Обсуждение:ДНК-микрочип

Эта статья уровня 5 жизненно важна и имеет рейтинг B-класса по шкале оценки контента Википедии . Она представляет интерес для следующих WikiProjects :

Молекулярная биология : MCB / COMPBIO Эта статья находится в рамках WikiProject Molecular Biology , совместных усилий по улучшению освещения молекулярной биологии в Википедии. Если вы хотите принять участие, посетите страницу проекта, где вы можете присоединиться к обсуждению и увидеть список открытых задач.Molecular BiologyWikipedia:WikiProject Molecular BiologyTemplate:WikiProject Molecular BiologyMolecular Biology ??? This article has not yet received a rating on the importance scale. This article is supported by the Molecular and Cell Biology task force (assessed as High-importance). This article is supported by the Computational Biology task force (assessed as Top-importance). Glass Mid‑importance This article is within the scope of WikiProject Glass, a collaborative effort to improve the coverage of glass on Wikipedia. If you would like to participate, please visit the project page, where you can join the discussion and see a list of open tasks.GlassWikipedia:WikiProject Physics/Taskforces/GlassTemplate:WikiProject Glassglass Mid This article has been rated as Mid-importance on the importance scale.

To-do list for DNA microarray: edit · history · watch · refresh · Updated 2009-11-06 Here are some tasks awaiting attention: Article requests : Illumina platform (polystyrene beads array) needed Expand : History, uses and statistics

The contents of the DNA microarray experiment page were merged into DNA microarray on 26 April 2016. For the contribution history and old versions of the redirected page, please see its history; for the discussion at that location, see its talk page.

Вот список терминов, используемых в статье, которые следует определить:

• «Ген болезни» — для неспециалиста это двусмысленно. Вы говорите о генах, вызывающих болезнь, или о генах какого-то вируса или бактерии?

В данном случае это может быть либо чужеродный ген, либо мутация.

• «репортеры» — если это то же самое, что и «зонд», так и следует сказать

Да, «Репортеры» — это термин соответствия MIAME, который исторически является расследованием.

• эукариотический" - хорошо, я знаю, что это такое, но должна быть ссылка на тему
• «Олигонуклеотиды» — довольно технично для статьи, не предназначенной для журнала.

См. олигонуклеотид

• "повышенно регулируется" - понятия не имею

Гены, экспрессия которых повышена, более активно экспрессируются в (например) больной клетке по сравнению с нормальной клеткой.

• "пониженная регуляция" - до сих пор нет ни малейшего понятия

Гены, экспрессия которых снижена, экспрессируются меньше (более низкие уровни мРМА) в одном типе клеток по сравнению с другим

• флуорофоры" - то же самое
• «сканировал» — чем? электронным микроскопом? Кажется, это довольно важная часть процесса, которую стоит пропустить.

Обычно лазер и фотоумножительная трубка для обнаружения испускаемой флуоресценции

• «пьезоэлектрическое осаждение» — я знаю, что такое пьезоэлектрик, но не сам процесс. Как насчет ссылки?
• 60-мер: - понятия не имею

длина олигонуклеотида (60 оснований в длину) -- Zven 23:40, 24 сентября 2006 (UTC) [ ответить ]

• определить "пятнистый" или пятнистость. что это значит

Определить место означает нанести нуклеиновую кислоту (или любой другой материал) через водный раствор на поверхность (обычно стекло). Нуклеиновая кислота содержит репортеры или зонды, которые будут «притягивать» соответствующую меченую биологическую молекулу.

Прочитав статью дважды, я так и не понял, как работают ДНК-микрочипы — как вы просматриваете результаты, какие шаги вы предпринимаете, чтобы транскрибировать ДНК и т. д. Судя по ссылке на «Экспрессию генов», похоже, что вы обрабатываете микрочипы в несколько этапов.

Эта статья будет полезна только тем людям, которые *уже* понимают, что такое ДНК-микрочип, и бесполезна для тех, кто хочет узнать, что это такое.

• Жаргон является проблемой в этих технических статьях. Мы могли бы рассмотреть возможность написания глоссария, например, Glossary_of_classical_physics или Wikipedia:List_of_glossaries , для микрочипов или для геномики или какой-то умеренно масштабируемой темы где-то между 'dna-микрочипами' и 'all-of-biology' Jethero ^Talk 05:15, 26 апреля 2007 (UTC) [ ответить ]

РЕШЕНО добавлен глоссарий

Обширность и абсолютная величина полученных данных представляет широкие возможности для неправильной диагностики и неправильного определения генов. Мне потребовалось подробное обсуждение, чтобы ознакомить читателей с трудностями анализа данных микрочипов - Natarajan

Я хочу узнать о ДНК-микрочипах подробно, включая протокол и фотографии.

