Обсуждение:Филогенетическое дерево

Эта статья уровня 5 жизненно важна и имеет рейтинг B-класса по шкале оценки контента Википедии . Она представляет интерес для следующих WikiProjects :

Молекулярная биология : COMPBIO Самое важное Эта статья находится в рамках WikiProject Molecular Biology , совместных усилий по улучшению освещения молекулярной биологии в Википедии. Если вы хотите принять участие, посетите страницу проекта, где вы можете присоединиться к обсуждению и увидеть список открытых задач.Молекулярная биология Википедия:WikiProject Молекулярная биология Шаблон:WikiProject Молекулярная биология Молекулярная биология Вершина Данная статья получила оценку «Высшая важность» по шкале важности . Данная статья поддержана целевой группой по вычислительной биологии (оценена как особо важная ). Древо Жизни. Самое важное Эта статья находится в рамках WikiProject Tree of Life , совместных усилий по улучшению освещения таксономии и филогенетического древа жизни в Википедии. Если вы хотите принять участие, посетите страницу проекта, где вы можете присоединиться к обсуждению и ознакомиться со списком открытых задач.Древо жизни Википедия:WikiProject Древо жизни Шаблон:WikiProject Древо жизни таксономический Вершина Данная статья получила наивысшую оценку по шкале важности проекта .

Вы можете объединить два файла, если вы включите в них отдельное определение. Филогенетические деревья излагаются как гипотезы взаимоотношений; эволюционные деревья должны включать информацию о времени и ископаемых. Аноним, 22:50 18 июня 2006 г.

Разве у нас нет доказательств того, что эукариоты образованы слиянием ветвей? Что это делает с аккуратной фигурой? Drobinsonatlaur 02:31, 8 декабря 2006 (UTC) [ ответить ]

Очень стильно. Wetman 10:07, 19 ноя 2003 (UTC)~

но есть ли у нас судьи?

и не совсем точно, так как эволюционные деревья, хотя и основаны на доказательствах, также являются гипотезами, которые будут исправлены или подтверждены дальнейшими доказательствами. Например, самый верхний узел на рис. 1, правильно обозначенный как «спекулятивный», вероятно, неверен, так как грибы+животные образуют отдельную ветвь от растений → Гриб .

считается ли приемлемым рисовать дерево с тройным разделением, чтобы обозначить отсутствие знаний? Небиолог мог бы подумать, что это представляет собой что-то, что могло бы произойти. DGG 00:08, 23 сентября 2006 (UTC) [ ответить ]

Было бы неплохо получить некоторую информацию о том, как филогенетические деревья вычисляются из геномных последовательностей. Кажется, в сети не так уж много материала на эту тему. 62.227.165.193 20:34, 10 апреля 2004 (UTC)

теперь есть больше, и все последовательности на Entrez, и это должно быть добавлено. По крайней мере, должен быть написан заглушка, чтобы с ней можно было связаться. Страница ДНК-секвенирование рассматривает это только как биохимическую технику. Как мы должны это назвать, хотя? (кстати, у меня нет знаний, чтобы написать страницу) DGG 00:08, 23 сентября 2006 (UTC) [ ответить ]

В настоящее время ведется работа над страницей под названием «Сравнение взглядов креационистов и традиционных ученых». Также в настоящее время ведется работа над Wikipedia: NPOV (Сравнение взглядов в науке), дающей рекомендации для этого типа страницы. Предполагается, что это будет набор рекомендаций для NPOV в этой обстановке. Здесь очень нужны люди, разбирающиеся во многих областях науки и философии науки. И все они нужны, чтобы гарантировать, что рекомендации правильно представляют NPOV в этой обстановке. :) Barnaby dowson 22:09, 29 декабря 2004 (UTC)

не только между креационистами и эволюционистами, но и между различными теориями креационистов. Люди "молодой Земли" - это те, кто в новостях, но люди "старой Земли", которые рассматривают сверхъестественное влияние только в ключевых моментах (таких как происхождение типов), имеют гораздо более сложную аргументацию. Я чуть не написал "гораздо более сложные".

