Энтеротип

Классификация живых организмов на основе их кишечного микробиома

Энтеротип — это классификация живых организмов, основанная на бактериологическом составе их кишечной микробиоты . Открытие трех человеческих энтеротипов было объявлено в апрельском выпуске журнала Nature за 2011 год Пиром Борком и его коллегами. ^[1] Они обнаружили, что энтеротипы не зависят от возраста, пола, массы тела или национального деления. ^[2] Есть признаки того, что долгосрочная диета влияет на энтеротип. ^[3] Тип 1 характеризуется высоким уровнем Bacteroides , тип 2 имеет мало Bacteroides , но Prevotella распространены, а тип 3 имеет высокий уровень Ruminococcus . ^[1]^[4]^[5]

Ценность классификации по энтеротипу была подвергнута сомнению. ^[6]^[7]

В исследовании кишечных бактерий детей в Буркина-Фасо (в Африке) Prevotella составляла 53% кишечных бактерий, но отсутствовала у европейских детей того же возраста. ^[8]

Исследования также показывают, что долгосрочная диета тесно связана с составом микробиома кишечника : у тех, кто потребляет много белка и животных жиров, типичных для западной диеты, преобладают бактерии Bacteroides , тогда как у тех, кто потребляет больше углеводов, особенно клетчатки, доминируют виды Prevotella . ^[9]

Шимпанзе имеют энтеротипы, которые по составу аналогичны тем, что встречаются у людей. Используя продольные выборки, исследователи обнаружили, что энтеротип отдельных шимпанзе менялся с течением времени. ^[10]

Ссылки

^ ab Zimmer, Carl (20 апреля 2011 г.). «Бактерии делят людей на 3 типа, говорят ученые». The New York Times . Получено 21 апреля 2011 г. Группа ученых теперь сообщает всего о трех различных экосистемах в кишечнике людей, которых они изучали.
^ Arumugam M, Raes J, et al. (апрель 2011 г.). «Энтеротипы микробиома кишечника человека». Nature . 473 (7346): 174– 80. Bibcode :2011Natur.473..174.. doi :10.1038/nature09944. PMC 3728647 . PMID 21508958. Наши знания о видах и функциональном составе микробиома кишечника человека быстро растут, но они по-прежнему основаны на очень небольшом количестве когорт, и мало что известно о вариациях по всему миру. Объединив 22 недавно секвенированных фекальных метагенома людей из четырех стран с ранее опубликованными наборами данных, здесь мы идентифицируем три надежных кластера (далее именуемых энтеротипами), которые не являются специфическими для страны или континента.
^ Wu GD, Chen J, Hoffmann C, Bittinger K, Chen YY и др. (2011). «Связь долгосрочных диетических схем с кишечными микробными энтеротипами». Science . 334 (6052): 105– 108. Bibcode :2011Sci...334..105W. doi :10.1126/science.1208344. PMC 3368382 . PMID 21885731.
^ Кейм, Брэндон (20 апреля 2011 г.). «Картирование кишечных бактерий выявило три глобальных разновидности». Журнал Wired . Получено 21 апреля 2011 г.
^ Коглан, Энди (20 апреля 2011 г.). «У каждого человека есть одна из трех экосистем кишечника». New Scientist . Получено 21 апреля 2011 г.
^ Найтс, Дэн; Уорд, Тоня; МакКинли, Кристофер; Миллер, Ханна; Гонсалес, Антонио; Макдональд, Дэниел; Найт, Роб (8 октября 2014 г.). «Переосмысление «энтеротипов»». Cell Host & Microbe . 16 (4): 433– 437. doi :10.1016/j.chom.2014.09.013. PMC 5558460 . PMID 25299329.
^ Горвитовская, Анастасия; Холмс, Сьюзан П.; Хьюз, Сьюзан М. (12 апреля 2016 г.). «Интерпретация Prevotella и Bacteroides как биомаркеров диеты и образа жизни». Microbiome . 15 (4): 15. doi : 10.1186/s40168-016-0160-7 . PMC 4828855 . PMID 27068581.
^ De Filippo, C.; Cavalieri, D.; Di Paola, M.; Ramazzotti, M.; Poullet, JB; Massart, S.; Collini, S.; Pieraccini, G.; Lionetti, P. (2010). «Влияние диеты на формирование микробиоты кишечника, выявленное сравнительным исследованием у детей из Европы и сельской Африки». Труды Национальной академии наук . 107 (33): 14691– 6. Bibcode : 2010PNAS..10714691D. doi : 10.1073/pnas.1005963107 . PMC 2930426. PMID 20679230 .
^ Wu GD, Chen J, Hoffmann C, Bittinger K, Chen YY, Keilbaugh SA, Bewtra M, Knights D, Walters WA, Knight R, Sinha R, Gilroy E, Gupta K, Baldassano R, Nessel L, Li H, Bushman FD, Lewis JD (7 октября 2011 г.). «Связь долгосрочных диетических схем с кишечными микробными энтеротипами». Science . 334 (6052): 105– 8. Bibcode :2011Sci...334..105W. doi :10.1126/science.1208344. PMC 3368382 . PMID 21885731.
^ Эндрю Х. Мёллер; Патрик Х. Дегнан; Энн Э. Пьюзи; Майкл Л. Уилсон; Беатрис Х. Хан; Говард Охман (13 ноября 2012 г.). «У шимпанзе и людей имеются схожие по составу энтеротипы кишечника». Nature Communications . 3 (1179): 1179. Bibcode :2012NatCo...3.1179M. doi :10.1038/ncomms2159. PMC 3520023 . PMID 23149725.

