Обсуждение:RuBisCO

Rubisco был научным сотрудничеством недели .
Посмотрите изменения, внесенные за эту неделю.

Название статьи

С каких пор этот фермент называется rubisCO вместо rubisco? Он был rubisco (или обычно его длинное название), когда я был в аспирантуре и работал над фотосинтезом, и веб-сайт, на который ссылается статья, называет его rubisco. Можем ли мы изменить его обратно, чтобы rubisco имело статью, а rubisCO было перенаправлением? -- Marj 18:28, 6 октября 2004 (UTC)

Я перенес статью в сокращенную форму названия, поскольку на практике люди называют ее именно так, а также поскольку существуют некоторые технические проблемы с / в заголовках. -- nixie 05:32, 11 августа 2005 (UTC) [ ответить ]

Диаграмма цикла Кальвина

Эй, я только что сделал/добавил обзор цикла Кальвина для этой страницы и страницы цикла Кальвина, мне было интересно, что все думают. Я беспокоюсь, что это слишком сложно/перегружено, я думаю, стоит ли мне упростить это (т. е. избавиться от молекулярных схем). Что-нибудь еще изменить, я действительно хочу, чтобы это было здорово. Аденозин | Talk 08:34, 2 сентября 2005 (UTC)

Я думаю, что было бы неплохо включить такую ​​диаграмму на эту страницу. Пожалуйста, проверьте структуру 3-фосфоглицерата; я думаю, у вас есть углерод с 5 связями и дополнительный водород. Разумно ли показывать карбоксильную группу протонированной при физиологическом pH? Мне нравится идея научных статей, которые начинаются с простого, а затем к концу содержат подробности. Может быть, можно было бы привести упрощенную диаграмму в самом начале статьи. -- JWSchmidt 13:35, 2 сентября 2005 (UTC) [ ответить ]
Вопросы по рисунку 2:

Файл:TwoRuBisCOquestions.png -- JWSchmidt 20:41, 2 сентября 2005 (UTC) [ ответить ]

Вы бы начали думать, что я не изучаю это каждый день в школе... исправлено. Аденозин | Обсуждение 20:52, 3 сентября 2005 (UTC)
Я попытался сделать новую версию (Image:Calvin-cycle3.png), которая подчеркивает метки для RuBisCO и "Phase 1". Это позволяет моим старым глазам лучше видеть "RuBisCO" в виде миниатюр. Если вы считаете, что измененная версия хороша, ее, вероятно, можно сжать до меньшего размера файла. -- JWSchmidt 09:12, 5 сентября 2005 (UTC) [ ответить ]
Мне очень нравится эта редакция Аденозин | Обсуждение 09:19, 5 сентября 2005 (UTC)

Много изменений

Я пытаюсь изучить процедуры/протоколы редактирования (так что наберитесь терпения) и начал вносить много изменений в эту запись, чтобы, надеюсь, улучшить ее, основываясь на последней литературе и консенсусных взглядах на этот фермент. Дальше будет больше, включая ссылки для лучшего документирования сделанных мной изменений. Нужно создать имя пользователя - ARP на данный момент 130.126.53.185 23:49, 29 ноября 2005 (UTC) [ ответить ]

Спасибо за всю вашу работу над этой статьей. -- JWSchmidt 01:28, 30 ноября 2005 (UTC) [ ответить ]

Добавлен рисунок.

Добавлен рисунок, показывающий полный фермент. Я думаю, что это изображение должно заменить или, по крайней мере, дополнить рисунок 1, но я только изучаю всю эту систему.

Внесены некоторые незначительные изменения в текст - ссылки. Скоро добавлю ссылки. ARP 17:16, 30 ноября 2005 (UTC) [ ответить ]