Была ли проделана работа на этой странице с 2005 года? DGG 00:08, 23 сентября 2006 (UTC) [ ответить ]

Есть ли страница под названием «Сравнение взглядов сторонников теории плоской Земли и традиционных ученых»? Или страница под названием «Сравнение взглядов людей, считающих, что болезни вызваны дурным настроением, и традиционных ученых»? Просыпайтесь, люди, и двигайтесь дальше. Jeffgwatts ( обсуждение ) 11:23, 2 апреля 2010 (UTC) [ ответить ]

Нет, но есть страница под названием «Соломенный человек». 174.20.246.198 (обсуждение) 04:37, 3 октября 2016 (UTC) [ ответить ]

Из статьи: «Деревья, не включающие вымершие виды, также следует интерпретировать с осторожностью» (выделено мной)

Я думаю, это должно быть написано "Деревья, которые включают вымершие виды, также должны интерпретироваться с осторожностью". Это потому, что вымершие виды могут быть или не быть конечными узлами, вероятность того, что они являются конечными узлами, однако, очень высока (см. объединение (генетика) ); однако, в прошлом их часто помещали во внутренние узлы. Это деревья, которых следует опасаться. Кто-нибудь отличается? - Samsara 15:37, 2 января 2006 (UTC) [ ответить ]

В основном семантика, но я не думаю, что существует такая вещь, как эволюционное дерево (вполне возможно, что я могу ошибаться), поэтому я чувствую, что поиск по «эволюционному дереву» должен возвращать филогенетическое дерево. Хо

Насколько я могу судить по теме, " эволюционное дерево " - это то же самое, что и "филогенетическое дерево". Поэтому я предлагаю объединить две страницы.

Согласно этой статье, "филогенетическое дерево" - более технический термин. Поэтому я предлагаю объединить статью об эволюционном дереве с этой (хотя обратное тоже возможно. SpectrumDT 11:33, 9 февраля 2006 (UTC) [ ответить ]

Согласен --KimvdLinde 14:30, 9 февраля 2006 (UTC) [ ответить ]

Также согласен. Я попробую. - Samsara _contrib ^talk 23:29, 9 февраля 2006 (UTC) [ ответить ]

На самом деле, я сейчас сижу на заборе. Кажется, эволюционное дерево касается текущего консенсусного дерева, тогда как филогенетическое дерево касается теории, лежащей в основе деревьев в целом, и дерева жизни в частности. Так что эволюционное дерево на самом деле должно называться деревом жизни , но эта статья уже занята; возможно, дерево жизни (биология) ? - Samsara _contrib ^talk 23:40, 9 февраля 2006 (UTC) [ ответить ]

А как насчет происхождения жизни ? - Samsara _contrib ^talk 00:49, 10 февраля 2006 (UTC) [ ответить ]

Я думаю, что все еще слияние. Изображения на этой странице — филогенетические деревья, соответствующие разработанному эволюционному дереву. --KimvdLinde 01:40, 10 февраля 2006 (UTC) [ ответить ]

Страница происхождения жизни не очень-то совпадает ни с этим, ни с эволюционным деревом . Происхождение жизни — это о процессах, которые создают жизнь, а не о точном эволюционном «пути», пройденном различными видами. SpectrumDT 21:33, 24 февраля 2006 (UTC) [ ответить ]

Хорошо, этот вопрос существует уже 2 недели, так что если не будет решающих возражений, я объединю их где-нибудь в течение выходных... --KimvdLinde 03:54, 25 февраля 2006 (UTC) [ ответить ]

Филогенетические деревья не ограничиваются эволюционными связями. Они также могут представлять иерархическое таксономическое дерево. Я предлагаю оставить два отдельных —Предыдущий неподписанный комментарий был добавлен 131.162.134.163 (обсуждение • вклад ) .

Это не аргумент против использования древа жизни в качестве примера прикладной филогенетики в этой статье. - Samsara ( обсуждение • вклад ) 17:13, 12 мая 2006 (UTC) [ ответить ]

Если взглянуть на статьи, то основное различие в настоящее время заключается в том, что статья PT объясняет теорию (или, по крайней мере, один взгляд на теорию), а ET — это несколько упрощенное представление. К сожалению, названия не дают этого понять. Я не уверен, что есть согласие по всем теоретическим позициям, изложенным в статье PT, включая ту, что ниже. Кроме того, статья PhyloCode очень правильно говорит: «PhyloCode является спорным. Число сторонников официального принятия PhyloCode все еще невелико, и по состоянию на 2006 год неизвестно, когда кодекс будет реализован и насколько широко он будет соблюдаться». Это довольно техническая статья, и, вероятно, ее следует сохранить отдельно, как и статьи об отдельных кодексах. В ней упоминается: «Второе международное совещание по филогенетической номенклатуре состоялось 28 июня — 2 июля 2006 года». Я не знаю, что там было сказано, но это было бы уместно. Как неспециалист в номенклатуре, просто биолог, я считаю, что лучше иметь единый код, но мои чувства не определят результат. Если мы не объединим, мы представим каждую сторону аргументов в отдельной статье — совершенно независимо от NPOV, в данном случае это сбивает с толку пользователя WP. Информация, которую он получит, определяется тем, с какого термина он начнет. Отдельные статьи не длинные, и многие ссылки должны быть одинаковыми.

