Мельбурнская Биоинформатика
 | |
Прежние названия | Викторианская инициатива по вычислениям в области естественных наук (VLSCI) |
|---|---|
| Учредил | 2008 |
| Расположение | Университет Мельбурна, ,,уровень 1, 21 Bedford St., Северный Мельбурн |
| Принадлежность | Мельбурнский университет |
| Веб-сайт | mdhs.unimelb.edu.au/melbournebioinformatics |
Melbourne Bioinformatics (ранее Victorian Life Sciences Computation Initiative, VLSCI) — это центр вычислительной экспертизы в области наук о жизни. Он предоставляет поддержку в области биоинформатики всем исследователям и студентам в широком спектре проектов и услуг местного и национального значения. Исследователи могут взаимодействовать с Melbourne Bioinformatics посредством обучения и консультаций с экспертами, что может привести к проектному сотрудничеству с академическим составом Мельбурнского университета.
История
VLSCI был создан в рамках планов правительства Виктории по поддержке биотехнологий и был указан в качестве ключевого инфраструктурного проекта в Плане действий по биотехнологиям Виктории 2011 года. [1] Это была инициатива стоимостью 100 млн долларов, реализованная правительством Виктории в партнерстве с Мельбурнским университетом и исследовательским центром IBM Life Sciences Research Collaboratory в Мельбурне. [2] Другими основными заинтересованными сторонами были ключевые учреждения здравоохранения и медицинских исследований Виктории, крупные университеты и государственные исследовательские организации. [1]
В 2015 году VLSCI перешел на новую модель управления после получения дополнительных 6,65 млн долларов от правительства штата Виктория. Первый исследовательский центр IBM по биологическим наукам был размещен в VLSCI в течение 5 лет. После переезда в соседние офисы IBM Research Australia сотрудники центра продолжили работу над рядом проектов в рамках более широкого партнерства Мельбурнского университета и IBM под новым названием Melbourne Bioinformatics. [3] [4]
Петамасштабный высокопроизводительный вычислительный комплекс Melbourne Bioinformatics был доступен исследователям в Виктории , работая в различных университетах и научно-исследовательских институтах Мельбурна. Кластеры вошли в топ-500 по всему миру в 2017 году. [5] Технические эксперты были в штате, чтобы максимизировать пользовательский опыт, заполнить пробелы в навыках в исследовательских группах, построить необходимое междисциплинарное исследовательское сотрудничество и предоставить навыки для масштабирования проектов для эффективного использования предоставляемой вычислительной мощности. Постоянное развитие навыков и обучение были предоставлены в области вычислительной биологии , молекулярного моделирования и биоинформатики.
Компьютеры
На пике своего развития вычислительная база VLSCI Peak Computing Facility работала на уровне 855 терафлопс. Системы включали «Barcoo», IBM iDataPlex x86, «Merri», IBM iDataPlex x86 и «Avoca», включающие 4 стойки IBM Blue Gene/Q .
Пиковый вычислительный комплекс
VLSCI Peak Computing Facility (PCF) предоставлял высокопроизводительную вычислительную инфраструктуру и вычислительную экспертизу исследователям в области естественных наук по всей Виктории. PCF имел тесно связанные кластеры с очень быстрыми дисковыми подсистемами, которые в настоящее время работают с пиковой мощностью 855 терафлопс. Чтобы помочь исследователям максимально использовать вычислительное время и получить максимальную отдачу от выделенных им ресурсов, PCF имел команду системных администраторов, программистов и специалистов по приложениям, доступных через систему запросов на помощь.
Центр вычислений в области естественных наук
Вычислительный центр естественных наук VLSCI (LSCC) физически размещался в Университете Мельбурна и Университете Ла Троба , и многие сотрудники работали в различных научно-исследовательских институтах, включая Институт Питера Доэрти по инфекции и иммунитету (Институт Доэрти) в течение некоторой части своей недели. LSCC был распределенным пулом экспертизы и инфраструктуры для вычислительных исследований в области естественных наук, обслуживающим исследовательские институты естественных наук по всей Виктории. Он был направлен на содействие исследовательскому сотрудничеству и поддержку относительно небольшого числа конкретных внешних проектов; выступал в качестве источника общих ресурсов, программных платформ и экспертизы для поддержки исследователей в области естественных наук; предлагал исследовательскую подготовку, образование и карьерный рост для биоинформатиков и вычислительных биологов, чтобы поддержать развитие исследовательского сообщества в области вычислительных наук о жизни в Виктории; и поддерживал развитие вычислений в области естественных наук в целом в Виктории.
Галактика Австралия
Melbourne Bioinformatics совместно с QFAB Bioinformatics , QCIF и Исследовательским вычислительным центром Университета Квинсленда создали и эксплуатируют Galaxy Australia, которая является основной частью Виртуальной лаборатории геномики.
Смотрите также
Ссылки
- ^ ab "Victorian biotechnology action plan 2011". Trove . Victoria. Dept. of Innovation, Industry and Regional Development. 2011. Получено 2 августа 2018 .
- ^ Лим, Джейсон. «Правительство Виктории в Австралии — образец инноваций». Forbes . Получено 3 августа 2018 г.
- ^ "VLSCI перезапускается как Melbourne Bioinformatics". emblaustralia.org . EMBL Australia . Получено 3 августа 2018 г. .
- ^ Лони, Эндрю (20 февраля 2017 г.). «VLSCI становится Melbourne Bioinformatics: письмо директора» (PDF) . emblaustralia.org . EMBL Australia . Получено 3 августа 2018 г. .
- ^ "Австралийские облака ворвались в топ-500 вычислительных кластеров". iTnews . Получено 3 августа 2018 г.
