Обсуждение:Банк данных белков

Эта статья имеет рейтинг C-класса по шкале оценки контента Википедии . Она представляет интерес для следующих WikiProjects :

Молекулярная биология : MCB / COMPBIO Эта статья находится в рамках WikiProject Molecular Biology , совместных усилий по улучшению освещения молекулярной биологии в Википедии. Если вы хотите принять участие, посетите страницу проекта, где вы можете присоединиться к обсуждению и увидеть список открытых задач.Молекулярная биология Википедия:WikiProject Молекулярная биология Шаблон:WikiProject Молекулярная биология Молекулярная биология ??? Эта статья пока не получила оценку по шкале важности . Статья подготовлена ​​при поддержке целевой группы по молекулярной и клеточной биологии . Данная статья поддержана целевой группой по вычислительной биологии (оценена как высоковажная ).

Содержимое страницы Protein Segment Finder было объединено с Protein Data Bank 20 апреля 2022 года. Для истории вклада и старых версий перенаправленной страницы см. ее историю ; для обсуждения в этом месте см. ее страницу обсуждения .

Это скорее предупреждение: просмотр структур через PDB, кажется, лучше всего работает с Netscape 4.7x. Мне не везет с IE, а некоторые программы отображения, зависящие от Chime , предупреждают, что Netscape 6 тоже не будет работать. - Дэвид М.

Из статьи: «PDB является ключевым ресурсом в структурной биологии и имеет решающее значение для более поздних работ в области структурной геномики». Было бы неплохо привести здесь несколько ссылок на работы, в которых PDB используется интересным/важным образом.

Из статьи: "Бесчисленные производные базы данных и проекты были разработаны для интеграции и классификации PDB с точки зрения структуры белка, функции белка и эволюции белка". Например? Приведите несколько примеров производных баз данных.

Из раздела о росте: «Темпы роста PDB были предметом довольно обширного анализа»... например? это требует ссылок, почему это стало предметом обширного анализа? где они?

Я согласен, что эти утверждения следует цитировать, но я не согласен, что отсутствие цитирования является причиной «упрощать» статью. Я не думаю, что структурные биологи или кристаллографы столкнутся с большими трудностями, приняв вышеизложенные факты. Тем не менее, похоже, википедисты всегда готовы взять на себя задачу упрощать статью, а не заниматься самообразованием! Я постараюсь найти какие-нибудь ссылки на эти факты (или хотя бы примеры, на которые можно ссылаться) и восстановить их в статье. -- Дэн | ^{(обсуждение)} 15:59, 23 мая 2009 (UTC) [ ответить ]

Зная объем моделирования, который требуется для структуры, помещенной в PDB, я бы вряд ли назвал файлы координат в PDB «сырыми данными».

Нужна новая страница Protein Data Bank (формат файла) , которая должна иметь перекрестные ссылки на Chemical file format и использовать также надлежащую категорию [[Category:Chemical file format]]. JKW 15:58, 8 апреля 2006 (UTC) [ ответить ]

Создан начальный банк данных белков (формат файла) , и все, что связано с обсуждениями формата в банке данных белков, следует перенести на эту страницу. JKW 11:20, 22 апреля 2006 (UTC) [ ответить ]

Я согласен, что нам следует переместить мусор из раздела о форматах файлов в этой статье в статью о форматах файлов. -- Дэн | ^{(обсуждение)} 13:41, 7 марта 2008 (UTC) [ ответить ]

Я считаю, что все вышеперечисленные проблемы были учтены в сегодняшнем пересмотре статьи. Я думаю, что все вещи ссылаются, хотя иногда одна ссылка охватывает целый абзац.-- Кристофер Кинг ( обсуждение ) 03:59, 5 января 2009 (UTC) [ ответить ]

См. мой комментарий выше в разделе #Необходимы дополнительные подробности и ссылки в разделе истории. -- Дэн | ^{(обсуждение)} 16:00, 23 мая 2009 (UTC) [ ответить ]

Я удалил из вводного абзаца утверждение, что вся информация с PDB.com PDB.org находится в открытом доступе. Это утверждение просто ложно. RCSB частично несет ответственность за эту путаницу, но важно отметить, что нигде они не указывают, что материал находится в «открытом доступе». Большая часть их материала поступает из самых разных источников, и нет никаких доказательств того, что у них есть полномочия (не говоря уже о ресурсах), чтобы разместить все это в открытом доступе.

В частности, обратите внимание на следующие ограничения, подробно описанные в «Рекомендациях по использованию архива PDB», которые делают его содержимое неприемлемым для Википедии (и Викисклада):

• «Распространение измененных файлов данных с использованием того же имени файла, что и на FTP-сервере, запрещено».
• «Пользователь принимает на себя всю ответственность за обеспечение соблюдения прав интеллектуальной собственности, связанных с любым набором данных, размещенным в архиве PDB».

Обратите внимание на эти ограничения в разделе «Политики и ссылки».

• «Используя материалы, доступные в архиве PDB, пользователь соглашается соблюдать условия, описанные в Информационном уведомлении PDB ».
• « Иллюстрации «Молекулы месяца» защищены авторским правом. Они доступны в образовательных целях при условии указания авторства Дэвида С. Гудселла и RCSB PDB. Статьи «Молекулы месяца» защищены авторским правом RCSB PDB и авторов статьи. Текст может быть перепечатан только с разрешения, с указанием авторства и без права манипулировать или изменять его содержание».