Я думаю, что статья довольно подробно описывает. Если вам нужны фотографии, погуглите их! -- Intimidated 11:06, 9 марта 2005 (UTC)

Массивы тайлинга должны быть включены. Нашел хороший учебник на http://www.biostat.ucsf.edu/cbmb/courses/Cawley-Lecture5.pdf

Прошло довольно много времени с тех пор, как я следил за этой страницей, но я хотел бы отметить, что многие из терминов, используемых здесь, обсуждались до тошноты людьми, которые были непосредственно вовлечены в разработку платформы микрочипов и в стандарты, которым должны соответствовать эксперименты с использованием микрочипов, прежде чем они могут быть приняты сообществом. Проверьте страницы MGED.org для отчетов об истории разработки массивов.

Например, образец, который находится на слайде, НЕ является зондом. Поскольку роль меченой нуклеиновой кислоты в массивах противоположна меченой нуклеиновой кислоте в экспериментах по гибридизации Саузерна или Севера, было решено НЕ использовать термин ЗОНД для описания прикрепленной нуклеиновой кислоты или для меченой нуклеиновой кислоты в растворе (это неизвестные виды молекул . Если вы прочитаете Минимальную информацию об экспериментах с микроматрицами (или MIAME для краткости), которая была принята в качестве стандарта для описания данных об экспериментах с массивами до того, как они могут быть опубликованы или размещены в публичных репозиториях (необходимое условие для большинства авторитетных журналов), вы обнаружите, что прикрепленные нуклеиновые кислоты называются РЕПОРТЕРАМИ, место, к которому прикреплена нуклеиновая кислота, называется ФУНКЦИЕЙ, а меченая нуклеиновая кислота в растворе называется БИОЛОГИЧЕСКИМИ ОБРАЗЦАМИ.

Более того, как человек, использующий микрочипы и разрабатывающий технологию для использования форматов чипов, я не резервирую термин «чип» для матриц Affy или Combi, как и никто другой из моих знакомых.

Сказав это, я собираюсь исправить первые пару абзацев этой статьи. Я постараюсь вернуться к ней в ближайшее время, чтобы сделать ее единообразной. srlasky 02:27, 9 августа 2005 (UTC)

Надеюсь, те, кто хочет изменить репортер обратно на зонд, сначала посмотрят эту страницу. Я включаю цитату из документа MIAME, который определяет репортеров и признаки. Это была тема бурного обсуждения, потому что у всех было разное определение, которое они хотели использовать для пятен на слайде (зонды всегда маркировались другими методами, в массивах, пятна на слайде, которые некоторые люди хотели назвать зондами, не маркируются), плюс эти пятна должны были иметь два разных типа информации: во-первых, последовательность, которую они содержат, и ген, которому они комплементарны, и, во-вторых, абсолютное положение на слайде, координаты XY. Было решено не использовать термин зонд для всего на слайде, а вместо этого использовать термин репортер. Вот раздел из документа MIAMI:

Конструкция массива:

• Общая конструкция матрицы, включая тип платформы (является ли матрица стеклянной матрицей с точечным нанесением, матрицей, синтезированной на месте и т. д.); характеристики поверхности и покрытия, а также используемые протоколы нанесения пятен (для матриц, изготавливаемых по индивидуальному заказу) или идентификаторы продукта (название или марка, каталожные номера) для матриц, имеющихся в продаже.
• Массив функций и аннотаций репортера, обычно представленных в виде таблицы (например, см. Таблицы 1, 2 ниже), включая
  • Для каждого признака (точки) в массиве указывается его местоположение в массиве (например, метастолбец, метастрока, столбец, строка) и репортер, присутствующий в этом местоположении (обратите внимание, что один и тот же репортер может присутствовать в нескольких признаках).
  • Для каждого репортера однозначные характеристики репортерной молекулы, включая
    • Роль репортера – контроль или измерение
    • Последовательность для репортеров на основе олигонуклеотидов
    • Источник, подготовка и номер базы данных для длинных репортеров (например, на основе кДНК или ПЦР-продукта)
    • Праймеры для репортеров на основе продуктов ПЦР

Если вы хотите просмотреть весь справочный документ MIAME, он доступен на сайте MGED.org (MIAME_checklist). srlasky 17:54, 18 августа 2005 г. (UTC)

Я понимаю, что вы говорите, но, к сожалению, слово «зонд» распространилось во многих научных публикациях (например, The chipping forecast. Nature Genet.21(Suppl.) (1999). ) об анализе микрочипов, поэтому я предлагаю использовать MIAME слово « Репортеры» для известного материала и альтернативное слово « зонд» . Что-то вроде: Репортеры (также называемые зондами)... -- Zven 22:48, 19 сентября 2006 (UTC) [ ответить ]

