БиоПлекс

Сеть взаимодействия MED1 , одной из субъединиц комплекса Медиатора.

BioPlex ( биофизические взаимодействия комплексов на основе ORFeome ) — это ресурс с открытым доступом для изучения белок - белковых взаимодействий. ^[1]^[2] [ ^3] Это результат сотрудничества Гарвардской медицинской школы и Biogen . BioPlex 1.0 сообщил о 23 744 взаимодействиях среди 7 668 белков. ^[4] BioPlex 2.0 расширил эти наблюдения, обнаружив более 29 000 новых взаимодействий. ^[5]

Основная технология заключается в экспрессии белка-"приманки" в клетках человека. Эти белки-приманки взаимодействуют с другими белками, а затем комплексы белков-приманки и "жертвы" выделяются методом аффинной очистки . Взаимодействующие белки-жертвы идентифицируются с помощью масс-спектрометрии .

Использование в исследованиях

Определение партнеров по взаимодействию плохо охарактеризованных белков может дать ключ к разгадке функции этих белков, а знание того, в каком «белковом сообществе» находится ген болезни, может дать лучший контекст для его действия. ^[5]

Смотрите также

Ссылки

^ anon. "BioPlex". harvard.edu . harvard.edu . Получено 24 мая 2017 г. .
^ anon (2015-07-18). "Facebook для протеома". technology.org . technology.org . Получено 24 мая 2017 г. .
^ anon. "Новое исследование картирует взаимодействия белков для четверти человеческого генома". phys.org/ . phys.org . Получено 24 мая 2017 г. .
^ Хаттлин Э.Л., Тинг Л., Брукнер Р.Дж., Гебреаб Ф., Гиги М.П., Шпит Дж., Там С., Заррага Г., Колби Г., Балтиер К., Донг Р., Гуарани В., Вайтес Л.П., Ордюро А., Рад Р., Эриксон Б.К., Вюр. М, Чик Дж., Чжай Б., Колиппаккам Д., Минцерис Дж., Обар Р.А., Харрис Т., Артаванис-Цаконас С., Сова М.Э., Де Камилли П., Пауло Дж.А., Харпер Дж.В., Гиги С.П. (2015). «Сеть BioPlex: систематическое исследование человеческого интерактома». Клетка . 162 (2): 425–40. doi :10.1016/j.cell.2015.06.043. ПМЦ 4617211 . PMID 26186194.
^ ab Huttlin EL, Bruckner RJ, Paulo JA, Cannon JR, Ting L, Baltier K, Colby G, Gebreab F, Gygi MP, Parzen H, Szpyt J, Tam S, Zarraga G, Pontano-Vaites L, Swarup S, White AE, Schweppe DK, Rad R, Erickson BK, Obar RA, Guruharsha KG, Li K, Artavanis-Tsakonas S, Gygi SP, Harper JW (2017). «Архитектура человеческого интерактома определяет белковые сообщества и сети заболеваний». Nature . 545 (7655): 505–509. Bibcode :2017Natur.545..505H. doi :10.1038/nature22366. PMC 5531611 . PMID 28514442.

[1] . "BioPlex". harvard.edu . harvard.edu . Получено 24 мая 2017 г. .

[2] (2015-07-18). "Facebook для протеома". technology.org . technology.org . Получено 24 мая 2017 г. .

[3] . "Новое исследование картирует взаимодействия белков для четверти человеческого генома". phys.org/ . phys.org . Получено 24 мая 2017 г. .

[pmid26186194-4] Хаттлин Э.Л., Тинг Л., Брукнер Р.Дж., Гебреаб Ф., Гиги М.П., Шпит Дж., Там С., Заррага Г., Колби Г., Балтиер К., Донг Р., Гуарани В., Вайтес Л.П., Ордюро А., Рад Р., Эриксон Б.К., Вюр. М, Чик Дж., Чжай Б., Колиппаккам Д., Минцерис Дж., Обар Р.А., Харрис Т., Артаванис-Цаконас С., Сова М.Э., Де Камилли П., Пауло Дж.А., Харпер Дж.В., Гиги С.П. (2015). «Сеть BioPlex: систематическое исследование человеческого интерактома». Клетка . 162 (2): 425–40. doi :10.1016/j.cell.2015.06.043. ПМЦ 4617211 . PMID 26186194.

[pmid28514442-5] Huttlin EL, Bruckner RJ, Paulo JA, Cannon JR, Ting L, Baltier K, Colby G, Gebreab F, Gygi MP, Parzen H, Szpyt J, Tam S, Zarraga G, Pontano-Vaites L, Swarup S, White AE, Schweppe DK, Rad R, Erickson BK, Obar RA, Guruharsha KG, Li K, Artavanis-Tsakonas S, Gygi SP, Harper JW (2017). «Архитектура человеческого интерактома определяет белковые сообщества и сети заболеваний». Nature . 545 (7655): 505–509. Bibcode :2017Natur.545..505H. doi :10.1038/nature22366. PMC 5531611 . PMID 28514442.