Обсуждение:Аптамер

Aptamer был номинирован как хорошая статья по естественным наукам , но на тот момент (6 марта 2023 г., рецензированная версия ) он не соответствовал критериям хорошей статьи . На странице рецензий есть предложения по улучшению статьи. Если вы можете ее улучшить, пожалуйста, сделайте это ; тогда ее могут номинировать повторно .

This article is rated C-class on Wikipedia's content assessment scale. It is of interest to the following WikiProjects:

Molecular Biology: MCB This article is within the scope of WikiProject Molecular Biology, a collaborative effort to improve the coverage of Molecular Biology on Wikipedia. If you would like to participate, please visit the project page, where you can join the discussion and see a list of open tasks.Molecular BiologyWikipedia:WikiProject Molecular BiologyTemplate:WikiProject Molecular BiologyMolecular Biology ??? This article has not yet received a rating on the importance scale. This article is supported by the Molecular and Cell Biology task force (assessed as Low-importance).

Эта статья является или была предметом задания курса, поддерживаемого Wiki Education Foundation. Более подробная информация доступна на странице курса . Редактор(ы) студентов: Okonttinen . Рецензенты: Okonttinen .

Вышеприведенное недатированное сообщение заменено из задания Template:Dashboard.wikiedu.org от PrimeBOT ( обсуждение ) 17:29, 17 января 2022 (UTC) [ ответить ]

Эта статья является или была предметом задания курса, поддерживаемого Wiki Education Foundation. Более подробная информация доступна на странице курса . Редактор(ы) студентов: Tjbtk . Рецензенты: Tjbtk .

Статья кажется неясной, работает ли AptaBiD с пептидными или нуклеиновокислотными аптамерами или с обоими. Если это не оба, возможно, статью следует разделить на пептидные аптамеры и нуклеиновокислотные аптамеры? - Rod57 ( обсуждение ) 15:47, 26 мая 2014 (UTC) [ ответить ]

В предыдущей версии статьи было много упоминаний новых терминов для подтипов аптамеров, таких как шпигельмеры, умные аптамеры, оптимеры, X-аптамеры, раптамеры и белковые аптамеры. Мы также видели варианты типов SELEX, такие как FRELEX. Хотя все они являются важным вкладом в эту область, длинные разделы об этих идеях отвлекают от главного. Хотя и для лаборатории, и для области очевидна польза от обмена информацией о новых разработках, исследовательскому сообществу в целом лучше всего подойдет чистая, читаемая статья в Википедии, которая явно служит образовательной цели и не имеет подтекста рекламирования. — Предыдущий неподписанный комментарий, добавленный AllAmericanBreakfast ( обсуждение • вклад ) 00:40, 29 июня 2022 (UTC) [ ответить ]

Я создал подраздел вариантов SELEX на главной странице SELEX. Пожалуйста, разместите варианты SELEX в этом разделе.

Разве характеристика избирательного связывания с определенными молекулами не является основной отличительной чертой? Если да, то почему она была исключена из краткого описания, которое в настоящее время не отличает его от других членов довольно большого класса. Ура, · · · Питер Саутвуд ^{(обсуждение)} : 05:33, 2 июля 2022 (UTC) [ ответить ]

Я сделал его более конкретным, но максимально коротким. Пожалуйста, исправьте его, если он вводит в заблуждение. · · · Питер Саутвуд ^(обс.) : 06:26, 2 июля 2022 (UTC) [ ответить ]

Этот обзор включен из Talk:Aptamer/GA1 . Ссылку на редактирование этого раздела можно использовать для добавления комментариев к обзору.

Рецензент: Esculenta ( обсуждение · вклад ) 21:23, 29 августа 2022 г. (UTC) [ ответить ]

Здравствуйте, я займусь этим обзором. Надеюсь, комментарии появятся через пару дней. Esculenta ( talk ) 21:23, 29 августа 2022 (UTC) [ ответить ]

Первоначальные комментарии: Esculenta ( обсуждение ) 03:56, 5 сентября 2022 (UTC) [ ответить ]

