Мерцендорфер родился в Оберндорфе-бай-Зальцбурге . Он учился у Клеменса Краусса в Моцартеуме в Зальцбурге и был назначен первым дирижером Оперы Граца в 1945 году. Он дирижировал в Театре Колон в Буэнос-Айресе в начале 1950-х годов. В 1954 году он стал приглашенным дирижером на Зальцбургском фестивале . С 1953 по 1958 год он был главным дирижером оркестра Моцартеум в Зальцбурге и руководил несколькими турами с оркестром, включая высоко оцененный американский тур.
он записал тома 3, 4, 7, 10, 12 и 18 полного издания произведений Иоганна Штрауса I со Словацкой симфониеттой [6] и том 17 музыки Йозефа Штрауса со Словацким государственным филармоническим оркестром города Кошице [7] .
Брукнер Симфония № 0 , с Симфоническим оркестром ORF