Это прекрасная правка, чтобы восстановить британское правописание, но страница на смешанном диалекте; обратите внимание на заголовок раздела «Стандартизация». Если редактор собирается настаивать на использовании одного диалекта, то этот диалект должен использоваться по всей статье, а не хаотично здесь и там. Трудно воспринимать редактора всерьез, когда на слово в середине текста набрасываются, а заголовок, напротив, пылает несколькими строками дальше. Courtland 04:31, 30 октября 2005 (UTC) [ ответить ]

• FYI, использование S и Z в британском правописании различается. Некоторые используют его, некоторые нет. Так что только потому, что в нем есть Z, не думайте, что это не британское правописание. Fawcett5 13:57, 4 ноября 2005 (UTC) [ ответить ]
  • Верно, но я понимаю, что "стандартизация" против "стандартизации" - это случай, когда эти два понятия обычно различаются. Кроме того, "официально" дихомия Z/S не является частью окончательного различия между письменными диалектами, но она является значительной частью разговорного различия (я не помню, где я это читал, и было бы неплохо вытащить ссылку, чтобы подтвердить это утверждение... т.е. подкрепить мою подверженную ошибкам память). Courtland 23:28, 4 ноября 2005 (UTC) [ ответить ]

Я всегда считал, что существует два основных типа микрочипов — олигонуклеотидные массивы и кДНК-массивы. Олиго-массивы имеют 25bp олигонуклеотидов, нанесенных на предметное стекло (я думаю, это чипы Affy?), в то время как кДНК-массивы имеют кДНК из одного гена на каждом пятне. Это верно? Это не проясняется статьей в ее нынешнем виде. Если это правда, то я думаю, что это различие следует подчеркнуть, поскольку оно может быть довольно запутанным (я запутался). Eirinn 11:44, 4 ноября 2005 (UTC) [ ответить ]

Существует два типа олиго массивов... один, в котором короткие олиго синтезируются in situ (стиль affy), и второй, в котором используется подход spotted array. Во втором случае олиго обычно длиннее, как правило, 70-мерный. Fawcett5 13:55, 4 ноября 2005 (UTC) [ ответить ]

Кто-то добавил кучу компаний, которые, я уверен, существуют, но не считаю, что они достаточно важны, чтобы упоминать их здесь. Я удалю все, кроме ведущих, таких как Agilent, Affymetrix и т. д., если только у кого-то не возникнет возражений. -- Blacksun 07:42, 18 мая 2006 (UTC) [ ответить ]

Мне не нравится, как сейчас написан лид. Лид должен быть четким и кратким изложением того, что такое микрочипы, как они работают и почему они важны. Я собираюсь попытаться переписать его, чтобы достичь этого. -- Blacksun 07:44, 18 мая 2006 (UTC) [ ответить ]

Разве нам не следует больше поговорить о том, как измеряются уровни экспрессии, и назвать распространенные в настоящее время программы? Кажется, это недостающая часть в статье. Я постараюсь немного написать об этом. -- Blacksun 07:53, 18 мая 2006 (UTC) [ ответить ]

В первом абзаце говорится только о массивах выражений, но в последующих абзацах становится ясно, что существует множество типов массивов (SNP, тайлинг и т. д.).

Я хотел бы немного обобщить лид, чтобы рассмотреть различные типы массивов. ДНК-микрочип не обнаруживает экспрессию генов (как указано в текущем лиде), он обнаруживает гибридизацию комплементарных последовательностей с зондами массива. Это может измерять различные вещи в зависимости от экспериментального протокола и конструкции массива, включая (но не ограничиваясь) уровни экспрессии мРНК. gawp 20:26, 7 июля 2006 (UTC) [ ответить ]

• Согласен, почему Genome_tiling_arrays перенаправляется сюда, когда о них есть только одно предложение с минимальным содержанием? -- joshua orvis 15:00, 25 апреля 2007 (UTC) [ ответить ]

• согласен . В более ранней редакции я сделал первую попытку (хотя и грубую) обобщить лид, чтобы он был о ДНК-микрочипах, а не о массивах выражений, и я поместил существующую часть массива выражений во вводный абзац. Однако моя правка была в значительной степени отменена 193.1.68.18 ( обсуждение  · вклад ) в этой редакции. Я согласен, что эта статья была бы сильнее и более всеобъемлющей, если бы лид был более общим о ДНК-микрочипах, а конкретные приложения могли бы быть в разделе. Если есть другие, кто согласен или не согласен, возможно, мы могли бы обсудить это здесь? Jethero ^Talk 05:01, 26 апреля 2007 (UTC) [ ответить ]

Я бы сказал, что массивы *не могут* измерять уровни экспрессии: они фактически измеряют уровень устойчивого состояния, например, мРНК, который равен экспрессии минус деградация. Это важное различие (поскольку и экспрессия, и деградация могут сильно различаться в зависимости от условий окружающей среды), и оно подчеркивает распространенное заблуждение 128.249.106.194 ( talk ) 20:38, 13 июля 2010 (UTC) [ ответить ]