Не стесняйтесь менять изображение для рисунка 1. Рисунок 1 находится внутри " блока информации о белке ". Блок информации генерируется "шаблоном": Template:Protbox_start. Вы можете редактировать параметры "Фото" и "Подпись" для шаблона, где он используется, прямо в начале окна редактирования RuBisCO:
{{Protbox start|Name=[[RuBisCO]]|Photo=RuBisCO.jpg|Caption='''Рисунок 1'''. Заряженные домены [<span style="color:#ff0000;">красный</span>(<big>-</big>), <span style="color:#0000ff;">синий</span>(+)] на [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/mmdb/mmdbsrv.cgi?form=6&db=t&Dopt=s&uid=30476 RuBisCO] позволяют ему собираться в плотно упакованные мультимерные комплексы, максимизируя количество копий этого неэффективного фермента внутри растительных клеток.....
Просто замените «RuBisCO.jpg» на имя более подходящего изображения и добавьте описательную подпись для нового изображения. -- JWSchmidt 19:47, 30 ноября 2005 (UTC) [ ответить ]

Ссылка "молекулярная структура" для рисунка 1 повреждена и должна быть обновлена. Была ли использована какая-либо конкретная структура PDB для этого изображения? Sahrendt (обсуждение) 15:17, 16 октября 2009 (UTC) [ ответить ]

Добавлены ссылки и некоторые изменения в тексте.

Мне придется повозиться с заменой/переключением рис. 1 и 4. ARP 21:59, 30 ноября 2005 (UTC) [ ответить ]

Поменялись местами цифры

Хорошо, я поменял местами рис. 1 и 4. Добавил еще одну ссылку в раздел «генная инженерия» и внес небольшие изменения в текст. Также обратите внимание, что на рис. 2 рибулозо-1-фосфат (и его структура) следует заменить на рибулозо-5-фосфат — я отправил электронное письмо первоначальному автору, и, надеюсь, он это изменит. ARP 16:22, 1 декабря 2005 (UTC) [ ответить ]

Поменялись местами цифры

Хорошо, я поменял местами рис. 1 и 4. Добавил еще одну ссылку в раздел «генная инженерия» и внес небольшие изменения в текст. Также обратите внимание, что на рис. 2 рибулозо-1-фосфат (и его структура) следует заменить на рибулозо-5-фосфат — я отправил электронное письмо первоначальному автору, и, надеюсь, он это изменит. ARP 16:22, 1 декабря 2005 (UTC) [ ответить ]

структура рубискоса

Рубиско состоит из восьми больших L-цепей (56 кДа) и восьми малых S-цепей (14 кДа), что дает октодимер L8S8. А НЕ четыре L-цепи и восемь S-цепей!

Метаболический контроль

В статье говорится, что «RuBisCO является основным ферментом, ограничивающим скорость цикла Кальвина». - НЕТ НЕТ НЕТ! В нормальных физиологических условиях, согласно Quick et al (1991), Rubisco имеет коэффициент контроля 0,05-0,15 (сумма коэффициентов контроля каждого фермента в данном пути равна 1). Только когда рост происходит при слабом освещении, а интенсивность света внезапно увеличивается (или CO2 внезапно уменьшается), коэффициент контроля Rubisco увеличивается до диапазонов коэффициентов, где это утверждение может быть точным (>0,5).


При «нормальной» высокой интенсивности света, типичной для улицы в солнечные дни, коэффициент контроля рубиско составляет 0,8 - см. статью, следующую за Куиком (Stitt et al., 1991). Исследования в статье Куика проводились в условиях камеры роста - слабый свет!!!. Таким образом, утверждение верно. ARP 19:22, 20 декабря 2006 (UTC) [ ответить ]

RuBisCo разработан так, чтобы содержать все незаменимые аминокислоты

Кто-нибудь модифицировал рубиско так, чтобы в его структурных аспектах присутствовало большее разнообразие аминокислот? Это делает незаменимые аминокислоты частью рубиско, сохраняя при этом функцию рубиско. Если бы рубиско был полон таких вещей, как метионин, фенилаланин, валин, треонин, триптофан, изолейцин, лейцин и лизин, цистеин, тирозин, гистидин и аргинин, то употребление в пищу растений с таким содержанием рубиско обеспечивало бы все незаменимые аминокислоты. Учитывая, что рубиско составляет большую часть белка на Земле, я думаю, что его следует модернизировать, чтобы он обеспечивал организм всеми аминокислотами, необходимыми для жизни. Люди могли бы получать весь свой белок из модифицированных листьев и травы рубиско. — Предыдущий неподписанный комментарий добавлен 169.237.215.179 ( обсуждение ) 21:26, 15 июня 2009 (UTC) [ ответить ]

