Обсуждение:Мусорная ДНК

Войны функций

Мусорная ДНК — это ДНК, которая не имеет функции, поэтому все дебаты вращаются вокруг определения того, какая часть генома функциональна. Вы не можете сделать это, если не можете определить функцию каким-то осмысленным образом. Дебаты о правильном значении функции называются «войнами функций», и с 2012 года они почти исключительно касались наилучшего способа описания выбранной функции эффекта. Я думаю, что определение функции «поддержание» является наилучшим.

На дворе 2024 год. Других определений функции, которые активно отстаиваются в научной литературе, нет. Причинно-следственная функция (биохимическая активность) была полностью развенчана десять лет назад, и мне не известна ни одна серьезная публикация, которая отстаивала бы биохимическую активность как жизнеспособное определение функции. Для того чтобы биохимическая активность была серьезным претендентом, должны быть многочисленные примеры подлинных функциональных областей генома, которые проявляют биохимическую активность, но не находятся под очищающим отбором. При отсутствии таких примеров определение функции поддержания охватывает все примеры подлинной биохимической активности плюс функциональные области, которые не проявляют традиционной биохимической активности.

Ramos1990 настаивает на вставке ссылки на статью ENCODE 2014, которая ставит под сомнение функцию поддержания, утверждая, что существуют «различные понимания „функции“ в разных областях». Три различных понимания — это генетическая, эволюционная и биохимическая.

Это бесполезно, поскольку мы выделили серьезные недостатки биохимической активности как определения функции и предоставили ссылки на 10 статей, в которых эти недостатки обсуждаются. В этой статье нет хорошего объяснения «генетической» функции. (Раздел под «Генетическая функция» бесполезен и должен быть удален.) Читатели останутся в недоумении, почему все еще существуют «разные понимания» функции, когда единственное, поддерживаемое данными и логикой, — это то, что основано на консервации и очищающем отборе.

Единственная причина, по которой в этой статье поднимается тема биохимической функции, — предупредить читателей о ложном заявлении, сделанном исследователями ENCODE в 2012 году. Это заявление получило такое широкое освещение в популярной прессе, что все еще есть много читателей (и многих ученых), которые думают, что идея мусорной ДНК была отвергнута экспертами в этой области. Делая необоснованный акцент на оправданиях и рационализациях, сделанных работниками ENCODE в 2014 году, мы способствуем заблуждениям, которые они продвигали в 2012 году. Genome42 ( обсуждение ) 14:42, 2 мая 2024 (UTC) [ ответить ]

