Talk:Выравнивание последовательности
Бывшая избранная статьяSequence alignment — бывшая избранная статья . Пожалуйста, ознакомьтесь со ссылками в разделе Article milestones ниже, чтобы узнать о ее первоначальной странице номинации (для более старых статей проверьте архив номинаций ) и о том, почему она была удалена.
Главная страница трофейЭта статья появилась на главной странице Википедии в качестве избранной статьи дня 28 августа 2006 года.
Вехи статьи
ДатаПроцессРезультат
8 июля 2006 г.РецензированиеПроверено
22 июля 2006 г.Кандидат на избранную статьюПовышен
1 сентября 2009 г.Обзор избранной статьиПониженный
Текущий статус: Бывшая избранная статья

Добавлены до 2004 года

Извините. Я немного поторопился и добавил много контента на эту страницу, не предлагая его заранее. Надеюсь, вы меня простите — я просто очень хотел что-то добавить по теме, в которой разбираюсь.

Я постарался ничего не удалять, так что если вам не нужно то, что я добавил, вы сможете легко избавиться от моих новых вещей.

MockAE.

Необходимо масштабное обновление списка программного обеспечения

Список программ ужасно устарел. В настоящее время я работаю над бенчмаркингом таких пакетов выравнивания, и те, что перечислены здесь, быстры, но ужасны по качеству. T-Coffee, Di-Align, MUSCLE и другие заслуживают упоминания. Davidstrauss

Возврат референсного преобразования

Tooto любезно реконвертировал эту страницу, и я временно отменил это изменение. Я хотел добавить комментарий в статью с просьбой не менять ссылки, но я подумал, каковы шансы, что кто-то конвертирует эту страницу в течение следующей недели или двух?

Я активно работаю над этой статьей и считаю, что гораздо проще сначала добавить ссылки в старом стиле, а затем использовать refconvert в конце, чтобы текст ссылки не перемежался с текстом статьи. Поэтому я переконвертирую ссылки после того, как текст станет более полным. Opabinia regalis 03:38, 24 июня 2006 (UTC) [ ответить ]

Я удалил раздел внешних ссылок из основной статьи в ожидании их слияния с программным обеспечением для выравнивания последовательностей . На данный момент я храню их здесь для удобства использования. Opabinia regalis 04:40, 4 июля 2006 (UTC) [ ответить ]

  • Blast-сервер в NCBI
  • Выравнивание геномов с перестройкой: Mauve - Mulan - Shuffle-LAGAN (только попарно)
  • Инструменты визуализации для выравнивания
    • Браузер генома VISTA http://pipeline.lbl.gov
    • Система визуализации Mauve http://gel.ahabs.wisc.edu/mauve
    • STRAP - 3D-выравнивания и выравнивания последовательностей http://3d-alignment.eu
  • Открытый каталог ресурсов по выравниванию последовательностей (BioDirectory)
    • Выравнивание последовательности

Грамматическое предложение

Я бы предложил перестроить это предложение для улучшения читаемости: «Если две последовательности в выравнивании имеют общего предка, несовпадения можно интерпретировать как точечные мутации, а пробелы — как индели (то есть мутации вставки или делеции), введенные в одну или обе линии с тех пор, как они разошлись». GravityIsForSuckers 22:09, 28 августа 2006 (UTC) [ ответить ]

Есть ли у вас предложение по перефразировке? Возможно, убрать пояснение в скобках для инделов? Мне это кажется нормальным, но так и должно быть, поскольку я написал это предложение изначально :) Opabinia regalis 05:03, 29 августа 2006 (UTC) [ ответить ]
Мне было бы легче быть более конкретным (или я бы просто изменил его сам), если бы я знал этот конкретный предмет. Возможно, у кого-то еще будет мнение по этому поводу. GravityIsForSuckers 05:29, 29 августа 2006 (UTC) [ ответить ]
Как насчет - Различия в выровненных последовательностях соответствуют мутациям, которые произошли в одной или обеих линиях с момента их расхождения. Если две последовательности имеют общего предка, несовпадения и пробелы в выровненных последовательностях можно интерпретировать как точечные мутации или мутации вставки/делеции (инделы) соответственно. Gribskov 04:04, 20 сентября 2007 (UTC) [ ответить ]

