ЛеДок

ЛеДок
Оригинальный автор(ы)	Лефар
Разработчик(и)	Хунтао Чжао
Первоначальный выпуск	12 июня 2014 г. ; 10 лет назад (версия Windows) ( 2014-06-12 )
Написано в	С++
Операционная система	Linux , macOS и Windows
Тип	Молекулярная стыковка
Веб-сайт	www.lephar.com/software.html

LeDock — это программное обеспечение для молекулярной стыковки , разработанное для взаимодействия белок- лиганд , совместимое с Linux , macOS и Windows . ^[2]^[3]^[4]

Программное обеспечение может работать как отдельная программа или из Jupyter Notebook . ^[5] Оно поддерживает формат файла Tripos Mol2.

Методология

LeDock использует подход с имитацией отжига и генетическим алгоритмом для облегчения процесса стыковки лигандов с белковыми мишенями. Программное обеспечение использует схему оценки на основе знаний, которая получена из обширных перспективных виртуальных скрининговых кампаний. ^[6]^[7]^[8]^[9]^[10] Он классифицируется как гибкий метод стыковки. ^[11]

Производительность

В исследовании, включающем 2002 комплекса белок-лиганд, LeDock продемонстрировал заметный уровень точности в прогнозировании молекулярных поз. Версия Linux содержит инструменты командной строки для запуска автоматизированного виртуального скрининга различных больших молекулярных библиотек в облаке. ^[12]^[13]

В оценке производительности десяти программ стыковки LeDock продемонстрировал сильную мощность выборки по сравнению с другими коммерческими и академическими альтернативами. ^[14] Согласно обзору 2017 года, LeDock был отмечен за свою эффективность в выборке конформационного пространства лиганда, идентификацию поз связывания, близких к нативным, и наличие гибкого протокола стыковки. Версия Linux включает инструменты для высокопроизводительного виртуального скрининга в облаке.

