Обсуждение:Метагеномика

	Metagenomics has been listed as one of the Natural sciences good articles under the good article criteria. If you can improve it further, please do so. If it no longer meets these criteria, you can reassess it.
Article milestones Date Process Result January 26, 2012 Peer review Reviewed January 29, 2012 Good article nominee Listed
Current status: Good article

This  level-5 vital article is rated GA-class on Wikipedia's content assessment scale. It is of interest to multiple WikiProjects.

Molecular Biology: MCB / COMPBIO High‑importance This article is within the scope of WikiProject Molecular Biology, a collaborative effort to improve the coverage of Molecular Biology on Wikipedia. If you would like to participate, please visit the project page, where you can join the discussion and see a list of open tasks.Molecular BiologyWikipedia:WikiProject Molecular BiologyTemplate:WikiProject Molecular BiologyMolecular Biology High This article has been rated as High-importance on the importance scale. This article is supported by the Molecular and Cell Biology task force (assessed as High-importance). This article is supported by the Computational Biology task force (assessed as Mid-importance). Microbiology High‑importance This article is within the scope of WikiProject Microbiology, a collaborative effort to improve the coverage of Microbiology on Wikipedia. If you would like to participate, please visit the project page, where you can join the discussion and see a list of open tasks.MicrobiologyWikipedia:WikiProject MicrobiologyTemplate:WikiProject MicrobiologyMicrobiology High This article has been rated as High-importance on the project's importance scale. Viruses High‑importance This article is within the scope of WikiProject Viruses, a collaborative effort to improve the coverage of viruses on Wikipedia. If you would like to participate, please visit the project page, where you can join the discussion and see a list of open tasks.VirusesWikipedia:WikiProject VirusesTemplate:WikiProject Virusesvirus High This article has been rated as High-importance on the project's importance scale.

The contents of the Metagenomics: An Alternative Approach to Genomics page were merged into Metagenomics on 23 February 2021. For the contribution history and old versions of the redirected page, please see its history; for the discussion at that location, see its talk page.

Я думаю, что тема также нуждается в комментариях по изучению организмов, действующих как сообщество. Примером может служить поток метаболита через различные метаболизмы. Есть мысли? Или, может быть, это относится к системной биологии?

Он включает в себя аспект изучения целого сообщества на генетическом уровне.

Я бы сказал и да, и нет. Отслеживание метаболита через различные метаболизмы подпадает под что-то вроде системной биологии и может вообще не требовать никакой геномной информации, так что метагеномика может быть неподходящим названием. Такие исследования также не являются единственной заботой метагеномики. Разнообразие и эволюция также являются заботами в этой области.

С другой стороны, такое исследование — одна из действительно полезных вещей, которую метагеномика может делать и делать хорошо, и, вероятно, этим занимаются многие люди в этой области, так что оно определенно заслуживает заметного упоминания, если не отдельного раздела. Это просто не то, чем я занимаюсь в метагеномике, поэтому я не подумал об этом.

Также, только потому, что я начал страницу, это не значит, что вы не можете добавить то, что хотите. Если у вас есть какие-то знания или интерес в этой области, пожалуйста, внесите свой вклад. Jmeppley 21:05, 25 января 2005 (UTC)

Это, вероятно, следует включить в статью о микробиоме . Estevezj ( обсуждение ) 06:24, 20 декабря 2011 (UTC) [ ответить ]

Очевидно, кто-то, кто тесно связан с Diversa Corporation, отредактировал эту статью. Метагеномика, очевидно, не только Diversa Corporation!!! Я удалил пресс-релизы и все упоминания Diversa Corporation в ссылках. Требуется больше редактирования.

-- Дэниел Волот 13:10, 20 января 2007 (UTC) [ ответить ]

Ого., страница просто дурацкая с пробками Diversa. Попробую.

Я также постараюсь сократить ссылки. Роль Википедии не в том, чтобы быть хранилищем цитат. Ссылки должны быть в основном ограничены работами, которые были непосредственно использованы при создании статьи. Если есть веская поддержка такого списка метагеномных цитат, он должен быть на отдельной странице.