Формулировка лида

С момента появления на главной странице лид претерпел несколько изменений. Пользователь, я понимаю вашу точку зрения о том, что следует упорядочивать остатки, а не последовательности, но недостаток формулировки «остатки» в том, что она подразумевает, что порядок остатков в последовательности изменен, что более двусмысленно, чем альтернативное «упорядочивание первичных последовательностей». Кроме того, удаление слова «может» или его эквивалента в утверждении о подчеркивании сходства слишком сильное. Ложное сходство случается, и не должно быть никаких намеков на то, что результаты более определенны, чем они есть. Opabinia regalis 00:37, 29 августа 2006 (UTC) [ ответить ]

Меня также смущает формулировка «исторически схожие». Конечно, алгоритмы выравнивания последовательностей не имеют никакой информации об истории, а просто работают с последовательностями? Биологи могут использовать результаты выравнивания последовательностей, чтобы делать выводы об истории, но само выравнивание последовательностей не ищет вещи, которые «исторически схожи»; скорее, оно находит вещи, которые похожи по некоторой алгоритмической метрике. -- Delirium 01:24, 29 августа 2006 (UTC) [ ответить ]
Вы правы, я перефразировал ближе к оригиналу. Сами алгоритмы обычно не знают историю (за исключением некоторых, которые могут использовать независимо полученное филогенетическое дерево в качестве входных данных), но результаты обычно интерпретируются как отражение эволюционных изменений. Opabinia regalis 01:33, 29 августа 2006 (UTC) [ ответить ]
Теперь выглядит лучше; спасибо! -- Delirium 20:05, 31 августа 2006 (UTC) [ ответить ]

Оценка значимости

Я думаю, что этот раздел излишне расплывчат (даже для нетехнической аудитории). Я мог бы добавить сюда несколько деталей. Кроме того, обсуждение конвергенции, по моему мнению, делает ее более вероятной, чем она есть на самом деле. Паттерсон (я думаю) привел убедительный аргумент в своей статье где-то в 80-х (опять же, я думаю). Я мог бы откопать это или реконструировать. Gribskov 04:10, 20 сентября 2007 (UTC) [ ответить ]

«Биоинформатическое выравнивание последовательностей»

Я думаю, что "биоинформатическое выравнивание последовательностей" - ужасное название для этой страницы. Она появилась в моем списке наблюдения, и моей немедленной реакцией было "что это?". Если ее непременно нужно переместить, то ее следует переместить в "Выравнивание последовательностей белков и нуклеиновых кислот" или что-то в этом роде. Я думаю, что статья должна остаться под названием "выравнивание последовательностей". -- Aranae 22:26, ​​24 октября 2007 (UTC) [ ответить ]

Полностью согласен. Этот шаг должен был быть хотя бы обсужден, тем более, что это избранная статья. Вернул ей первоначальное название. Shyamal 01:06, 25 октября 2007 (UTC) [ ответить ]
Я три. Спасибо, Шьямал. Я вообще не вижу для этого веской причины; нет никакой выдающейся двусмысленности, которую нужно разрешить более длинным и менее интуитивным названием. Opabinia regalis 02:38, 25 октября 2007 (UTC) [ ответить ]

Редактирование

«Полуконсервативный»: есть ли у этого термина определение? Он может быть специфичным для того, как пользователь настраивает программное обеспечение. Я нашел статью в Интернете, в которой говорилось, что это означает иметь похожую форму, поэтому я добавил это к ключу первого рисунка. Возможно, эту идею следует удалить из статьи и рисунка.

Упоминается "сохранение спаривания оснований". Я не нашел упоминаний об этом в Википедии, хотя в Интернете есть около 250 ссылок на это. Я подозреваю, что имеется в виду сохранение оснований, а не спаривание оснований, поэтому я изменил спаривание оснований на пары оснований.

Различие между глобальным и локальным выравниванием не прописано. — Кристофер Кинг ( обсуждение ) 16:45, 8 января 2009 (UTC) [ ответить ]

Ссылки на эту страницу работают только если "S" в "sequence" заглавная. Это нужно изменить, чтобы ссылки работали с буквами как в верхнем, так и в нижнем регистре. Я полагаю, что вы меняете заголовок страницы, чтобы добиться этого. ask123 ( talk ) 17:02, 5 мая 2009 (UTC) [ reply ]

ошибка в примере локального выравнивания

Пример локального выравнивания явно неверен, поскольку

ФТФТАЛИЛЛАВАВ

--FTAL-LLA-AV

будет иметь более высокий балл при любой матрице замещения или разрывах затрат.