Даже единственный комментарий Рика Рейнкенса «не объединяйтесь» можно расценивать как поддержку объединения DGG 02:26, ​​13 сентября 2006 (UTC) [ ответить ]

Не согласен Статья об эволюционном дереве должна рассматривать вопросы о фактической истории жизни, включая латеральный перенос генов. Статья о филогенетике посвящена инструменту, который мы используем для анализа данных об истории жизни, который не справляется со всеми возможностями (например, латеральный перенос генов). Эти две вещи не следует путать, и им должны быть посвящены отдельные статьи. Статья об эволюционном дереве должна включать больше информации о тонкостях предмета. Barnaby Dawson 07:47, 13 сентября 2006 (UTC) [ ответить ]

Я не думаю, что статья по филогенетике может быть о реальной истории жизни. В той степени, в которой она обсуждает отдельные группы, даже широкие группы, такие как царства, информация соответствует обсуждаемому материалу. В той степени, в которой она касается конкретных процессов, она соответствует процессу. Есть статья о горизонтальном переносе генов . Филогенетика — это не инструмент, это область изучения, а не отдельный метод или инструмент. Применительно к грубому плану, подходящему для элементарной статьи в энциклопедии, она хорошо иллюстрируется эволюционным деревом в более или менее привычной форме, с горизонтальным переносом генов, рассматриваемым как наложение, возможно, объясняющее некоторые радикальные изменения, которые в противном случае не имели бы особого смысла. Если все на уровне корневой эволюции представляет собой смесь геномов, то у нас нет дерева в целом, и нам нужна другая метафора и более сложные диаграммы. У нас все еще может быть дерево для фил или внутри фил, по крайней мере, пока не будет сделано больше секвенирования. «Тонкости предмета» связаны с организмами или процессами.

Я признаю, что по этому поводу было долгое обсуждение. Я также признаю, что нет единого способа сделать это, но это должно быть сделано либо одним, либо другим способом. Возможно, выходом будет попытаться написать это обоими способами и посмотреть, что возможно и полезно. (Это не предложение сделать это самому прямо сейчас :) DGG 01:50, 14 сентября 2006 (UTC) [ ответить ]

Хорошо, я проявил смелость и объединил эволюционное дерево с этой статьей до того, как прочитал страницу обсуждения. Моя ошибка. Я согласен, что это отдельные сущности, но я думаю, что одной статьи было бы достаточно. Думаю, мы можем отменить мои изменения, если люди думают иначе. -- Rajah 21:45, 19 октября 2006 (UTC) [ ответить ]

• Из статьи «Филогенетические деревья» (выделено):

« По своей природе филогенетические деревья не могут отображать реальные эволюционные модели и фактически искажаются любым боковым переносом генов[5] или гибридизацией между видами, которые не являются ближайшими соседями на дереве до того, как произошла гибридизация. По этим причинам предлагаемый PhyloCode... не предполагает древовидную структуру ».

• Они говорят, что это другой способ мышления об исследуемом материале. Это было бы похоже на слияние статей о квантовой гравитации и М-теории .
• Эти статьи должны ссылаться друг на друга, а не быть объединенными.
• Статью «Эволюционное дерево» следует расширить.
• Многие слышали об «эволюционном дереве». Мало кто слышал о филогенетическом дереве. Если уж на то пошло, «филогенетическое дерево» следует объединить с эволюционным деревом, а не наоборот.

RickReinckens 15:41, 4 сентября 2006 (UTC) [ ответить ]

Поскольку неспециалист не будет знать точного различия, возможно, важнее иметь одну статью, чем беспокоиться о названии. Я согласен с комментарием выше, что наиболее известный термин - эволюционное дерево. Различные подробные значения и последствия могут быть объяснены в статье. Не менее важно иметь единую презентацию для всех страниц королевства и т. д., поскольку между ними нет согласия. Существование различных гипотез также можно обсудить один раз с референтами, а затем ссылаться на них. NPOV должно быть возможным, поскольку разногласия в основном касаются того, какой набор генов важнее, и это все еще в основном вопрос мнения. Я думаю, что нам следует избегать повторения одного и того же, с теми же аргументами, примерами и различными точками зрения. Это скорее сбивает с толку, чем нейтрально. Нейтрально - это четкое и точное выражение различных гипотез; это достаточно сложно, но нам следует иметь с этим дело только один раз. DGG 00:08, 23 сентября 2006 (UTC) [ ответить ]

Первоначально я думал, что их следует объединить. Как эволюционный биолог, который использует филогенетические методы для вывода эволюционной истории, я определенно размываю различие между «эволюционным деревом» и «филогенетическим деревом». Но есть фундаментальное различие, как указал Рик Рейнкенс . Я думаю, что у нас действительно есть проблема, если непрофессионалы ищут «эволюционное дерево» и в итоге получают эту в основном техническую статью о филогенетике. Я предлагаю переместить большую часть этого материала в филогенетику , где ему и место, и изменить эту статью на «эволюционное дерево» , если это действительно тот термин, с которым непрофессионалы будут знакомы. - Safay 03:54, 13 ноября 2006 (UTC) [ ответить ]

Рассматривая историю этой статьи и обсуждения, я не могу понять, почему произошло объединение, т. е. я не вижу, чтобы среди редакторов существовал консенсус относительно этого.