— Дэнортон  ( обсуждение ) 05:07, 15 апреля 2009 (UTC) [ ответить ]

PDB.com не имеет ничего общего с pdb.org или RCSB (я уверен, что это была просто опечатка). Однако я думаю, что могу оспорить pdb.org по поводу этих претензий на авторские права (не на изображения "Molecule of the Month"; на сами файлы PDB). У них нет оснований для авторских прав на файлы PDB. -- Thorwald ( обсуждение ) 08:03, 15 апреля 2009 (UTC) [ ответить ]

Банк данных белков предоставляет данные в соответствии с лицензией CC0 1.0 Universal (CC0 1.0) Public Domain Dedication:

https://www.wwpdb.org/about/usage-policies

Это общественное достояние. 128.6.158.89 (обсуждение) 18:00, 27 марта 2024 (UTC) [ ответить ]

Добавлена ​​ссылка на лицензию общественного достояния CC0. Оставлю это на некоторое время, чтобы дать другим возможность просмотреть, но в конечном итоге хотел бы удалить этот раздел обсуждения, поскольку он устарел.

Также, NB: важно не путать PDB с отдельными организациями-участниками, такими как PDBe, PDBj и RCSB PDB. Структурные данные в *PDB* являются общественным достоянием. Однако, как указано выше, некоторые элементы на отдельных сайтах участников могут быть защищены авторским правом (например, иллюстрации и статьи). Но их не следует путать с основными данными в архиве *PDB*. Wdpw (обсуждение) 16:51, 16 апреля 2024 (UTC) [ ответить ]

Необходимо больше информации об идентификаторах PDB. Я редактор-любитель, а не биохимик, поэтому не знаю происхождения идентификатора или того, кто придумал этот формат именования. Кто придумал дизайн и метод идентификатора? Кто решает, какие белки добавлять в серию?

Существуют ли «зарезервированные области» идентификатора для определенного контента или новые последовательности просто добавляются последовательно по мере поступления информации от исследователей?

Насколько я могу определить, это система именования base-36, использующая цифры 0-9 и буквы AZ. Если она ограничена всего четырьмя степенями, как в настоящее время указано в тексте этой статьи, то это всего 1 679 616 возможных записей PDB.

Неужели кто-то всерьез полагает, что за всю историю жизни на планете никогда не будет обнаружено и картировано более 1,7 миллиона белковых структур?

Было бы разумнее, если бы можно было добавлять дополнительные степени/цифры по мере необходимости. Пятая цифра позволит создать 60 466 176 общих шаблонов, а шестая цифра позволит создать 2 176 782 336 шаблонов и т. д.

DMahalko ( обсуждение ) 23:00, 20 мая 2009 (UTC) [ ответить ]

Привет, DMahalko, ты правильно понимаешь код. Я не знаю, как это было решено, но это так. Раньше авторы выбирали свои собственные коды. В наши дни они автоматически назначаются программой отправки. Ограниченное количество кодов обсуждалось время от времени на протяжении многих лет в списке рассылки PDB-L https://lists.sdsc.edu/mailman/listinfo.cgi/pdb-l (где, я уверен, кто-нибудь ответит на любые твои вопросы по вышеизложенному. Ты также можешь поискать (или даже улучшить) неофициальный PDB FAQ здесь http://pdbwiki.org/index.php/PDB_FAQ HTH -- Dan | ^{(обсуждение)} 16:06, 23 мая 2009 (UTC) [ ответить ]

На самом деле в PDBWiki есть статья о "коде PDB" http://pdbwiki.org/index.php/PDB_code -- Дэн | ^{(обсуждение)} 16:08, 23 мая 2009 (UTC) [ ответить ]

Физическое местоположение заслуживает упоминания или указания в качестве координат. Я могу ошибаться, но я думаю, что единственное местоположение хранилища — в Университете Ратгерса (http://www.biomaps.rutgers.edu/index.php?option=com_content&task=section&id=1&Itemid=2 третий абзац). Я видел крыло здания в Ратгерсе с пометкой Protein Data Bank: (40.524497°, -74.461634°). Pulu ( talk ) 18:37, 15 июля 2009 (UTC) [ reply ]

Тенденция роста имеет ссылку на официальный сайт PDB.

Однако, это начинается в 1976 году; сюжет, однако, начинается в 1972 году. С 1972 по 1976 год, таким образом, будет 0 записей. Мне это не кажется особенно понятным?

Если SEARCH была исходной базой данных, у меня есть другой источник, который утверждает, что PDB начиналась с 7 записей. Может быть, можно предоставить дополнительную проверку, чтобы объяснить, почему она начинается с 1976 года, и какие записи были первыми? 80.110.81.222 (обсуждение) 21:06, 30 мая 2015 (UTC) [ ответить ]

Комментарии ниже были изначально оставлены на Talk:Protein Data Bank/Comments и размещены здесь для потомков. После нескольких обсуждений в прошлые годы эти подстраницы теперь устарели. Комментарии могут быть неактуальными или устаревшими; если это так, пожалуйста, не стесняйтесь удалить этот раздел.

Последнее изменение: 13:40, 7 марта 2008 (UTC). Заменено: 03:28, 30 апреля 2016 (UTC)

«100 зарегистрированных структур — веха в 1982 году, 1000 в 1993 году, 10 000 в 1999 году и 100 000 в 2014 году» Что? 100, 1, 10 и снова 100? Это правильно? Или это кто-то, кто не знает стандарта ISO для разделителей тысяч, написал это? — Предыдущий неподписанный комментарий, добавленный 78.67.250.137 (обсуждение) 19:34, 21 июня 2017 (UTC) [ ответить ]