В настоящее время FDA прилагает усилия для упрощения сравнения данных микрочипов (МА), полученных с различных платформ МА. Подробная информация об этом проекте доступна по адресу http://www.fda.gov/nctr/science/centers/toxicoinformatics/maqc/

Будет ли что-то по этому поводу уместно в этой статье? Aaadddaaammm 08:21, 4 ноября 2006 (UTC) [ ответить ]

Мне нравится тот факт, что при погружении первым исчезает красный цвет, явление, которое также свойственно подобным вещам, но на менее адреналиновом уровне... -- Squidonius ( обсуждение ) 21:24, 7 мая 2008 (UTC) [ ответить ]

Я создал страницу для Cy3 и Cy5 , но я ужасно пишу и я новичок в редактировании вики. Может ли кто-нибудь добавить параграф о красителях, используемых в микрочипах? - спасибо

Я изменил пример для красителей, используемых для 2-way microarray. Правильная эмиссия для Cy3 — зеленая, а для Cy5 — красная. Я удалил ссылки на родамин и флуоресцеин, потому что, как мне кажется, они на самом деле не используются в этом контексте и отличаются от Cy3 и Cy5. aurel 14:21, 11 сентября 2007 (UTC) [ ответить ]

http://en.wikipedia.org/wiki/Cyanine утверждает: Cy3 обладает красной флуоресценцией, а Cy5 - дальнекрасной. http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_microarray утверждает: Cy3, имеющий длину волны флуоресцентного излучения 570 нм (соответствует зеленой части светового спектра), и Cy5 с длиной волны флуоресцентного излучения 670 нм (соответствует красной части светового спектра).

Лично я не согласен с обеими оценками цвета. Я склоняюсь к категоризации Biocompare (www.biocompare.com/documents/fluor_wavelengths.pdf), где Cy 3 излучает желтый, Cy5 излучает красный.

Удивительно, как мало согласия существует относительно цветов излучения этих двух красителей!! Dyeguy (обс.) 13:20, 7 марта 2008 (UTC) [ ответить ]

Я восстановил две ссылки на Webarray и Arraypipe, обе из которых являются бесплатными онлайн-программами для анализа микрочипов, прошедшими экспертную оценку в научной литературе (см.: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/6/306 и http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=15215429 ). Пожалуйста, не удаляйте эти ссылки, просто заменив их жестом руки на Open Directory Project, который сам по себе является джунглями ссылок и не всегда надежен. Malljaja 10:17, 3 апреля 2007 (UTC) [ ответить ]

ArrayPipe — конвейер анализа микрочиповВеб-массив

Я с уважением удалил их снова, поскольку Wikipedia не является каталогом WP:NOT#DIR , даже для рецензируемого программного обеспечения с открытым исходным кодом. Вы можете предложить создать раздел в Open Directory Project для "Рецензируемое бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом для ДНК-микрочипов", или вы можете использовать оригинальные ссылки на эти инструменты где-нибудь в тексте, указывая, конечно, их значимость и релевантность этой теме, или вы можете сослаться на сторонний всесторонний обзор инструментов FLOSS для микрочипов. Простое перечисление их не указывает на значимость и провоцирует спам. Далее, ваше решение выделить эти конкретные инструменты, а не другие, является WP:POV и поэтому должно быть объяснено в тексте и подкреплено ссылками. Jethero ^Talk 04:48, 12 апреля 2007 (UTC) [ ответить ]

Я снова почтительно удалил «линк-ферму», поскольку WP:NOT#DIR Эти ресурсы не упоминаются в тексте, и нет никакого упоминания о том, чем они примечательны по отношению к «ДНК-микрочипу». Поскольку это, очевидно, «приглашение» к рекламе, на этот раз я удалил весь раздел «программное обеспечение». Если конкретное программное обеспечение можно связать с достижениями или переломными моментами в изготовлении или анализе ДНК-микрочипов, то, возможно, его можно включить в текст напрямую? Или если есть интересная деталь о том, как разработка этих инструментов была обусловлена ​​технологией или наоборот?