Смотрите также

Ссылки

^ "Lephar Research с радостью сообщает о выпуске Windows-версии LeDock". Lephar Research (Архив) . 2014-06-12. Архивировано из оригинала 2014-12-17 . Получено 2023-08-22 .
^ Wang Z, Sun H, Yao X, Li D, Xu L, Li Y, Tian S, Hou T (2016). «Комплексная оценка десяти программ стыковки на разнообразном наборе комплексов белок-лиганд: точность предсказания мощности выборки и мощности подсчета». Physical Chemistry Chemical Physics . 18 (18): 12964– 12975. Bibcode :2016PCCP...1812964W. doi :10.1039/C6CP01555G. PMID 27108770. S2CID 25603164 – через RSC Publishing.
^ Чжао, Хонгтао (2021). "Руководство пользователя LeDock" (PDF) . Lephar . Архивировано (PDF) из оригинала 15 июня 2022 г. . Получено 15 августа 2023 г. .
^ "Применение программного обеспечения LeDock". Computational Biology Platform . CD ComputaBio . Получено 15 августа 2023 г.
^ "Молекулярная стыковка — документация Chem-Workflows". chem-workflows.com . Получено 15.05.2024 .
^ Чжао, Хонгтао; Хуан, Даньчжи (2011-06-17). "Пункт водородной связи при связывании лиганда". PLOS ONE . 6 (6): e19923. Bibcode : 2011PLoSO...619923Z. doi : 10.1371/journal.pone.0019923 . ISSN 1932-6203. PMC 3117785. PMID 21698148 .
^ Чжао, Хонгтао; Хуан, Даньчжи; Кафлиш, Амедео (ноябрь 2012 г.). «Открытие ингибиторов тирозинкиназы путем стыковки с неактивной конформацией киназы, созданной молекулярной динамикой». ChemMedChem . 7 (11): 1983– 1990. doi :10.1002/cmdc.201200331. ISSN 1860-7179.
^ Чжао, Хонгтао; Кафлиш, Амедео (2013-10-15). «Открытие ингибиторов ZAP70 с помощью высокопроизводительной стыковки в конформацию его домена киназы, созданную молекулярной динамикой». Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters . 23 (20): 5721– 5726. doi :10.1016/j.bmcl.2013.08.009. ISSN 0960-894X.
^ Чжао, Хонгтао; Кафлиш, Амедео (2014-03-15). «Открытие двойных ингибиторов киназ ZAP70 и Syk путем стыковки с редкой конформацией Syk, обращенной наружу C-спиралью». Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters . 24 (6): 1523– 1527. doi :10.1016/j.bmcl.2014.01.083. ISSN 0960-894X. PMID 24569110.
^ Чжао, Хонгтао; Гартенманн, Лиза; Донг, Цзин; Спилиотопулос, Димитриос; Кафлиш, Амедео (2014-06-01). «Открытие ингибиторов бромодомена BRD4 с помощью высокопроизводительного стыковочного соединения на основе фрагментов». Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters . 24 (11): 2493– 2496. doi :10.1016/j.bmcl.2014.04.017. ISSN 0960-894X.
^ Фан, Джию; Фу, Больной; Чжан, Ле (июнь 2019 г.). «Прогресс в молекулярном стыковке». Количественная биология . 7 (2): 83–89 . doi : 10.1007/s40484-019-0172-y . ISSN 2095-4689.
^ Ван, Чжэ; Сан, Хуэйонг; Яо, Сяоцзюнь; Ли, Дэн; Сюй, Лэй; Ли, Юйонг; Тянь, Шэн; Хоу, Тинцзюнь (2016-05-04). «Комплексная оценка десяти программ стыковки на разнообразном наборе комплексов белок–лиганд: точность предсказания мощности выборки и мощности подсчета». Физическая химия Химическая физика . 18 (18): 12964– 12975. Bibcode : 2016PCCP...1812964W. doi : 10.1039/C6CP01555G. ISSN 1463-9084.
^ Лю, Ни; Сюй, Чжибин (2019-02-23). «Использование LeDock в качестве инструмента стыковки для вычислительного проектирования лекарств». Серия конференций IOP: Науки о Земле и окружающей среде . 218 (1): 012143. Bibcode : 2019E&ES..218a2143L. doi : 10.1088/1755-1315/218/1/012143 . ISSN 1755-1315.
^ Ван, Чжэ; Сан, Хуэйонг; Яо, Сяоцзюнь; Ли, Дэн; Сюй, Лэй; Ли, Юйонг; Тянь, Шэн; Хоу, Тинцзюнь (2016-05-04). «Комплексная оценка десяти программ стыковки на разнообразном наборе комплексов белок–лиганд: точность предсказания мощности выборки и мощности подсчета». Физическая химия Химическая физика . 18 (18): 12964– 12975. Bibcode : 2016PCCP...1812964W. doi : 10.1039/C6CP01555G. ISSN 1463-9084.

Внешние ссылки

Официальный сайт

[1] "Lephar Research с радостью сообщает о выпуске Windows-версии LeDock". Lephar Research (Архив) . 2014-06-12. Архивировано из оригинала 2014-12-17 . Получено 2023-08-22 .

[pccp2016-2] Wang Z, Sun H, Yao X, Li D, Xu L, Li Y, Tian S, Hou T (2016). «Комплексная оценка десяти программ стыковки на разнообразном наборе комплексов белок-лиганд: точность предсказания мощности выборки и мощности подсчета». Physical Chemistry Chemical Physics . 18 (18): 12964– 12975. Bibcode :2016PCCP...1812964W. doi :10.1039/C6CP01555G. PMID 27108770. S2CID 25603164 – через RSC Publishing.

[3] Чжао, Хонгтао (2021). "Руководство пользователя LeDock" (PDF) . Lephar . Архивировано (PDF) из оригинала 15 июня 2022 г. . Получено 15 августа 2023 г. .