Я не цитировал статью 2014 года. Вы добавили ее туда. Нужно придерживаться того, что на самом деле говорят источники. Вы также упомянули, что другие исследователи понимают функцию по-разному (например, Мэттик, Келлис, Абаскал и т. д.). Даже Linquist 2020 признает, что в литературе существуют разные понимания функции, и что во многих случаях неясно, когда она используется. Ramos1990 ( обсуждение ) 00:47, 3 мая 2024 (UTC) [ ответить ]
Два наиболее важных момента в статье 2014 года: (1) исследователи ENCODE признают, что биохимическая активность сама по себе не является надежным индикатором функции, и (2) существуют доказательства существования мусорной ДНК, о которых они не упоминали в своих статьях 2012 года.
Мы все знаем, что это значит. Это значит, что они ошибались, утверждая, что их данные опровергли мусорную ДНК и что по крайней мере 80% человеческого генома функциональны. Это важные моменты, которые нужно знать читателям, поскольку все еще широко распространено мнение, что данные ENCODE опровергли мусорную ДНК.
Недавно я добавил следующее описание статьи Келлиса и др. (2014).
«Протестующие утверждали, что биохимическая активность не является надежным индикатором функции, и в 2014 году исследователи ENCODE согласились с ними и отказались от своего утверждения о том, что 80% генома человека является функциональным. Они также представили доказательства наличия мусорной ДНК, которая отсутствовала в их работах 2012 года (Келлис и др., 2014)»
Вы удалили это описание и восстановили предыдущую версию, в которой говорится:
«В 2014 году исследователи ENCODE ответили, что существуют как ограничения, так и преимущества различных подходов (генетических, эволюционных, биохимических), используемых для получения оценок функциональных элементов, что существуют различные понимания «функции» в разных областях и что для лучшего определения функции следует использовать интеграцию генетических, эволюционных и биохимических подходов. (Kellis et al., 2014)»
Я утверждаю, что ваша версия искажает значение отзыва ENCODE и увековечивает миф о том, что их данные по-прежнему опровергают мусорную ДНК. Ваша версия создает впечатление, что исследователи ENCODE защищают идею о том, что биохимическая активность все еще может быть законным определением функции в «их» области.
Позвольте мне напомнить вам, что исследователи ENCODE заявили в 2012 году: «Эти данные позволили нам определить биохимические функции для 80% генома». Это заключение было выдвинуто в университетских пресс-релизах и популярных статьях в прессе, где оно было воспринято как опровержение мусорной ДНК. Многие исследователи ENCODE официально поддерживают идею о том, что большая часть генома функциональна, а не мусорна.
А вот что сказали те же исследователи в 2014 году: «Главным вкладом ENCODE на сегодняшний день стали карты сегментов ДНК с высоким разрешением и высокой воспроизводимостью, содержащие биохимические сигнатуры, связанные с различными молекулярными функциями. Мы считаем, что этот общедоступный ресурс гораздо важнее любой промежуточной оценки функциональной доли генома».
Это явное опровержение их более раннего утверждения о том, что 80% генома функциональны. Как нам объяснить это нашим читателям? Я с нетерпением жду ваших предложений. Genome42 ( talk ) 14:08, 3 мая 2024 (UTC) [ ответить ]
Ramos1990 сказал: «Даже Linquist 2020 признает, что в литературе существуют разные понимания функции...»
Это верно. Линквист упоминает, что биохимическая активность является функцией причинной роли (CR). Вот что он говорит:
«Я утверждал, что в геномике функциональное исследование, основанное на компонентах, сопряжено с риском близорукости причинно-следственной роли. Тенденция постулировать одну способность на уровне организма за другой как предполагаемую функцию CR некоторого генетического элемента может продолжаться бесконечно, поскольку (1) геном завален TE и их частично деактивированными потомками, которые (2) маскируются под компоненты с интересными функциями CR, и (3) экспериментально обременительно определять, отсутствует ли у данного элемента какая-либо такая функция. Тот факт, что ENCODE, по-видимому, пал жертвой такого рода рассуждений, говорит о том, что близорукость CR не является гипотетической проблемой».
Как вы думаете, стоит ли нам включить эту цитату в статью, чтобы продемонстрировать единое мнение большинства экспертов в области геномной функции? Genome42 ( обсуждение ) 14:18, 3 мая 2024 (UTC) [ ответить ]
