Щелочная фосфатаза | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||||
Номер ЕС | 3.1.3.1 | ||||||||
Номер CAS | 9001-78-9 | ||||||||
Альтернативные имена | щелочная фосфомоноэстераза, щелочная фосфатаза, щелочная фосфогидролаза, щелочная фенилфосфатаза | ||||||||
Базы данных | |||||||||
ИнтЭнз | IntEnz вид | ||||||||
БРЕНДА | запись BRENDA | ||||||||
ExPASy | NiceZyme вид | ||||||||
КЕГГ | запись KEGG | ||||||||
МетаЦик | метаболический путь | ||||||||
ПРИАМ | профиль | ||||||||
Структуры PDB | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||||||||
Генная онтология | AmiGO / QuickGO | ||||||||
|
Щелочная фосфатаза | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||||||
Символ | Щелочная_фосфатаза | ||||||||||
Пфам | ПФ00245 | ||||||||||
Клан ПФАМ | CL0088 | ||||||||||
ЭКОД | 7515.1.1 | ||||||||||
ИнтерПро | IPR001952 | ||||||||||
УМНЫЙ | SM00098 | ||||||||||
ПРОСИТ | PDOC00113 | ||||||||||
СКОП2 | 1alk / SCOPe / SUPFAM | ||||||||||
|
Фермент щелочная фосфатаза (ЩФ, щелочная фенилфосфатаза) — это фосфатаза с физиологической ролью дефосфорилирования соединений. Фермент встречается во множестве организмов, как прокариот , так и эукариот , с той же общей функцией, но в разных структурных формах, подходящих для среды, в которой они функционируют. Щелочная фосфатаза находится в периплазматическом пространстве бактерий E. coli . Этот фермент термостабилен и имеет максимальную активность при высоком pH. У людей он встречается во многих формах в зависимости от его происхождения в организме — он играет неотъемлемую роль в метаболизме в печени и развитии в скелете. Из-за его широкой распространенности в этих областях его концентрация в кровотоке используется диагностами в качестве биомаркера для определения таких диагнозов, как гепатит или остеомаляция . [2]
Уровень щелочной фосфатазы в крови проверяется с помощью теста на ЩФ, который часто является частью обычных анализов крови. Уровни этого фермента в крови зависят от таких факторов, как возраст, пол или группа крови. [2] Уровень щелочной фосфатазы в крови также увеличивается в два-четыре раза во время беременности. Это является результатом дополнительной щелочной фосфатазы, вырабатываемой плацентой и печенью. [3] [4] Кроме того, аномальные уровни щелочной фосфатазы в крови могут указывать на проблемы, связанные с печенью, желчным пузырем или костями. Опухоли и инфекции почек, а также недоедание также показали аномальный уровень щелочной фосфатазы в крови. [2] Уровень щелочной фосфатазы в клетке можно измерить с помощью процесса, называемого «методом подсчета». Обычно берется мазок крови и окрашивается, чтобы отнести каждый лейкоцит к определенным «лейкоцитарным индексам щелочной фосфатазы». Этот маркер предназначен для различения лейкоцитов и определения различной активности ферментов по степени окрашивания каждого образца. [5]
У грамотрицательных бактерий , таких как Escherichia coli , щелочная фосфатаза расположена в периплазматическом пространстве , снаружи внутренней клеточной мембраны и внутри пептидогликановой части клеточной стенки. Поскольку периплазматический зазор более подвержен изменениям окружающей среды, чем внутренняя клетка, щелочная фосфатаза достаточно устойчива к инактивации, денатурации или деградации . Эта характеристика фермента нетипична для многих других белков. [6]
Точная структура и функция изофермента в E. coli направлены исключительно на поставку источника неорганического фосфата, когда в окружающей среде отсутствует этот метаболит. Затем неорганические фосфаты связываются с белками-переносчиками, которые доставляют неорганические фосфаты в специфическую высокоаффинную транспортную систему, известную как фосфат-специфическая транспортная система, которая переносит фосфат через цитоплазматическую мембрану. [7]
В то время как внешняя мембрана E. coli содержит порины, которые проницаемы для фосфорилированных соединений, внутренняя мембрана — нет. Возникает вопрос о том, как транспортировать такие соединения через внутреннюю мембрану и в цитозоль. Сильный анионный заряд фосфатных групп вместе с остальной частью соединения делает фосфорилированные соединения практически несмешивающимися в неполярной области бислоя. Решение возникает при отщеплении фосфатной группы от соединения с помощью ALP. [8] для транслокации в цитозоль, [9] Основная цель дефосфорилирования щелочной фосфатазой — увеличить скорость диффузии фосфорилированных молекул в клетки, одновременно препятствуя их диффузии наружу. [10]