• «Эволюционное дерево» представляет собой гипотезу об эволюционных связях между таксономическими единицами, показанными в дереве. Доказательства для дерева/гипотезы могут быть морфологическими, генетическими или смешанными. Эволюционные деревья для давно вымерших видов обязательно основаны только на морфологии, поскольку генетический анализ невозможен.

• «Филогенетическое дерево» — это особый вид «эволюционного дерева», в котором генетический анализ предоставляет все или большую часть доказательств для дерева/гипотезы. В недавнем использовании это почти всегда означает дерево, созданное автоматизированным методом (т. е. одним из ряда доступных компьютерных пакетов).

Мне кажется, что статья вообще не передает этого. Я не хочу ничего добавлять, не понимая взглядов предыдущих редакторов. Питер Коксхед ( обсуждение ) 12:39, 14 марта 2010 (UTC) [ ответить ]

Кто-нибудь знает о первом использовании дерева для представления эволюционной истории? У Дарвина есть диаграмма в «О происхождении...» , но кто-нибудь знает о другой, более ранней? Это было бы интересным историческим дополнением к статье об эволюционных деревьях. - Safay 03:54, 13 ноября 2006 (UTC) [ ответить ]

Обсуждение переименования категории:Древо жизни в категорию:Организмы : Wikipedia:Категории для обсуждения/Журнал/2007 Январь 10 .-- ragesoss 23:49, 10 Январь 2007 (UTC) [ ответить ]

Нет никаких ссылок, цитируемых для ограничений филогенетических деревьев. Кроме того, называть древнюю ДНК "малополезной" немного расплывчато и вводит в заблуждение. Я могу поискать какие-нибудь ссылки, если необходимо. -- Estelahe 16:37, 9 октября 2007 (UTC) [ ответить ]

Когда вымершие виды включаются в дерево, они всегда должны быть конечными узлами, поскольку маловероятно, что они являются прямыми предками каких-либо существующих видов.

Почему так? Для меня это совершенно бессмысленно, что прямой предок живого вида, скорее всего, также является живым видом. Я думаю, что это на самом деле довольно редко. Может ли кто-нибудь указать мне на многоклеточный живой вид, прямой предок которого также жив????? 24.11.53.10 (обсуждение) 22:24, 20 ноября 2007 (UTC) [ ответить ]

«В течение последних 150 лет биология в основном занималась заполнением деталей дерева. «Долгое время святым Граалем было построение дерева жизни», — говорит Эрик Баттест, эволюционный биолог из Университета Пьера и Марии Кюри в Париже, Франция. Несколько лет назад казалось, что Грааль уже в пределах досягаемости. Но сегодня проект лежит в руинах, разорванный на части натиском негативных доказательств. Многие биологи сейчас утверждают, что концепция дерева устарела и от нее нужно отказаться. «У нас нет никаких доказательств того, что дерево жизни — это реальность», — говорит Баттест. Эта сенсация даже убедила некоторых, что наш фундаментальный взгляд на биологию должен измениться». http://www.newscientist.com/article/mg20126921.600-why-darwin-was-wrong-about-the-tree-of-life.html?page=1

«Большинство биологов теперь признают, что дерево — это не факт природы, а нечто, что мы навязываем природе в попытке сделать задачу ее понимания более поддающейся решению». http://www.newscientist.com/article/mg20126923.000-editorial-uprooting-darwins-tree.html — Предыдущий неподписанный комментарий добавлен 213.158.199.83 ( обсуждение ) 21:22, 3 февраля 2009 (UTC) [ ответить ]

По данным кафедры биологии Университета Осло, эукариоты делятся на

• растения
• офистоконты
• раскопки
• SAR (новая добавленная ветвь; раньше были хромоальвеоляты и ризарии)

Нигде не вижу этой классификации, пожалуйста, включите —Предыдущий неподписанный комментарий, добавленный 81.246.162.121 (обсуждение) 06:38, 6 апреля 2009 (UTC) [ ответить ]

В основной статье частично говорится о "... различных биологических видах или других сущностях, которые, как полагают, имеют общего предка". Слово "считается" не подходит: общее происхождение — это наблюдаемый факт, и он не требует веры. Я исправил статью. -- Desertphile ( обсуждение ) 17:50, 4 ноября 2009 (UTC) [ ответить ]

Так вы были там, чтобы наблюдать это? И "факт". Разве мы не хороши в гиперболе.-- TDurden1937 ( обсуждение ) 00:24, 15 октября 2011 (UTC) [ ответить ]

Rogue-pilot недавно изменил начальное предложение с:

Филогенетическое дерево или эволюционное дерево — это дерево, показывающее эволюционные связи между различными биологическими видами или другими сущностями, которые, как известно, имеют общего предка .

