РНК DsrA
Некодирующая РНК
РНК DsrA
Предсказанная вторичная структура и сохранение последовательности DsrA
Идентификаторы
СимволДсрА
РфамРФ00014
Другие данные
Тип РНКГен ; мРНК
ДоменыБактерии
ТАКSO:0000378
Структуры PDBПДБе

DsrA РНК является некодирующей РНК , которая регулирует как транскрипцию , преодолевая транскрипционное молчание нуклеоид-ассоциированным белком H-NS , [1] так и трансляцию , способствуя эффективной трансляции стрессового сигма-фактора, RpoS . [2] [3] Эти два вида активности DsrA могут быть разделены мутацией: первая из трех петель-стеблей 85- нуклеотидной РНК необходима для трансляции RpoS, но не для действия против H-NS, в то время как вторая петля-стебель необходима для анти-сайленсинга и менее критична для трансляции RpoS. Третья петля-стебель, которая ведет себя как терминатор транскрипции, может быть заменена терминатором транскрипции trp без потери какой-либо функции DsrA. Последовательность первой петли-стебля DsrA комплементарна восходящей лидерной части матричной РНК RpoS, что позволяет предположить, что спаривание DsrA с сообщением RpoS может быть важным для регуляции трансляции. Структуры DsrA и комплекса DsrA/rpoS были изучены с помощью ЯМР . Исследование пришло к выводу, что sRNA содержит динамическое конформационное равновесие для своего второго стебля-петли, что может быть важным механизмом для DsrA, регулирующим трансляции его множественных целевых мРНК. [4]

Имеются данные о том, что РНК DsrA может самоорганизовываться в наноструктуры посредством антисмысловых взаимодействий трех самокомплементарных областей. [5] [6]

Цели DsrA

Имеются экспериментальные данные, позволяющие предположить, что DsrA взаимодействует с генами, кодирующими белок, hns, [7] [8] [9] rbsD, [7] argR , [7] ilvI [7] и rpoS [10] [11] [12] [13] посредством антисмыслового механизма.

DsrA сворачивается в структуру с тремя шпильками . Вторая из них ( нуклеотиды 23–60) связывается с Hfq . [14]

