Википедия:Использование Jmol для отображения молекулярных моделей
« Использование Jmol для отображения молекулярных моделей » — это работа над использованием апплета Jmol для отображения молекулярных моделей химических и биохимических молекул в статьях Википедии. Jmol теперь часто используется на стандартных HTML-страницах для отображения молекул, которыми затем можно управлять с помощью мыши. NicoV разместил справочную страницу для теперь полностью функционального расширения Jmol Mediawiki на вики Jmol. Пожалуйста, публикуйте предложения по дальнейшей разработке расширения Jmol на странице обсуждения расширения Jmol на новой вики Jmol, которая, как и Википедия, использует MediaWiki.
Для отображения молекул с помощью Jmol в вашем браузере должна быть включена поддержка Java . Два примера изображений Jmol в вики приведены здесь и здесь. Они используют Jmol для отображения молекул среднего размера с кнопками для управления вращением молекул. Правая кнопка мыши открывает меню Jmol, а левая кнопка мыши может использоваться для перемещения изображения.
Использование Jmol на HTML-страницах подразумевает загрузку файла данных, содержащего атомные типы и декартовы координаты. Проще говоря, молекулярные данные могут находиться на самой странице между тегами. Молекулярные данные также могут находиться на странице вики, например, на подстранице статьи, отображающей молекулу, или путем загрузки файла молекулярных данных на вики или, возможно, на Википедию на Commons, как использование изображений. Химики разработали много различных форматов для файлов данных молекулярных координат, и большинство из них читаются Jmol.
Использование Jmol на страницах Wiki доступно для нескольких вики (см. расширения Jmol-Wiki), и несколько человек внесли свой вклад. NicoV завершил работу над второй версией расширения Jmol, добавив поддержку Jmol в MediaWiki. Оно использует два файла PHP вместо того, который использовался в первоначальной реализации. Это было реализовано для mediawiki 1.12, но ошибка, которая не позволяла ему работать с более поздними версиями, была исправлена в конце ноября 2008 года. Предлагается сделать это полностью работоспособным в Wikipedia и Wikiversity таким образом, чтобы редакторы могли легко добавлять молекулы Jmol в статьи по химии и биохимии.
Задержка внедрения Jmol в mediawiki была вызвана тем, что были подняты вопросы безопасности. Действительно, есть проблема безопасности, как показано здесь (была исправлена). Существует связанная проблема поддержки Chemical Markup Language (CML), и здесь был отправлен отчет об ошибке для Jmol и CML. Нам нужны технически подкованные редакторы для решения этих проблем.
Если вы хотите помочь, пожалуйста, добавьте свое имя ниже, используя ~~~~, следите за этой страницей и за обсуждением в Википедии:WikiProject Chemistry , а также добавляйте свои предложения в обсуждение в Википедии:Использование Jmol для отображения молекулярных моделей .
Обновление 4/2011: [http://chemapps.stolaf.edu/jmol/jmol.php] теперь позволяет создавать внешние ссылки на любую модель с любого сервера и напрямую преобразовывать SMILES в 3D, отображая их в апплете в новом окне или вкладке. Файлы моделей не обязательно должны присутствовать; все, что нужно, это строка SMILES или химический идентификатор, такой как химическое название или ключ InChI. Например: [аспирин из названия]. См. Wikipedia_talk:WikiProject_Chemicals#IRC_meeting_to_discuss_possible_addition_of_Jmol_links для получения дополнительных примеров. Hansonrstolaf ( talk ) 11:44, 8 апреля 2011 (UTC)
Помощники
- Bduke 07:35, 9 марта 2006 (UTC)
- Бен Миллс 10:52, 9 марта 2006 (UTC)
- NicoV 18:34, 8 апреля 2006 (UTC)
- AngelHerraez ( обсуждение ) 17:21, 7 июня 2009 г. (UTC)
Смотрите также
Внешние ссылки
- веб-сайт Jmol
- Jmol Вики
- Расширения Jmol-Wiki
- Расширение Jmol Mediawiki