== Программы и инструменты для анализа данных микрочипов в режиме онлайн == Несколько категорий [[Open Directory Project]] содержат список программ и инструментов для анализа данных микрочипов в режиме онлайн: * {{dmoz|/Science/Biology/Bioinformatics/Online_Services/Gene_Expression_and_Regulation/|Биоинформатика : Онлайн-сервисы : Экспрессия и регуляция генов}} * [http://cybert.microarray.ics.uci.edu/ Cyber-T использует байесовскую вероятностную структуру для анализа данных микрочипов] * {{dmoz|/Наука/Биология/Биохимия_и_Молекулярная_Биология/Экспрессия_Гена/Базы_данных/|Экспрессия гена: Базы данных}} * {{dmoz|/Наука/Биология/Биохимия_и_Молекулярная_Биология/Экспрессия_Гена/Программное_обеспечение/|Экспрессия гена : Программное обеспечение}} * {{dmoz|/Компьютеры/Программное обеспечение/Базы данных/Интеллектуальный_анализ_данных/Поставщики_инструментов/|Интеллектуальный_анализ_данных: Поставщики_инструментов}} * [[Bioconductor]] - проект программного обеспечения с открытым исходным кодом и открытой разработкой для анализа и понимания геномных данных. * [[Genevestigator]]: веб-база данных и аналитический инструмент для изучения экспрессии генов в больших наборах тканей, стадий развития, лекарственных препаратов, стимулов и генетических модификаций. * [http://genecat.mpg.de: GeneCAT (Gene Co-expression Analysis Toolbox): веб-база данных по экспрессии генов и инструменты анализа экспрессии для Arabidopsis thaliana и ячменя.] * [http://gepas.org GEPAS]: Пакет анализа профиля экспрессии генов, разработанный в [http://bioinfo.cipf.es Отделении биоинформатики CIPF] в Испании. * [[Биоинформатика DAVID]]: [http://david.abcc.ncifcrf.gov Бесплатный онлайн-ресурс по биоинформатике предоставляет функциональную интерпретацию больших списков генов, полученных в результате геномных исследований] * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17458699 caCORRECT] Коррекция артефактов чипа: [http://cacorrect.bme.gatech.edu Бесплатный онлайн-инструмент контроля качества для микрочипов Affymetrix, размещенный на] [http://www.bme.gatech.edu Кафедра биомедицинской инженерии Технологического института Джорджии] * [http://www.datascope.be/spm_page.htm "spm"] — это пакет с открытым исходным кодом, разработанный на [[R_%28programming_language%29|R]] для анализа данных экспрессии генов с помощью методов многомерной проекции 

-- Jethero ^Talk 04:16, 13 июня 2008 г. (UTC) [ ответ ]

Статья о технологии чипов Gene в настоящее время выглядит как резюме статьи о микрочипах или, по крайней мере, как один из коммерческих терминов для микрочипов, поэтому я решил узнать мнение других людей о том, считают ли они это одним и тем же или разным? Ciar 23:16, 5 мая 2007 (UTC) [ ответить ]

Согласен. Это странная статья и по сути запутанный отрезок этой статьи, с названием, которое, кажется, относится к чипу Affymetrix, но написано неправильно. Я думаю, вам просто следует сделать перенаправление сюда. Madeleine 00:36, 9 мая 2007 (UTC) [ ответить ]

Я тоже согласен. Это просто резюме основной статьи. Объедините ее. -- LasseFolkersen 20:43, 10 мая 2007 (UTC) [ ответить ]

Я пошел дальше и перенаправил статью о генном чипе сюда. ( NoQuarter 15:40, 29 мая 2007 (UTC)) [ ответить ]

Считаются ли они «ДНК-микрочипами»? - БЕЗ ПОДПИСИ

Я не очень хорошо с этим знаком, но нанопора — это гипотетический/ранний экспериментальный метод секвенирования. Массив пор — это не ДНК-микромассив, а что-то вроде микрочипа-биосенсора. -- Squidonius ( обсуждение ) 12:24, 5 апреля 2008 (UTC) [ ответить ]

Результатом не стало слияние со СТРАНИЦЕЙ НАЗНАЧЕНИЯ. -- Squidonius ( обсуждение ) 15:26, 13 апреля 2008 (UTC) [ ответить ]

Что касается точечных и олигонуклеотидных массивов, то тот факт, что самодельные точечные массивы дают результаты, которые не соответствуют действительности, является несерьезным и на самом деле является юмором. Причина, по которой люди используют точечные массивы, заключается в том, что альтернативы нет, поскольку они хотят индивидуальный. точечные массивы кДНК стоят 100-200$ против 400$ за слайды + реагенты. Самостоятельно напечатанные, 20$ за покрытие полилизином, но вам нужна библиотека, кДНК стоит около 10 тыс.$. С коммерческими слайдами вы получаете хороший протокол и фирменные реагенты, тогда как точечные массивы вам нужно сделать самостоятельно (и стандартного нет, они все ужасны). Частота отказов также намного выше. Я жалуюсь здесь и не исправляю это сам, потому что это не то, на что можно сослаться в учебнике/статье, и это, вероятно, будет отредактировано. Я прошу изменить этот раздел -- Squidonius ( обсуждение ) 12:12, 26 февраля 2008 (UTC) [ ответ ]

в этой статье слово «цвет» используется для описания двух по-разному «окрашенных» красителей. На самом деле, когда речь идет о красителях, используется слово «канал», которое гораздо точнее (есть не только краситель, но и лазер и фильтры) и используется в официальном жаргоне (не только в отношении флуоресценции: это даже в фотошопе, скажем, для наложения цвета), но не в социальном плане. кроме того, Cy3 и Cy5, когда вы смотрите на них в растворе, они темно-синие и фиолетовые! Цвет используется для простоты понимания или это незначительная ошибка? Существуют также 3-канальные микроматрицы (красный, синий и УФ)-- Squidonius ( обсуждение ) 12:17, 5 апреля 2008 (UTC) [ ответить ]

