Стабильные интронные последовательности РНК вируса Эпштейна-Барр
РНК-семейство
Стабильная интронная последовательность РНК вируса Эпштейна-Барр
Идентификаторы
СимволЭБВСИС
Другие данные
Тип РНКсисРНК
ДоменыГерпесвирусы ;
Структуры PDBПДБе

Стабильные интронные последовательности РНК вируса Эпштейна–Барр (ebv-sisRNAs) представляют собой класс некодирующих РНК, генерируемых повторяющимися интронами вируса Эпштейна–Барр . После EBER 1 и 2 ebv-sisRNA-1 является третьей по распространенности РНК EBV, генерируемой во время высокоонкогенной формы латентности вируса (латентность III). Сохранение последовательности ebv-sisRNA и вторичной структуры между EBV и другими герпесвирусами предполагает общие функции при латентной инфекции.

Фон

Вирус Эпштейна-Барр (ВЭБ) поражает до 95% взрослых [1] и является инфекционным агентом, ответственным за мононуклеоз («моно»). Инфекция ВЭБ приводит к пожизненному заболеванию. Латентные инфекции являются «спящими», то есть активные вирионы не производятся, однако вирус генерирует белки и РНК для модуляции взаимодействия хозяина и вируса, которые поддерживают латентную инфекцию. Эти взаимодействия, пока еще не полностью определенные, делают ВЭБ-инфицированные В-клетки более склонными к раковым заболеваниям (например, лимфома Ходжкина , лимфома Беркитта и назофарингеальная карцинома ). Некодирующие РНК (нкРНК) играют определенную роль в этом процессе. Структурированные нкРНК представляют особый интерес, поскольку они выполняют широкий спектр функций, которые находятся в центре интенсивных усилий по характеристике и архивированию в таких проектах, как Rfam . [2] [3]

Недавнее исследование ncRNAs в EBV с использованием биоинформатики и RNA-Seq выявило несколько областей в его геноме, которые, вероятно, содержат функциональные РНК. [4] Эти области включали EBER -1 и -2, v-snoRNA1 и большинство известных вирусных miRNA . В дополнение к этим известным EBV ncRNAs этот анализ выявил новые РНК, включая две стабильные интронные последовательности (sis)RNAs. Интроны , как правило, быстро разрушаются в клетке, но могут сохраняться и накапливаться до большого количества, когда они выполняют функциональную роль. Такие sisRNAs были обнаружены в ооцитах Xenopus . [5] Стабильные интроны также обнаружены в других герпесвирусах , например, HHV Latency Associated Transcript , который играет важную роль в поддержании латентности вируса . [6]

Рисунок 1. Транскрипт латентности III вируса Эпштейна-Барр, показывающий расположение стабильных интронов W-повтора вируса Эпштейна-Барр.
Рисунок 2. Вторичная структура ebv-sisRNA-1

В EBV sisRNAs генерируются из области, известной как W-повторы. Эта область транскрибируется во время типа вирусной латентности , которая является высокоонкогенной ( латентность типа III), а также в редком типе латентности (Wp-ограниченная латентность), наблюдаемой у ~15% эндемичных лимфом Беркитта . [7] Сплайсинг этих транскриптов W-повторов производит короткий интрон и длинный интрон (рис. 1), оба из которых накапливаются в большом количестве в инфицированных EBV человеческих В-клетках . Действительно, ebv-sisRNA-1 является третьей наиболее обильно продуцируемой EBV РНК после EBER1 и EBER2, которые высоко экспрессируются в инфицированных EBV клетках., [8] [9] Наличие этих РНК в патогенной форме латентности предполагает роль в EBV-ассоциированных раковых заболеваниях. [4]

ebv-sisRNA-1

Короткий интрон повтора W, вместо того, чтобы быть сплайсированным и быстро деградированным, сохраняется после сплайсинга и является третьей по распространенности малой ncRNA, продуцируемой EBV в латентности III. Нуклеотиды 4–26 ebv-sisRNA-1 образуют короткую шпильковую петлю , которая представляет собой богатый уридином мотив последовательности (возможную платформу для взаимодействия белков) в петле. Остальная часть последовательности вряд ли образует стабильную структуру РНК . Этот неструктурированный участок последовательности может быть открыт для взаимодействия с нуклеиновыми кислотами или другими белками . Последовательность sisRNA примерно на 100% сохраняется в штаммах EBV, и гомология распространяется на другие лимфокриптовирусы. Шпильковая структура также сохраняется и включает в себя сохраняющие структуру мутации в ее стебле. [5]

ebv-sisRNA-2

Ebv-sisRNA-2 генерируется из длинного интрона W-повтора. Доказательства стабильной и консервативной структуры РНК охватывают ~40% этой РНК, и один регион может складываться в удивительно длинную (586 нуклеотидов) и термодинамически стабильную шпильковую петлю (рис. 2). Помимо штаммов EBV, где шпилька на ~100% сохранена в последовательности, эта структура также обнаружена у других лимфокриповирусов. Несмотря на высокую дивергенцию последовательности между этими гомологичными РНК, длинная шпильковая структура хорошо сохранена. Это говорит о том, что эта РНК играет важную функциональную роль в ebv-sisRNA-2. [5] Размер ebv-sisRNA-2 (2791 нуклеотид) больше напоминает транскрипт, ассоциированный с латентностью HHV , и, возможно, может играть аналогичную роль в поддержании латентности вируса . [6]

