегка кислым белком. Кислые аминокислоты, такие как аспарагиновая кислота и глутаминовая кислота, более распространены, чем основные аминокислоты, такие как лизин и аргинин . Этот общий кислотный состав дает FAM63A кислотную изоэлектрическую точку 4,6. [13]
Посттрансляционные модификации
FAM63A содержит 25 сайтов фосфорилирования у людей, включая 12 серина , 10 треонина и 3 тирозина . Кроме того, есть 5 сайтов N- миристоилирования и 1 сайт пренилирования . FAM63A не содержит сайтов гликозилирования , трансмембранных доменов или сигнальных пептидов . [14]
Вторичная структура
Вторичная структура FAM63A не была явно определена. Однако существуют прогнозы относительно возможной вторичной структуры. На конце белка находится домен спиральной спирали , а в предсказанной вторичной структуре есть альфа-спираль между аминокислотами 410 и 436. Эта спираль сохраняется во всех более отдаленных ортологах FAM63A. Эти данные подтверждают друг друга, и это дает уверенное предсказание вторичной структуры. [15]
Взаимодействующие белки
Следующие гены взаимодействуют с FAM63A : GSPT2 , NAA38, RNMT , CSNIK1G2, ACOX1 , PSMC1 , SLC25A37 , MMS19 , DIAPH1 , ME1 , GAPDH , UBC . [5] После проведения дрожжевого двухгибридного скрининга было обнаружено, что NAA38 и FAM63A взаимодействуют. [16]
Гомология/эволюция
В FAM63A есть несколько аминокислот , которые сохраняются у всех позвоночных , для которых доступны последовательности. Gly239 — единственная аминокислота , которая сохраняется у всех позвоночных , беспозвоночных и растений , для которых доступны последовательности. Поскольку существует только одна аминокислота , которая абсолютно сохраняется, возможная функция для сохраненного глицина не была выведена. Последовательность из 25 аминокислот от Val313 до Gly338 является наиболее высококонсервативной у всех позвоночных , беспозвоночных и растений , для которых доступны последовательности. Хотя последовательность не является абсолютно консервативной, она очень высококонсервативна, даже у самых отдаленно родственных организмов, таких как грибы и растения .
Ортологи
Белок FAM63A имеет несколько строгих ортологов . Эти строгие ортологи встречаются у организмов от приматов до рыб . [17]
| Научное название | Общее название | Дивергенция | Регистрационный номер | Длина | Личность | Сходство | Запрос обложки |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Люди | Н/Д | NP_060849.2 | 469 аа | 100% | 100% | 100% |
| Пан панискус | Бонобо | 6.1 млн лет назад | XP_003817322.1 | 469 аа | 99,1% | 99,4% | 100% |
| Mus musculus | Домовая мышь | 91,0 млн лет назад | NP_955769.1 | 468 аа | 86.0% | 90,2% | 100% |
| Бык-Таурус | Корова | 97,4 млн лет назад | NP_001039389.1 | 469 аа | 85,6% | 88,5% | 100% |
| Trichechus manatus latirostris | Вест-индийский ламантин | 104,7 млн лет назад | XP_004389621.1 | 465 аа | 84,9% | 89,8% | 100% |
| Sarcophilus harrisii | Тасманийский дьявол | 176,1 млн лет назад | XP_003769968.1 | 464 аа | 78,3% | 82,9% | 100% |
| Taeniopygia guttata | Зебровая амадина | 324,0 млн лет назад | XP_002191502.2 | 335 аа | 43,2% | 80,1% | 53% |
| Галлус галлус | Курица | 324,5 млн лет назад | XP_003642724 | 462 аа | 66,9% | 76.1% | 92% |
| Chrysemys picta bellii | Расписная черепаха | 324,5 млн лет назад | XP_005293753.1 | 525 аа | 62.0% | 87,2% | 78% |
| Пелодискус китайский | Китайская мягкотелая черепаха | 324,5 млн лет назад | XP_006119467.1 | 502 аа | 61,6% | 77,4% | 94% |
| Миссисипский аллигатор | Американский аллигатор | 324,5 млн лет назад | XP_006274676.1 | 520 аа | 59.90% | 77,50% | 86% |
| Псевдоподоцес низкий | Земляная синица | 324,5 млн лет назад | XP_005533539.1 | 502 аа | 58.0% | 82.3% | 78% |
| Анас платиринхос | Кряква | 324,5 млн лет назад | XP_005026841.1 | 415 аа | 57,9% | 78,6% | 83% |
| Xenopus tropicalis | Западная когтистая лягушка | 361,2 млн лет назад | XP_002937311.1 | 506 аа | 61,3% | 83,7% | 76% |
| Латимерия лопастная | Целакант западной части Индийского океана | 430,0 млн лет назад | XP_006006147.1 | 513 аа | 44,7% | 86,9% | 55% |
| Данио рерио | Зебрафиш | 454,6 млн лет назад | XP_005159508.1 | 520 аа | 52.2% | 80,2% | 76% |
FAM63A эволюционировал с течением времени относительно умеренно.