[4] "Применение программного обеспечения LeDock". Computational Biology Platform . CD ComputaBio . Получено 15 августа 2023 г.

[5] "Молекулярная стыковка — документация Chem-Workflows". chem-workflows.com . Получено 15.05.2024 .

[6] Чжао, Хонгтао; Хуан, Даньчжи (2011-06-17). "Пункт водородной связи при связывании лиганда". PLOS ONE . 6 (6): e19923. Bibcode : 2011PLoSO...619923Z. doi : 10.1371/journal.pone.0019923 . ISSN 1932-6203. PMC 3117785. PMID 21698148 .

[7] Чжао, Хонгтао; Хуан, Даньчжи; Кафлиш, Амедео (ноябрь 2012 г.). «Открытие ингибиторов тирозинкиназы путем стыковки с неактивной конформацией киназы, созданной молекулярной динамикой». ChemMedChem . 7 (11): 1983– 1990. doi :10.1002/cmdc.201200331. ISSN 1860-7179.

[8] Чжао, Хонгтао; Кафлиш, Амедео (2013-10-15). «Открытие ингибиторов ZAP70 с помощью высокопроизводительной стыковки в конформацию его домена киназы, созданную молекулярной динамикой». Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters . 23 (20): 5721– 5726. doi :10.1016/j.bmcl.2013.08.009. ISSN 0960-894X.

[9] Чжао, Хонгтао; Кафлиш, Амедео (2014-03-15). «Открытие двойных ингибиторов киназ ZAP70 и Syk путем стыковки с редкой конформацией Syk, обращенной наружу C-спиралью». Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters . 24 (6): 1523– 1527. doi :10.1016/j.bmcl.2014.01.083. ISSN 0960-894X. PMID 24569110.

[10] Чжао, Хонгтао; Гартенманн, Лиза; Донг, Цзин; Спилиотопулос, Димитриос; Кафлиш, Амедео (2014-06-01). «Открытие ингибиторов бромодомена BRD4 с помощью высокопроизводительного стыковочного соединения на основе фрагментов». Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters . 24 (11): 2493– 2496. doi :10.1016/j.bmcl.2014.04.017. ISSN 0960-894X.

[11] Фан, Джию; Фу, Больной; Чжан, Ле (июнь 2019 г.). «Прогресс в молекулярном стыковке». Количественная биология . 7 (2): 83–89 . doi : 10.1007/s40484-019-0172-y . ISSN 2095-4689.

[12] Ван, Чжэ; Сан, Хуэйонг; Яо, Сяоцзюнь; Ли, Дэн; Сюй, Лэй; Ли, Юйонг; Тянь, Шэн; Хоу, Тинцзюнь (2016-05-04). «Комплексная оценка десяти программ стыковки на разнообразном наборе комплексов белок–лиганд: точность предсказания мощности выборки и мощности подсчета». Физическая химия Химическая физика . 18 (18): 12964– 12975. Bibcode : 2016PCCP...1812964W. doi : 10.1039/C6CP01555G. ISSN 1463-9084.

[13] Лю, Ни; Сюй, Чжибин (2019-02-23). «Использование LeDock в качестве инструмента стыковки для вычислительного проектирования лекарств». Серия конференций IOP: Науки о Земле и окружающей среде . 218 (1): 012143. Bibcode : 2019E&ES..218a2143L. doi : 10.1088/1755-1315/218/1/012143 . ISSN 1755-1315.

[14] Ван, Чжэ; Сан, Хуэйонг; Яо, Сяоцзюнь; Ли, Дэн; Сюй, Лэй; Ли, Юйонг; Тянь, Шэн; Хоу, Тинцзюнь (2016-05-04). «Комплексная оценка десяти программ стыковки на разнообразном наборе комплексов белок–лиганд: точность предсказания мощности выборки и мощности подсчета». Физическая химия Химическая физика . 18 (18): 12964– 12975. Bibcode : 2016PCCP...1812964W. doi : 10.1039/C6CP01555G. ISSN 1463-9084.