• почему все эти цитаты в начале? Обычно они не требуются, если только утверждение не является спорным (вероятно, будет оспорено) или не является прямой цитатой, ни то, ни другое не применимо. Особенно раздражает видеть цитату для чего-то столь очевидного, как «Аптамеры используются в биологических лабораторных исследованиях и клинических тестах».
• не нужно связывать медицину; с другой стороны, может быть полезно связать анализ, клинический тест, сыворотку
• вместо того, чтобы предлагать произношение SELEX в начале (я думаю, они могли бы разобраться с этим сами), я думаю, было бы полезнее прописать аббревиатуру для читателя
• почему пугающие цитаты вокруг направленной эволюции, искусственного отбора, библиотеки?
• связать библиотеку с геномной библиотекой ?
• Это предложение нуждается в цитате(ах): «Исследователи придумали много связанных названий и торговых марок, включая «Шпигельмер», «СОМАмер», «умный аптамер», «оптимер», «Икс-аптамер», «Раптамер», «аптабоди», «аффимер» и «пептидный аптамер».», поскольку я не нашел эти названия в следующей цитате (Джойс, 1994)
• вероятно полезные ссылки: биомаркер (в подписи ко второму изображению), направленная эволюция, расщепление , хроматография, пептид, связывающее сродство, тяжелый металл, онкоген, HSF1; грипп A и B могут быть связаны по отдельности, N- и C-концы, пептидная библиотека, производное , фрагмент, посттрансляционная модификация, эпидемиологический, биобезопасность, доставка лекарств, открытие лекарств, моноклональный, дендритная клетка, клеточный рецептор
• "использовалась система репликации Qbeta" рассмотрите возможность изменения ссылки на Bacteriophage Qbeta , так как она немного более информативна (по крайней мере тем, кто знает, что такое бактериофаг, не придется переходить по ссылке, чтобы узнать, что это такое)
• кто является золотом «Золотой лаборатории» (для большинства других исследователей указаны имена)
• в разделе "Промышленное и исследовательское сообщество" внешняя ссылка на Astrea Bioseparations не может служить источником; потребуется надежный вторичный источник, упоминающий эти продукты. Аналогично, ссылку Apta-index необходимо будет оформить в качестве надлежащего цитирования.
• расшифруйте ПЦР при первом использовании в тексте
• второй абзац раздела «Свойства/Структура» требует ссылок
• есть четыре случая употребления слова конформация/конформационный, и ни один из них не связан ( конформация белка перенаправляет на структуру белка); мне интересно, может быть, лучше заменить их на более узнаваемые слова структура/структурный для простоты?
• "...например, улучшение ДНК-полимеразы с помощью свойств горячего старта , чтобы сделать ПЦР более надежной". Я собирался попросить объяснить свойства горячего старта, но думаю, что предложение так же хорошо (и легче для анализа) с удаленной зачеркнутой частью. (Я вижу, что горячий старт ПЦР связан ниже)
• расшифруйте ELISA и IHC
• «Однако следует отметить, что фаговый дисплей» см. WP:NOTED
• страница рекламодателя продукта "Sahara Hot Start PCR Master Mix" не может быть использована в качестве источника для этой цели; необходим вторичный источник, который обсуждает это
• где ссылка на последние 6 предложений подраздела AptaBid?
• Ссылка на антитромбиновые аптамеры есть в основном тексте статьи, поэтому она не должна также появляться в разделе «См. также».

Привет @AllAmericanBreakfast: , Я видел шквал редактирования статьи 16 сентября, но с тех пор тишина. Планируете ли вы завершить этот обзор? Обычно отзыв остается открытым около 10 дней без ответа, но я был бы рад продлить его, если вы планируете работать над этим дальше. Дайте мне знать, Esculenta ( talk ) 20:34, 24 сентября 2022 (UTC) [ ответить ]

О, извините за это — я не знал, какие сроки ожидаются. Я аспирант, и эта статья по моей специальности — написал ее летом, а сейчас начался учебный год, так что я занят больше, чем был. Я внес некоторые из предложенных правок и планирую внести остальные со временем. Если вы сможете продлить сроки, я буду признателен. Дайте мне знать, что вы считаете разумным; я возьму столько времени, сколько вы сможете мне дать :) 35.0.192.16 (обсуждение) 20:53, 24 сентября 2022 (UTC) [ ответить ]

Комментарий выше был моим - я забыл войти в систему. AllAmericanBreakfast ( обсуждение ) 20:53, 24 сентября 2022 (UTC) [ ответить ]

Ну, статья написана довольно хорошо, так что как только все вышеперечисленное будет исправлено (особенно необходимые цитаты) и я сделаю еще несколько проверок на соответствие критериям GA , она будет готова к продвижению. Достаточно ли недели? Esculenta ( talk ) 21:32, 24 сентября 2022 (UTC) [ ответить ]

Думаю, нет. Обзор закрыт из-за бездействия. Надеюсь, эти заметки помогут в будущих номинациях GA. Esculenta ( обсуждение ) 13:18, 1 октября 2022 (UTC) [ ответить ]

Спасибо, что нашли время написать свои предложения еще в октябре. У меня не было времени закончить их включение до сегодняшнего дня, когда закончился срок. Надеюсь, следующий процесс выдвижения кандидатур в GA будет успешным. AllAmericanBreakfast ( talk ) 22:48, 16 декабря 2022 (UTC) [ ответить ]

Этот обзор включен из Talk:Aptamer/GA2 . Ссылку на редактирование этого раздела можно использовать для добавления комментариев к обзору.