Люди уже могут получать весь необходимый им белок и другие вещества из листьев шпината. -- Agesworth 05:52, 17 июня 2009 (UTC) — Предыдущий неподписанный комментарий добавлен Agesworth ( обсуждение • вклад )
Эти люди хотят иметь его в качестве будущей пищевой добавки: https://www.newsroom.co.nz/sustainable-future/rod-climate-series-6 Если им это удастся, то аминокислотный состав конкретно этого белка будет иметь значение для пищевой ценности полученных продуктов. Новая Зеландия, где они его изучают, не является хорошим кандидатом для помещения генетически модифицированных растений в условия открытого выращивания. 222.154.121.175 ( talk ) 22:31, 26 июня 2023 (UTC) [ ответить ]

Важность

Учитывая, что RuBisCo составляет большую часть белка на Земле, я думаю, что его следует повысить до высокого/высшего уровня важности. Кто-нибудь еще согласен? — Предыдущий неподписанный комментарий был добавлен R-Bowen J (обсуждение • вклад ) 08:11, 19 декабря 2006 (UTC). [ ответить ]

Даже если это самый распространенный белок, это не значит, что он «составляет большую часть белка на Земле». -- JWSchmidt 02:58, 1 февраля 2007 (UTC) [ ответить ]
Я согласен с первым парнем - высокая или даже высшая важность! Aaadddaaammm ( talk ) 15:02, 3 ноября 2008 (UTC) [ ответить ]

Я изменил важность на высокую, так как это единственный наиболее распространенный белок на Земле. Smartse ( обсуждение ) 00:48, 23 мая 2009 (UTC) [ ответить ]

Прекрасно указано

Сегодня я наткнулся на статью, ссылающуюся на RuBisCo, в журнале Nature (Vol 447; 14 июня 2007; стр. 781-782), и посмотрел RuBisCo в Wikipedia. Эта Wiki о RuBisCo читается довольно хорошо, и ссылки, хотя и подробные, впечатляют. Продолжайте в том же духе, авторы. AppleJuggler 03:34, 26 июня 2007 (UTC) [ ответить ]

Удален последний раздел «RuBisCO и связывание углерода»

Я удалил последний раздел, потому что я думаю, что связь между поглощением углерода RuBisCO конкретно (в отличие от других белков в фотоавтотрофах) является отвлекающим маневром. Идея о том, что добавление питательных веществ в экосистемы увеличивает поглощение углерода, стара и важна. Но в этом явлении нет ничего особенного в RuBisCO: фотоавтотрофам требуется много белков для успешного преобразования CO 2 в органическое вещество в форме, которая не будет быстро преобразована обратно в CO 2 гетеротрофными организмами. Более того, я не знаю никаких доказательств того, что в растениях с ограниченным содержанием азота добавленный азот преимущественно усваивается в RuBisCO, а не в других биомолекулах. Поэтому я не думаю, что этот раздел действительно по теме.

Я сохранил ссылку на углеродный цикл в разделе «Дополнительная литература», хотя полагаю, что, используя мою логику выше, ее можно было бы удалить.

В противном случае, я думаю, что это первоклассная статья! Asteen (обсуждение) 14:59, 20 апреля 2008 (UTC) [ ответить ]

RuBisCO против Rubisco

Предлагаю заменить все RuBisCO на Rubisco - есть какие-то проблемы? Aaadddaaammm ( talk ) 15:00, 3 ноября 2008 (UTC) [ ответить ]

Я бы !проголосовал за то, чтобы оставить все как есть - это более наглядно. -- MarcoTolo ( обсуждение ) 17:00, 3 ноября 2008 (UTC) [ ответить ]
Может быть, это более наглядно, но мне это кажется таким уродливым. 141.14.217.217 (обсуждение) 08:49, 5 ноября 2008 (UTC) [ ответить ]

Согласен, в статьях это выглядит очень плохо. Я, конечно, никогда не писал RuBisCO вручную и не могу представить, чтобы многие другие это делали. Smartse ( talk ) 23:49, 22 мая 2009 (UTC) [ ответить ]

