Каудовирицеты

Каудовирицеты
Отряд Caudovirales. Структуры T-бактериофагов, представляющих семь типов T фагов Escherichia coli, описанных Максом Дельбрюком в 1940-х годах. T4 семейства Myoviridae, T5 семейства Siphoviridae и T7 семейства Podoviridae. Структуры были построены из отдельных файлов банка данных белков (pdb) в программном обеспечении UCSF Chimera, которые были обновлены до 2024 года и в реальном масштабе.
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вирус
Область :	Дуплоднавирия
Королевство:	Хынгонгвире
Тип:	Уровирикота
Сорт:	Каудовирицеты
Подразделения
См. текст

Caudoviricetes — это класс вирусов , известных как хвостатые бактериофаги ( cauda — лат. «хвост»). ^[1] Согласно классификации Балтимора , Caudoviricetes являются вирусами группы I, поскольку они имеют геномы двухцепочечной ДНК (dsDNA), длина которых может составлять от 18 000 пар оснований до 500 000 пар оснований. ^[2] Вирусные частицы имеют отчетливую форму; каждый вирион имеет икосаэдрическую головку, содержащую вирусный геном, и прикреплен к гибкому хвосту с помощью соединительного белка. ^[2] Отряд охватывает широкий спектр вирусов, многие из которых содержат гены со схожей нуклеотидной последовательностью и функцией. Однако некоторые геномы хвостатых бактериофагов могут значительно различаться по нуклеотидной последовательности, даже среди одного рода. Из-за их характерной структуры и наличия потенциально гомологичных генов считается, что эти бактериофаги имеют общее происхождение. ^[2]

В классе 4 отряда, 47 семейств, 98 подсемейств, 1197 родов, 3601 вид. Это делает Caudoviricetes самым многочисленным классом среди вирусов, на который приходится около 30% всех признанных видов вирусов и почти половина всех родов вирусов. ^[3]

При столкновении с бактерией-хозяином хвостовая часть вириона связывается с рецепторами на поверхности клетки и доставляет ДНК в клетку с помощью механизма, подобного инъекции (инъекциисома — это наномашина, которая эволюционировала для доставки белков с помощью секреции типа III ). Хвостовая часть вируса пробивает отверстие в клеточной стенке бактерии и плазматической мембране , и геном проходит по хвосту в клетку. Оказавшись внутри, гены экспрессируются из транскриптов, созданных механизмом хозяина, с использованием рибосом хозяина . Обычно геном реплицируется с помощью конкатемеров , в которых создаются перекрывающиеся сегменты ДНК, которые затем объединяются, образуя целый геном. ^[2]

Вирусные капсидные белки объединяются, образуя предшественника проголовки , в который входит геном. После того, как это произошло, проголовка подвергается созреванию путем расщепления субъединиц капсида, образуя икосаэдрическую головку фага с 5-кратной симметрией. После созревания головки хвост присоединяется одним из двух способов: либо хвост строится отдельно и присоединяется к соединителю, либо хвост строится непосредственно на головке фага. Хвосты состоят из спиральных белков с 6-кратной симметрией. После созревания вирусных частиц клетка лизируется лизинами , холинами или их комбинацией. ^[2]

На протяжении большей части вирусологической истории, Caudoviricetes , который был известен как отряд Caudovirales , имел более низкие таксоны, определяемые через морфологию и сократительную способность их «хвостов». Myoviridae имели длинные хвосты, которые были сократительными; Podoviridae имели короткие несократительные хвосты; и Siphoviridae имели длинные несократительные хвосты. ^[4] Siphoviridae составляют большинство известных хвостатых вирусов. ^{[2] [5]}

Брэдли назвал то, что было известно как Myoviridae , типом A, Siphoviridae — типом B, а Podoviridae — типом C. Он также разделил свои группы на основе морфологии голов: в группе A у A1 маленькие изометрические головки; у A2 вытянутые головки; а у A3 вытянутые головки. В группах B и C номера были назначены аналогичным образом: у B1 и C1 маленькие изометрические головки; у B2 и C2 вытянутые головки; а у B3 и C3 вытянутые головки. ^{[ необходима цитата ]}

Поскольку «семейства» Myoviridae , Podoviridae и Siphoviridae были отменены из-за полифилетичности, в настоящее время в классе имеется множество свободно плавающих семейств, подсемейств и родов без предшествующих таксонов до Caudoviricetes . В настоящее время в классе 7 отрядов, 63 семейства, 109 подсемейств, 1360 родов и 4079 видов. В этой статье перечислены все официальные и предлагаемые таксоны Caudoviricetes . (Примечание: кавычки означают, что таксон предложен и еще не ратифицирован ICTV.)

• Заказать Crassvirales
  • Семейство Crevaviridae
    • Подсемейство Coarsevirinae
    • Подсемейство Doltivirinae
  • Семейство Intestiviridae
    • Подсемейство Churivirinae
    • Подсемейство Crudevirinae
    • Подсемейство Obtuvirinae
  • Семейство Steigviridae
    • Подсемейство Asinivirinae
  • Семейство Suoliviridae
    • Подсемейство Bearivirinae
    • Подсемейство Boorivirinae
    • Подсемейство Loutivirinae
    • Подсемейство Oafivirinae
    • Подсемейство Uncouvirinae
• Заказать Juravirales
• Заказать Kirjokansivirales
• Заказать Magrovirales
• Заказать Methanobavirales
• Заказать Nakonvirales
• Заказать Thumleimavirales

По данным ICTV (2022), в Caudoviricetes имеется много нераспределенных таксонов . ^[3]

• Семейство Suoliviridae
  • Другие назначенные подсемейства
  • Род Dechshavirus

Crassvirales заражает бактерии и назван в честь компьютерной программы crAss, которая была использована для идентификации первого представителя отряда Crassvirales . ^{[6] [7]}

Остальные (включая предлагаемые отряды) заражают археи . Kirjokansivirales , Thumleimavirales и Nakonvirales названы в честь мифологических объектов или божеств; Methanobavirales и Magrovirales названы в честь архаичных синонимов архей, которые они заражают.

Бактериофаги встречаются в более чем 1100 бактериальных или архейных родах. ^[3] С 1959 года было исследовано более 6300 бактериофагов в электронном микроскопе. Из них более 96 процентов имеют хвосты. Из хвостатых фагов около 57 процентов имеют длинные, несокращающиеся хвосты ( «Siphoviridae» ). Хвостатые фаги, по-видимому, монофилетичны и являются старейшей известной группой вирусов. ^{[5] [8]}

• вирус WO

На Викискладе есть медиафайлы по теме Caudovirales .

Wikispecies содержит информацию, связанную с Caudoviricetes .