Кевин К ( обсуждение ) 03:17, 17 сентября 2009 (UTC) [ ответ ]

Список пожеланий

Хотелось бы, чтобы было более четкое различие между локальными и глобальными методами выравнивания. Briancady413 ( обсуждение ) 14:25, 18 февраля 2010 (UTC) [ ответить ]

Ошибка символов консенсуса

Была небольшая ошибка в определении символов консенсуса - "." (полуконсервативные замены) и ":" (=консервативные замены) были перевернуты. Но картинка все равно неверная, и у меня нет времени (и я не знаю, как) ее исправить. 80.188.178.177 (обсуждение) 13:56, 19 июня 2010 (UTC) [ ответить ]

Текстовые представления - СИГАРА, ВУЛЬГАРНЫЙ и т.д.

Я заметил здесь отверстие в форме СИГАРЫ, но не уверен, как его заполнить. Я сделал нить СИГАРЫ и связал ее с Cigar (разночтение) . Сомневаюсь, что материала хватит на целую статью, поэтому я сделал перенаправление. Я не хочу редактировать эту статью, потому что она была представлена ​​(а должен ли я?). -- Silicosaurus ( обсуждение ) 15:24, 18 апреля 2012 (UTC) [ ответить ]

Я не эксперт, но у меня есть наводки

  • Формат струны CIGAR
    • испускается элайнером Exonerate
    • используется в расширенной форме Ensembl
    • Существует несколько спецификаций, но недавно мне сказали, что формат SAMtools имеет наиболее близкий к расширенному набору функций.
    • Точность расширения вызывает сомнения, сравните Компактный отчет об идиосинкразическом выравнивании с зазорами, Краткий отчет об идиосинкразическом выравнивании с зазорами — Предыдущий неподписанный комментарий добавлен Silicosaurus ( обсуждение • вклад ) 15:38, 18 апреля 2012 (UTC)[ отвечать ]
  • Формат VULGAR является вариацией
  • Используется в GFF3

Я думаю, если строка CIGAR перенаправляет сюда, то статья должна, по крайней мере, упомянуть строки CIGAR. Я только что искал в Википедии и был сбит с толку этим несоответствием; я подумал, что, должно быть, я что-то упустил в статье. В настоящее время эта статья, похоже, сосредоточена на парном выравнивании (сравнимых строк) и множественном выравнивании последовательностей, поэтому строки CIGAR не очень актуальны. Единственные представления выравниваний, обсуждаемые в статье в настоящее время, — это те, где обе последовательности записаны. Общие методы представления выравнивания на референсный геном не упоминаются.

Я считаю, что эта статья выиграла бы от раздела «Выравнивание по эталонному геному», в котором можно было бы кратко упомянуть представления SAM/BAM/CRAM и дать ссылку на спецификацию формата SAM, которая охватывает строки CIGAR. С удовольствием попробую, если будет какое-то соглашение. В настоящее время я думаю, что в Википедии (?) нет описания форматов файлов SAM/BAM/CRAM, хотя есть статья о SAMtools и есть страницы о некоторых других форматах биографий, таких как GFF или FASTQ. 59.167.191.34 ( обсуждение ) 03:16, 16 января 2015 (UTC) [ ответ ]

Аудиозапись

Привет, я сделал аудиозапись для этой статьи. Но я не был уверен, как произносятся некоторые слова/аббревиатуры, и просто предположил. Буду признателен за любые исправления.

  • МАМА
  • Нидлман–Вунш
  • индел
  • Геневайз
  • ФАСТ
  • ЭМБЛ ФАСТ
  • NCBI-БЛАСТ
  • БАЛИБАЗА
  • ССАП

Спасибо. -- Mangst ( обсуждение ) 00:50, 6 июня 2012 (UTC) [ ответить ]

Более короткие абзацы

Это в основном для того, чтобы я мог вспомнить позже. Я сейчас тороплюсь, но: эту статью действительно нужно разбить на более короткие абзацы. Risc64 ( talk ) 03:41, 11 декабря 2015 (UTC) [ ответить ]

Здравствуйте, уважаемые википедисты!