Эта статья по микробиологии — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

[NYT-1] Zimmer, Carl (20 апреля 2011 г.). «Бактерии делят людей на 3 типа, говорят ученые». The New York Times . Получено 21 апреля 2011 г. Группа ученых теперь сообщает всего о трех различных экосистемах в кишечнике людей, которых они изучали.

[Nature-2] Arumugam M, Raes J, et al. (апрель 2011 г.). «Энтеротипы микробиома кишечника человека». Nature . 473 (7346): 174– 80. Bibcode :2011Natur.473..174.. doi :10.1038/nature09944. PMC 3728647 . PMID 21508958. Наши знания о видах и функциональном составе микробиома кишечника человека быстро растут, но они по-прежнему основаны на очень небольшом количестве когорт, и мало что известно о вариациях по всему миру. Объединив 22 недавно секвенированных фекальных метагенома людей из четырех стран с ранее опубликованными наборами данных, здесь мы идентифицируем три надежных кластера (далее именуемых энтеротипами), которые не являются специфическими для страны или континента.

[Wu_et_al-3] Wu GD, Chen J, Hoffmann C, Bittinger K, Chen YY и др. (2011). «Связь долгосрочных диетических схем с кишечными микробными энтеротипами». Science . 334 (6052): 105– 108. Bibcode :2011Sci...334..105W. doi :10.1126/science.1208344. PMC 3368382 . PMID 21885731.

[Wired-4] Кейм, Брэндон (20 апреля 2011 г.). «Картирование кишечных бактерий выявило три глобальных разновидности». Журнал Wired . Получено 21 апреля 2011 г.

[NewScientist-5] Коглан, Энди (20 апреля 2011 г.). «У каждого человека есть одна из трех экосистем кишечника». New Scientist . Получено 21 апреля 2011 г.

[2014cellhostandmicrobentero-6] Найтс, Дэн; Уорд, Тоня; МакКинли, Кристофер; Миллер, Ханна; Гонсалес, Антонио; Макдональд, Дэниел; Найт, Роб (8 октября 2014 г.). «Переосмысление «энтеротипов»». Cell Host & Microbe . 16 (4): 433– 437. doi :10.1016/j.chom.2014.09.013. PMC 5558460 . PMID 25299329.

[2016microbiomejournalentero-7] Горвитовская, Анастасия; Холмс, Сьюзан П.; Хьюз, Сьюзан М. (12 апреля 2016 г.). «Интерпретация Prevotella и Bacteroides как биомаркеров диеты и образа жизни». Microbiome . 15 (4): 15. doi : 10.1186/s40168-016-0160-7 . PMC 4828855 . PMID 27068581.

[8] De Filippo, C.; Cavalieri, D.; Di Paola, M.; Ramazzotti, M.; Poullet, JB; Massart, S.; Collini, S.; Pieraccini, G.; Lionetti, P. (2010). «Влияние диеты на формирование микробиоты кишечника, выявленное сравнительным исследованием у детей из Европы и сельской Африки». Труды Национальной академии наук . 107 (33): 14691– 6. Bibcode : 2010PNAS..10714691D. doi : 10.1073/pnas.1005963107 . PMC 2930426. PMID 20679230 .

[9] Wu GD, Chen J, Hoffmann C, Bittinger K, Chen YY, Keilbaugh SA, Bewtra M, Knights D, Walters WA, Knight R, Sinha R, Gilroy E, Gupta K, Baldassano R, Nessel L, Li H, Bushman FD, Lewis JD (7 октября 2011 г.). «Связь долгосрочных диетических схем с кишечными микробными энтеротипами». Science . 334 (6052): 105– 8. Bibcode :2011Sci...334..105W. doi :10.1126/science.1208344. PMC 3368382 . PMID 21885731.

[10] Эндрю Х. Мёллер; Патрик Х. Дегнан; Энн Э. Пьюзи; Майкл Л. Уилсон; Беатрис Х. Хан; Говард Охман (13 ноября 2012 г.). «У шимпанзе и людей имеются схожие по составу энтеротипы кишечника». Nature Communications . 3 (1179): 1179. Bibcode :2012NatCo...3.1179M. doi :10.1038/ncomms2159. PMC 3520023 . PMID 23149725.