к

Филогенетическое дерево или эволюционное дерево — это дерево , которое якобы показывает эволюционные связи между различными биологическими видами или другими сущностями, которые моделируются как имеющие общего предка .

Правка была отменена тремя разными пользователями, но она продолжает восстанавливаться. Я не хочу ввязываться в войну правок (хотя Rogue-pilot уже нарушает 3RR), но исходная версия была стабильной, что указывает на фактический консенсус, и изменение не было получено (не говоря уже о том, что оно кажется обманчивым), поэтому я просто проверяю здесь, есть ли консенсус для возврата к предыдущей версии. Rogue-pilot , было бы здорово, если бы вы могли обсудить это здесь, вместо того, чтобы многократно изменять статью без источников или объяснений. (Я думаю, я бы изменил конец предложения на ...биологические виды или другие сущности, которые имеют общего предка . " ...известно, что имеют общего предка" кажется мне излишне многословным.) Мысли? Dawn Bard ( обсуждение ) 16:50, 6 ноября 2009 (UTC) [ ответить ]

Я был сбит с толку больше месяца этой фразой: " общий предок ". Мне пришлось просмотреть множество источников (жаль, что я не могу указать ни одного здесь) и мне пришлось проверить это у профессора генетики. Я пришел к выводу, что мы можем говорить о происхождении (не только об общем предке, но и о более высоком узле как предке для более низких узлов или листьев) только в укорененных деревьях. В неукорененных деревьях мы можем только сказать, что листья не являются предками ни для какого другого узла. Мы не можем сделать никаких других предположений о происхождении в неукорененных деревьях. Leontaurus ( обсуждение ) 23:58, 21 декабря 2009 (UTC) [ ответ ]

До моей правки в разделе «История» появилось следующее предложение: «Более века спустя биологи-эволюционисты все еще используют древовидные диаграммы для изображения эволюции, поскольку аналогия с цветком эффективно передает концепцию того, что видообразование происходит посредством адаптивного и случайного разделения родословных». Сначала я понятия не имел, что подразумевается под «аналогией с цветком» (и ссылки на «флору» и «аналогию» мне не помогли). Я думаю, что это означало, что диаграммы с цветком являются «аналогией с цветком». Ну, они являются «аналогией», но не «цветочной» в обычном смысле слова «цветочный», т. е. они не имеют ничего общего с цветами. Я изменил «аналогию с цветком» на «такие диаграммы», что, по-моему, гораздо понятнее. Питер Коксхед ( обсуждение ) 12:13, 14 марта 2010 (UTC) [ ответить ]

До моей правки в разделе «История» появился следующий абзац:

Адольф Энглер (1844 - 1930) и Карл А.Е. Прантль (1849 - 1893) опубликовали систему классификации растений в своей монографии Die Natürlichen Pflanzenfamilien. В ней они расположили семейства и порядки цветковых растений на основе сложности морфологии цветка. Такие признаки, как околоцветник с одной мутовкой, однополые цветки и опыление ветром, считались примитивными по сравнению с околоцветником с двумя мутовками, обоеполыми цветками и опылением насекомыми.[1]

Это, несомненно, правда, но, насколько я могу судить, не имеет никакого значения. Система Энглера не является в первую очередь эволюционным деревом и, конечно, не филогенетическим деревом. Это точка зрения типа «Цепи бытия», основанная на идеях о том, какие персонажи являются «примитивными», а какие «продвинутыми». Поэтому я полностью удалил этот абзац. Питер Коксхед ( обсуждение ) 12:21, 14 марта 2010 (UTC) [ ответить ]

Этот абзац:

Царство растений далее делится на отделы, подотделы, классы, порядки и семейства. Согласно этой системе, однодольные считаются более примитивными, чем двудольные. Она также рассматривает эволюцию покрытосеменных из одного источника, а последовательность порядков и семейств показывает параллельную эволюцию.

