Y-СТР

Для проверки этой статьи нужны дополнительные цитаты . Помогите улучшить эту статью , добавив ссылки на надежные источники . Материалы без источников могут быть оспорены и удалены. Найти источники:  "Y-STR" – новости  · газеты  · книги  · ученый  · JSTOR ( март 2011 г. ) ( Узнайте, как и когда удалять это сообщение )

Y -STR — это короткий тандемный повтор (STR) на Y-хромосоме . Y-STR часто используются в судебно-медицинской экспертизе , установлении отцовства и генеалогическом ДНК-тестировании . Y-STR берутся специально из мужской Y-хромосомы. Эти Y-STR обеспечивают более слабый анализ, чем аутосомные STR, поскольку Y-хромосома встречается только у мужчин, которые передаются только по отцу, что делает Y-хромосому в любой отцовской линии практически идентичной. Это приводит к значительно меньшему количеству различий между образцами Y-STR. Аутосомные STR обеспечивают гораздо более сильную аналитическую мощность из-за случайного соответствия, которое происходит между парами хромосом во время процесса создания зиготы . ^[1]

Названия Y-STR присваиваются комитетом по номенклатуре генов HUGO (HGNC).

Некоторые компании, проводящие тестирование, используют разные форматы для записи маркеров STR. Например, маркер DYS455 может быть записан как DYS455, DYS 455, DYS#455 или DYS# 455. Научный стандарт, принятый HUGO и NIST , — DYS455. ^[2]

DYS — это разновидность жаргона, используемого в тестировании аутосомных STR-генов человека, где второй символ обычно зарезервирован для номера хромосомы (например, D8S1179).

D = ДНК
Y = Y-хромосома
S = (уникальный) сегмент

На ДНК есть области, которые состоят из множественных копий коротких повторяющихся последовательностей оснований (например, TATT), которые повторяются различное количество раз в зависимости от индивидуума. Эти области, называемые «переменным числом коротких тандемных повторов», и есть то, что рассматривается при выполнении анализа STR. Вероятность того, что у двух людей будет одинаковое количество повторяющихся последовательностей, крайне мала и становится еще меньше, чем больше областей анализируется. Это составляет основу анализа коротких тандемных повторов. ^[1] Краеугольным камнем этого процесса, однако, является полимеразная цепная реакция (ПЦР). Это позволяет судебным экспертам делать миллионы копий областей STR. Затем гель-электрофорез «выдает количество раз, которое каждая повторяющаяся единица появляется во фрагменте». Это позволяет легко сравнивать ДНК. ^[3]

В Соединенных Штатах 13 различных аутосомных STR-локусов используются в качестве основы для анализа в целях судебной экспертизы. Если ДНК с места преступления достаточно и все 13 аутосомных локусов доступны, вероятность того, что два неродственных человека совпадут с одним и тем же образцом, составляет около одного на миллиард. ^[1]

Основой для оценки вероятности профиля для анализа Y-STR является метод подсчета. ^[4] Применение доверительного интервала учитывает размер базы данных и вариацию выборки. Частота гаплотипа Y (p) рассчитывается с использованием формулы p = x/N, где x равно количеству раз, когда гаплотип наблюдается в базе данных, содержащей N гаплотипов. Например, если гаплотип наблюдался дважды в базе данных N = 2000, частота этого гаплотипа будет: 2/2000 = 0,001. Сообщение о частоте гаплотипа Y без доверительного интервала приемлемо, но обеспечивает только фактическое утверждение относительно наблюдений гаплотипа Y в базе данных. Верхний доверительный предел для вероятности гаплотипа Y в популяции должен рассчитываться с использованием метода, описанного Клоппером и Пирсоном (1934). ^[5] При этом используется биномиальное распределение для вероятностей подсчетов, включая ноль или другие малые числа, которые встречаются для гаплотипов Y.

Базы данных судебной экспертизы (без индивидуальной информации, для целей частоты):

• База данных Y-STR США
• База данных гаплотипа Y-хромосомы ^[6]

В генетической генеалогии Ysearch был последней спонсируемой базой данных, содержащей публично представленные фамилии и гаплотипы Y-STR , до ее закрытия 24 мая 2018 года, на день раньше введения в действие Общего регламента по защите данных в Европейском союзе , после длительного периода отсутствия поддержки со стороны ее создателя, Family Tree DNA . База данных была основана в 2003 году и достигла 219 тысяч записей (среди которых 152 тысячи уникальных гаплотипов) до ее закрытия. Другие подобные базы данных исчезли ранее. ^{[7] [8]}

Конкретные данные по гаплогруппе (Y-SNP):

• Гаплозона: проект филогении E-M35 (бывший проект E3b)

• Генеалогический ДНК-тест
• Список маркеров Y-STR
• Список маркеров X-STR
• Тандемный повтор
• STR-анализ
• Мультиплексная система STR
• База данных частот аллелей STR человека на Земле
• Снпстр

• Национальный институт стандартов и технологий (NIST) – Позиции Y STR вдоль Y-хромосомы

• Национальный институт стандартов и технологий (NIST) – Сводный список STR-локусов Y-хромосомы и доступные информационные бюллетени
• Национальный институт стандартов и технологий (NIST) – Информационные листы STR
• dna.reinyday.com – DYS464
• Маркеры Y-STR – Подробности и статистика

• yhrd.org – База данных гаплотипов Y-хромосомы
• usystrdatabase.org – база данных Y-STR США
• [4] – База данных YFiler компании Applied Biosystems
• ysearch.org – база данных Y-ДНК

• Понимание короткого тандемного повтора Y-ДНК (STR)
• Типы маркеров Y-STR
• Расчет генетической дистанции
• Учебные материалы STR