Трансмембранный белок 222 — это белок , который у людей кодируется геном TMEM222 . [ 5] [6] Одной из примечательных особенностей белка, кодируемого этим геном, является наличие трех предсказанных трансмембранных доменов. [7] Предполагается, что белок TMEM222, скорее всего, локализуется в секреторных пузырьках. [8]
Особенности гена
TMEM222 имеет домен неизвестной функции (DUF778). [9] Псевдонимы этого гена включают DKFZP564D0478, RP11-4K3__A.4, C1orf160 и MGC111002. [10] Номер доступа NM_032125.2, самая длинная кодирующая последовательность (1629 п.н.), кодирует белок из 208 аминокислотных остатков (23230 дальтон), который считается консенсусной кодирующей последовательностью (CCDS297.2). [11] Существует две изоформы белка, кодируемого этим геном. Они похожи, за исключением того, что во второй (Q9H0R3-2) отсутствуют первые 96 аминокислотных остатков, которые присутствуют в первой (Q9H0R3-1). [12]
Экспрессия генов
ACEVIEW обозначил TMEM222 как высокоэкспрессируемый с экспрессией в 3,8 раза выше, чем средний ген в базе данных. [13] Имеются доказательства экспрессии в 166 тканях, включая мозг, легкие, толстую кишку, почки и плаценту. [13]
Гомология
Ортологи и отдаленные гомологи человеческого TMEM222 были идентифицированы у всех эукариот, особенно у растений и животных. [14] Паралоги этого гена не были обнаружены в геноме человека. [15]
Отдаленный гомолог TMEM222, [14] RTH (RTE1-гомолог), [16] является гомологом RTE1 (реверсия к восприятию этилена 1), который, как известно, вызывает конформационные изменения в ETR1 (рецептор этилена 1), что приводит к отрицательной регуляции, соответствующей потере восприятия этилена. [17]
Взаимодействие белков
Данные двухгибридного скрининга дрожжей свидетельствуют о двух взаимодействиях белков с этим геном. Один из них — сериновая протеаза ( PRSS23 ) [18] , которая, как было установлено, участвует в овуляции у мышей и выделяется во внеклеточный матрикс. [19] Другой белок — ab-гидролаза (HLA-B-ассоциированный транскрипт 5) [20] , которая является неотъемлемой частью мембраны, а соответствующий ей ген расположен в геноме рядом с фактором некроза опухоли (TNF)-альфа и TNF-бета. [21]
Ссылки
^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000186501 – Ensembl , май 2017 г.
^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000028857 – Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Виман С, Вейль Б, Велленройтер Р, Гассенхубер Дж, Глассл С, Ансорж В, Бохер М, Блокер Х, Бауэрсахс С, Блюм Х, Лаубер Дж, Дастерхофт А, Бейер А, Корер К, Страк Н, Мьюс Х.В., Оттенвальдер Б, Обермайер Б, Тампе Дж, Хойбнер Д, Вамбутт Р, Корн Б, Кляйн М., Пустка А. (март 2001 г.). «К каталогу человеческих генов и белков: секвенирование и анализ 500 новых полных белков, кодирующих кДНК человека». Геном Рез . 11 (3): 422–35 . doi :10.1101/gr.GR1547R. ПМК 311072 . ПМИД 11230166.
^ Resnick JS, Wen CK, Shockey JA, Chang C (май 2006 г.). "REVERSION-TO-ETHYLENE SENSITIVITY1, консервативный ген, регулирующий функцию рецептора этилена в Arabidopsis". Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 103 (20): 7917– 22. doi : 10.1073/pnas.0602239103 . PMC 1458508. PMID 16682642 .
^ Стельцль Ю, Ворм Ю, Лаловски М, Хениг С, Брембек Ф.Х., Гёлер Х, Стродике М, Ценкнер М, Шенхерр А, Кеппен С, Тимм Дж, Минцлафф С, Абрахам С, Бок Н, Китцманн С, Гёдде А, Токсёз Е, Дрёге А, Кробич С, Корн Б, Бирхмайер В, Лерах Х, Ванкер Э.Э. (сентябрь 2005 г.). «Сеть белок-белкового взаимодействия человека: ресурс для аннотирования протеома». Клетка . 122 (6): 957–68 . doi :10.1016/j.cell.2005.08.029. hdl : 11858/00-001M-0000-0010-8592-0 . PMID 16169070. S2CID 8235923.
^ Миякоши К, Мерфи МДж, Йоман РР, Митра С, Дубай КДж, Хеннебольд ДжД (декабрь 2006 г.). «Идентификация новых протеаз яичников с помощью геномных и биоинформационных методологий». Biol. Reprod . 75 (6): 823–35 . doi : 10.1095/biolreprod.106.052290 . PMID 16870946.
^ Lehner B, Semple JI, Brown SE, Counsell D, Campbell RD, Sanderson CM (январь 2004 г.). «Анализ высокопроизводительной дрожжевой двухгибридной системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области MHC класса III человека». Genomics . 83 (1): 153– 67. doi :10.1016/S0888-7543(03)00235-0. PMID 14667819.
^ Spies T, Bresnahan M, Strominger JL (ноябрь 1989 г.). «Главный комплекс гистосовместимости человека содержит минимум 19 генов между кластером комплемента и HLA-B». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 86 (22): 8955– 8. Bibcode :1989PNAS...86.8955S. doi : 10.1073/pnas.86.22.8955 . PMC 298409 . PMID 2813433.
Дальнейшее чтение
Маруяма К, Сугано С (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Gene . 138 ( 1– 2): 171– 4. doi :10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K и др. (1997). «Конструирование и характеристика библиотеки кДНК с полной длиной и обогащенной 5'-концом». Gene . 200 ( 1– 2): 149– 56. doi :10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH и др. (2003). «Создание и начальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей ДНК человека и мыши». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 99 (26): 16899– 903. Bibcode : 2002PNAS...9916899M. doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241. PMID 12477932 .
Lehner B, Semple JI, Brown SE и др. (2004). «Анализ высокопроизводительной дрожжевой двухгибридной системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области человеческого MHC класса III». Genomics . 83 (1): 153– 67. doi :10.1016/S0888-7543(03)00235-0. PMID 14667819.
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных человеческих кДНК». Nat. Genet . 36 (1): 40– 5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA и др. (2004). «Состояние, качество и расширение проекта NIH по полноразмерной ДНК: коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res . 14 (10B): 2121– 7. doi :10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334 .
Rual JF, Venkatesan K, Hao T и др. (2005). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белок-белок человека». Nature . 437 (7062): 1173– 8. Bibcode :2005Natur.437.1173R. doi :10.1038/nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
Gregory SG, Barlow KF, McLay KE и др. (2006). «Последовательность ДНК и биологическая аннотация человеческой хромосомы 1». Nature . 441 (7091): 315– 21. Bibcode :2006Natur.441..315G. doi : 10.1038/nature04727 . PMID 16710414.