Рисунок 3. Схема гигантской шпильки, которая сворачивается внутри ebv-sisRNA-2

Ссылки

  1. ^ "Вирус Эпштейна–Барр и инфекционный мононуклеоз". Архивировано из оригинала 20 апреля 2012 года . Получено 11 ноября 2013 года .
  2. ^ Хейлман, Дж. М.; Кемманн, Э.; Бонерт, М.; Чаттерджи, А.; Рагар, Б.; Бердс, генеральный менеджер; Иберри, диджей; Харви, М.; Томас, Б.; Стомп, В.; Мартоне, МФ; Лодж, диджей; Вондрачек, А.; Де Вольф, Дж. Ф.; Либер, К.; Гровер, Южная Каролина; Викерс, Ти Джей; Меско, Б.; Лоран, MLR (2011). «Википедия: ключевой инструмент глобального развития общественного здравоохранения». Журнал медицинских интернет-исследований . 13 (1): е14. дои : 10.2196/jmir.1589 . ПМЦ 3221335 . ПМИД  21282098. 
  3. ^ Дауб, Дж.; Гарднер, ПП; Тейт, Дж.; Рамшельд, Д.; Манске, М .; Скотт, WG; Вайнберг, З.; Гриффитс-Джонс, С.; Бейтман, А. (2008). «Википроект РНК: аннотация сообщества семейств РНК». РНК . 14 (12): 2462– 2464. doi :10.1261/rna.1200508. PMC 2590952 . PMID  18945806. 
  4. ^ ab Moss WN, Steitz JA (август 2013 г.). «Геномный анализ вируса Эпштейна–Барр выявил консервативные структуры РНК и новую стабильную интронную последовательность РНК». BMC Genomics . 14 : 543. doi : 10.1186/1471-2164-14-543 . PMC 3751371 . PMID  23937650. 
  5. ^ abc Gardner EJ, Nizami ZF, Talbot CC, Gall JG (2012). "Стабильная интронная последовательность РНК (sisRNA), новый класс некодирующих РНК из ядра ооцита Xenopus tropicalis". Genes & Development . 26 (22): 2550– 2559. doi :10.1101/gad.202184.112. PMC 3505824 . PMID  23154985. 
  6. ^ ab Farrell MJ, Dobson AT, Feldman LT (1991-02-01). "Транскрипт, ассоциированный с латентностью вируса простого герпеса, является стабильным интроном". Труды Национальной академии наук . 88 (3): 790–794 . doi : 10.1073/pnas.88.3.790 . PMC 50899. PMID  1846963 . (Бесплатный полный текст статьи: [1])
  7. ^ Келли, GL; Лонг, HM; Стилианоу, J.; Томас, WA; Лиз, A.; Белл, AI; Борнкамм, GW; Маутнер, J.; Рикинсон, AB; Роу, M. (2009). Юнг, Jae U (ред.). "Антиапоптотический белок вируса Эпштейна-Барр, конститутивно экспрессируемый в трансформированных клетках и вовлеченный в лимфомагенез Беркитта: связь Wp/BHRF1". PLOS Pathogens . 5 (3): e1000341. doi : 10.1371/journal.ppat.1000341 . PMC 2652661. PMID  19283066 . 
  8. ^ Conrad NK, Fok V, Cazalla D, Borah S, Steitz JA (2006). «Проблема вирусных snRNP». Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol . 71 : 377–384 . doi : 10.1101/sqb.2006.71.057 . PMID  17381320. Получено 13 августа 2010 г.
  9. ^ Toczyski DP, Matera AG, Ward DC, Steitz JA (апрель 1994 г.). «Малая РНК вируса Эпштейна-Барр (EBV) EBER1 связывает и перемещает рибосомальный белок L22 в инфицированных EBV человеческих В-лимфоцитах». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 91 (8): 3463– 3467. doi : 10.1073/pnas.91.8.3463 . PMC 43597 . PMID  8159770. 
  • Страница EBER1 на Rfam
  • Страница v-snoRNA1 в Rfam
  • Страница IRES_EBNA в Rfam
  • Лаборатория Джоан Стейтц
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Стабильные_интронные_последовательности_РНК_вируса_Эпштейна–Барр&oldid=1172915408"