Руководство по идентификации прокариотических организмов
«Руководство по систематической бактериологии» Берджи является основным источником информации для определения идентичности прокариотических организмов, в котором особое внимание уделяется видам бактерий и используются все характерные аспекты.
Руководство было опубликовано после «Руководства по детерминантной бактериологии» Берджи , хотя последнее все еще публикуется как руководство по идентификации неизвестных бактерий. [1] Впервые опубликованное в 1923 году Дэвидом Хендриксом Берджи , оно используется для классификации бактерий на основе их структурных и функциональных признаков путем их объединения в определенные семейные порядки. Однако в последние годы этот процесс стал более эмпирическим . [2]
Таксономический очерк бактерий и архей — производная публикация, индексирующая названия таксонов из второй версии руководства. [3] Раньше она была доступна бесплатно на веб-сайте трастового руководства Берги до сентября 2018 года. [4] Университет штата Мичиган предоставляет альтернативную версию, которая индексирует записи NamesforLife. [5]
Пятитомный BMSB официально заменен на «Руководство по систематике архей и бактерий» Берджи (BMSAB), постоянно обновляемую онлайн-книгу с 2015 года. [6]
Организация
Изменение в наборе томов на " Систематическая бактериология " произошло в новом контракте в 1980 году, после чего новый стиль включал "взаимоотношения между организмами" и имел "расширенный охват" в целом. Этот новый стиль был выбран для четырехтомного набора [7] , который впервые начал публиковаться в 1984 году. Информация в томах была разделена следующим образом:
Том 1 включал информацию обо всех типах грамотрицательных бактерий , которые считались имеющими «медицинское и промышленное значение». Том 2 включал информацию обо всех типах грамположительных бактерий . Том 3 посвящен всем оставшимся, немного отличающимся грамотрицательным бактериям, а также археям . Том 4 содержит информацию о нитчатых актиномицетах и других подобных бактериях. [8]
Текущие тома кардинально отличаются от предыдущих тем, что многие высшие таксоны определяются не с точки зрения фенотипа, а исключительно с точки зрения филогении 16S, как в случае классов в пределах Proteobacteria. [9]
Текущая группировка:
Том 1 (2001): Археи и глубоко ветвящиеся и фототрофные бактерии [10]
Bergey's Manual Trust был основан в 1936 году для поддержки публикации Bergey's Manual of Determinative Bacteriology и дополнительных справочных работ. Trust также отмечает лиц, внесших выдающийся вклад в бактериальную таксономию, путем вручения премии Bergey Award и медали Bergey, совместно финансируемых Trust и Springer, издателями Manual.
В журнале Annals of Internal Medicine эти тома описываются как «ясно написанные, точные и легкие для чтения» и «специально предназначенные для тех, кто интересуется таксономией». [17]
Издания
Руководство Берджи по детерминантной бактериологии
Берджи, Д. Х., Харрисон, Ф. К., Брид, Р. С., Хаммер, Б. В. и Хантун, Ф. М. (ред., 1923). Руководство Берджи по детерминантной бактериологии , 1-е изд., The Williams & Wilkins Co, Балтимор, 442 стр.
Берджи, Д. Х., Харрисон, Ф. К., Брид, Р. С., Хаммер, Б. В. и Хантун, Ф. М. (ред., 1925). Руководство Берджи по детерминантной бактериологии , 2-е изд., The Williams & Wilkins Co, Балтимор, 462 стр.
Берджи, Д. Х., Харрисон, Ф. К., Брид, Р. С., Хаммер, Б. В. и Хантун, Ф. М. (ред., 1930). Руководство Берджи по детерминантной бактериологии , 3-е, The Williams and Wilkins Co., Балтимор, 589 стр.
Берджи, Д. Х., Брид, Р. С., Хаммер, Б. В., Хантун, Ф. М., Мюррей, Э. Г. Д. и Харрисон, Ф. К. (ред., 1934). Руководство Берджи по детерминантной бактериологии , 4-е изд., The Williams & Wilkins Co, Балтимор.
Берджи, Д. Х., Брид, Р. С., Мюррей, Э. Г. Д. и Хитченс, А. П. (ред., 1939). Руководство Берджи по детерминантной бактериологии , 5-е изд., The Williams and Wilkins Co., Балтимор.
