Обсуждение: Зонтичная выборка

Эта статья имеет рейтинг Start-class по шкале оценки контента Википедии . Она представляет интерес для следующих WikiProjects :

Статистика Низкая важность Эта статья находится в рамках WikiProject Statistics , совместных усилий по улучшению охвата статистики в Википедии. Если вы хотите принять участие, посетите страницу проекта, где вы можете присоединиться к обсуждению и увидеть список открытых задач.Статистика Wikipedia:WikiProject Статистика Шаблон:WikiProject Статистика Статистика Low This article has been rated as Low-importance on the importance scale. Mathematics Low‑priority This article is within the scope of WikiProject Mathematics, a collaborative effort to improve the coverage of mathematics on Wikipedia. If you would like to participate, please visit the project page, where you can join the discussion and see a list of open tasks.MathematicsWikipedia:WikiProject MathematicsTemplate:WikiProject Mathematicsmathematics Low This article has been rated as Low-priority on the project's priority scale. Molecular Biology: COMPBIO This article is within the scope of WikiProject Molecular Biology, a collaborative effort to improve the coverage of Molecular Biology on Wikipedia. If you would like to participate, please visit the project page, where you can join the discussion and see a list of open tasks.Molecular BiologyWikipedia:WikiProject Molecular BiologyTemplate:WikiProject Molecular BiologyMolecular Biology ??? This article has not yet received a rating on the importance scale. This article is supported by the Computational Biology task force (assessed as Low-importance). Chemistry Low‑importance This article is within the scope of WikiProject Chemistry, a collaborative effort to improve the coverage of chemistry on Wikipedia. If you would like to participate, please visit the project page, where you can join the discussion and see a list of open tasks.ChemistryWikipedia:WikiProject ChemistryTemplate:WikiProject ChemistryChemistry Low This article has been rated as Low-importance on the project's importance scale. An editor has requested that an image or photograph be added to this article.

Я планирую сделать анимированный рисунок, который покажет весь процесс расчета профиля свободной энергии в зонтичной выборке, как описано Кумаром и др. [1]: 1) запуск симуляций, называемых окнами , каждая из которых имеет смещающий потенциал 2) генерация гистограмм из этих симуляций для получения смещенных 1D профилей свободной энергии 3) удаление прямого смещения из смещенных 1D FEP 4) сдвиг каждого FEP для соответствия перекрывающимся частям. Это также требует существенного пересмотра статьи. Сейчас она охватывает расчет среднего значения некоторого свойства в рамках одной смещенной симуляции, но я считаю, что большинство людей используют зонтичную выборку для генерации гистограмм из многих перекрывающихся смещенных симуляций, из которых можно вычислить несмещенные профили/ландшафты свободной энергии. Kjhuston ( talk ) 19:24, 10 апреля 2014 (UTC) [ reply ]

Я должен пояснить, что анимация не будет проходить через WHAM из работы Кумара и др., но будет приблизительно описывать уравнение 9 из работы Кумара и др.

${\displaystyle W_{\{0\},\beta }(\xi )=-\sum _{j=1}^{L}\lambda _{j}{\hat {V}}_{j}(\xi )+W_{\{\lambda \},\beta }(\xi )+C(\{\lambda \},\beta )}$

Начнем со смещенных профилей свободной энергии, полученных с помощью зонтичных окон выборки в части (2):${\displaystyle W_{\{\lambda \},\beta }(\xi )}$

Часть (3) – снятие смещающего потенциала${\displaystyle -\sum _{j=1}^{L}\lambda _{j}{\hat {V}}_{j}(\xi )}$

и часть (4) представляет собой сдвиг каждого FEP для соответствия перекрывающимся частям, эффективно вычисляя разницу свободной энергии между смещенными симуляциями${\displaystyle C(\{\lambda \},\beta )}$

и тем самым давая несмещенный профиль свободной энергии:${\displaystyle W_{\{0\},\beta }(\xi )}$

Kjhuston ( обсуждение ) 19:37, 10 апреля 2014 (UTC) [ ответ ]

отсутствуют зонтичные окна, а также WHAM.-- 2001:7C0:710:726:6437:7752:52C5:9B20 (обсуждение) 23:48, 8 августа 2015 (UTC) [ ответить ]