Я думаю, что это должно было быть продолжением параграфа о системе Энглера (предполагая, что "It" во втором предложении относится к системе Энглера). Поскольку я не думаю, что предыдущий параграф имеет отношение к делу, я удалил и его. Питер Коксхед ( обсуждение ) 12:27, 14 марта 2010 (UTC) [ ответить ]

Полезные ресурсы можно почерпнуть из следующей ссылки на журнал:

• Харрис, Дж. К. (2003 март). «Генетическое ядро ​​универсального предка». Геномные исследования . 13 (3): 407– 12. doi :10.1101/gr.652803. PMC  430263. PMID  12618371 . {{cite journal}}: Проверьте значения даты в: |date=( помощь ) ; Неизвестный параметр |coauthors=проигнорирован ( |author=рекомендуется) ( помощь )

Он содержит примеры трехдоменных и нетрехдоменных филогенетических деревьев из анализа выравниваний белков базы данных COG. D ip ta ns hu ^Talk 05:05, 25 мая 2013 (UTC) [ ответить ]

Я исправил статью для MOS:ANDOR . Лучше избегать его использования в статьях. Χρυσάνθη Λυκούση ( обсуждение ) 20:12, 26 марта 2014 г. (UTC) [ ответить ]

В разделе об ограничениях утверждается, что «конвергентная эволюция» может быть помехой для создания филогенетических деревьев на основе секвенирования генома. Это кажется маловероятным, поскольку конвергентная эволюция почти во всех случаях является эволюцией схожих признаков с различной генетической основой. Воспроизвести точно такую ​​же последовательность мутаций — это совсем другое дело. Прав ли я, предлагая удалить «конвергентную эволюцию» из предложения: «Данные, на которых они основаны, зашумлены; анализ может быть запутан генетической рекомбинацией, горизонтальным переносом генов, гибридизацией между видами, которые не были ближайшими соседями на дереве до гибридизации, конвергентной эволюцией и консервативными последовательностями». – Элрох ‎ 13:29, 23 ноября 2014 г.

Рассмотрим центральный момент, высказанный в этой статье: Qiu, H.; Yang, EC; Bhattacharya, D.; Yoon, HS (2012). «Ancient Gene Paralogy May Mislead Inference of Plastid Phylogeny». Молекулярная биология и эволюция . 29 (11): 3333. doi :10.1093/molbev/mss137.Гены фотосистемы II, по-видимому, подверглись параллельной редукции до одной копии в пластидах различных линий растений. Поэтому генетические последовательности обманчиво похожи. Это, безусловно, своего рода «конвергентная эволюция», хотя более глубокий анализ может показать, что генетические изменения не были точно такими же (поскольку могли быть утеряны разные копии). Питер Коксхед ( обсуждение ) 16:56, 25 ноября 2014 (UTC) [ ответить ]

гибридизация между видами, которые не были ближайшими соседями на дереве до гибридизации, конвергентная эволюция и консервативные последовательности .

старый/| новый|/

Межвидовая гибридизация по определению является причиной (если виды определяются как популяции, обменивающиеся генами посредством полового размножения) понижения статуса таких видов до подвидов. Таксономический пересмотр может замедлиться из-за различных концепций видов и прагматичного консерватизма в таксономическом наименовании и других факторов. Для преодоления ограничений структуры филогенетического дерева предлагается концепция разветвленной реки. Текущая во времени, разветвляющаяся и сливающаяся, наталкивающаяся на препятствия, но пытающаяся течь с некоторыми разветвленными каналами, заиленными до высыхания. Эта разветвленная река, сетчатые потоки жизни, обменивающиеся генетической информацией в четырехмерном пространстве, предлагается как давно назревшее изменение парадигмы в концептуализации разнообразия филогенетической эволюции. ^{[1] [2]}

что теперь? 99.90.196.227 ( обсуждение ) 15:38, 27 сентября 2019 (UTC) [ ответить ]

Ну, для начала давайте сделаем правильные doi-ссылки:

• doi :10.1002/evan.21787
• doi : 10.20944/preprints201905.0038.v1

Затем, когда я смотрю на эти две статьи, мне кажется, что они не в первую очередь касаются ограничений филогенетических деревьев. Определенно нужны дополнительные источники для раздела Филогенетическое дерево#Ограничения филогенетического анализа , особенно для последнего абзаца, в котором упоминаются филогенетические сети, но две вышеупомянутые статьи не подходят для этого.