В статье 2014 года были подчеркнуты сильные и слабые стороны всех 3 методов. Они заявили, что «отсутствие сохранения не может быть интерпретировано как доказательство отсутствия функции». Также они отметили, что оценки сохранения дают оценку нижней границы (с проблемами), а не полную оценку функциональных элементов. Они утверждают, что биохимическая активность является мощным инструментом, и подчеркивают молекулярную функцию в цитате, которую вы процитировали. Они пришли к выводу, что все 3 подхода следует использовать для более полного понимания элементов в биологии и болезнях. В Abiscal 2020 ENCODE по-прежнему использует биохимическую активность для молекулярной функциональности proxy. Говоря о Linquist, он четко заявляет: «Однако, как отметил ряд авторов, проблема также частично связана с путаницей относительно различных возможных значений «функции» в биологии [3–5]». А также признает различные практики эволюционных биологов, экспериментальных биологов и геномистов; каждый из них имеет свой набор предположений, часто адаптационистских. Конечно, Abascal и Mattick также демонстрируют разные взгляды на функцию. Я не думаю, что в этих областях существует консенсус относительно того, что составляет функцию. Иначе не было бы дебатов статей, ищущих разъяснения по термину (например, Kellis, Linquist, Doolittle). Ramos1990 ( обсуждение ) 02:48, 4 мая 2024 (UTC) [ ответить ]
Если я правильно понял вашу позицию, вы считаете, что существует несколько совершенно разных определений, когда речь идет о различении функциональных и мусорных участков генома. Вы считаете, что Келлис и др. были правы, когда говорили, что генетические и биохимические данные необходимы для определения функциональных участков, которые можно пропустить, полагаясь исключительно на очищающий отбор, верно?
Если вы считаете, что это убеждение широко распространено, то, полагаю, нам придется рассмотреть его в статье. Я надеялся избежать погружения в рутину войн функций, но нам придется это сделать, чтобы убедиться, что наши читатели хорошо информированы.
Я подготовлю раздел, в котором буду утверждать, что не существует примеров генетической или биохимической функции, которые не подвергались бы очищающему отбору, но существует множество примеров генетической активности и биохимической активности, которые не подпадают под определение функции.
Может быть, вы могли бы помочь, найдя статьи, опубликованные за последние десять лет (с 2014 года), показывающие примеры, где функция может быть обнаружена только генетическими или биохимическими средствами, поскольку функциональные области не находятся под очищающим отбором? Нам действительно нужно включить эти статьи, чтобы поддержать заявление, которое делали Келлис и др., но я не смог их найти. Genome42 ( talk ) 14:33, 6 мая 2024 (UTC) [ ответить ]
При использовании источника мы должны придерживаться того, что источник явно говорит, и не добавлять к нему личную интерпретацию или комментарии, поскольку это будет означать WP:OR - " Это включает в себя любой анализ или синтез опубликованного материала, который достигает или подразумевает вывод, не заявленный источниками" . Wikipedaia не похожа на форум, блог или эссе. Она более ограничительна, поскольку является общим онлайн-пространством. Первые три абзаца WP:VERIFY объясняют, что я пытался сказать. Когда вы писали о Каллисе, это, казалось, не соответствовало тому, что явно говорилось в статье. Кроме того, это не о каких-либо убеждениях редактора вики по этой теме (хорошие редакторы могут быть нейтральными и придавать должное значение противоположным взглядам на спорные темы, такие как эта), это о следовании политике. Надеюсь, это поможет. Ramos1990 ( обсуждение ) 02:27, 7 мая 2024 (UTC) [ ответить ]
Политика Википедии не требует от редакторов сообщать все, что говорят авторы в публикации. Что касается научных статей, роль хорошего редактора заключается в том, чтобы выделить важные моменты, чтобы объяснить читателям, каков общий научный консенсус по спорным вопросам.
В этом случае важным вопросом является то, принимает ли в целом осведомленное научное сообщество широко разрекламированное утверждение, что по крайней мере 80% генома функционально. Это то, что исследователи ENCODE заявили в 2012 году, и многие отдельные исследователи официально поддерживают идею о том, что мусорная ДНК была опровергнута.
Статья Келлиса и др. важна в этом контексте, потому что исследователи явно отказываются от своего первоначального заявления. Вот что важно. Тот факт, что они делают другие заявления, не подкрепленные научными доказательствами (или логикой), не является чем-то, о чем мы должны сообщать, особенно потому, что эти заявления не были широко повторены или защищены в течение десяти лет с момента публикации статьи 2012 года.
В текущем виде эта статья Википедии о мусорной ДНК объясняет значение очищающего отбора как определения функции и объясняет, что только около 10% генома находится под очищающим отбором. Это подтверждает идею о том, что 90% генома — мусор.
Если бы мы сообщили о необоснованном заявлении Келлиса и др. о том, что генетическая и/или биохимическая активность может добавлять дополнительные функциональные области и уменьшать количество мусорной ДНК, то редакторы обязаны расширить это заявление и продемонстрировать, как оно влияет на мусорную ДНК. Вы не можете просто позволить заявлению Келлиса и др. стоять само по себе, тем более, что его поддерживают очень немногие другие знающие ученые. Genome42 ( talk ) 14:33, 7 мая 2024 (UTC) [ ответить ]

