Циклический рибосвитч ди-ГМФ-I

c-di-GMP-I-UAU
c-di-GMP-I-UAU
	Консенсусная вторичная структура и сохранение последовательности рибосвитча c-di-GMP-I-UAU
Идентификаторы
Символ	c-di-GMP-I-UAU
Рфам	РФ03168
Другие данные
Тип РНК	Цис-рег
ИДТИ	GO:0035438
ТАК	SO:0005836
Структуры PDB	ПДБе

c-ди-GMP-I-GGC
c-ди-GMP-I-GGC
	Консенсусная вторичная структура и сохранение последовательности рибосвитча c-di-GMP-I-GGC
Идентификаторы
Символ	c-ди-GMP-I-GGC
Рфам	РФ03167
Другие данные
Тип РНК	Цис-рег
ИДТИ	GO:0035438
ТАК	SO:0005836
Структуры PDB	ПДБе

c-di-GMP-I
c-di-GMP-I
	Консенсусная вторичная структура и сохранение последовательности циклического ди-ГМФ-I рибосвитча
Идентификаторы
Символ	c-di-GMP-I
Рфам	РФ01051
Другие данные
Тип РНК	Цис-рег
ИДТИ	GO:0035438
ТАК	SO:0005836
Структуры PDB	ПДБе

РНК-семейство

Циклические рибопереключатели ди-ГМФ-I представляют собой класс рибопереключателей , которые специфически связывают циклический ди-ГМФ , ^[1] который является вторичным мессенджером , который используется в различных микробных процессах, включая вирулентность , подвижность и образование биопленки . Циклические рибопереключатели ди-ГМФ-I были первоначально идентифицированы биоинформатикой как консервативная РНК -подобная структура, называемая «мотивом GEMM». ^[2] Эти рибопереключатели присутствуют у самых разных бактерий и наиболее распространены у Clostridia и некоторых разновидностей Pseudomonadota . Рибопереключатели присутствуют у таких патогенов, как Clostridioides difficile , Vibrio cholerae (вызывающий холеру ) и Bacillus anthracis (вызывающий сибирскую язву ). Предполагается, что Geobacter Uralreducens имеет 30 экземпляров этого рибопереключателя в своем геноме . Предполагается, что бактериофаг, инфицирующий C. difficile, несет циклический рибопереключатель ди-ГМФ-I, который он может использовать для обнаружения и использования физиологического состояния бактерий, которые он инфицирует .

Открытие этого класса рибопереключателей отвечает на вопрос о том, как гены регулируются в ответ на уровни циклического ди-ГМФ у многих различных бактерий. Однако некоторые бактерии, в которых изучался циклический ди-ГМФ, не имеют циклических рибопереключателей ди-ГМФ-I, например, Pseudomonas aeruginosa . Циклические рибопереключатели ди-ГМФ-I являются первым типом обнаруженных рибопереключателей, роль которых заключается не в регуляции метаболизма , а в передаче сигналов. Второй класс рибопереключателей, связывающих циклический ди-ГМФ, называется циклическим рибопереключателем ди-ГМФ-II . Два класса циклических рибопереключателей, связывающих ди-ГМФ, не имеют общей известной последовательности или структурных особенностей.

С помощью рентгеновской кристаллографии были определены трехмерные структуры циклических рибопереключателей ди-ГМФ-I с высоким разрешением . ^[3]^[4]

Некоторые гомологи структуры рибопереключателя c-di-GMP-I на самом деле выполняют функцию рибопереключателей, которые распознают другую сигнальную молекулу, циклический AMP-GMP. ^[5]^[6]