Паралоги
Белок FAM63A имеет только один известный паралог : FAM63B . Предполагается, что FAM63B имеет молекулярную функцию в клетке. [ 18] Все позвоночные , для которых доступны последовательности, имеют две копии гена FAM63, как A, так и B. FAM63A и FAM63B, вероятно, разделились около 666 миллионов лет назад, так как ближайшим родственником Homo sapiens, содержащим только один FAM63, является ленточный червь , который разделился 666 миллионов лет назад. [17]
| Порядковый номер | Научное название | Общее название | Дивергенция | Регистрационный номер | Длина | Личность | Сходство | Запрос обложки | E-значение |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| белок FAM63B изоформа а | Homo sapiens | Человек | Н/Д | NP_001035540.1 | 621 аа | 41,9% | 76,7% | 68% | 2.00E-129 |
Выражение
Промоутер
Промоторная область содержит ряд факторов транскрипции . [19] Те, у кого высокие баллы, включают элементы ответа эстрогена, TATA-боксы, элементы ответа глюкокортикоидов и связывающие белки Ccaat/enchancer. Экспериментальные данные показывают, что экспрессия FAM63A снижается, когда рецептор эстрогена отсутствует, что предполагает, что элементы ответа эстрогена могут служить важным механизмом регуляции промотора для этого белка. [20]
Экспрессия белка
FAM63A — это белок, который повсеместно экспрессируется в тканях человека и на протяжении всего развития. Хотя FAM63A экспрессируется повсеместно, существуют определенные ткани, которые имеют более высокие уровни экспрессии, включая сердце , щитовидную железу , ганглии и кровь . [21]
Клиническое значение
Хотя для FAM63A не определена конкретная функция, есть несколько исследователей, которые обнаружили возможные функции. Было высказано предположение, что FAM63A может быть связан с функцией почек и хроническим заболеванием почек . [7]
Фиггинс, Минстер и Демирчи исследовали 17 343 функциональных однонуклеотидных полиморфизма , продемонстрировав сильную связь между длительностью болезни Альцгеймера и FAM63A. [22] Другой ген, расположенный на 1q21, CTSS , также был тесно связан с длительностью заболевания; авторы полагают, что между этими двумя генами существует сильное неравновесие сцепления . FAM63A был идентифицирован как один из 39 генов, экспрессирующихся исключительно в клетках ХМЛ, сгруппированный с четырьмя другими генами, которые, как полагают, функционируют в лигировании белков .
Ссылки
- ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000143409 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000038712 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ Генные карты abcd https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=FAM63A&search=FAM63A
- ^ ab Национальный центр биоинформационных технологий - BLAST http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
- ^ ab Köttgen A, Pattaro C, Böger CA, Fuchsberger C, Olden M, Glazer NL и др. (май 2010 г.). «Новые локусы, связанные с функцией почек и хронической болезнью почек». Nature Genetics . 42 (5): 376– 84. doi :10.1038/ng.568. PMC 2997674 . PMID 20383146.
- ^ "Убиквитин-карбоксил-концевая гидролаза MINDY-1 изоформа 1 [Homo sapiens] - Белок - NCBI".
- ^ Национальный центр биоинформационных технологий - Белок https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/?term=FAM63A%20AND%20homo%20sapiens
- ^ ab Национальный центр биотехнологической информации - AceView - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ieb/research/acembly/av.cgi?db=human&term=FAM63A&submit=Go
- ^ Сан-Диего Суперкомпьютер http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi# [ постоянная неработающая ссылка ] !
- ^ Прогноз PSORT II http://psort.hgc.jp/form2.html
- ^ ab San Diego Super Computer - http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi# [ постоянная неработающая ссылка ] !
- ^ Портал биоинформатических ресурсов ExPASy http://www.expasy.org/proteomics
- ^ PHYRE2 -
- ^ STRING - Известные и прогнозируемые взаимодействия белок-белок http://string-db.org/newstring_cgi/show_network_section.pl
- ^ ab Национальный центр биотехнологической информации - Белок https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/?term=FAM63A
- ^ Генные карты https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=FAM63B
- ^ Genomatrix - ElDorado - Промотор и факторы транскрипции для FAM63A. http://www.genomatix.de/?s=23e6b2edc9ca33fe998f299bafe56b99 Архивировано 10.12.2021 на Wayback Machine
- ^ Клетки рака молочной железы MCF7 с подавленным рецептором эстрогена альфа. Профиль: GDS4061/ FAM63A. ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profiles
- ^ Национальный центр биотехнологической информации - Профили GEO https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profileGraph.cgi?ID=GDS596:221856_s_at
- ^ Figgins JA, Minster RL, Demirci FY, Dekosky ST, Kamboh MI (июнь 2009 г.). «Исследования ассоциации 22 кандидатов SNP с болезнью Альцгеймера с поздним началом». American Journal of Medical Genetics. Часть B, Neuropsychiatric Genetics . 150B (4): 520– 6. doi :10.1002/ajmg.b.30851. PMC 2751631. PMID 18780302 .