Итак, помимо того, что английский в возвращенном дополнении очень сложен для понимания и для его понимания потребуется много редактирования, я не думаю, что дополнение имеет релевантный источник. Питер Коксхед ( обсуждение ) 17:46, 27 сентября 2019 (UTC) [ ответить ]

В статье, описывающей кладограмму, говорится, что ее внутренние узлы не представляют предков. В том виде, в котором она написана, это кажется бессмысленным. По крайней мере, это противоречит статье о кладограммах. Это может быть попыткой сказать, что предки, представленные узлами в кладограмме, не обязательно уже идентифицированы, но, возможно, выведены. Если не возникнет криков протеста, я, вероятно, скоро вернусь и отредактирую соответствующим образом. Aboctok ( talk ) 17:18, 3 июня 2020 (UTC) [ ответить ]

Извечная трудность описания кладограмм заключается в неопределенности терминологии. Когда деревья (нейтральная формулировка) генерируются почти всеми текущими программами, внутренние узлы показывают ветвление и не показывают предков, реальных или гипотетических. Какие бы данные вы ни вводили, все единицы в конечном итоге оказываются листьями. Некоторые программы выводят состояния внутренних узлов, но если вы затем добавите единицу с таким состоянием к входным данным, она в конечном итоге окажется листом. Так что это далеко не бессмысленно. Некоторые авторы пытались использовать термины типа «филограмма» для деревьев с «реальными» внутренними узлами в отличие от «кладограмм», в которых указывается только ветвление, но это не прижилось. Питер Коксхед ( обсуждение ) 19:09, 3 июня 2020 (UTC) [ ответить ]

В этой статье упоминается Вёзе, но не Норман Р. Пейс. Вот более ранняя хорошая ссылка на обоих: Пейс, Н. Р., Г. Дж. Олсен и К. Р. Вёзе. (1986). Филогения рибосомальной РНК и основные линии эволюционного происхождения. Cell 45:325-326. Чарльз Джувон ( обсуждение ) 19:00, 19 августа 2020 (UTC) [ ответить ]

Я удалил слово «спекулятивный» из легенды рисунка «укорененное дерево генов рРНК», так как это слово вводит в заблуждение. Филогенетические деревья НЕ являются «спекулятивными», когда они основаны на данных ДНК (или РНК) (как в этом случае). Можно утверждать, что филогенетические связи несовершенны из-за ошибочного алгоритма или слишком малого количества данных, но филогенетическое дерево — это просто представление сходств и, таким образом, гипотеза о филогенетических связях. Легенда рисунка была использована креационистом на Quora, чтобы «продемонстрировать» «спекулятивную» природу эволюции. Учитывая, что в самой эволюции нет ничего спекулятивного, я удалил слово «спекулятивный», так как оно (ошибочно) указывает на то, что филогенетическое дерево — это просто догадки, что не так. Peteruetz ( talk ) 02:49, 3 октября 2020 (UTC) [ ответить ]

@ Peteruetz : нет, это не проблема. В оригинальной подписи говорилось «Дерево с спекулятивными корнями...». Как говорится в разделе Филогенетическое дерево#Дерево с корнями , но не объясняется, для того, чтобы укоренить дерево с уверенностью, требуется внешняя группа, но для жизни в целом внешней группы нет. Поэтому положение корня спекулятивное: подпись правильно читается как «Дерево с спекулятивными корнями», а не как «Дерево с спекулятивными корнями»; наречие «спекулятивно» должно определять прилагательное «укорененный», а не существительное «дерево». Уберите «укорененный», и вы получите бессмыслицу: «Дерево с спекулятивными корнями». Теперь я попробовал более длинную квалификацию, чтобы избежать возможности этого неправильного прочтения. Питер Коксхед ( обсуждение ) 06:15, 3 октября 2020 (UTC) [ ответить ]

Также дерево должно быть источником; существует более одной гипотезы о взаимоотношениях между бактериями, археями и эукариотами. (См., например, Neomura#Two domains view .) Питер Коксхед ( обсуждение ) 06:25, 3 октября 2020 (UTC) [ ответить ]

«Оригинальная подпись» гласила: «Филогенетическое древо живых существ...» — просто посмотрите на файл рисунка. Я не знаю, откуда взялось слово «спекулятивный», но оно НЕ из оригинальной подписи. Peteruetz ( обсуждение ) 18:08, 6 октября 2020 (UTC) [ ответить ]

Но Peter_coxhead только что объяснил это. «Спекулятивно » относится к корневости дерева.  —  SMcCandlish ☏ ¢  😼  11:49, 18 октября 2020 (UTC) [ ответить ]

Правильно ли я понимаю, что порядок ветвей (то есть порядок, возникающий из суммы решений в каждой точке ветвления, какую ветвь изобразить слева, а какую справа — в дереве, которое показывает время на вертикальной оси) является произвольным? Существуют ли какие-либо соглашения для этих индивидуальных решений? Существует ли какой-либо особый тип дерева, для которого порядок не является произвольным? ◅  Себастьян 10:54, 10 февраля 2022 (UTC) Если это поможет, можно ограничить вопрос деревьями, которые показывают только существующие виды. Тогда порядок будет просто порядком ветвей в кроне дерева. ◅  Себастьян 11:09, 10 февраля 2022 (UTC) [ ответить ]

Это статья о филогенетических деревьях — что это такое и как их строить. Это не статья о дереве жизни и различных моделях взаимоотношений прокариот и эукариот.

