Таксон в маскировке
Гипотетический пример
Группа

А1

Б

А2

С

Филогенетически B является частью группы A, но таксономически не является ею, поэтому A является парафилетическим.

В бактериологии скрытый таксон — это вид , род или более высокая единица биологической классификации , эволюционная история которой показывает, что она произошла от другой единицы аналогичного или более низкого ранга, что делает родительскую единицу парафилетической . [1] [2] Это происходит, когда быстрая эволюция заставляет новый вид казаться настолько радикально отличным от предковой группы, что он (изначально) не распознается как принадлежащий к родительской филогенетической группе, которая остается в качестве эволюционной ступени .

Хотя этот термин пришел из бактериологии, параллельные примеры можно найти по всему древу жизни . Например, четвероногие животные произошли от рыбообразных предков, но поскольку их обычно не считают рыбами , их можно назвать «замаскированными рыбами».

Во многих случаях парафилия может быть разрешена путем переклассификации рассматриваемого таксона в родительскую группу. Однако в бактериологии, поскольку переименование групп может иметь серьезные последствия, поскольку вызывает путаницу в идентификации патогенов , этого обычно избегают для некоторых групп.

Примеры

Шигеллы

Бактериальный род Shigella является причиной бациллярной дизентерии , потенциально тяжелой инфекции, которая ежегодно уносит жизни более миллиона человек. [3] Род ( S. dysenteriae , S. flexneri , S. boydii , S. sonnei ) произошел от распространенной кишечной бактерии Escherichia coli , что делает этот вид парафилетическим. Сама E. coli также может вызывать серьезную дизентерию, [4] но различия в генетическом составе между E. coli и Shigella вызывают различные заболевания и симптомы. [2]

Escherichia coli — плохо классифицированный вид, поскольку некоторые штаммы разделяют только 20% своего генома. Он настолько разнообразен, что ему следует присвоить более высокий таксономический ранг. Однако медицинские состояния, связанные с самой E. coli и Shigella, не позволяют изменять текущую классификацию, чтобы избежать путаницы в медицинском контексте. Таким образом, Shigella останется « E. coli in masked».

B. cereus-группа

Аналогично виды Bacillus группы B. cereus ( B. anthracis , B. cereus , B. thuringiensis , B. mycoides , B. pseudomycoides , B. weihenstephanensis и B. medusa ) имеют 99-100% схожей последовательности 16S рРНК (97% - это обычно цитируемый адекватный предел вида) и должны считаться одним видом. [5] Некоторые члены группы, по-видимому, произошли от других штаммов Bacillus путем приобретения плазмиды, кодирующей белок , и поэтому группа может быть полифилетической. По медицинским причинам, таким как сибирская язва , текущее расположение отдельных видов осталось неизменным. [5]

Крупные роды микробов

  • Бактериальный род Pseudomonas увеличился за несколько поколений таксономических методов, доведя количество видов до тревожных пропорций, и к середине 20-го века было признано около 800 видов. [6] [7] Азотфиксирующие бактерии рода Azotobacter и вид Azomonas macrocytogenes произошли от вида в роде Pseudomonas . [8] Его способность фиксировать азот и девиантные особенности привели к тому, что Azotobacter описывают как « замаскированную Pseudomonas ». [1]
  • Род Bacillus был описан на ранней стадии развития микробиологии и, таким образом, является крупным родом, который очень разнообразен в генетическом плане и насчитывает 266 видов. [9] Роды Paenibacillus и Brevibacillus являются кладами , которые вложены в Bacillus . [10] Поскольку Bacillus имеет большое медицинское значение, а Paenibacillus является модельным организмом , который используется в исследованиях, переименование их для отражения филогении приведет к путанице.

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ ab Rediers, H; Vanderleyden, J; De Mot, R (2004). «Azotobacter vinelandii: замаскированная Pseudomonas?». Микробиология . 150 (Pt 5): 1117– 9. doi : 10.1099/mic.0.27096-0 . PMID  15133068.
  2. ^ ab Lan, R; Reeves, PR (2002). «Escherichia coli in disguise: molecular origins of Shigella». Микробы и инфекции / Институт Пастера . 4 (11): 1125– 32. doi :10.1016/S1286-4579(02)01637-4. PMID  12361912.
  3. ^ Всемирная организация здравоохранения. Шигеллез.
  4. ^ Tauschek M, Gorrell R, Robins-Browne RM (май 2002 г.). «Идентификация белкового секреторного пути для секреции термолабильного энтеротоксина энтеротоксигенным штаммом Escherichia coli». PNAS . 99 (10): 7066– 71. Bibcode :2002PNAS...99.7066T. doi : 10.1073/pnas.092152899 . PMC 124529 . PMID  12011463. 
  5. ^ ab Бавыкин, СГ; Лысов, ЮП; Захариев, В.; Келли, Дж. Дж.; Джекман, Дж.; Шталь, ДА; Черни, А. (2004). «Использование анализа последовательности генов 16S рРНК, 23S рРНК и gyrB для определения филогенетических связей микроорганизмов группы Bacillus cereus». Журнал клинической микробиологии . 42 (8): 3711– 30. doi :10.1128/JCM.42.8.3711-3730.2004. PMC 497648. PMID  15297521 . 
  6. ^ Паллерони, Нью-Джерси (2010). «История псевдомонад». Микробиология окружающей среды . 12 (6): 1377– 1383. Bibcode : 2010EnvMi..12.1377P. doi : 10.1111/j.1462-2920.2009.02041.x . PMID  20553550.
  7. ^ Корнелис П., ред. (2008). Pseudomonas: Genomics and Molecular Biology (1-е изд.). Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-19-6.
  8. ^ Young, JM; Park, D. -C. (2007). «Вероятная синонимия азотфиксирующего рода Azotobacter и рода Pseudomonas». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (12): 2894–2901 . doi : 10.1099/ijs.0.64969-0 . PMID  18048745.
  9. ^ Bacillus в LPSN ; Parte, Aidan C.; Sardà Carbasse, Joaquim; Meier-Kolthoff, Jan P.; Reimer, Lorenz C.; Göker, Markus (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот со стойкой в ​​номенклатуре (LPSN) перемещается в DSMZ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607– 5612. doi : 10.1099/ijsem.0.004332 .
  10. ^ Xu, D; Côté, JC (2003). «Филогенетические отношения между видами Bacillus и родственными родами, выведенные из сравнения нуклеотидных последовательностей 3'-конца 16S рДНК и 5'-конца 16S-23S ITS». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (Pt 3): 695–704 . doi : 10.1099/ijs.0.02346-0 . PMID  12807189.
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Таксон_в_маскировке&oldid=1262090364"