Как бы уродливо ни выглядел RuBisCO, он, похоже, является нормой в базах данных белков, которые я просматривал, поэтому я считаю, что мне следует оставить все как есть :( Abergabe ( обсуждение ) 16:17, 29 июня 2010 (UTC) [ ответ ]

проверка ссылок

Я просто взял это из статьи:

В начальной реакции RuBisCO на свету RuBP, который был отделен от RuBisCO, связывается с карбамилированным ферментом и после отщепления протона производит Enediol, который может реагировать с углекислым газом. Ограничение RuBisCO или RuBP на любой стадии сделает реакцию нечувствительной к любому другому фактору, включая углекислый газ. По этой причине ведущая модель C3, которая основана на ограничении RuBisCO при низких уровнях углекислого газа, таких как точка компенсации, неверна, поскольку она не может поддерживать жизнь на планете<ref>http://www.farazdaghi.com/</ref>. (добавлено Hfarazdaghi)

Может ли эксперт проверить содержание и предоставить ссылку на конкретную опубликованную статью, а не на этот сайт? Пользователь Hfarazdaghi, похоже, управляет цитируемым сайтом. -- JWSchmidt ( обсуждение ) 03:27, 14 июня 2009 (UTC) [ ответить ]

Я подозреваю, что правки от 99.231.80.189, такие как эта, также от User:Hfarazdaghi. Я думаю, нам нужно удалить все ссылки на www.farazdaghi.com из статьи. Нам нужны ссылки на рецензируемые публикации. -- JWSchmidt ( обсуждение ) 04:10, 14 июня 2009 (UTC) [ ответ ]

1) Чтобы убедиться, пожалуйста, ознакомьтесь с последним томом Advances in Photosynthesis and Respiration. Photosynthesis in Silico, A. Laisk, L. Nedbal и Govindjee (ред.), Photosynthesis in silico: Understanding Complexity from Molecules to Ecosystems, стр. 275–294.

c 2009 Springer Science+Business Media BV

Глава 12: Моделирование кинетики активации и реакции Рубиско из газообмена Хади Фараздаги

2) Рубиско является источником кислородной жизни и главным регулятором соотношения CO2/O2 на планете. Это единственное природное вещество, способное изолировать CO2 и сохранять его в растительности.

3) Заинтересованные стороны могут оставлять комментарии непосредственно на сайте www.farazdaghi.com — Предыдущий неподписанный комментарий добавлен 99.231.80.189 (обсуждение) 19:48, 12 июля 2009 (UTC) Сайт также ссылается на другие опубликованные статьи. — Предыдущий неподписанный комментарий добавлен 99.231.80.189 (обсуждение) 20:46, 12 июля 2009 (UTC) [ ответить ]

Привет, есть ли у вас ссылки на журналы, перечисленные в PubMed, которые занимаются этой темой? Это бы легко решило проблему, поскольку у нас нет возможности проверить, управляется ли "www.farazdaghi.com" экспертом по Rubisco или точно ли суммирует ссылки, которые он цитирует. Тим Викерс ( обсуждение ) 17:11, 20 июля 2009 (UTC) [ ответить ]

Я удалил утверждение «Однако авторы той же группы [30] продвигают противоречивую теорию о том, что фотосинтез ограничивается Рубиско при низкой концентрации CO2, что противоречит существованию жизни на планете»[18] по ряду причин.

  1. Первая часть утверждения не подтверждается ссылкой; 1 автор группы (Farquhar, GD) был частью группы, опубликовавшей указанное открытие (von Caemmerer S, Farquhar GD (1981). "Some relationships between the biochemistry of photosynthesis and the gas exchange of leaves". Planta 53: 376–87.), которая является статьей, датированной 1981 годом. Кроме того, те же авторы (все они) опубликовали обзор своей работы в 2001 году ("Models of Photosynthesis, Plant Physiology, January 2001, Vol. 125, pp. 42-45), чтобы предоставить текущий контекст для роли их оригинального исследования. Цитируемое исследование (от 1981 года), по-видимому, представляет собой часть продолжающегося, долгосрочного исследования этих авторов, а не постоянное противоречие их более поздним работам.
  2. Исследование Черкеза и др. («Несмотря на медленный катализ...») цитируется в базе данных Pub-Med 16 раз.
  3. Как упоминалось выше, ссылка № 18, похоже, ведет на сайт самого редактора. Кроме того, она не является первичным источником, в то время как опровергаемая статья является первичным, рецензируемым источником.

