Траектория с двумя состояниями

Рисунок 1 : Траектории с двумя состояниями

Траектория с двумя состояниями (также называемая временной траекторией с двумя состояниями или траекторией с двумя состояниями ) — это динамический сигнал, который колеблется между двумя различными значениями: ВКЛ и ВЫКЛ, открыто и закрыто, и т. д. Математически сигнал имеет для каждого либо значение , либо . + / {\displaystyle +/-} Х ( т ) {\displaystyle X(т)} т , {\displaystyle т,} Х ( т ) = с о ф ф {\displaystyle X(t)=c_{\mathrm {off} }} Х ( т ) = с о н {\displaystyle X(t)=c_{\mathrm {on} }}

В большинстве приложений сигнал является стохастическим ; тем не менее, он может иметь детерминированные компоненты ВКЛ-ВЫКЛ. Полностью детерминированная двухуровневая траектория представляет собой прямоугольную волну . Существует много способов создания двухуровневого сигнала, например, многократное подбрасывание монеты.

Стохастическая двухуровневая траектория является одним из простейших стохастических процессов. Расширения включают: трехуровневые траектории, высшие дискретные траектории состояний и непрерывные траектории в любом измерении. [1]

Две траектории состояний очень распространены. Здесь мы сосредоточимся на соответствующих траекториях в научных экспериментах: они наблюдаются в измерениях в химии, физике и биофизике отдельных молекул [2] [3] (например, измерения динамики белков и динамики ДНК и РНК , [4] [5] [6] [7] [8] активности ионных каналов , [9] [10] активности ферментов , [11] [12] [13] [14] [15] квантовых точек [16] [17] [18] [19] [20] [21] ). Из этих экспериментов следует находить правильную модель, объясняющую измеряемый процесс. [22] [23] [24] [25] [26 ] [27] [28] [29] [30] [31] [32] Далее мы расскажем о различных соответствующих системах.

Ионные каналы

Поскольку ионный канал либо открыт, либо закрыт, при регистрации числа ионов, проходящих через канал с течением времени, наблюдается двухуровневая траектория тока в зависимости от времени.

Ферменты

Здесь есть несколько возможных экспериментов по активности отдельных ферментов с двухстадийным сигналом. Например, можно создать субстрат, который только при ферментативной активности светится при активации (лазерным импульсом). Таким образом, каждый раз, когда фермент действует, мы видим всплеск фотонов в течение того периода времени, когда молекула продукта находится в области лазера.

Динамика биологических молекул

Структурные изменения молекул рассматриваются в различных типах экспериментов. Примером является резонансный перенос энергии Фёрстера . Во многих случаях можно увидеть временную траекторию, которая колеблется между несколькими очищенными определенными состояниями.

Квантовые точки

Другая система, которая колеблется между включенным и выключенным состояниями, — это квантовая точка . Здесь флуктуации возникают, поскольку молекула находится либо в состоянии, которое испускает фотоны, либо в темном состоянии, которое не испускает фотоны (динамика между состояниями также зависит от ее взаимодействия с окружающей средой).