Ссылки

  1. ^ Sledjeski, D; Gottesman S (1995). «Малая РНК действует как антисайленсер H-NS-сайленсированного гена rcsA Escherichia coli». Proc Natl Acad Sci USA . 92 (6): 2003–2007. Bibcode : 1995PNAS...92.2003S. doi : 10.1073 /pnas.92.6.2003 . PMC  42411. PMID  7534408.
  2. ^ Majdalani, N; Cunning C; Sledjeski D; Elliott T; Gottesman S (1998). «DsrA РНК регулирует трансляцию сообщения RpoS с помощью анти-антисмыслового механизма, независимо от его действия в качестве антисайленсера транскрипции». Proc Natl Acad Sci USA . 95 (21): 12462–12467. Bibcode :1998PNAS...9512462M. doi : 10.1073/pnas.95.21.12462 . PMC 22853 . PMID  9770508. 
  3. ^ Gottesman, S (2005). «Микросы для микробов: некодирующие регуляторные РНК в бактериях». Trends Genet . 21 (7): 399–404. CiteSeerX 10.1.1.391.8944 . doi :10.1016/j.tig.2005.05.008. PMID  15913835. 
  4. ^ У, Пэнчжи; Лю, Сяодань; Ян, Линна; Сан, Итун; Гун, Цинго; У, Цзихуэй; Ши, Юньюй (2017-09-19). «Важная конформационная пластичность мРНК DsrA для адаптации множественной регуляции». Nucleic Acids Research . 45 (16): 9625–9639. doi :10.1093/nar/gkx570. ISSN  1362-4962. PMC 5766208. PMID 28934467  . 
  5. ^ Cayrol B, Nogues C, Dawid A, Sagi I, Silberzan P, Isambert H (2009). «Наноструктура, изготовленная из бактериальной некодирующей РНК». J Am Chem Soc . 131 (47): 17270–17276. doi :10.1021/ja906076e. PMID  19821568.
  6. ^ Кэрол Б, Женгено Ф, Лакост Дж, Бузи Ф, Ле Деру Дж, Пьетреман О, Ле Кам Е, Ренье П, Лавель С, Арлуисон В (2009). «Автосборка малой некодирующей РНК E. coli DsrA: молекулярные характеристики и функциональные последствия». РНК Биол . 6 (4): 434–445. дои : 10.4161/rna.6.4.8949 . ПМИД  19535898.
  7. ^ abcd Lease RA, Cusick ME, Belfort M (1998). "Риборегуляция в Escherichia coli: РНК DsrA действует посредством взаимодействий РНК:РНК в нескольких локусах". Proc Natl Acad Sci USA . 95 (21): 12456–12461. Bibcode :1998PNAS...9512456L. doi : 10.1073/pnas.95.21.12456 . PMC 22852 . PMID  9770507. 
  8. ^ Urban JH, Vogel J (2007). «Трансляционный контроль и распознавание целей малыми РНК Escherichia coli in vivo». Nucleic Acids Res . 35 (3): 1018–1037. doi :10.1093/nar/gkl1040. PMC 1807950. PMID  17264113 . 
  9. ^ Lease RA Belfort M (2000). «Транс-действующая РНК как переключатель управления в Escherichia coli: DsrA модулирует функцию, формируя альтернативные структуры». Proc Natl Acad Sci USA . 97 (18): 9919–9924. Bibcode :2000PNAS...97.9919L. doi : 10.1073/pnas.170281497 . PMC 27626 . PMID  10954740. 
  10. ^ Majdalani N, Cunning C, Sledjeski D, Elliott T, Gottesman S (1998). «DsrA РНК регулирует трансляцию сообщения RpoS с помощью анти-антисмыслового механизма, независимо от его действия в качестве антисайленсера транскрипции». Proc Natl Acad Sci USA . 95 (21): 12462–12467. Bibcode :1998PNAS...9512462M. doi : 10.1073/pnas.95.21.12462 . PMC 22853 . PMID  9770508. 
  11. ^ Majdalani N, Chen S, Murrow J, St John K, Gottesman S (2001). «Регулирование RpoS новой малой РНК: характеристика RprA». Mol Microbiol . 39 (5): 1382–1394. doi : 10.1111/j.1365-2958.2001.02329.x . PMID  11251852.
  12. ^ Sledjeski DD, Gupta A, Gottesman S (1996). «Малая РНК, DsrA, необходима для низкотемпературной экспрессии RpoS во время экспоненциального роста Escherichia coli». EMBO J . 15 (15): 3993–4000. doi :10.1002/j.1460-2075.1996.tb00773.x. PMC 452119 . PMID  8670904. 
  13. ^ Sledjeski DD, Whitman C, Zhang A (2001). «Hfq необходим для регуляции нетранслируемой РНК DsrA». J Bacteriol . 183 (6): 1997–2005. doi : 10.1128/JB.183.6.1997-2005.2001. PMC 95095. PMID  11222598. 
  14. ^ Brescia, CC; Mikulecky, PJ; Feig, AL; Sledjeski, DD (январь 2003 г.). «Идентификация сайта связывания Hfq на РНК DsrA: связывание Hfq без изменения вторичной структуры DsrA». РНК . 9 (1): 33–43. doi :10.1261/rna.2570803. PMC 1370368 . PMID  12554874. 

