мотив РНК xerDC
| xerDC | |
|---|---|
 Консенсусная вторичная структура и сохранение последовательности РНК xerDC | |
| Идентификаторы | |
| Символ | xerDC |
| Рфам | РФ03062 |
| Другие данные | |
| Тип РНК | Цис-рег |
| ТАК | SO:0005836 |
| Структуры PDB | ПДБе |
Мотив РНК xerDC представляет собой консервативную структуру РНК , которая была открыта биоинформатикой . [1] РНК с мотивом xerDC обнаружены в Clostridia .
РНК xerDC функционируют как цис-регуляторные элементы , учитывая их расположение выше генов , кодирующих белки .
xerDC РНК последовательно располагаются выше генов xerDC . Точные функции белкового продукта конкретных генов xerDC не установлены, но, как предполагается, они в целом соответствуют роли рекомбиназы или интегразы . Учитывая эту генетическую организацию, вполне вероятно, что xerDC РНК функционируют как цис-регуляторные элементы . Однако рекомбиназы и интегразы работают с ДНК , которая иногда может быть одноцепочечной. Поэтому также возможно, что мотив xerDC фактически работает на уровне одноцепочечной ДНК. С точки зрения вторичной структуры , РНК и ДНК трудно различить, когда доступна только информация о последовательности.
РНК xerDC иногда частично перекрывают предсказанные гены. Однако эти гены относительно малы, а их предполагаемые белковые продукты не похожи ни на один известный консервативный белковый домен , что позволяет предположить, что гены могут быть ложноположительными предсказаниями.
Ссылки
- ^ Weinberg Z, Lünse CE, Corbino KA, Ames TD, Nelson JW, Roth A, Perkins KR, Sherlock ME, Breaker RR (октябрь 2017 г.). «Обнаружение 224 структурированных РНК-кандидатов путем сравнительного анализа определенных подмножеств межгенных регионов». Nucleic Acids Res . 45 (18): 10811– 10823. doi :10.1093/nar/gkx699. PMC 5737381. PMID 28977401 .