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Эрхан Цинлар (1975). Введение в стохастические процессы . Prentice Hall Inc, Нью-Джерси. ISBN 978-0-486-49797-6.
  2. ^ Moerner, WE; Orrit, M (1999). «Освещение отдельных молекул в конденсированных веществах». Science . 283 (5408): 1670– 6. Bibcode :1999Sci...283.1670M. doi :10.1126/science.283.5408.1670. PMID  10073924.
  3. ^ Вайс, Шимон (1999). «Флуоресцентная спектроскопия отдельных биомолекул». Science . 283 (5408): 1676– 83. Bibcode :1999Sci...283.1676W. doi :10.1126/science.283.5408.1676. PMID  10073925.
  4. ^ Шулер, Бенджамин; Липман, Эверетт А.; Итон, Уильям А. (2002). «Исследование поверхности свободной энергии для сворачивания белка с помощью флуоресцентной спектроскопии одиночных молекул». Nature . 419 (6908): 743– 7. Bibcode :2002Natur.419..743S. doi :10.1038/nature01060. PMID  12384704. S2CID  1356830.
  5. ^ Yang, Haw; Luo, Guobin; Karnchanaphanurach, Pallop; Louie, Tai-Man; Rech, Ivan; Cova, Sergio; Xun, Luying; Xie, X. Sunney (2003). "Protein Conformational Dynamics Probed by Single-Molecule Electron Transfer". Science . 302 (5643): 262– 6. Bibcode :2003Sci...302..262Y. doi :10.1126/science.1086911. PMID  14551431. S2CID  18706150.
  6. ^ Мин, Вэй; Луо, Гобин; Черайил, Бинни Дж.; Коу, С.С.; Се, Х. Санни (2005). «Наблюдение ядра памяти степенного закона для флуктуаций в пределах одной белковой молекулы». Physical Review Letters . 94 (19): 198302. Bibcode : 2005PhRvL..94s8302M. doi : 10.1103/PhysRevLett.94.198302. PMID  16090221.
  7. ^ Роудс, Элизабет; Гуссаковски, Юджин; Харан, Гилад (2003). «Наблюдение за тем, как белки сворачивают одну молекулу за раз». Труды Национальной академии наук . 100 (6): 3197– 202. Bibcode : 2003PNAS..100.3197R. doi : 10.1073/pnas.2628068100 . JSTOR  3139336. PMC 152269. PMID  12612345 . 
  8. ^ Zhuang, X.; Kim, H; Pereira, MJ; Babcock, HP; Walter, NG; Chu, S (2002). «Корреляция структурной динамики и функции в молекулах одиночных рибозимов». Science . 296 (5572): 1473– 6. Bibcode :2002Sci...296.1473Z. doi :10.1126/science.1069013. PMID  12029135. S2CID  9459136.
  9. ^ Neher, Erwin; Sakmann, Bert (1976). «Одноканальные токи, зарегистрированные с мембраны денервированных мышечных волокон лягушки». Nature . 260 (5554): 799– 802. Bibcode :1976Natur.260..799N. doi :10.1038/260799a0. PMID  1083489. S2CID  4204985.
  10. ^ Касианович, Джон Дж.; Брандин, Эрик; Брантон, Дэниел; Димер, Дэвид В. (1996). «Характеристика отдельных молекул полинуклеотидов с использованием мембранного канала». Труды Национальной академии наук . 93 (24): 13770– 3. Bibcode : 1996PNAS...9313770K. doi : 10.1073/pnas.93.24.13770 . JSTOR  40976. PMC 19421. PMID  8943010. 
  11. ^ Lu, HP; Xun, L; Xie, XS (1998). "Динамика ферментов одиночной молекулы". Science . 282 (5395): 1877– 82. Bibcode :1998Sci...282.1877P. doi :10.1126/science.282.5395.1877. PMID  9836635.
  12. ^ Эдман, Ларс; Фёльдес-Папп, Зено; Веннмальм, Стефан; Риглер, Рудольф (1999). «Флюктуирующий фермент: подход с использованием одной молекулы». Химическая физика . 247 (1): 11– 22. Bibcode : 1999CP....247...11E. doi : 10.1016/S0301-0104(99)00098-1.
  13. ^ Велония, Келли; Фломенбом, Офир; Лоос, Дэйви; Масуо, Садахиро; Котлет, Мирча; Энгельборгс, Ив; Хофкенс, Йохан; Роуэн, Алан Э.; и др. (2005). «Кинетика одноферментного гидролиза, катализируемого CALB». Angewandte Chemie International Edition . 44 (4): 560– 4. doi :10.1002/anie.200460625. PMID  15619259.
  14. ^ Flomenbom, O.; Velonia, K; Loos, D; Masuo, S; Cotlet, M; Engelborghs, Y; Hofkens, J; Rowan, AE; et al. (2005). «Растянутый экспоненциальный спад и корреляции в каталитической активности флуктуирующих одиночных молекул липазы». Труды Национальной академии наук . 102 (7): 2368– 72. Bibcode : 2005PNAS..102.2368F . doi : 10.1073/pnas.0409039102 . PMC 548972. PMID  15695587. 
  15. ^ English, Brian P; Min, Wei; Van Oijen, Antoine M; Lee, Kang Taek; Luo, Guobin; Sun, Hongye; Cherayil, Binny J; Kou, SC; Xie, X Sunney (2005). "Ever-fluctuating single genetic Molecules: Michaelis-Menten equation revisited". Nature Chemical Biology . 2 (2): 87– 94. doi :10.1038/nchembio759. PMID  16415859. S2CID  2201882.
  16. ^ Nie, S; Chiu, D.; Zare, R. (1994). «Исследование отдельных молекул с помощью конфокальной флуоресцентной микроскопии». Science . 266 (5187): 1018– 21. Bibcode :1994Sci...266.1018N. doi :10.1126/science.7973650. PMID  7973650.
  17. ^ Шмидт, Ульрих; Вайс, Маттиас (2011). «Аномальная диффузия олигомеризованных трансмембранных белков». Журнал химической физики . 134 (16): 165101. Bibcode : 2011JChPh.134p5101S. doi : 10.1063/1.3582336. PMID  21528980.