Некоторые страницы, такие как эта, содержат много сообщений, и требуется определенная работа, чтобы увидеть, на что был дан ответ или что было подтверждено. поэтому я помог сделать шаблон {{ Unanswered }} , который можно разместить над разделом, позволяя быстро просмотреть, на что был дан ответ. Если вы ждали ответа, но так и не получили его, как сообщение где-то посередине, отметьте его ! пожалуйста, озвучивайте любые вопросы или комментарии на странице обсуждения Template:Unanswered ( ссылки , обсуждение ), а не здесь.

Эта статья в частности странная, так как я думаю, что она достигла критической массы, и все слишком длинные разделы постоянно обрезаются. Я бы дал ей тег {{tl|toolong}, который требует, чтобы ее немного разделили и резюмировали, а новые статьи расширили. Хотя, возможно, сначала ее нужно немного переупорядочить. Учебник геномной науки Гибсона тоже немного запутан, но я думаю, что его можно значительно улучшить, я не пометил его так, так как он относительно короткий. Приветствую -- Squidonius ( обсуждение ) 15:22, 13 апреля 2008 (UTC) [ ответ ]

Я просматриваю эту страницу обсуждения, чтобы обновить статью. Проблема в том, что я застрял на исправлении вступления:

ПРЕДЛОЖЕННЫЙ

ДНК -микрочип представляет собой выстроенную серию микроскопических пятен ДНК- олигонуклеотидов , называемых признаками, где каждый признак содержит пикомоли определенной уникальной последовательности, например, участка генной последовательности.
Эти молекулы используются в качестве зондов), с которыми будет гибридизоваться только правильная целевая последовательность в условиях высокой строгости; где целью является маркированная смесь РНК или ДНК для анализа, в большинстве случаев с помощью системы обнаружения на основе флуорофора .
Зонды связаны с твердой поверхностью посредством ковалентного присоединения к химической матрице. Твердая поверхность может быть либо стеклянным, либо кремниевым чипом, в этом случае их обычно называют генным , геномным чипом или, в разговорной речи, Affy Chip, когда используется чип Affymetrix. ДНК-матрицы отличаются от других типов микроматриц только тем, что они либо измеряют ДНК, либо используют ДНК как часть своей системы обнаружения. ДНК-матрицы обычно используются для профилирования экспрессии , т. е. одновременного мониторинга уровней экспрессии тысяч генов или для сравнительной геномной гибридизации.

ОРИГИНАЛ

ДНК -микрочип (также известный как генный или геномный чип , ДНК-чип или генный массив ) представляет собой набор микроскопических пятен ДНК , обычно представляющих отдельные гены , выстроенных на твердой поверхности путем ковалентного присоединения к химической матрице. ДНК-матрицы отличаются от других типов микроматриц только тем, что они либо измеряют ДНК, либо используют ДНК как часть своей системы обнаружения. Качественные или количественные измерения с ДНК-микрочипами используют селективную природу гибридизации ДНК-ДНК или ДНК-РНК в условиях высокой строгости и обнаружения на основе флуорофора . ДНК-матрицы обычно используются для профилирования экспрессии , т. е. мониторинга уровней экспрессии тысяч генов одновременно, или для сравнительной геномной гибридизации.

не слишком ли он плотный? Спасибо, любые отзывы приветствуются (даже оскорбления)-- Squidonius ( talk ) 18:10, 15 апреля 2008 (UTC) [ ответить ]

Я изменил лид, так как заметил, что был удален необычный акт вандализма. На самом деле это был не вандализм, а комментарий о плохом лиде, несмотря на обратную связь.

Я извиняюсь за большое количество добавленных мной комментариев, но я думаю, что эта статья теперь снова в форме. Спасибо всем, кто помог сделать текст более читабельным -- Squidonius ( обсуждение ) 13:45, 18 апреля 2008 (UTC) [ ответ ]

исключение из правила, что микрочипы являются флуоресцентными, составляет μ-imager от Biomesure (новый чувствительный подход к микрочипам для дифференциального скрининга с использованием зондов, меченых двумя различными радиоэлементами. al, Salin H et. 4, sl: Nucleic acid research, 2002, Vol. 30.), но его нет в тексте, потому что машина считывает только область покровного стекла, что, по моему скромному личному мнению, я считаю совершенно нелепым. вы можете поместить микрочипы Agilent или 22k cDNA на экран фосфоимиджера с P33 (если у вас есть на то причина). -- Squidonius ( обсуждение ) 21:20, 7 мая 2008 (UTC) [ ответ ]