Щелочная фосфатаза представляет собой цинксодержащий димерный фермент с молекулярной массой 86 000 Да, каждая субъединица содержит 429 аминокислот с четырьмя остатками цистеина, связывающими две субъединицы. [11] Щелочная фосфатаза содержит четыре иона Zn и два иона Mg, причем Zn занимает активные центры A и B, а Mg занимает центр C, поэтому полностью активная нативная щелочная фосфатаза называется ферментом (Zn A Zn B Mg C ) 2 . Механизм действия щелочной фосфатазы включает геометрическую координацию субстрата между ионами Zn в активных центрах. [11]
Щелочная фосфатаза в E. coli необычайно растворима и активна в условиях повышенной температуры, например, 80 °C. Из-за кинетической энергии, вызванной этой температурой, слабые водородные связи и гидрофобные взаимодействия обычных белков разрушаются и, следовательно, объединяются и выпадают в осадок. Однако при димеризации щелочной фосфатазы связи, поддерживающие ее вторичную и третичную структуры, эффективно захоронены, так что они не так сильно подвержены влиянию при этой температуре. Кроме того, даже при более высоких температурах, например, 90 °C, щелочная фосфатаза обладает необычной характеристикой обратной денатурации. Благодаря этому, хотя она в конечном итоге денатурирует примерно при 90 °C, она обладает дополнительной способностью точно реформировать свои связи и возвращаться к своей исходной структуре и функции после охлаждения. [6]
Щелочная фосфатаза в E. coli расположена в периплазматическом пространстве и, таким образом, может быть высвобождена с помощью методов, которые ослабляют клеточную стенку и высвобождают белок. Из-за расположения фермента и структуры белка фермент находится в растворе с меньшим количеством белков, чем в другой части клетки. [12] Тепловая стабильность белков также может быть использована при выделении этого фермента (путем тепловой денатурации). Кроме того, щелочную фосфатазу можно анализировать с использованием п-нитрофенилфосфата. Реакция, в которой щелочная фосфатаза дефосфорилирует неспецифический субстрат, п-нитрофенилфосфат, для получения п-нитрофенола (ПНП) и неорганического фосфата. Желтый цвет ПНП и его λ max при 410 позволяют спектрофотометрировать для определения ферментативной активности. [13] Некоторые сложности бактериальной регуляции и метаболизма предполагают, что другие, более тонкие, цели фермента также могут играть роль для клетки. Однако в лабораторных условиях мутантная Escherichia coli, лишенная щелочной фосфатазы, выживает довольно хорошо, как и мутанты, неспособные отключить выработку щелочной фосфатазы. [14]
Оптимальный pH для активности фермента E. coli составляет 8,0 [15] , тогда как оптимальный pH для бычьего фермента немного выше и составляет 8,5. [16] Щелочная фосфатаза составляет 6% всех белков в дерепрессированных клетках. [17]
Когда несколько копий полипептида, кодируемого геном , образуют агрегат, эта белковая структура называется мультимером. Когда мультимер образуется из полипептидов, продуцируемых двумя различными мутантными аллелями определенного гена, смешанный мультимер может проявлять большую функциональную активность, чем несмешанные мультимеры, образованные каждым из мутантов в отдельности. В таком случае явление называется внутригенной комплементарностью . Щелочная фосфатаза E. coli , димерный фермент, проявляет внутригенную комплементарность. [18]
Изменяя аминокислоты дикого типа фермента щелочной фосфатазы, вырабатываемого Escherichia coli , создается мутантная щелочная фосфатаза, которая не только имеет 36-кратное увеличение активности фермента, но и сохраняет термическую стабильность. [19] Типичное использование щелочных фосфатаз в лаборатории включает удаление фосфатных моноэфиров для предотвращения самолигирования, что нежелательно при клонировании плазмидной ДНК . [20]
К распространенным щелочным фосфатазам, используемым в исследованиях, относятся:
Человеческая кишечная щелочная фосфатаза показывает около 80% гомологии с бычьим кишечным ферментом, что подтверждает их общее эволюционное происхождение. Тот же бычий фермент имеет более 70% гомологии с человеческим плацентарным ферментом. Однако человеческий печеночный фермент и плацентарный фермент разделяют только 20% гомологии, несмотря на их структурное сходство. [25]