  18. ^ Цумофен, Герт; Хольбейн, Йоханнес; Хюбнер, Кристиан (2004). «Рекуррентность и статистика фотонов в спектроскопии флуоресцентных флуктуаций». Physical Review Letters . 93 (26): 260601. Bibcode : 2004PhRvL..93z0601Z. doi : 10.1103/PhysRevLett.93.260601. PMID  15697961.
  19. ^ Коэн, Адам Э.; Мёрнер, В. Э. (2006). «Подавление броуновского движения отдельных биомолекул в растворе». Труды Национальной академии наук . 103 (12): 4362– 5. Bibcode : 2006PNAS..103.4362C . doi : 10.1073/pnas.0509976103 . JSTOR  30048946. PMC 1450176. PMID  16537418. 
  20. ^ Moerner, WE; Dickson, Robert M.; Cubitt, Andrew B.; Tsien, Roger Y. (1997). «Включение/выключение мигания и переключение поведения отдельных молекул зеленого флуоресцентного белка». Nature . 388 (6640): 355– 8. Bibcode :1997Natur.388..355D. doi : 10.1038/41048 . PMID  9237752. S2CID  4313830.
  21. ^ Чунг, Инхи; Бавенди, Мунги (2004). «Связь между прерывистостью одиночной квантовой точки и затуханием интенсивности флуоресценции от наборов точек». Physical Review B. 70 ( 16): 165304. Bibcode : 2004PhRvB..70p5304C. doi : 10.1103/PhysRevB.70.165304.
  22. ^ Бауэр, Р. Дж.; Боуман, Б. Ф.; Кеньон, Дж. Л. (1987). «Теория кинетического анализа данных пэтч-клампа». Biophysical Journal . 52 (6): 961– 78. Bibcode :1987BpJ....52..961B. doi :10.1016/S0006-3495(87)83289-7. PMC 1330095 . PMID  2447973. 
  23. ^ Kienker, P. (1989). "Эквивалентность агрегированных марковских моделей управления ионными каналами". Труды Королевского общества B: Биологические науки . 236 (1284): 269– 309. Bibcode :1989RSPSB.236..269K. doi :10.1098/rspb.1989.0024. JSTOR  2410562. PMID  2471201. S2CID  29761646.
  24. ^ Фредкин, Дональд Р.; Райс, Джон А. (1986). «Об агрегированных марковских процессах». Журнал прикладной теории вероятностей . 23 (1): 208– 14. doi :10.2307/3214130. JSTOR  3214130. S2CID  123503233.
  25. ^ Колкухун, Д.; Хоукс, АГ (1982). «О стохастических свойствах всплесков открытия одиночных ионных каналов и кластеров всплесков». Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 300 (1098): 1– 59. Bibcode : 1982RSPTB.300....1C. doi : 10.1098/rstb.1982.0156. JSTOR  2395924. PMID  6131450.
  26. ^ Song, L.; Magleby, KL (1994). «Тестирование микроскопической обратимости в гейтировании макси-каналов K+ с использованием двумерных распределений времени пребывания». Biophysical Journal . 67 (1): 91– 104. Bibcode :1994BpJ....67...91S. doi :10.1016/S0006-3495(94)80458-8. PMC 1225338 . PMID  7919030. 
  27. ^ Цинь, Фэн; Ауэрбах, Энтони; Сакс, Фредерик (2000). «Скрытое марковское моделирование для одноканальной кинетики с фильтрацией и коррелированным шумом». Biophysical Journal . 79 (4): 1928– 44. Bibcode :2000BpJ....79.1928Q. doi :10.1016/S0006-3495(00)76442-3. PMC 1301084 . PMID  11023898. 
  28. ^ Бруно, В. Дж.; Янг, Дж.; Пирсон, Дж. Э. (2005). «Использование независимых переходов из открытого состояния в закрытое для упрощения агрегированных марковских моделей кинетики управления ионными каналами». Труды Национальной академии наук . 102 (18): 6326– 31. Bibcode : 2005PNAS..102.6326B. doi : 10.1073/pnas.0409110102 . JSTOR  3375322. PMC 1088360. PMID  15843461 . 
  29. ^ Flomenbom, O.; Silbey, RJ (2006). «Использование информационного содержания в двухуровневых траекториях». Труды Национальной академии наук . 103 (29): 10907– 10. arXiv : q-bio/0703013 . Bibcode : 2006PNAS..10310907F. doi : 10.1073/pnas.0604546103 . JSTOR  30049381. PMC 1544147. PMID  16832051 . 
  30. ^ Фломенбом, Офир; Клафтер, Джозеф; Сабо, Аттила (2005). «Чему можно научиться из двухуровневых одиночных молекулярных траекторий?». Biophysical Journal . 88 (6): 3780– 3. arXiv : q-bio/0502006 . Bibcode : 2005BpJ....88.3780F. doi : 10.1529/biophysj.104.055905. PMC 1305612. PMID  15764653. 
  31. ^ Flomenbom, O.; Silbey, RJ (2008). "Инструментарий для анализа конечных двухуровневых траекторий". Physical Review E. 78 ( 6): 066105. arXiv : 0802.1520 . Bibcode : 2008PhRvE..78f6105F. doi : 10.1103/PhysRevE.78.066105. PMID  19256903. S2CID  16196911.
  32. ^ Flomenbom, Ophir (2011). «Делаем это возможным: построение надежного механизма из конечной траектории». В Komatsuzaki, Tamiki; Kawakami, Masaru; Takahashi, Satoshi; Yang, Haw; Silbey, Robert J. (ред.). Single-Molecule Biophysics: Experiment and Theory, том 146. Advances in Chemical Physics. стр.  367–93 . arXiv : 0912.3952 . doi :10.1002/9781118131374.ch13. ISBN 978-1-118-13137-4. S2CID  15743989.
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Two-state_trajectory&oldid=1187978881"