Я восстановил и немного перефразировал лид в соответствии с рекомендациями вики, которые можно найти здесь . Как и любой хороший лид, он должен предоставлять хорошее резюме, которое привлечет заинтересованного читателя к статье. Таким образом, он должен быть немного более обширным, чем пара предложений, и уже находится в довольно хорошей форме (и был в течение некоторого времени, имхо) — другие разделы, которые все еще требуют некоторой реальной работы, это те, которые связаны с анализом статистики (проблемы с множественными тестированиями и т. д.), и делают различные технические платформы немного более прозрачными и связными. Спасибо. Malljaja ( обсуждение ) 01:31, 10 мая 2008 (UTC) [ ответ ]

О, ладно. Я не знал об этом. Я согласен, теперь все в порядке. Эта статья будет однажды FA, поэтому я начал сверху и в конечном итоге добрался до низа (или откладывал это). Далее... в types слишком много белого (возможно, таблица, как в ncRNA, могла бы подойти). -- Squidonius ( обсуждение ) 10:53, 10 мая 2008 (UTC) [ ответить ]

Я удивлен, что в этой статье нет раздела (или даже упоминания) сравнительного анализа . "сравнительный анализ" ДНК дает более 100 000 результатов в Google Scholar. Есть ли еще одно название, которого я не знаю? Если нет, оно определенно должно быть включено в эту статью. Ура, Джек ( обсуждение ) 01:37, 18 июня 2008 (UTC) [ ответить ]

В разделе «Типы и применение» статьи было бы неплохо упомянуть использование массивов экзонов в дополнение к массивам экзонных соединений для использования в обнаружении альтернативного сплайсинга. Массив экзонов имеет зонды, которые специально нацелены на экзонные регионы в последовательности генома, избегая экзон-экзонных соединений. Их можно использовать для обнаружения новых изоформ сплайсинга без необходимости предварительного знания о том, какие изоформы экспрессируются.

В настоящее время только Affymetrix производит и продает массивы экзонов, такие как Human Exon 1.0 ST Array, который нацелен на все предполагаемо транскрибированные экзоны в геноме человека. Поскольку я работаю в Affy, у меня есть конфликт интересов при редактировании этой статьи для добавления такого примечания, но я был бы признателен, если бы кто-то мог это сделать.

Я также хочу отметить, что "GeneChip" является зарегистрированной торговой маркой Affymetrix, как указано здесь: http://www.affymetrix.com/site/terms.affx. Так что было бы хорошо, если бы кто-нибудь мог это также отметить. Спасибо. SteveChervitzTrutane ( talk ) 08:28, 10 сентября 2008 (UTC) [ ответить ]

В целом статья имеет оценку B. Я думаю, она заслуживает большего. Чего ей не хватает? -- Squidonius ( обсуждение ) 09:44, 21 октября 2009 (UTC) [ ответить ]

Раздел о статистике мне не кажется очень полезным. На мой взгляд, там говорится, да, есть все эти проблемы с множественными гипотезами и нормализацией. Верно, но статья должна либо рассмотреть эти вопросы, либо перенаправить читателя. На эту тему есть масса интересной литературы. Мы должны ее прочитать, резюмировать и цитировать, или избегать подчеркивания проблемы. Tombadog ( обсуждение ) 01:59, 22 октября 2009 (UTC) [ ответить ]

Следующая разметка — Good article . Я немного почистил Statistics (от мистического до списка) и добавил раздел, лучше объясняющий гибридизацию в, надеюсь, понятных терминах. Возможные улучшения:

• История слишком коротка?
• Может быть, стоит разделить аналитическую часть, например, создать статистический анализ ДНК-микрочипов и расширить его?
• Является ли жаргон простым и постоянным? Я думаю, что да. (Я выступаю за использование правильного жаргона, например зонд, особенность/пятно, канал, платформа, а не фиксированная ДНК, точка, цвет и машина)
• Ничего не сказано о протеомике и вспомогательных методах
• некоторые изображения кажутся не слишком релевантными. Галерея изображений? -- Squidonius ( обсуждение ) 16:38, 5 ноября 2009 (UTC) [ ответить ]

Моя правка по статистике была изменена, чтобы напоминать то, что было раньше, несмотря на то, что она была дезинформативной: Анализ микрочипов — это боль, потому что данные Относительны (состояние A против B, а не ген xx в A — это xx пмоль), и вы начинаете с изображения , Анализ данных SAGE имеет только часть проблем, которые есть у микрочипов, но при этом имеет очень много данных, поэтому размер — не проблема № 1. Если кто-то еще так считает, пожалуйста, исправьте. -- Squidonius ( обсуждение ) 12:48, 16 ноября 2009 (UTC) [ ответить ]