Kinor Sensase ( обсуждение ) 17:38, 28 ноября 2010 (UTC)Kinor Sensase [ ответить ]

Механизм

Привет. Возник вопрос на справочном столе Wikipedia:Reference_desk/Science#the organic chemistry of carbonoxide fixation (ie mechanism of RuBisCO) о механизме захвата CO2, я нашел эти [1], которые более подробны, чем статья об активном центре фермента - можно ли это включить в статью или дать ссылку? . может быть, как дополнительное чтение - спасибо? Я не биохимик, поэтому оставлю это тому, кто привел статью в ее нынешнее состояние - более эксперту, чем я. 83.100.250.79 ( talk ) 15:13, 12 сентября 2009 (UTC) [ reply ]

См. также выпуск журнала "Nature" от 14 января 2010 г. на Rubisco

См. также выпуск журнала «Nature» от 14 января 2010 г. о Rubisco («неразумный замысел») — Предыдущий неподписанный комментарий добавлен 83.77.248.104 ( обсуждение ) 22:29, 14 января 2010 г. (UTC) [ ответить ]

Спасибо, я полагаю, вы говорите об этой статье. Smartse ( обсуждение ) 21:10, 16 января 2010 (UTC) [ ответить ]

Любопытный стиль ссылок

Эй, я немного запутался в ссылках. Почему там внизу есть информация? Она наверняка должна быть в статье или ее вообще не должно быть? Это почти список мелочей. Abergabe ( talk ) 16:15, 29 июня 2010 (UTC) [ ответить ]

Ссылки в статье — они полностью условны. Есть два набора ссылок: те, которые находятся в строке, поддерживая утверждения, сделанные в статье, и другие, которые не очень хорошо вписываются, но в целом релевантны. Вы можете себе представить, что многие тысячи статей были написаны по этой системе. — Smokefoot ( обсуждение ) 17:44, 28 ноября 2010 (UTC) [ ответить ]

Изменения от октября 2011 г.

Этот белок особенный, поэтому статья заслуживает особого внимания. По этой причине я хотел объяснить свою существенную переработку lede. Я просто подумал, что люди, желающие понять, как фиксируется CO2, не горят желанием читать «профессиональные разговоры» о названии RuBisCO, взятом из шутки гика на семинаре. Поэтому я сохранил этот кусочек, но переместил его далеко на юг статьи. Из lede я также удалил упоминание цикла Кальвина и пути O2, первый из которых является необязательной терминологией, если кто-то хочет получить общее представление об этом катализаторе, а второй — в целом нежелательным путем, который разрушает энедиол. Но если есть опасения по поводу моих правок, продолжайте и верните их, и мы сможем обсудить варианты. — Smokefoot ( talk ) 02:18, 31 октября 2011 (UTC) [ ответить ]

Ограничение скорости Рубиско - НЕТ

Кто-нибудь собирается отредактировать статью, чтобы исправить утверждение, что Rubsio ограничивает скорость? Я заметил, что это уже было поднято на этой странице обсуждения в 2006 году и подкреплено цитатами. Кто когда-либо управляет этой страницей, пожалуйста, обновите этот раздел в разделе Скорость ферментативной активности 20:40, 4 декабря 2015 (UTC) — Предыдущий неподписанный комментарий добавлен Rhodydog ( обсуждение • вклад )

Здравствуйте, уважаемые википедисты!

Я только что добавил архивные ссылки на одну внешнюю ссылку на RuBisCO . Пожалуйста, уделите немного времени, чтобы просмотреть мою правку. Если необходимо, добавьте после ссылки, чтобы я не мог ее изменить. Или же вы можете добавить, чтобы вообще не допустить меня на страницу. Я внес следующие изменения:{{cbignore}}{{nobots|deny=InternetArchiveBot}}

  • Добавлен архив https://web.archive.org/20150406005230/http://www.pnas.org:80/content/103/19/7246 в http://www.pnas.org/content/103/19/7246

Когда вы закончите просматривать мои изменения, пожалуйста, установите отмеченный параметр ниже на значение true, чтобы сообщить об этом другим.