Удалить раздел «Измерения и оценки»

Этот раздел статьи не имеет смысла, поскольку важный материал рассматривается в остальной части статьи. Я удалю его через несколько дней, если не будет возражений от других редакторов. Genome42 ( talk ) 16:52, 21 мая 2024 (UTC) [ ответить ]

Попытка спама от TiggyTheTerrible

TiggyTheTerrible пытается отредактировать введение, продвигая несколько ложных и/или вводящих в заблуждение утверждений о мусорной ДНК. Большинство из них обсуждаются в основной части статьи. Вот важные моменты.

Определение мусорной ДНК обсуждается в статье. Может быть трудно определить нефункциональную ДНК, но совершенно ясно, что ни один знающий ученый никогда не говорил, что вся некодирующая ДНК является мусорной.

Нет ни одного знающего учёного, который бы сказал, что термин «мусорная ДНК» устарел. Как это может быть, если в основной части статьи приводятся веские доводы в пользу обильного содержания мусорной ДНК во многих эукариотических геномах?

Нет ни одного знающего учёного, который мог бы защитить утверждение, что концепция мусорной ДНК сдерживала исследования некодирующих областей, таких как центромеры, теломеры, интроны, точки начала репликации, некодирующие гены, транспозоны и регуляторные последовательности. Нет смысла помещать такие абсурдные заявления во введении.

В статье обсуждается интерпретация результатов ENCODE, включая тот факт, что исследователи ENCODE отозвали свое первоначальное заявление.

Обратите внимание, что ссылка № 1 (Fagundes et al., 2022) — это статья о том, как определить нефункциональную ДНК (выбранный эффект или спам). Это не означает, что вся некодирующая ДНК является мусорной. Ссылка № 2 используется три раза для поддержки утверждения о том, что мусорной ДНК не существует. Это статья-мнение, написанная научным писателем 6 сентября 2012 года — в день начала рекламной кампании ENCODE. В ссылке не указана дата этой статьи.

Я не могу отменить правку TiggyTheTerrible во второй раз, не будучи обвиненным в войне правок и, возможно, забаненным в Википедии. Жаль, что Tiggy не начал обсуждение здесь, прежде чем внести правку, которая явно противоречит тому, что находится в основном тексте статьи. С нетерпением жду объяснений Tiggy. Genome42 ( обсуждение ) 15:42, 31 июля 2024 (UTC) [ ответить ]