Щелочная фосфатаза стала полезным инструментом в лабораториях молекулярной биологии , поскольку ДНК обычно имеет фосфатные группы на 5'- конце. Удаление этих фосфатов предотвращает лигирование ДНК (присоединение 5'-конца к 3'- концу), тем самым сохраняя линейные молекулы ДНК до следующего этапа процесса, для которого они готовятся; также удаление фосфатных групп позволяет проводить радиоактивную маркировку (замену радиоактивными фосфатными группами) для измерения присутствия меченой ДНК на дальнейших этапах процесса или эксперимента. Для этих целей щелочная фосфатаза из креветок является наиболее полезной, поскольку ее легче всего инактивировать после того, как она выполнила свою работу. [26]
Щелочная фосфатаза также используется в качестве метки для иммуноферментного анализа из-за повышенной каталитической активности фермента ЩФ. [27]
Недифференцированные плюрипотентные стволовые клетки имеют повышенный уровень щелочной фосфатазы на клеточной мембране , поэтому окрашивание щелочной фосфатазой используется для обнаружения этих клеток и для проверки плюрипотентности (то есть эмбриональных стволовых клеток или клеток эмбриональной карциномы ). [28]
Существует положительная корреляция между уровнями сывороточной костной щелочной фосфатазы (= BAP) и формированием костной ткани у людей, хотя ее использование в качестве биомаркера в клинической практике не рекомендуется. [29]
Щелочная фосфатаза обычно используется в молочной промышленности как индикатор успешной пастеризации. Это связано с тем, что самая термостабильная бактерия , обнаруженная в молоке , Mycobacterium paratuberculosis , разрушается при температурах ниже тех, которые требуются для денатурации фермента. Поэтому ее присутствие идеально подходит для указания на неудачную пастеризацию. [30] [31]
Проверка пастеризации обычно выполняется путем измерения флуоресценции раствора, который становится флуоресцентным при воздействии активной щелочной фосфатазы. Флуориметрические анализы требуются производителям молока в Великобритании для подтверждения того, что щелочная фосфатаза была денатурирована, [32], поскольку тесты на p-нитрофенилфосфат не считаются достаточно точными для соответствия санитарным нормам.
В качестве альтернативы можно использовать изменение цвета p -нитрофенилфосфата как субстрата в буферном растворе (тест Ашаффенбурга-Мюллена). [33] Сырое молоко обычно дает желтую окраску в течение пары минут, тогда как правильно пастеризованное молоко не должно показывать никаких изменений. Существуют исключения из этого правила, как в случае термостабильных щелочных фосфатаз, вырабатываемых некоторыми бактериями, но эти бактерии не должны присутствовать в молоке. [34]
Кроме того, тест Scharer Rapid Phosphatase исследует наличие и отсутствие ферментов ALP в сыром молоке. Этот тест имеет преимущество, поскольку полная и окончательная пастеризация инактивирует ферменты ALP, что не приводит к изменению цвета. Однако положительный тест приводит к изменению цвета сырого молока на синий, что указывает на присутствие ферментов ALP. Тест работает путем отщепления фосфатной группы от субстрата динатрийфенилфосфата, вызывая высвобождение фенольной группы и показывая положительные результаты теста, наблюдаемые визуально и с помощью спектрофотометра. [35]
Все изоферменты щелочной фосфатазы млекопитающих, за исключением плацентарных (PALP и SEAP), ингибируются гомоаргинином , и, аналогичным образом, все, за исключением кишечных и плацентарных, блокируются левамизолом . [ 36] Фосфат является еще одним ингибитором, который конкурентно ингибирует щелочную фосфатазу. [37]
Другим известным примером ингибитора щелочной фосфатазы является [(4-нитрофенил)метил]фосфоновая кислота. [38]
В почве, загрязненной металлами, щелочная фосфатаза ингибируется Cd (кадмием). Кроме того, температура усиливает ингибирование Cd на активность фермента, что показано в увеличении значений K m . [39]
У людей щелочная фосфатаза присутствует во всех тканях организма, но особенно концентрируется в печени , желчных протоках , почках , костях , слизистой оболочке кишечника и плаценте . В сыворотке преобладают два типа изоферментов щелочной фосфатазы : скелетные и печеночные. В детстве большинство щелочной фосфатазы имеют скелетное происхождение. [40] Люди и большинство других млекопитающих содержат следующие изоферменты щелочной фосфатазы: [41]
Четыре гена кодируют четыре изофермента. Ген тканеспецифической щелочной фосфатазы расположен на хромосоме 1 , а гены остальных трех изоформ расположены на хромосоме 2. [ 42]