Дальнейшее чтение

  • Santillano, D.; Boetius, A.; Ramette, A. (2010). «Улучшенный анализ полиморфизма длины концевых рестрикционных фрагментов сульфатредуцирующих бактерий на основе dsrA». Applied and Environmental Microbiology . 76 (15): 5308–5311. doi :10.1128/AEM.03004-09. PMC  2916486 . PMID  20543035.
  • Vecerek, B.; Beich-Frandsen, M.; Resch, A.; Blasi, U. (2009). «Трансляционная активация мРНК rpoS некодирующей РНК DsrA и Hfq не требует связывания с рибосомой». Nucleic Acids Research . 38 (4): 1284–1293. doi :10.1093/nar/gkp1125. PMC  2831331 . PMID  19969548.
  • Leduc, I.; Olsen, B.; Elkins, C. (2008). «Локализация доменов тримерного аутотранспортера Haemophilus ducreyi DsrA, участвующих в сывороточной резистентности и связывании с белками внеклеточного матрикса фибронектином и витронектином». Инфекция и иммунитет . 77 (2): 657–666. doi :10.1128/IAI.00819-08. PMC  2632028. PMID  19015257 .
  • Soper, J.; Woodson, A. (сентябрь 2008 г.). «Лидер мРНК rpoS привлекает Hfq для облегчения отжига с мРНК DsrA» (бесплатный полный текст) . РНК . 14 (9): 1907–1917. doi :10.1261/rna.1110608. ISSN  1355-8382. PMC  2525945 . PMID  18658123.
  • Ли, Х.; Гранат, А.; Стюарт, В.; Джиллеспи, Дж. Р. (2008). «RpoS, H-NS и DsrA влияют на транскрипцию оперона гемолизина EHEC (ehxCABD) в штамме Escherichia coli O157:H7 EDL933». FEMS Microbiology Letters . 285 (2): 257–262. doi : 10.1111/j.1574-6968.2008.01240.x . PMID  18616595.
  • Leduc, I.; White, CD; Nepluev, I.; Throm, RE; Spinola, SM; Elkins, C. (2008). «Внешний мембранный белок DsrA — главный детерминант связывания фибронектина у Haemophilus ducreyi». Инфекция и иммунитет . 76 (4): 1608–1616. doi :10.1128/IAI.00994-07. PMC  2292853. PMID  18212073 .
  • Реш, А.; Афонюшкин, Т.; Ломбо, ТБ; МакДауэлл, К.Дж.; Блази, У.; Кабердин, В.Р. (2008). «Трансляционная активация некодирующей РНК DsrA включает альтернативную обработку РНКазой III в 5′-лидере rpoS». РНК . 14 (3): 454–459. doi :10.1261/rna.603108. PMC  2248258 . PMID  18192613.
  • Бен-Дов, Э.; Бреннер, А.; Кушмаро, А. (2007). «Количественная оценка сульфатредуцирующих бактерий в промышленных сточных водах с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени с использованием генов dsrA и apsA». Microbial Ecology . 54 (3): 439–451. doi :10.1007/s00248-007-9233-2. PMID  17351812. S2CID  20554316.
  • Колева, Р.; Остин, К.; Ковалески, Дж.; Нимс, Д.; Ванг, Л.; Вэри, К.; Шлакс, П. (2006). «Взаимодействие рибосомального белка S1 с мРНК DsrA и rpoS☆». Biochemical and Biophysical Research Communications . 348 (2): 662–668. doi :10.1016/j.bbrc.2006.07.102. PMID  16890206.
  • Джонс, AM; Гудвилл, A.; Эллиотт, T. (2006). «Ограниченная роль регуляторных РНК DsrA и RprA в регуляции rpoS у Salmonella enterica». Журнал бактериологии . 188 (14): 5077–5088. doi :10.1128/JB.00206-06. PMC 1539969.  PMID 16816180  .
  • Sun, X.; Wartell, RM (2006). «Escherichia coliHfq связывает домен II A18 и DsrA с похожей стехиометрией 2:1 Hfq6/РНК, используя различные поверхностные сайты†». Биохимия . 45 (15): 4875–4887. doi :10.1021/bi0523613. PMID  16605255.