@ Genome42 Извините за любые огорчения, это было непреднамеренно. Когда я делал правку, я работал над стратегией Wiki «быть смелым». Если бы вы назвали мне причину возврата, я бы взял ее здесь и обсудил, а не отменял бы ее. Если вы хотите сослаться на отзыв исследования, я был бы рад выслушать, но Wikipedia имеет тенденцию отдавать предпочтение вторичным источникам, а не первичным, таким как исследования. Я подумал, что это больше подходит для лида. Можем ли мы хотя бы согласиться, что это спорно? Tiggy The Terrible ( обсуждение ) 07:20, 1 августа 2024 (UTC) [ ответ ]
@ TiggyTheTerrible Вы переписали первый абзац введения, вступив в противоречие с остальной частью статьи. Это, конечно, можно квалифицировать как стратегию «быть смелым», но я не уверен, что Википедия имеет в виду именно это. Правильным было бы разместить заметку здесь, на страницах обсуждения, с вопросом, знаем ли мы о рекламной кампании ENCODE и вводящей в заблуждение атаке на мусорную ДНК.
Мы могли бы объяснить вам ситуацию. Вы могли бы сами догадаться, прочитав предыдущие комментарии здесь или внимательно прочитав саму статью.
Нет никаких разногласий по поводу термина «мусорная ДНК». Она была правильно описана как «... последовательность ДНК, которая не имеет соответствующей биологической функции» в абзаце, который вы удалили. Это определение было подкреплено двумя ссылками на научную литературу. Основная часть статьи объясняет, почему называть всю некодирующую ДНК мусорной научно неверно. Существуют разногласия по поводу количества мусорной ДНК в геноме человека, но я не думаю, что вы найдете кого-то, кто будет утверждать, что ее нет.
Существует множество «вторичных источников», которые неправильно ссылаются на мусорную ДНК и данные, которые ее поддерживают. Довольно глупо выбирать один из них 14-летней давности и вставлять его на видное место в самом первом предложении введения. Это также довольно оскорбительно для тех из нас, кто работал над этой записью много лет.
Нет никаких доказательств того, что концепция мусорной ДНК сдерживала исследования некодирующей ДНК. Как я уже сказал выше, это смешно и оскорбительно. Нет никаких доказательств того, что проект ENCODE выявил миллионы переключателей, и уж точно нет никаких доказательств того, что эти регуляторные последовательности занимают 98% генома. ENCODE выявил ПРЕДПОЛАГАЕМЫЕ или КАНДИДАТНЫЕ переключатели, функциональность которых необходимо подтвердить. Это терминология, которую они использовали с 2014 года, когда признали, что утверждение о функции в их первоначальных работах было неверным. Это описано в основной части статьи — вы ее читали? Genome42 ( talk ) 15:39, 1 августа 2024 (UTC) [ ответить ]
Я не слышал от TiggyTheTerrible десять дней, поэтому я предполагаю, что он не может защитить свои правки. Поскольку никто другой не собирается вносить необходимые изменения, я сделаю это сам, начиная с завтрашнего дня. Надеюсь, это удовлетворит любые жалобы на то, что я могу участвовать в неоправданной войне правок. Genome42 ( talk ) 17:56, 11 августа 2024 (UTC) [ ответить ]
Привет, Ларри. Я взял на себя смелость серьезно переписать вторую часть этой страницы (после истории), включая множество удалений (текста, не ДНК). Я думаю, что раздел истории все еще раздут и нуждается в серьезной оптимизации. Пожалуйста, взгляните, если это имеет смысл. Peteruetz ( обсуждение ) 15:24, 16 августа 2024 (UTC) [ ответить ]
Привет, Питер. Мне интересно узнать об изменениях, которые вы внесли во ВВЕДЕНИЕ. Вы изменили "Все кодирующие белки регионы генов обычно рассматриваются как функциональные элементы геномов" на "Только около 1-2% геномов позвоночных кодируют белки".
Я не понимаю, зачем вы это сделали. В оригинальной версии проводится важное различие между кодирующими областями и генами, и это важно, поскольку большинство интронных последовательностей являются мусором, хотя они являются частями генов, кодирующих белки. Ваша версия подразумевает, что ГЕНЫ, кодирующие белки, занимают всего 1-2% генома, и это намёк, который мы должны развеять в этой статье. (Гены, кодирующие белки, занимают около 40% генома человека.)
Ваша версия также превращает абзац в конкретный пример; а именно, геномы позвоночных. Есть ли для этого причина? Кроме того, ваше утверждение применимо только к подмножеству геномов позвоночных. Процент выше у иглобрюхих и намного ниже у двоякодышащих рыб.