Брид, Р. С., Мюррей, Э. Г. Д. и Хитченс, А. П. (ред., 1948). Руководство Берджи по детерминантной бактериологии , 6-е изд., The Williams and Wilkins Co., Балтимор, [1].
Брид, Р. С., Мюррей, Э. Г. Д. и Смит, Н. Р. (ред., 1957). Руководство Берджи по детерминантной бактериологии , 7-е изд., The Williams and Wilkins Co., Балтимор, [2].
Бьюкенен, Р. Э. и Гиббонс, Н. Р. (ред., 1974). Руководство Берджи по детерминантной бактериологии , 8-е изд., Уильямс и Уилкинс. Балтимор.
Холт, Джон Г. (ред., 1994). Руководство Берджи по детерминантной бактериологии , 9-е изд., Уильямс и Уилкинс. Балтимор. ISBN 978-0683006032 .
Руководство Берджи по систематической бактериологии, 1-е изд.
Криг, Н. Р. и Холт, Дж. Г. (ред., 1984). Руководство Берджи по систематической бактериологии , 1-е изд., т. 1, Уильямс и Уилкинс, Балтимор.
Sneath, PHA, Mair, NS, Sharpe, ME и Holt, JG (ред., 1986). Руководство Берджи по систематической бактериологии , 1-е изд., т. 2, Williams & Wilkins, Балтимор.
Staley, JT, Bryant, MP, Pfennig, N. & Holt, JG (ред., 1989). Руководство Берджи по систематической бактериологии , 1-е изд., т. 3, Williams and Wilkins, Балтимор.
Уильямс, СТ, Шарп, МЭ и Холт, Дж. Г. (ред., 1989). Руководство Берджи по систематической бактериологии , 1-е изд., т. 4, Уильямс и Уилкинс, Балтимор.
Руководство Берджи по систематической бактериологии, 2-е изд.
Гаррити, GM, Бун, DR и Кастенхольц, RW (ред., 2001). Руководство Берджи по систематической бактериологии , 2-е изд., т. 1, Springer-Verlag, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк
Бреннер, DJ, Криг, NR, Стэйли, JT и Гаррити, GM (ред., 2005). Руководство Берджи по систематической бактериологии , 2-е изд., т. 2, части A, B и C, Springer-Verlag, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк.
Вос, П., Гаррити, Г., Джонс, Д., Криг, Н. Р., Людвиг, В., Рейни, ФА, Шлейфер, К.-Х. и Уитман, В. Б. (ред., 2009). Руководство Берджи по систематической бактериологии , 2-е изд., т. 3, Springer-Verlag, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк.
Криг, Н. Р., Людвиг, В., Уитман, В. Б., Хедлунд, Б. П., Пастер, Б. Дж., Стэйли, Дж. Т., Уорд, Н. и Браун, Д. (ред., 2010). Руководство Берджи по систематической бактериологии , 2-е изд., т. 4, Springer-Verlag, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк.
Whitman, WB, Goodfellow, M., Kämpfer, P., Busse, H.-J., Trujillo, ME, Ludwig, W. & Suzuki, K.-i. (ред., 2012). Руководство Берджи по систематической бактериологии , 2-е изд., т. 5, части A и B, Springer-Verlag, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк.
Другой
Бьюкенен, Р. Э., Холт, Дж. Г. и Лессел-младший, Э. Ф. (1966). Index Bergeyana: аннотированный алфавитный список названий таксонов бактерий . Williams and Wilkins Co., Балтимор, Мэриленд.
Холт, Дж. Г. (ред., 1977). Краткое руководство Берджи по детерминантной бактериологии , 8-е изд., Williams and Wilkins Co., Балтимор, Мэриленд.
Gibbons, NE, Pattee, KB & Holt, JG (ред., 1981). Дополнение к Index Bergeyana . Williams and Wilkins Co., Балтимор, Мэриленд.
^ Обзор книги «Руководство по систематической бактериологии» Берджи. Международный журнал системной бактериологии; июль 1985 г., стр. 408.
↑ История руководства. Архивировано 8 декабря 2008 г. на Wayback Machine.
^ Whitman WB, ред. (2015). «Таксономический очерк бактерий и архей». Руководство Берджи по систематике архей и бактерий . doi :10.1002/9781118960608.bm00024. ISBN9781118960608.