Ссылки

^ Sudarsan N, Lee ER, Weinberg Z, Moy RH, Kim JN, Link KH, Breaker RR (2008). «Рибопереключатели в эубактериях чувствуют вторичный мессенджер циклический ди-ГМФ». Science . 321 (5887): 411– 413. Bibcode :2008Sci...321..411S. doi :10.1126/science.1159519. PMC 5304454 . PMID 18635805.
^ Weinberg Z, Barrick JE, Yao Z и др. (2007). «Идентификация 22 структурированных РНК-кандидатов в бактериях с использованием сравнительного геномного конвейера CMfinder». Nucleic Acids Res . 35 (14): 4809– 4819. doi :10.1093/nar/gkm487. PMC 1950547. PMID 17621584 .
^ Кулшина Н., Бэрд Н. Дж., Ферре-Д'Амаре А. Р. (декабрь 2009 г.). «Распознавание бактериального вторичного мессенджера циклического дигуанилата его родственным рибосвитчем». Nat. Struct. Mol. Biol . 16 (12): 1212– 1217. doi :10.1038/nsmb.1701. PMC 2925111. PMID 19898478 .
^ Smith KD, Lipchock SV, Ames TD, Wang J, Breaker RR, Strobel SA (декабрь 2009 г.). «Структурная основа связывания лиганда рибопереключателем c-di-GMP». Nat. Struct. Mol. Biol . 16 (12): 1218– 1223. doi :10.1038/nsmb.1702. PMC 2850612. PMID 19898477 .
^ Nelson JW, Sudarsan N, Phillips GE, Stav S, Lünse CE, McCown PJ, Breaker RR (2015). «Контроль бактериального экзоэлектрогенеза с помощью ц-АМФ-ГМФ». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 112 (17): 5389– 5394. Bibcode : 2015PNAS..112.5389N. doi : 10.1073 /pnas.1419264112 . PMC 4418907. PMID 25848023.
^ Kellenberger CA, Wilson SC, Hickey SF, Gonzalez TL, Su Y, Hallberg ZF, Brewer TF, Iavarone AT, Carlson HK, Hsieh YF, Hammond MC (2015). "Рибопереключатели GEMM-I из Geobacter распознают вторичный мессенджер бактерий циклический AMP-GMP". Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 112 (17): 5383– 5388. Bibcode : 2015PNAS..112.5383K. doi : 10.1073/pnas.1419328112 . PMC 4418906. PMID 25848022 .

Внешние ссылки

Страница Cyclic_di-GMP_riboswitch на Rfam

Эта статья по молекулярной или клеточной биологии — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

[1] Sudarsan N, Lee ER, Weinberg Z, Moy RH, Kim JN, Link KH, Breaker RR (2008). «Рибопереключатели в эубактериях чувствуют вторичный мессенджер циклический ди-ГМФ». Science . 321 (5887): 411– 413. Bibcode :2008Sci...321..411S. doi :10.1126/science.1159519. PMC 5304454 . PMID 18635805.

[2] Weinberg Z, Barrick JE, Yao Z и др. (2007). «Идентификация 22 структурированных РНК-кандидатов в бактериях с использованием сравнительного геномного конвейера CMfinder». Nucleic Acids Res . 35 (14): 4809– 4819. doi :10.1093/nar/gkm487. PMC 1950547. PMID 17621584 .

[3] Кулшина Н., Бэрд Н. Дж., Ферре-Д'Амаре А. Р. (декабрь 2009 г.). «Распознавание бактериального вторичного мессенджера циклического дигуанилата его родственным рибосвитчем». Nat. Struct. Mol. Biol . 16 (12): 1212– 1217. doi :10.1038/nsmb.1701. PMC 2925111. PMID 19898478 .

[4] Smith KD, Lipchock SV, Ames TD, Wang J, Breaker RR, Strobel SA (декабрь 2009 г.). «Структурная основа связывания лиганда рибопереключателем c-di-GMP». Nat. Struct. Mol. Biol . 16 (12): 1218– 1223. doi :10.1038/nsmb.1702. PMC 2850612. PMID 19898477 .

[5] Nelson JW, Sudarsan N, Phillips GE, Stav S, Lünse CE, McCown PJ, Breaker RR (2015). «Контроль бактериального экзоэлектрогенеза с помощью ц-АМФ-ГМФ». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 112 (17): 5389– 5394. Bibcode : 2015PNAS..112.5389N. doi : 10.1073 /pnas.1419264112 . PMC 4418907. PMID 25848023.

[6] Kellenberger CA, Wilson SC, Hickey SF, Gonzalez TL, Su Y, Hallberg ZF, Brewer TF, Iavarone AT, Carlson HK, Hsieh YF, Hammond MC (2015). "Рибопереключатели GEMM-I из Geobacter распознают вторичный мессенджер бактерий циклический AMP-GMP". Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 112 (17): 5383– 5388. Bibcode : 2015PNAS..112.5383K. doi : 10.1073/pnas.1419328112 . PMC 4418906. PMID 25848022 .