Jmeppley 14:50, 11 сентября 2007 (UTC) [ ответить ]

Обновление: я удалил большую часть вставок Deiversa и немного переработал первую половину статьи. Она все еще требует много работы. Я начал использовать пронумерованные ссылки. Это также должно быть распространено на остальную часть статьи. Ссылки должны быть извлечены из раздела "addtl refs", как только они используются в качестве цитаты. В конечном итоге там не должно быть ничего или только несколько важных статей. Jmeppley 18:31, 11 сентября 2007 (UTC) [ ответить ]

Это первый раз, когда я вижу использование термина "пиросеквенирование на основе чипа"; причина, по которой он используется не так часто, заключается в том, что он может вызвать путаницу с ресеквенированием на основе олигочипов, которое является совершенно другой технологией, которая вообще не используется в метагеномике. Термин в остальном по существу используется в одной (основной) статье ("Bacterial flora-typing with targeted, chip-based Pyrosequencing" BMC Microbiology). Как бы другие отнеслись к замене термина "пиросеквенирование на основе чипа" на "массово-параллельное пиросеквенирование"? --Pascal.hingamp (обс.) 11:30, 16 апреля 2008 (UTC) [ ответить ]

Поскольку CARMA3 показал себя лучше MEGAN и SOrt-ITEMS, его, вероятно, также следует упомянуть, ссылка здесь: http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkr225 93.130.46.13 (обсуждение) 19:47, 26 июня 2011 (UTC) [ ответить ]

Я увидел, что эта статья была помечена некоторое время, поэтому я пошел дальше и очистил список для дальнейшего чтения. Я собираюсь работать с ними и использовать их для построения существующей структуры. Это мое первое крупное редактирование, поэтому исправления, предложения приветствуются. Estevezj ( обсуждение ) 05:09, 7 декабря 2011 (UTC) [ ответ ]

Привет, я исправил неработающую ссылку, а также реорганизовал раздел «Внешние ссылки» — теперь все инструменты вместе. Sarahburge ( обсуждение ) 15:59, 8 декабря 2011 (UTC) [ ответить ]

Я просто продолжаю эти правки. Вы можете увидеть, что я запланировал в своей метагеномной песочнице. Я также не думаю, что длинный список программного обеспечения для биннинга необходим; их можно разбить на отдельную страницу с одним или двумя примерами алгоритма или подхода. Estevezj ( обсуждение ) 06:24, 20 декабря 2011 (UTC) [ ответить ]

Есть ли возражения против преобразования сносок в формат списка (LDR)? Такое количество встроенных ссылок становится неудобным. Estevezj ( обсуждение ) 11:07, 28 декабря 2011 (UTC) [ ответить ]

Готово. Estevezj ( обсуждение ) 23:46, 19 января 2012 (UTC) [ ответить ]

Мне интересно, каков консенсус относительно того, на чем должен быть фокус раздела биоинформатики. Я действовал, исходя из предположения, что фокус должен быть на обоснованиях и методах, лежащих в основе широко используемых инструментов, а не на списке этих инструментов (ср., как все было раньше). Я взял обзорные статьи Koonin (2008) и Wooley (2010) в качестве своих моделей при реорганизации и расширении этого раздела, и то, как они справляются с балансом между обсуждением подходов и программного обеспечения, будет моим предложением относительно того, как нам следует действовать. Estevezj ( talk ) 05:38, 5 января 2012 (UTC) [ ответить ]

Этот обзор включен из Talk:Metagenomics/GA1 . Ссылку на редактирование этого раздела можно использовать для добавления комментариев к обзору.

