Чемпионат Лиги чемпионов КОНКАКАФ 2008–09 начался 24 февраля 2009 года. Жеребьевка чемпионата состоялась 10 декабря 2008 года. В каждом раунде команды сыграют со своим соперником один раз дома и один раз на выезде. Четыре победителя группового этапа сыграют ответный матч дома в четвертьфинале. Порядок домашних и выездных матчей для полуфиналов и финалов был определен жеребьевкой.
«Атланте» выиграл со счетом 4–3 по сумме двух матчей.
Финал
Двухматчевый финал состоялся 22 апреля и 12 мая 2009 года. Ответный матч изначально был запланирован на 29 апреля, но был отложен до 12 мая КОНКАКАФ из-за опасений по поводу вспышки свиного гриппа в Мексике.