Я только что добавил архивные ссылки на 3 внешние ссылки на Sequence alignment . Пожалуйста, уделите немного времени, чтобы просмотреть мою правку. Если необходимо, добавьте после ссылки, чтобы я не мог ее изменить. Или же вы можете добавить, чтобы я вообще не попадал на страницу. Я внес следующие изменения:{{cbignore}}{{nobots|deny=InternetArchiveBot}}

  • Добавлен архив http://web.archive.org/web/20160103005028/http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/readseq.html в http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/readseq.html
  • Добавлен архив http://web.archive.org/web/20080918022531/http://tcoffee.vital-it.ch:80/cgi-bin/Tcoffee/tcoffee_cgi/index.cgi в http://tcoffee.vital-it.ch/cgi-bin/Tcoffee/tcoffee_cgi/index.cgi
  • Добавлен архив http://web.archive.org/web/20160103005028/http://bips.u-strasbg.fr/fr/Products/Databases/BAliBASE/prog_scores.html в http://bips.u-strasbg.fr/fr/Products/Databases/BAliBASE/prog_scores.html

Когда вы закончите просматривать мои изменения, пожалуйста, установите отмеченный параметр ниже на значение true, чтобы сообщить об этом другим.

Это сообщение было опубликовано до февраля 2018 года . После февраля 2018 года разделы страниц обсуждения "Внешние ссылки изменены" больше не генерируются и не отслеживаются InternetArchiveBot . Никаких специальных действий в отношении этих уведомлений на страницах обсуждения не требуется, кроме регулярной проверки с использованием инструкций инструмента архивации ниже. Редакторы имеют право удалять эти разделы страниц обсуждения "Внешние ссылки изменены", если они хотят очистить страницы обсуждения от загромождения, но перед выполнением массовых систематических удалений ознакомьтесь с RfC . Это сообщение динамически обновляется через шаблон (последнее обновление: 5 июня 2024 г.) .{{source check}}

  • Если вы обнаружили URL-адреса, которые бот ошибочно посчитал неработающими, вы можете сообщить о них с помощью этого инструмента.
  • Если вы обнаружили ошибку в архивах или самих URL-адресах, вы можете исправить их с помощью этого инструмента.

Привет.— cyberbot II Поговорить с моим владельцем : Онлайн 23:20, 27 февраля 2016 (UTC) [ ответить ]

Здравствуйте, уважаемые википедисты!

Я только что изменил одну внешнюю ссылку на Sequence alignment . Пожалуйста, уделите немного времени, чтобы просмотреть мои правки. Если у вас есть какие-либо вопросы или вам нужно, чтобы бот игнорировал ссылки или страницу в целом, посетите этот простой раздел FaQ для получения дополнительной информации. Я внес следующие изменения:

  • Добавлен архив https://archive.is/20130128163812/http://inderscience.metapress.com/content/1558538106522500/ в http://inderscience.metapress.com/content/1558538106522500/

Закончив просмотр моих изменений, вы можете следовать инструкциям в шаблоне ниже, чтобы исправить любые проблемы с URL-адресами.

Это сообщение было опубликовано до февраля 2018 года . После февраля 2018 года разделы страниц обсуждения "Внешние ссылки изменены" больше не генерируются и не отслеживаются InternetArchiveBot . Никаких специальных действий в отношении этих уведомлений на страницах обсуждения не требуется, кроме регулярной проверки с использованием инструкций инструмента архивации ниже. Редакторы имеют право удалять эти разделы страниц обсуждения "Внешние ссылки изменены", если они хотят очистить страницы обсуждения от загромождения, но перед выполнением массовых систематических удалений ознакомьтесь с RfC . Это сообщение динамически обновляется через шаблон (последнее обновление: 5 июня 2024 г.) .{{source check}}

  • Если вы обнаружили URL-адреса, которые бот ошибочно посчитал неработающими, вы можете сообщить о них с помощью этого инструмента.
  • Если вы обнаружили ошибку в архивах или самих URL-адресах, вы можете исправить их с помощью этого инструмента.

Привет.— InternetArchiveBot ( Сообщить об ошибке ) 16:23, 27 июля 2017 (UTC) [ ответить ]

Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Talk:Sequence_alignment&oldid=1218270297"