Рецензент: Алленс  ( обсуждение · вклад ) 17:31, 27 января 2012 г. (UTC) [ ответить ]

• Я не берусь утверждать, хорошая это статья или нет (я не считаю себя достаточно опытным для этого); я просто отмечу экспертную оценку, которую я сделал на Wikipedia:Peer_review/Metagenomics/archive1 - я выполнил одну из рекомендаций (связывание геномики) сам, и два вопроса, вероятно, можно оставить на потом (относительно поиска с использованием HMM и проверки пропорционального содержания), но остальные требуют изучения. Allens ( обсуждение ) 17:31, 27 января 2012 (UTC) [ ответить ]

Спасибо еще раз за ваши предложения и правки. Насколько я понимаю, критерии (см. WP:GA? ) и процесс ( WP:RGA ) отбора хороших статей немного более гибкие, чем избранные статьи, и любой редактор может провести рецензирование. Чтобы ответить на предыдущее рецензирование:

• Я просмотрел и пометил 3 из 4 статей, помеченных как предупреждения о регистрации, с помощью контрольных ссылок с шаблоном, требующим подписки. Я также проверил перенаправления, и они все открыты (хотя национальные академии требуют регистрации) и включают ссылку на PLoS через DOI resolver. Я подумал, что это нормально, но я могу заменить URL-адрес на прямую ссылку, если необходимо.
• Я попытался выделить некоторые разделы (например, биоинформатику), которые в значительной степени основывались на одной или двух обзорных статьях, с цитатами в начале и конце абзацев, как и предлагалось. Опять же, я здесь новичок, поэтому если необходимо увеличить плотность цитирования, это не будет чрезмерным бременем. Если бы вы могли указать на один или два отрывка, чтобы я понял, что вы имеете в виду, это помогло бы.
• Я немного расширил конец раздела о биотопливе, чтобы отдельно упомянуть метагеном садового грибка муравья-листореза, со ссылками на более крупную систему и ее мутуализм.

Надеюсь, я ничего не пропустил. Наверное, мне стоило прямо ответить на PR, извините, если это было невежливо. Estevezj ( talk ) 22:10, 27 января 2012 (UTC) [ ответить ]

• Извините, что я не заметил эти изменения. Могу ли я предложить не использовать флаг "незначительное редактирование" для таких изменений? Большинство людей, включая меня, не видят правки "незначительное редактирование" в своих списках наблюдения, поэтому я не заметил, что произошли какие-либо существенные изменения, и не посмотрел (я должен был посмотреть, признаю). Просматривая сейчас:

Обзор GA ( здесь можно узнать , какие критерии существуют, а здесь — какие нет)

1. Написано достаточно хорошо .

   а (проза) : б ( MoS для лида , макета , выбора слов , художественной литературы и списков ) :

   Вполне читабельно; насколько я могу судить, следует MoS.

2. Это фактически точно и проверяемо .

   a (ссылки) : b (ссылки на надежные источники ) : c ( ИЛИ ) :

   Хорошо цитируется; проверка на плагиат по сравнению со статьей с наибольшим количеством ссылок не выявила проблем (дублированный материал представляет собой либо ссылки, либо очень короткие фразы).

3. Он имеет широкий охват .

   а (основные аспекты) : б (фокусированные) :

   На самом деле отвечает на большее, чем я думал, когда перечитывал его для рецензии. Преимущества и недостатки пиросеквенирования по сравнению с дробовым секвенированием были бы хороши, но не обязательны, если их нельзя найти во вторичном источнике.

4. Придерживается политики нейтральной точки зрения .

   Справедливое представительство без предвзятости :

   Никаких заметных проблем с NPOV не выявлено.

5. Он стабилен .

   Никаких войн правок и т.п .:

   История показывает стабильность, за исключением изменений, необходимых для получения статуса GA.

6. Там, где это возможно и уместно, он проиллюстрирован изображениями .

   а (изображения помечены, а несвободные изображения имеют обоснования добросовестного использования ) : б (надлежащее использование с подходящими подписями ) :

   Все изображения проверяются и, как правило, содержат столько данных, сколько необходимо для подписей (хотя я добавил ссылку из упоминания IMG/M на соответствующую статью для тех, кто читает лид, а затем подписи к изображениям); дополнительные данные доступны по щелчку.

7. Общий :

   Сдал/Не сдал :

   Хорошая работа!