Поскольку я был тем, кто изменил раздел, о котором идет речь, вот мой ответ. Предыдущая версия была довольно плохо сформулирована, провоцируя именно те виды заблуждений, которые она пыталась разрешить. Одна из проблем, которую вы поднимаете, это «относительность» данных в микрочипах, что вводит в заблуждение, поскольку большинство данных выражаются как относительные значения (например, концентрации, экспрессия генов относительно генов нормализации). В целом, то, на что вы, возможно, ссылаетесь, но что не было должным образом рассмотрено, это проблемы, вызванные отношением сигнал-шум, на величину которого в анализе микрочипов влияют такие вещи, как гибридизация (химический шум), сканирование (электронный шум) и, вероятно, самое важное, биологическая изменчивость. Поэтому для преодоления этих различных наборов проблем были разработаны алгоритмы, такие как вычитание фона, нормализация данных и биологическая репликация в сочетании со статистическими методами, которые решают такие проблемы, как множественное тестирование, нормализация дисперсий и т. д., которые пытаются решить эти проблемы. Я открыт для осмысленного описания этих проблем в новом разделе, который рассматривает их с точки зрения взвешенной перспективы, но я против того, чтобы смешивать их все вместе, просто говоря, что есть "огромные объемы данных" и "несколько методов нормализации в опубликованной литературе" (без ссылок на них) — это бесполезно, так как это только подтверждает общеизвестный факт, что анализ микрочипов сложен. Мои изменения были направлены на переформулирование несколько извилистых предложений, таким образом пытаясь сфокусировать обсуждение, чтобы побудить к дальнейшим дополнениям. Malljaja ( talk ) 15:47, 16 ноября 2009 (UTC) [ ответить ]

Лучше использовать термин зонд, а не признак, потому что он специфичен для микрочипов (нозерн-блоттинга). — Предыдущий неподписанный комментарий добавлен Pain-proof (обсуждение • вклад ) 01:07, 7 января 2015 (UTC) [ ответить ]

В разделе «Анализ данных» указано: «...в случае коммерческих платформ анализ может быть запатентованным». [требуется ссылка] Вот одна цитата, в которой компания четко заявляет, что ее алгоритм является запатентованным: [1] — Предыдущий неподписанный комментарий добавлен 184.100.44.130 (обсуждение) 00:29, 9 июня 2017 (UTC) [ ответить ]

Мне нравится считать себя достаточно подкованным в научном плане человеком, но, просмотрев эту страницу и несколько других описаний в Интернете, я так и не понял, что такое ДНК-чипы.

Кажется, отсутствует самый фундаментальный вопрос для объяснения: это реальный биологический образец, взятый у живого существа (человека или чего-то еще), который каким-то образом прикреплен к твердой поверхности, или это чисто синтетический рисунок, прикрепленный к предметному стеклу микроскопа или другой подложке? Если последнее, то почему бы просто не закодировать его в компьютерную программу, зачем вообще беспокоиться о физической форме?

Я думаю, что люди, которые писали об этом (здесь, в Википедии и в других местах), слишком много знают об этом предмете и не знают, как представить его аудитории, которая ничего о нем не знает. Я думаю, что страница должна начинаться с гораздо более простого объяснения того, что обсуждается. — Предыдущий неподписанный комментарий, добавленный 74.104.100.218 (обсуждение) 20:53, 30 августа 2019 (UTC) [ ответить ]

Я согласен с этим. Это исчерпывающая статья, но новичку в нее очень сложно вникнуть.

Можно ли переписать введение, используя некоторые предположения/упрощения? Например, я думаю, было бы полезно, если бы во введении просто упоминалось, что ДНК-микрочип может измерять SNP и экспрессию генов, определялось, что это такое, а затем кратко упоминалось, что существуют и другие типы. Потому что сейчас он написан таким всеобъемлющим образом, сохраняя открытость для всех многочисленных различных типов микрочипов (tilling, microRNA и т. д.). Но это затрудняет его чтение. И действительно, экспрессия генов и генотипирование SNP, безусловно, являются крупнейшими приложениями по количеству образцов (и я бы даже сказал, что генотипирование SNP само по себе было бы самым важным, учитывая индустрию gwas+DTC) Yinwang888 ( talk ) 05:32, 11 февраля 2020 (UTC) [ ответить ]

Я заменил заголовочный рисунок. Он был очень конкретен в отношении подаспекта, где связываются зонды генных экспрессионных микрочипов. Вместо этого теперь есть обзорное видео. Надеюсь, это поможет. Я не удалил предыдущий рисунок, просто переместил его немного вниз LasseFolkersen ( talk ) 10:42, 14 мая 2020 (UTC) [ ответить ]

Очень хорошее видео! Очень наглядно. Круто, что вы сделали китайскую версию, но ваше произношение отстой. Хорошо, что вы вставили субтитры. Могу я спросить, вы ли Лассе Фолкерсен из impute.me? Я большой поклонник этого сайта. Почему нет статьи в Википедии об этом? Yinwang888 ( talk ) 08:56, 27 мая 2020 (UTC) [ ответить ]