Это сообщение было опубликовано до февраля 2018 года . После февраля 2018 года разделы страниц обсуждения "Внешние ссылки изменены" больше не генерируются и не отслеживаются InternetArchiveBot . Никаких специальных действий в отношении этих уведомлений на страницах обсуждения не требуется, кроме регулярной проверки с использованием инструкций инструмента архивации ниже. Редакторы имеют право удалять эти разделы страниц обсуждения "Внешние ссылки изменены", если они хотят очистить страницы обсуждения от загромождения, но перед выполнением массовых систематических удалений ознакомьтесь с RfC . Это сообщение динамически обновляется через шаблон (последнее обновление: 5 июня 2024 г.) .{{source check}}

  • Если вы обнаружили URL-адреса, которые бот ошибочно посчитал неработающими, вы можете сообщить о них с помощью этого инструмента.
  • Если вы обнаружили ошибку в архивах или самих URL-адресах, вы можете исправить их с помощью этого инструмента.

Привет.— cyberbot II Поговорить с моим владельцем : Онлайн 20:57, 5 января 2016 (UTC) [ ответить ]

Чистая фиксация углекислого газа

Из «Ферментативной активности», подраздела «Продукты», абзац 2: « При уровнях углекислого газа и кислорода в окружающей среде соотношение реакций составляет около 4 к 1, что приводит к чистой фиксации углекислого газа всего в 3,5 ». Что представляет собой значение 3,5? Ссылка на весь абзац не предоставлена. Axl ¤ [Обсуждение] 13:37, 13 марта 2019 (UTC) [ ответить ]

Ошибки/проблемы в разделе структуры

Насколько мне известно, приведенное ниже утверждение неверно:

«У растений, водорослей, цианобактерий, фототрофных и хемоавтотрофных протеобактерий фермент обычно состоит из двух типов белковых субъединиц, называемых большой цепью (L, около 55 000 Да) и малой цепью (S, около 13 000 Да). Ген большой цепи (rbcL) кодируется хлоропластной ДНК у растений.[4]»

Цианобактерии — это прокариоты, у которых нет хлоропластов. Так что второе предложение к ним определенно не применимо. Я не эксперт по рубиско, поэтому не уверен, существует ли он у организмов, у которых нет хлоропластов. Я бы предположил, что нет. Кроме того, термин «водоросли» немного неформальный, особенно по сравнению с протеобактериями. И если вы фототрофны, вы автотрофны, так что, вероятно, лучшим изменением будет изменить цитируемый текст на:

«У растений, эукариотического фитопланктона и автотрофных протеобактерий фермент обычно...»

Я не специалист по экологии суши, поэтому не могу рекомендовать редактирование слова «растения» на правильный научный термин.

briardew ( обсуждение ) 17:47, 25 ноября 2019 (UTC) [ ответ ]

Обновление экспрессии в бактериальных хозяевах

Утверждения в этом разделе больше не являются точными. Рубиско был экспрессирован без шаперонов в E. coli и использовался для формирования полностью автотрофных бактерий. https://www.cell.com/cell/pdf/S0092-8674(19)31230-9.pdf или https://www.nature.com/articles/d41586-019-03679-x

Ethan801 ( обсуждение ) 23:03, 29 ноября 2020 (UTC) [ ответить ]

Диаграмма реакции ферментативной активности

В разделе «Ферментативная активность», диаграмма реакции («Две основные реакции...»), верхняя половина, левая часть реакции имеет молекулу RuBP с 11 атомами кислорода, и добавляется CO2 с двумя атомами кислорода, так что всего 13 атомов кислорода; в правой части две полученные карбоксилированные молекулы идентичны, поэтому неудивительно, что имеется четное число, а именно 14, атомов кислорода. Таким образом, реакция не сбалансирована, и кислород импортируется каким-то неуказанным образом. Может ли биохимический волшебник исправить это? 2001:56A:F0E9:9B00:FCA0:3426:3FC5:CC7D (обсуждение) 12:29, 30 августа 2024 (UTC)JustSomeWikiReader [ ответить ]

Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Talk:RuBisCO&oldid=1243087511"