Я верю, что это проходит! Следующее, что нужно сделать, это придумать, как это перечислить...

Эм... Возможно, мне не следовало бы это указывать, учитывая, что (как часть процесса рецензирования и вышеизложенного) я немного отредактировал. Сейчас я это проверяю. Allens ( talk ) 23:36, 28 января 2012 (UTC) [ ответить ]

Ладно, без проблем; критерий — «никакого существенного редактирования», чего не было. Алленс ( обсуждение ) 00:04, 29 января 2012 (UTC) [ ответить ]

Отличные новости. Спасибо за ваши вдумчивые отзывы и предложения во время обоих обзоров! Estevezj ( обсуждение ) 10:02, 29 января 2012 (UTC) [ ответить ]

В этой статье не хватает обсуждения методов отбора проб, что, как я считаю, весьма специфично для анализа окружающей среды. Я думаю добавить раздел об этом и объединить его с разделами секвенирования и биоинформатики в раздел "метод" или что-то подобное. -- sentausa ( talk ) 08:40, 27 февраля 2015 (UTC) [ ответить ]

Здравствуйте, уважаемые википедисты!

Я только что изменил 2 внешние ссылки на Metagenomics . Пожалуйста, уделите немного времени, чтобы просмотреть мои правки . Если у вас есть какие-либо вопросы или вы хотите, чтобы бот игнорировал ссылки или страницу в целом, посетите этот простой раздел FaQ для получения дополнительной информации. Я внес следующие изменения:

• Добавлен архив https://web.archive.org/web/20120404174757/http://md1.csa.com/partners/viewrecord.php?requester=gs&collection=ENV&recid=913954&q=Analyzing+natural+microbial+populations+by+rRNA+sequences&uid=790164755&setcookie=yes в http://md1.csa.com/partners/viewrecord.php?requester=gs&collection=ENV&recid=913954&q=Analyzing+natural+microbial+populations+by+rRNA+sequences&uid=790164755&setcookie=yes
• Добавлен архив https://web.archive.org/web/20120331040553/http://www.microbemagazine.org/index.php/07-2011-home/3553-towards-tera-terra-terabase-sequencing-of-terrestrial-metagenomes в http://www.microbemagazine.org/index.php/07-2011-home/3553-towards-tera-terra-terabase-sequencing-of-terrestrial-metagenomes

Закончив просмотр моих изменений, вы можете следовать инструкциям в шаблоне ниже, чтобы исправить любые проблемы с URL-адресами.

Это сообщение было опубликовано до февраля 2018 года . После февраля 2018 года разделы страниц обсуждения "Внешние ссылки изменены" больше не генерируются и не отслеживаются InternetArchiveBot . Никаких специальных действий в отношении этих уведомлений на страницах обсуждения не требуется, кроме регулярной проверки с использованием инструкций инструмента архивации ниже. Редакторы имеют право удалять эти разделы страниц обсуждения "Внешние ссылки изменены", если они хотят очистить страницы обсуждения от загромождения, но перед выполнением массовых систематических удалений ознакомьтесь с RfC . Это сообщение динамически обновляется через шаблон (последнее обновление: 5 июня 2024 г.) .{{source check}}

• Если вы обнаружили URL-адреса, которые бот ошибочно посчитал неработающими, вы можете сообщить о них с помощью этого инструмента.
• Если вы обнаружили ошибку в архивах или самих URL-адресах, вы можете исправить их с помощью этого инструмента.

Привет.— InternetArchiveBot ( Сообщить об ошибке ) 12:17, 23 января 2018 (UTC) [ ответить ]

Я только что наткнулся на страницу 2013 года под названием Metagenomics: An Alternative Approach to Genomics . Есть ли что-то из нее, что можно спасти, чтобы объединить здесь? В противном случае это можно удалить. T.Shafee(Evo & Evo) ^talk 10:44, 8 января 2020 (UTC) [ ответить ]

  Y Объединение завершено. Klbrain ( обсуждение ) 14:17, 23 февраля 2021 (UTC) [ ответить ]