Кишечная щелочная фосфатаза секретируется энтероцитами и, по-видимому, играет ключевую роль в кишечном гомеостазе и защите [43] [44], а также в подавлении воспаления [45] посредством подавления нисходящего воспалительного каскада, зависящего от Toll-подобного рецептора (TLR)-4 и MyD88 . [46] Она дефосфорилирует токсичные/воспалительные микробные лиганды, такие как липополисахариды (ЛПС), [47] неметилированные цитозин-гуанин динуклеотиды, флагеллин и внеклеточные нуклеотиды, такие как уридиндифосфат или АТФ. Дефосфорилирование ЛПС с помощью IAP может снизить тяжесть инфекции Salmonella tryphimurium и Clostridioides difficile , восстанавливая нормальную микробиоту кишечника. [47] Таким образом, измененная экспрессия IAP была связана с хроническими воспалительными заболеваниями, такими как воспалительное заболевание кишечника (ВЗК). [47] [48] Он также, по-видимому, регулирует всасывание липидов [49] и секрецию бикарбоната [50] в слизистой оболочке двенадцатиперстной кишки, что регулирует поверхностный pH. С 1960-х годов щелочная фосфатаза кишечника использовалась для доставки лекарств . Поскольку она расщепляет фосфатные субструктуры от лекарств, вспомогательных агентов и даже от поверхности наноносителей, этот фермент позволяет разрабатывать системы доставки лекарств, которые могут изменять свои свойства в организме по требованию. [51] Растворимость многих лекарств может быть существенно улучшена за счет разработки фосфатных пролекарств . На слизистой оболочке кишечника фосфатные субструктуры расщепляются щелочной фосфатазой, и лекарство всасывается. [52] Кроме того, анионные наноносители, демонстрирующие биоинертные свойства, могут изменять свою поверхность на интерактивную, достигнув эпителия кишечника, поскольку из-за вызванного щелочной фосфатазой расщепления анионных фосфатных групп с их поверхностного заряда преобразуется в катионный, улучшая, например, клеточное поглощение. [53]
Исследования показывают, что белок щелочной фосфатазы, обнаруженный в раковых клетках, похож на белок, обнаруженный в незлокачественных тканях организма, и что этот белок происходит из одного и того же гена в обоих случаях. В одном исследовании сравнивались ферменты метастазов печени гигантоклеточной карциномы легких и незлокачественных плацентарных клеток. Оба были похожи по NH 2 -концевой последовательности, пептидной карте, субъединичной молекулярной массе и изоэлектронной точке. [54]
В другом исследовании, в котором ученые изучали наличие белка щелочной фосфатазы в линии клеток рака толстой кишки человека, также известной как HT-29, результаты показали, что активность фермента была аналогична активности незлокачественного кишечного типа. Однако это исследование показало, что без влияния бутирата натрия активность щелочной фосфатазы довольно низкая в раковых клетках. [55] Исследование, основанное на воздействии бутирата натрия на раковые клетки, сообщает, что он оказывает влияние на экспрессию корегулятора андрогенного рецептора, активность транскрипции, а также на ацетилирование гистонов в раковых клетках. [56] Это объясняет, почему добавление бутирата натрия показывает повышенную активность щелочной фосфатазы в раковых клетках толстой кишки человека. [55] Кроме того, это еще раз подтверждает теорию о том, что активность фермента щелочной фосфатазы на самом деле присутствует в раковых клетках. [57]
В другом исследовании клетки хориокарциномы выращивались в присутствии 5-бром-2'-дезоксиуридина, и результаты показали 30-40-кратное увеличение активности щелочной фосфатазы. Эта процедура повышения активности фермента известна как индукция фермента . Доказательства показывают, что на самом деле активность щелочной фосфатазы в опухолевых клетках присутствует, но она минимальна и ее необходимо повысить. Результаты этого исследования также указывают на то, что активность этого фермента различается среди различных линий клеток хориокарциномы и что активность белка щелочной фосфатазы в этих клетках ниже, чем в незлокачественных клетках плаценты. [58] [59] но уровни значительно выше у детей и беременных женщин. Анализы крови всегда следует интерпретировать с использованием референтного диапазона из лаборатории, которая проводила тест. Высокие уровни щелочной фосфатазы могут возникать, если желчные протоки закупорены. [60]