Однако наиболее значимая часть вашего редактирования заключалась в том, чтобы исключить упоминание о противоречии по поводу функции и вместо этого представить вывод о «главном доказательстве» в пользу мусорной ДНК. Я не согласен с вами, что эти два доказательства являются «главным доказательством в пользу мусорной ДНК», но это не суть. Суть в том, что существует противоречие по поводу определения функции, и указание на существование противоречия должно быть во введении. Позже мы можем привести доводы в пользу нашего предпочтительного определения функции и доказательства, которые его поддерживают, но не здесь.
Вы также говорите, что «повторяющиеся последовательности не могут нести много полезных доказательств», но мы знаем, что центромеры и теломеры являются функциональными элементами, которые содержат много повторяющейся ДНК. Такие утверждения не должны быть во введении, даже если бы они были верны.
Я написал, что многие ученые придерживаются эволюционного взгляда на функцию (вы удалили это), а затем сказал: «Другие ученые оспаривают этот взгляд или по-другому интерпретируют данные». Вы изменили это на «Основное возражение против этих аргументов основано на наблюдении, что большая часть генома транскрибируется, но транскрипция не подразумевает функцию». Я не думаю, что такие утверждения должны быть во введении. Кроме того, всепроникающая транскрипция не является возражением в первой ссылке (Germain et al., 2014).
В оригинальной версии обсуждались результаты ENCODE и то, как их следует интерпретировать. Это обсуждение зависело от различных определений функции и споров вокруг этих определений. Этот раздел был компромиссом, выработанным в течение многих месяцев между редакторами, которые поддерживают мусорную ДНК, и теми, кто выступает против этой идеи. Вы удалили все это и поместили свое предпочтительное заключение во введении.
Вмешиваться в статьи Википедии сложно и опасно. Я почти уверен, что есть редакторы, которые будут возражать против ваших изменений, потому что они не признают другую сторону спора. Это, скорее всего, спровоцирует войну правок. Я не хочу начинать ее с отмены некоторых наших правок, поэтому давайте попробуем достичь какого-то соглашения, которое не оскорбит противников мусорной ДНК. Хорошо? Genome42 ( обсуждение ) 21:19, 16 августа 2024 (UTC) [ ответить ]
В предыдущей версии статьи был раздел под названием «Определение функции» с описанием различных способов определения функции и объяснением определения функции поддержания и того, почему это важнее, чем просто рассмотрение сохранения. Также было объяснение того, почему биохимическая активность не является хорошим определением. Это объяснение включает как транскрипцию, так и сайты связывания факторов транскрипции.
Также был поднят аргумент о нулевой гипотезе.
Как вы можете видеть из обсуждения выше, написать этот раздел было непросто.
Вы удалили весь раздел. Почему вы решили, что его следует удалить?
В какой-то момент мы собираемся рассмотреть аргументы в пользу функции мусорной ДНК в отношении объемной ДНК, и этот раздел был, отчасти, подготовкой к этому вопросу. Genome42 ( обсуждение ) 21:46, 16 августа 2024 (UTC) [ ответить ]
В предыдущей версии статьи был целый раздел о «мусорной ДНК и некодирующей» ДНК, где мы объяснили распространенное заблуждение относительно определения мусорной ДНК. Мы привели пример статьи, в которой ошибочно утверждалось, что вся некодирующая ДНК является мусорной, и мы рассмотрели ошибочное приписывание этого утверждения Каммингсу (1972).
Затем мы сослались на ряд ученых, которые пытались опровергнуть дезинформацию, и указали, что ученые 1960-х и 1970-х годов были хорошо осведомлены о функциональной некодирующей ДНК.
Это важный вопрос в дебатах о мусорной ДНК, поскольку это заблуждение широко распространено как в научной, так и в креационистской литературе. Я много раз ссылался на эту статью в Википедии, чтобы указать на ошибочность предположения, что вся некодирующая ДНК считалась мусорной.
Вы удалили весь этот раздел. Почему? Genome42 ( обсуждение ) 21:32, 16 августа 2024 (UTC) [ ответить ]
Привет, Ларри,
Во-первых, я не уверен, есть ли простая функция, чтобы ответить на каждое из ваших утверждений по одному, поэтому я прошу прощения за длинное опровержение. Позвольте мне сначала сказать, что моя концепция Википедии (или любой другой энциклопедии) заключается в том, чтобы суммировать концепции и факты. Лично я стараюсь быть максимально кратким и фактическим на WP, поэтому, пожалуйста, извините, если я редактирую длинный текст, особенно без подразделов (в котором трудно ориентироваться и трудно искать конкретную информацию). Я думаю, что раздел об истории тоже слишком длинный, но я не трогал его, поскольку меня не так уж интересует история проблемы.