  • Ролле, К.; Зывицки, М.; Вышко, Э.; Барцишевска, МЗ; Барцишевски, Дж. (2006). «Оценка динамической структуры РНК DsrA из E. Coli и ее функциональные последствия». Журнал биохимии . 139 (3): 431–438. doi :10.1093/jb/mvj045. PMID  16567408.
  • Абдулла, М.; Неплюев, И.; Афонина, Г.; Рам, С.; Райс, П.; Кейд, В.; Элкинс, К. (2005). «Уничтожение мутантов dsrA Haemophilus ducreyi нормальной человеческой сывороткой происходит через классический путь комплемента и инициируется связыванием иммуноглобулина М». Инфекция и иммунитет . 73 (6): 3431–3439. doi :10.1128/IAI.73.6.3431-3439.2005. PMC  1111860. PMID  15908371 .
  • White, CD; Leduc, I.; Olsen, B.; Jeter, C.; Harris, C.; Elkins, C. (2005). «Haemophilus ducreyi Outer Membrane Determinants, Including DsrA, Define Two Clonal Populations». Инфекция и иммунитет . 73 (4): 2387–2399. doi :10.1128/IAI.73.4.2387-2399.2005. PMC  1087395. PMID  15784585 .
  • Lease, RA; Woodson, SA (2004). «Циклирование Sm-подобного белка Hfq на малой регуляторной РНК DsrA». Журнал молекулярной биологии . 344 (5): 1211–1223. doi :10.1016/j.jmb.2004.10.006. PMID  15561140.
  • Mikulecky, PJ; Kaw, MK; Brescia, CC; Takach, JC; Sledjeski, DD; Feig, AL (2004). "Escherichia coli Hfq имеет различные поверхности взаимодействия для DsrA, rpoS и поли(A) РНК". Nature Structural & Molecular Biology . 11 (12): 1206–1214. doi :10.1038/nsmb858. PMC  3071270 . PMID  15531892.
  • Лиз, РА; Смит, Д.; Макдоноу, К.; Белфорт, М. (2004). «Малая некодирующая РНК DsrA — регулятор кислотоустойчивости в Escherichia coli». Журнал бактериологии . 186 (18): 6179–6185. doi :10.1128/JB.186.18.6179-6185.2004. PMC  515158. PMID  15342588 .
  • Repoila, F.; Gottesman, S. (2003). «Ощущение температуры промоутером dsrA». Журнал бактериологии . 185 (22): 6609–6614. doi :10.1128/JB.185.22.6609-6614.2003. PMC  262114. PMID  14594834 .
  • Worhunsky, DJ; Godek, K.; Litsch, S.; Schlax, PJ (2003). «Взаимодействие некодирующей РНК DsrA и мРНК RpoS с 30 S рибосомальной субъединицей». Журнал биологической химии . 278 (18): 15815–15824. doi : 10.1074/jbc.M301684200 . PMID  12600997.
  • Cole, LE; Kawula, TH; Toffer, KL; Elkins, C. (2002). «Сывороточный резистентный антиген Haemophilus ducreyi DsrA обеспечивает прикрепление к кератиноцитам человека». Инфекция и иммунитет . 70 (11): 6158–6165. doi :10.1128/IAI.70.11.6158-6165.2002. PMC  130365. PMID  12379693 .
  • Repoila, F.; Gottesman, S. (2001). «Каскад передачи сигнала для регуляции RpoS: регуляция температуры DsrA». Журнал бактериологии . 183 (13): 4012–4023. doi :10.1128/JB.183.13.4012-4023.2001. PMC  95285. PMID  11395466 .
  • Sledjeski, DD; Whitman, C.; Zhang, A. (2001). «Hfq необходим для регуляции нетранслируемой РНК DsrA». Журнал бактериологии . 183 (6): 1997–2005. doi :10.1128/JB.183.6.1997-2005.2001. PMC  95095. PMID  11222598 .
  • Bong, CTH; Throm, RE; Fortney, KR; Katz, BP; Hood, AF; Elkins, C.; Spinola, SM (2001). «DsrA-дефицитный мутант Haemophilus ducreyi имеет нарушенную способность заражать добровольцев». Инфекция и иммунитет . 69 (3): 1488–1491. doi :10.1128/IAI.69.3.1488-1491.2001. PMC 98046.  PMID 11179317  .
  • Лиз, РА; Белфорт, М. (2000). «Риборегуляция с помощью DsrA РНК: трансакции для глобальной экономики». Молекулярная микробиология . 38 (4): 667–672. doi : 10.1046/j.1365-2958.2000.02162.x . PMID  11115103.