Кроме того, уровень щелочной фосфатазы повышается, если происходит активное формирование костной ткани, поскольку фермент является побочным продуктом активности остеобластов (например, в случае болезни Педжета костей ). [57]
Уровень щелочной фосфатазы гораздо выше в метастатических клетках рака простаты , чем в неметастатических клетках рака простаты. [61] Высокий уровень ЩФ у пациентов с раком простаты связан со значительным снижением выживаемости. [61]
Уровни также повышены у людей с нелеченой целиакией . [62] Пониженные уровни щелочной фосфатазы встречаются реже, чем повышенные. Источник повышенных уровней можно определить, получив сывороточные уровни γ-глутамилтрансферазы . Сопутствующее повышение щелочной фосфатазы с γ-глутамилтрансферазой должно вызвать подозрение на гепатобилиарное заболевание. [63]
Некоторые заболевания не влияют на уровень щелочной фосфатазы, например, гепатит С. Высокий уровень этого фермента не отражает какого-либо повреждения печени, хотя высокий уровень щелочной фосфатазы может быть результатом закупорки потока в желчных путях или повышения давления в печени. [64]
По состоянию на 2020 год нормальные уровни ЩФ были «нечетко определены», и, как правило, существуют различия в зависимости от пола и расовой принадлежности [65] и возраста, при этом у детей и подростков они были заметно выше. [66]
Существует множество возможных объяснений повышенного уровня ЩФ. Когда причина неясна, исследования изоферментов с использованием электрофореза могут подтвердить источник повышения. Скелфосфатаза (которая локализуется в остеобластах и внеклеточных слоях вновь синтезированного матрикса) высвобождается в кровоток по пока неясному механизму. [67] Плацентарная щелочная фосфатаза повышается при семиномах [68] и активных формах рахита , а также при следующих заболеваниях и состояниях: [69]
Этот раздел нуждается в более надежных медицинских ссылках для проверки или слишком полагается на первоисточники . ( апрель 2024 г. ) |
Следующие состояния или заболевания могут привести к снижению уровня щелочной фосфатазы:
Было показано, что измерение щелочной фосфатазы (вместе с простатическим специфическим антигеном) во время и после шести месяцев гормонального лечения метастатического рака предстательной железы позволяет прогнозировать выживаемость пациентов. [75]
Щелочная фосфатаза лейкоцитов находится в зрелых белых кровяных клетках . Уровни LAP в белых кровяных клетках могут помочь в диагностике определенных состояний. [76]
Щелочная фосфатаза является гомодимерным ферментом, то есть она образована двумя молекулами. Три иона металла, два Zn и один Mg, содержатся в каталитических центрах, и оба типа имеют решающее значение для проявления ферментативной активности. Ферменты катализируют гидролиз моноэфиров в фосфорной кислоте, которая может дополнительно катализировать реакцию трансфосфорилирования с большими концентрациями акцепторов фосфата. В то время как основные черты каталитического механизма и активности сохраняются между щелочным фосфатом млекопитающих и бактериальным, щелочная фосфатаза млекопитающих имеет более высокую удельную активность и значения Km , следовательно, более низкое сродство, более щелочной оптимум pH, более низкую термостабильность и, как правило, связана с мембраной и ингибируется l-аминокислотами и пептидами посредством неконкурентного механизма. Эти свойства заметно различаются между различными изоферментами щелочной фосфатазы млекопитающих и, следовательно, демонстрируют разницу в функциях in vivo . [78]
Щелочная фосфатаза имеет гомологию во многих других ферментах и составляет часть суперсемейства ферментов с несколькими перекрывающимися каталитическими аспектами и субстратными признаками. Это объясняет, почему наиболее заметные структурные особенности щелочных ферментов млекопитающих являются такими, какие они есть, и ссылаются на их субстратную специфичность и гомологию с другими членами семейства нуклеозидпирофосфатаз/фосфодиэстераз изозимов. [42] Исследования показали связь между членами семейства щелочных фосфатаз с арилсульфатазами. Сходство в структуре указывает на то, что эти два семейства ферментов произошли от общего предка. Дальнейший анализ связал щелочные фосфаты и арилсульфатазы с более крупным суперсемейством. Некоторые из общих генов, обнаруженных в этом суперсемействе, являются теми, которые кодируют фосфодиэстеразы, а также аутотоксин. [79]
{{cite journal}}
: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на ноябрь 2024 г. ( ссылка )