Тем не менее, я изменил "Все кодирующие белок регионы генов обычно рассматриваются как функциональные элементы в геномах" просто потому, что эта страница о мусорной ДНК, а НЕ о функциональных частях (которые, очевидно, требуют гораздо большего объяснения). Поэтому я хотел сместить акцент на нефункциональные части генома.
Число в фразе «Гены, кодирующие белки, занимают около 40% генома человека» вводит в заблуждение, поскольку — повторюсь: мы говорим о нефункциональной ДНК , а большая часть интронной ДНК просто нефункциональна, насколько мы можем судить.
Я не вижу, чтобы моя версия подразумевала, что кодирующие белки ГЕНЫ занимают только 1-2% генома. Я прямо сказал: "Только около 1-2% геномов позвоночных кодируют белки" — НЕ гены.
Вы правы, что мусорная ДНК в основном встречается у животных и растений. Я исправил вводный параграф, где я подчеркивал геномы позвоночных. Это должно быть более подробно раскрыто в основном тексте, но, вероятно, не во введении.
Я вернул заявление о том, что существует противоречие относительно определения функции, хотя я считаю это довольно бессмысленным. Потому что первоначальное утверждение ENCODE о том, что «транскрипция» или даже связывание белка составляет функцию, не имеет особого смысла. Но мне любопытно услышать ваш контраргумент.
Центромеры и теломеры повторяются, но они составляют совершенно незначительную часть генома.
Согласен — всепроникающая транскрипция не является возражением в первой ссылке (Germain et al., 2014). Однако их аргумент более философский и восходит к аргументу о «биохимической активности». См. выше.
Что касается ENCODE, я в первую очередь попытался обобщить результаты, которые касаются транскрипции и другой "биохимической активности". Опять же, это вопрос определения, и, возможно, кто-то (вы?) мог бы добавить параграф о семантических вопросах определения "функции".
Да, не нужно начинать войну правок. Однако я думаю, что обсуждение противоречий в исходной статье было слишком обширным. Вопросы определения можно резюмировать в нескольких предложениях. Большая часть предыдущего текста переходила от аргументов к аргументам, не предоставляя много твердых данных, как я ожидал бы от энциклопедии, но это мои личные предпочтения.
Определение функции — важный аспект, но его можно отнести к разделу, посвященному анализу функции гена (к сожалению, я думаю, что такого раздела нет).
Конечно, можно использовать концепцию нулевых гипотез, но разве это не повторение того, что было сказано ранее? По крайней мере, таково было мое мнение, поэтому я удалил его.
Вы сослались на ряд ученых 1960-х и 1970-х годов, что хорошо, но это действительно должно быть в разделе истории. Я сначала перенес это туда, а потом понял, что такой текст уже был, поэтому я его удалил.
Если вы хотите вернуть большую часть предыдущего текста, пожалуйста, сделайте это, но, пожалуйста, добавьте достаточно подзаголовков и другой структуризации к тексту. Я думаю, что предыдущий текст был слишком эссеистичным, и в нем было действительно трудно найти какую-либо конкретную информацию. Я думаю, что вся дискуссия о мусорной ДНК может и должна быть максимально объективной. Определения необходимы, но операциональные определения, такие как «биохимическая активность» или «транскрипция», либо недостаточны, либо вводят в заблуждение, по крайней мере, когда «функция» понимается как то, что помогает организму выживать (мое определение функции — а я провел большую часть своей карьеры, изучая функцию белка). Имеет ли это смысл?
Если интересно, готов обсудить это по телефону или в Zoom.
Peteruetz ( обсуждение ) 16:13, 17 августа 2024 (UTC) [ ответить ]
Привет, Питер!
Вы полностью изменили статью, убрав годы очень тяжелой работы. Я не думаю, что ваши правки являются улучшением. Они содержат много ошибок, вводящей в заблуждение информации и недостающей информации. Кроме того, многие противники и скептики мусорной ДНК посчитают текущую статью предвзятой и однобокой, и они правы.
Пожалуйста, не изменяйте раздел истории. Большую часть общественности и большинство ученых скормили дезинформации об истории мусорной ДНК. В популярной прессе и научной литературе им постоянно говорят, что вся некодирующая ДНК считалась мусорной. Это означает, что недавнее (!) открытие функциональной некодирующей ДНК опровергает мусорную ДНК.
Раздел истории был создан для того, чтобы расставить все точки над «i». Genome42 ( обсуждение ) 22:26, ​​17 августа 2024 (UTC) [ ответить ]
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Talk:Junk_DNA&oldid=1240866668"