FAM46C
| ТЕНТ5С | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | TENT5C , семейство с последовательностью, схожей с 46 членом C, терминальная нуклеотидилтрансфераза 5C, FAM46C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | ОМИМ : 613952; МГИ : 1921895; гомологен : 56783; GeneCards : TENT5C; OMA :TENT5C — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Белок FAM46C, также известный как семейство со сходством последовательностей 46, член C , представляет собой белок , который у человека кодируется геном FAM46C в локусе 1p12, охватывающем пары оснований от 118 148 556 до 118 171 011.
Краткое содержание
FAM46C — это белок неизвестной функции, состоящий из 391 аминокислотного остатка, которые транслируются с информационной рибонуклеиновой кислоты (мРНК), состоящей из 5720 пар оснований. FAM46C был первоначально секвенирован в рамках проекта по полноразмерному длинному японскому геномному секвенированию. FAM46C обнаружен на хромосоме 1 в локусе 1p12. FAM46C содержит один домен неизвестной функции, DUF1693, и как таковой был помещен в семейство белков DUF1693. Это семейство было установлено как часть суперсемейства нуклеотидилтрансфераз [5] и содержит 4 прионоподобных белка нематод. FAM46C был помещен в группу XXV суперсемейства нуклеотидилтрансфераз [5] вместе с 3 другими белками FAM46 Homo sapiens ( A , B, D).
Было высказано предположение, что FAM46C может быть функционально связан с реакцией интерферона типа 1. [6] Делеция и/или мутация FAM46C была связана с ухудшением общей выживаемости у пациентов с миеломой . [7]
Ген
Homo sapiens FAM46C охватывает 22 456 оснований на хромосоме 1. Данные микрочипов показывают, что человеческий FAM46C демонстрирует повышенные уровни экспрессии в костном мозге , CD71 + ранних эритроидных клетках , различных В-клетках , Т-клетках , лимфоцитах и всех тканях, связанных с яичками . [8]
Эволюция и гомология
Homo sapiens FAM46C в высокой степени консервативен у близких ортологов, при этом наблюдаются лишь небольшие изменения в последовательности белка АА по сравнению с другими млекопитающими.
FAM46C и, в частности, DUF1693 прослеживаются у всех известных многоклеточных животных , а отдаленный гомолог обнаружен у Trichoplax adhaerens , представителя базальной группы многоклеточных организмов Placozoa .
Паралоги
Homo sapiens FAM46C паралогичен 3 отдельным известным белкам FAM46, все из которых содержат DUF1693.
Ортологи
В текущем каталоге многоклеточных организмов присутствует множество ортологов FAM46C, все из которых демонстрируют впечатляющую консервацию домена неизвестной функции 1693. Наиболее заметным ортологом считается TRIADDRAFT14293, ген вида Trichoplax adhaerens . Этот ортолог свидетельствует о том, что FAM46C является членом группы белков, содержащих высококонсервативные аминокислотные остатки, и, как таковой, считается, что он обеспечивает некоторую очень важную функцию, как и следовало ожидать при рассмотрении его возможной активности нуклеотидилтрансферазы.
Гомологичные домены
Для определения возможных консервативных структур был использован предиктивный подход, сравнивающий FAM46C с наиболее отдаленным доступным гомологом, Trichoplax adhearens . Phyre 2 [9] был использован для предсказания вторичной структуры белка человеческого FAM46C и трихоплакса TRIADDRAFT-14293. Мы можем визуализировать возможные структуры, предсказанные с высокой степенью достоверности как в гене человека, так и в гене плакозои. Это предварительное предсказание дает некоторое представление о важных структурах, скорее всего, каталитической и/или связывающей функции.
Филогения
На основе множественных выравниваний последовательностей, сгенерированных Clustal W, было создано некорневое филогенетическое дерево для выбранных ортологов FAM46C, чтобы продемонстрировать разнообразные случаи генов, подобных FAM46C, в текущем эволюционном каталоге. Для потомков многие ортологи были исключены (см. таблицу ортологов выше; многие были исключены и из этой таблицы).
Структура белка
"Homo sapiens" FAM46C кодирует белок из 391 аминокислоты без известных изоформ. "Homo sapiens" FAM46C не был кристаллизован, и его вторичная структура еще не была определена по состоянию на май 2013 года. FAM46C имеет предсказанную изоэлектрическую точку 5,338. Белок содержит один домен неизвестной функции, DUF1693 (Pfam: PF07984)
Была обнаружена модель лейциновой молнии, начинающаяся с Lys113 и заканчивающаяся на Lys134. Это может помочь отличить ядерные белки от неядерных белков, однако все другие подмножества анализов с использованием PSORTII [10] предсказали, что FAM46C является строго цитозольным белком.
Никаких других значимых структурных мотивов белка не предсказано.
Белково-белковые взаимодействия
Экспериментально показано, что FAM46C физически взаимодействует по крайней мере с 4 отдельными белками, а также предсказаны другие взаимодействия [11].
| Белок | Доказательство | Присоединение | База данных |
|---|---|---|---|
| DAZAP2 | 2-гибридный | AAR11454 | МЯТА |
| ПОЕЗДКА6 | 2-гибридный | CAA05080 | МЯТА |
| ПЛК4 | 2-гибридный | NM_014264 | МЯТА |
| AP2B1 | 2-гибридный | NM_001030006 | МЯТА |
Ссылки
- ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000183508 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000044468 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ ab Kuchta K, Knizewski L, Wyrwicz LS, Rychlewski L, Ginalski K (декабрь 2009 г.). «Комплексная классификация белков нуклеотидилтрансферазы: идентификация новых семейств и их представителей у человека». Nucleic Acids Res . 37 (22): 7701– 14. doi :10.1093/nar/gkp854. PMC 2794190. PMID 19833706 .
- ^ Schoggins JW, Wilson SJ, Panis M, Murphy MY, Jones CT, Bieniasz P , Rice CM (апрель 2011 г.). «Разнообразный спектр генных продуктов является эффекторами противовирусного ответа интерферона I типа». Nature . 472 (7344): 481– 5. Bibcode :2011Natur.472..481S. doi :10.1038/nature09907. PMC 3409588 . PMID 21478870.
- ^ Boyd KD, Ross FM, Walker BA, Wardell CP, Tapper WJ, Chiecchio L, Dagrada G, Konn ZJ, Gregory WM, Jackson GH, Child JA, Davies FE, Morgan GJ (декабрь 2011 г.). «Картирование делеций хромосомы 1p при миеломе идентифицирует FAM46C в 1p12 и CDKN2C в 1p32.3 как гены в регионах, связанных с неблагоприятным выживанием». Clin. Cancer Res . 17 (24): 7776– 84. doi :10.1158/1078-0432.CCR-11-1791. PMC 5751883. PMID 21994415 .
- ^ «BioGPS — ваша система генного портала».
- ^ Келли LA, Стернберг MJ (2009). «Прогнозирование структуры белка в Интернете: пример использования сервера Phyre» (PDF) . Nat Protoc . 4 (3): 363–71 . doi :10.1038/nprot.2009.2. hdl : 10044/1/18157 . PMID 19247286. S2CID 12497300.
- ^ Хортон П., Накаи К. (1997). «Лучшее предсказание мест локализации белков в клетке с помощью классификатора k ближайших соседей». Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol . 5 : 147–52 . PMID 9322029.
- ^ "FAM46C PSICQUIC View" . Получено 11 мая 2013 г. .
Внешние ссылки
- Официальный сайт , Японский проект по полному секвенированию генома человека