  • Lease, RA; Belfort, M. (2000). «Транс-действующая РНК как переключатель управления в Escherichia coli: DsrA модулирует функцию, формируя альтернативные структуры». Труды Национальной академии наук . 97 (18): 9919–9924. Bibcode : 2000PNAS...97.9919L. doi : 10.1073/pnas.170281497 . PMC  27626. PMID  10954740.
  • Elkins, C.; Morrow Jr, KJ; Olsen, B. (2000). «Сывороточная резистентность Haemophilus ducreyi требует наличия белка внешней мембраны DsrA». Инфекция и иммунитет . 68 (3): 1608–1619. doi :10.1128/IAI.68.3.1608-1619.2000. PMC  97321. PMID  10678980.
  • Majdalani, N.; Cunning, C.; Sledjeski, D.; Elliott, T.; Gottesman, S. (1998). «DsrA РНК регулирует трансляцию сообщения RpoS с помощью анти-антисмыслового механизма, независимо от его действия в качестве антисайленсера транскрипции». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (21): 12462–12467. Bibcode : 1998PNAS ...9512462M. doi : 10.1073/pnas.95.21.12462 . PMC  22853. PMID  9770508.
  • Lease, RA; Cusick, ME; Belfort, M. (1998). «Риборегуляция в Escherichia coli: РНК DsrA действует посредством взаимодействий РНК:РНК в нескольких локусах». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (21): 12456–12461. Bibcode : 1998PNAS...9512456L. doi : 10.1073/pnas.95.21.12456 . PMC  22852. PMID  9770507 .
  • Клаук, Э.; Берингер, Дж.; Хенгге-Аронис, Р. (1997). «LysR-подобный регулятор LeuO в Escherichia coli участвует в трансляционной регуляции rpoS, влияя на экспрессию малой регуляторной DsrA-РНК». Молекулярная микробиология . 25 (3): 559–569. doi : 10.1046/j.1365-2958.1997.4911852.x . PMID  9302018.
  • Sledjeski, DD; Gupta, A.; Gottesman, S. (1996). «Малая РНК, DsrA, необходима для низкотемпературной экспрессии RpoS во время экспоненциального роста Escherichia coli». The EMBO Journal . 15 (15): 3993–4000. doi :10.1002/j.1460-2075.1996.tb00773.x. PMC  452119. PMID  8670904 .
  • Geinguenaud, F; Gesson, M; Arluison, V (22 января 2014 г.). «Термодинамические аспекты самосборки DsrA, небольшой некодирующей РНК из Escherichia coli». Acta Biochimica Polonica . 61 (1): 179–184. doi : 10.18388/abp.2014_1941 . PMID  24455758.
  • Hämmerle, H; Večerek, B; Resch, A; Bläsi, U (1 декабря 2013 г.). «Образование дуплекса между sRNA DsrA и rpoS mRNA недостаточно для эффективного синтеза RpoS при низкой температуре». RNA Biology . 10 (12): 1834–1841. doi :10.4161/rna.27100. PMC  3917986 . PMID  24448230.
  • Hämmerle, H; Večerek, B; Resch, A; Bläsi, U (1 декабря 2013 г.). «Образование дуплекса между sRNA DsrA и rpoS mRNA недостаточно для эффективного синтеза RpoS при низкой температуре». RNA Biology . 10 (12): 1834–1841. doi :10.4161/rna.27100. PMC  3917986 . PMID  24448230.
  • Страница для DsrA РНК в Rfam
  • Страница sRNATarBase для взаимодействия DsrA с hns
  • Страница sRNATarBase для взаимодействия DsrA с rbsD
  • Страница sRNATarBase для взаимодействия DsrA с argR
  • Страница sRNATarBase для взаимодействия DsrA с ilvI
  • Страница sRNATarBase для взаимодействия DsrA с rpoS
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=DsrA_RNA&oldid=1079708359"