^ Garrity, GM; Winters, M.; Kuo, AW; Searles, DB (2001). Таксономический очерк прокариот, выпуск 1.0. Руководство Берджи по систематической бактериологии (второе издание). Нью-Йорк: Springer-Verlag. стр. 320. Архивировано из оригинала 22 июля 2017 г.
^ Garrity GM, Lilburn TG, Cole JR, Harrison SH, Euzeby J, Tindall BJ (2007). Lilburn T, Harrison S, Euzéby J, Tindall B (ред.). Таксономический очерк бактерий и архей, выпуск 7.7 . Совет попечителей Мичиганского университета. doi : 10.1601/TOBA7.7 .
^ Whitman WB, ред. (2015). Руководство Берджи по систематике архей и бактерий. doi :10.1002/9781118960608. ISBN9781118960608.
^ "Новый формат, который имеет расширенную область применения и рассматривает взаимоотношения между организмами (систематика), называется Руководство Берджи по систематической бактериологии . Работа над первым томом в четырехтомной последовательности началась в 1980 году и была ...", "Микробиология" Дэниела В. Лима, Кендалла Ханта, 2003
^ ab Don J. Brenner; Noel R. Krieg; James T. Staley (26 июля 2005 г.) [1984 (Williams & Wilkins)]. George M. Garrity (ред.). Вводные эссе. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Том 2A (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer. стр. 304. ISBN978-0-387-24143-2. Британская библиотека № GBA561951.
^ Бун, Дэвид Р.; Кастенхольц, Ричард У. (18 мая 2001 г.) [1984 (Williams & Wilkins)]. Джордж М. Гаррити (ред.). Археи и глубоко ветвящиеся и фототрофные бактерии . Руководство Берджи по систематической бактериологии. Том 1 (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer. С. 721. ISBN978-0-387-98771-2. Британская библиотека № GBA561951.
^ Дон Дж. Бреннер; Ноэль Р. Криг; Джеймс Т. Стэйли (26 июля 2005 г.) [1984 (Williams & Wilkins)]. Джордж М. Гаррити (ред.). Гаммапротеобактерии. Руководство Берджи по систематической бактериологии. Т. 2B (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer. стр. 1108. ISBN978-0-387-24144-9. Британская библиотека № GBA561951.
^ Дон Дж. Бреннер; Ноэль Р. Криг; Джеймс Т. Стэйли (26 июля 2005 г.) [1984 (Williams & Wilkins)]. Джордж М. Гаррити (ред.). Протеобактерии. Руководство Берджи по систематической бактериологии. Т. 2C (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer. С. 1388. ISBN978-0-387-24145-6. Британская библиотека № GBA561951.
^ Вос, П.; Гаррити, Г.; Джонс, Д.; Криг, Н. Р.; Людвиг, В.; Рейни, ФА; Шлейфер, К.-Х.; Уитман, У. Б. (15 сентября 2009 г.) [1984 (Williams & Wilkins)]. Джордж М. Гаррити (ред.). The Firmicutes. Руководство Берджи по систематической бактериологии. Том 3 (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer. стр. 1450. ISBN978-0-387-95041-9. Британская библиотека № GBA561951.
^ Krieg, NR; Ludwig, W.; Whitman, WB; Hedlund, BP; Paster, BJ; Staley, JT; Ward, N.; Brown, D.; Parte, A. (24 ноября 2010 г.) [1984 (Williams & Wilkins)]. George M. Garrity (ред.). Bacteroidetes, Spirochaetes, Tenericutes (Mollicutes), Acidobacteria, Fibrobacteres, Fusobacteria, Dictyoglomi, Gemmatimonadetes, Lentisphaerae, Verrucomicrobia, Chlamydiae и Planctomycetes. Руководство Берджи по систематической бактериологии. Том 4 (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer. стр. 908. ISBN978-0-387-95042-6. Британская библиотека № GBA561951.
^ Whitman, WB; Goodfellow, M.; Kämpfer, P.; Busse, H.-J.; Trujillo, ME; Ludwig, W.; Suzuki, K.-i.; Parte, A. (29 января 2012 г.) [1984 (Williams & Wilkins)]. George M. Garrity (ред.). The Actinobacteria. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Том 4 (2-е изд.). New York: Springer. стр. 1750. ISBN978-0-387-95043-3. Британская библиотека № GBA561951.