Его исследования посвящены филогении, биоразнообразию и эволюции пауков-скакунов (Salticidae), среди которых он открыл новые виды и роды.
Он также занимался исследованиями в области филогенетической теории , разрабатывая и совершенствуя различные методы, используемые в сравнительной биологии , такие как вывод о состоянии признака во внутренних узлах посредством максимальной экономии , [5] экономии квадратичного изменения, [6] или корреляции признаков посредством теста концентрированных изменений [7] или парных сравнений. [8] В сотрудничестве с Дэвидом Р. Мэддисоном он работал над программным обеспечением Mesquite с открытым исходным кодом для филогении, программой MacClade и веб-проектом Tree of Life . [1]
Его исследования привели к открытию новых видов пауков-скакунов в Сараваке и Папуа-Новой Гвинее.
Мэддисон, Уэйн П.; Донохью, Майкл Дж.; Мэддисон, Дэвид Р. (март 1984 г.). «Анализ аутгрупп и бережливость». Систематическая зоология . 33 (1): 83–103. doi :10.2307/2413134. JSTOR 2413134.
Мэддисон, Уэйн П. (1997). «Деревья генов в деревьях видов». Систематическая биология . 46 (3): 523–536. doi : 10.1093/sysbio/46.3.523 .