Раздел истории требует большой работы. Он должен описывать первые деревья, основанные на последовательностях молекул с начала 1960-х годов, и почему такие деревья возможны (Нейтральная теория). Он НЕ должен говорить, что рибосомальное РНК-дерево Вёзе (Три домена) является первым молекулярным деревом, и он, безусловно, не должен подразумевать, что это современный взгляд, особенно с учетом того, что основная статья Википедии ( Трехдоменная система ) специально указывает, что это больше не предпочтительная модель эволюции эукариот.

Я отменил недавние правки, которые искажают историю молекулярных деревьев и текущую консенсусную модель происхождения эукариот. Genome42 ( обсуждение ) 16:38, 26 марта 2024 (UTC) [ ответить ]

Не оправдано удалять трехдоменное дерево. Конечно, все научные теории являются гипотезами, остающимися темой для обсуждения. Так или иначе, трехдоменная система стала знанием учебника (например, до сих пор в недавнем издании Brock Biology of Microorganisms , 2022, Unit 3, p.434, 435).

Где ссылки на деревья, основанные на молекулярной филогенетике с начала 1960-х годов? История исследований микробной эволюции и различных концепций деревьев была всесторонне задокументирована эволюционным биологом и научным историком Яном Саппом ( The New Foundations of Evolution: On the Tree of Life . Oxford University Press, 2009). Его книга также цитируется в статье Википедии «Трехдоменная система», которую вы упомянули. Так называемая Нейтральная теория не имеет дела с филогенетическими деревьями, а с «эволюцией белков и нуклеиновых кислот без отбора» (см. Ян Сапп, стр. 130).

Рисунок дерева для слепых людей (в главе «укорененное дерево») показывает в точности структуру трехдоменного дерева из Woese et al. 1990. Неправильно игнорировать оригинал. Майя Кандлер ( обсуждение ) 19:19, 3 апреля 2024 (UTC) [ ответить ]

Текущий консенсусный взгляд на происхождение эукариот заключается в том, что они возникли в результате слияния альфапротеобактерии и архебактерии из суперфилума Асгарда. Это означает, что архейный предок эукариот происходит ИЗ домена архей, так что эукариоты НЕ являются отдельным доменом. Это также означает, что предок по крайней мере половины генов эукариот является бактериальным, а не архейным.

Гипотеза трех доменов опровергнута по обоим основаниям. Она была заменена деревом двух доменов с образованием эукариот, создающих кольцо жизни. Это не вызывает особых споров среди знающих ученых, которые изучают происхождение эукариот.

Две ключевые статьи о молекулярных филогениях начала 1960-х годов — это Margoliash (1963) и Zuckerkandl & Pauling (1965), хотя, надо признать, Margoliash не рисовал дерево в этой статье. Основная статья о построении молекулярных филогенетических деревьев — Fitch and Margoliash (1967).

Нейтральная теория абсолютно необходима для понимания молекулярных часов. Вы не сможете объяснить молекулярные филогенетические деревья, если не понимаете, почему существуют приблизительные молекулярные часы.

Цифра «Три домена» для слепых людей также неверна и должна быть удалена из статьи энциклопедии о филогенетических деревьях, если только она не приведена там просто в исторических целях, чтобы показать, как люди думали до того, как стали доступны более качественные данные. Genome42 ( обсуждение ) 15:28, 5 апреля 2024 (UTC) [ ответить ]

«Текущий консенсусный взгляд на происхождение эукариот» — это просто еще одна гипотеза. Следует принять во внимание, что так называемый суперфилум Асгарда принадлежит к группе пока еще некультивированных филумов, «до сих пор идентифицированных только с помощью ПЦР и метагеномных исследований» (Брок, 2022, стр. 703, см. также стр. 607).

«Знающие ученые» используют термин Archaea, а не предшествующий термин archaeabacteria. Майя Кандлер ( обсуждение ) 19:56, 20 апреля 2024 (UTC) [ ответить ]

Ознакомьтесь со статьей Википедии об археях . Вы увидите, что надтип Асгарда (Asgardaeota) хорошо вложен в домен архей, так что даже если вы исключите все геномы некультивируемых видов, архейная часть геномов эукариот все равно попадет ВНУТРЬ архей. Это означает, что один из предков эукариот не был частью отдельного домена эукариот.

Другая половина геномов эукариот все еще попадает в Бактерии , в частности альфапротеобактерии. Статья Википедии о Бактериях имеет хорошее филогенетическое дерево, показывающее связь Архей, Бактерий и Эукариот. Посмотрите раздел Бактерии#Классификация_и_идентификация . Genome42 ( обсуждение ) 15:08, 21 апреля 2024 (UTC) [ ответ ]