Рецензент: Мертбиол  ( обсуждение · вклад ) 17:45, 18 декабря 2022 г. (UTC) [ ответить ]

Я возьмусь за этот обзор. У меня есть некоторые знания об аптамерах на основе ДНК и РНК, хотя я никогда не работал с ними лично. Я с нетерпением жду возможности поработать с номинатором над этой статьей. С наилучшими пожеланиями Mertbiol ( talk ) 17:45, 18 декабря 2022 (UTC) [ ответить ]

• Кажется, нет количественного обсуждения сродства, с которым аптамер связывается с лигандом. Я думаю, что диапазон K _D должен быть указан как в разделе «Лид», так и в разделе «Свойства». (Термин «сродство» используется только один раз в основном тексте!!)

• Предлагаю объединить второе и третье предложения первого абзаца и получить: «Они могут связываться прочно, практически не связываясь с целевыми объектами ^[1] , и иногда их классифицируют как химические антитела ».
• Предлагаю заменить «задачи» на «приложения» в (текущем) четвертом предложении первого абзаца.

• Предлагаю упомянуть, что первая публикация аптамеров состоялась в 1990 году.
• Пожалуйста, укажите ссылку на Джека В. Шостака в основном тексте.
• Согласно MOS:FOREIGNITALIC , слово «aptus», выделенное курсивом, должно отображаться как aptus .
• Пожалуйста, удалите вторую точку после «to fit».
• Я предлагаю перефразировать «Аптамеры иногда называют «химическими антителами» или «имитаторами антител»» на «Аптамеры иногда классифицируют как «химические антитела» или «имитаторы антител».
• Предлагаю удалить слова «и чувствительные» из последнего предложения этого раздела.

• Я не уверен, стоит ли так подробно освещать историю направленной эволюции до SELEX. Предлагаю переписать первый абзац следующим образом: «С момента своего первого применения в 1967 году методологии направленной эволюции использовались для разработки биомолекул с новыми свойствами и функциями. Ранние примеры включают модификацию системы репликации бактериофага Qbeta и генерацию рибозимов с измененной активностью расщепления».
• Пожалуйста, расшифруйте аббревиатуру SELEX во втором абзаце, так как это первое упоминание этого термина в основном тексте.
• Пожалуйста, дайте ссылку на Евгения Нудлера .
• Предлагаю заменить «всеобъемлющие доказательства» на «окончательные доказательства».
• Пожалуйста, перефразируйте последнее предложение этого раздела следующим образом: «Это открытие подтвердило гипотезу мира РНК , постулируемого этапа во времени в зарождении жизни на Земле».
• Одинарные кавычки вокруг «гипотезы мира РНК» следует удалить.

• Предлагаю перенести этот раздел в конец статьи. Возможно, стоит переписать этот абзац как раздел «Внешние ссылки».
• Из этого раздела следует удалить пустые URL-адреса.

(Это только начало этого раздела — продолжение следует)

• Неясно, что подразумевается под «пептидным аптамером». Это аптамер с аминокислотным остовом или аптамер на основе нуклеиновой кислоты с нуклеотидами, модифицированными добавлением аминокислот?
• Пожалуйста, замените «Обычно аптамеры нуклеиновых кислот» на «Обычно аптамеры на основе ДНК и РНК».

Пока что остановлюсь здесь. Я предоставлю дополнительный отзыв в надлежащее время. С наилучшими пожеланиями Mertbiol ( обсуждение ) 17:45, 18 декабря 2022 (UTC) [ ответить ]

Привет, Mertbiol, я хотел бы проверить ваш запрос на «количественное обсуждение сродства, с которым аптамер связывается с лигандом». Статья об антителах, которая получила статус «хорошей статьи», не обсуждает диапазон KD для антител. Конечно, диапазон KD было бы легко добавить, но похоже, что вы заинтересованы в более подробном обсуждении сродства аптамера. Если да, можете ли вы дать несколько более конкретных предложений о том, что вы хотели бы охватить в таком обсуждении? Спасибо за ваш отзыв! AllAmericanBreakfast ( talk ) 19:30, 18 декабря 2022 (UTC) [ reply ]

Привет @AllAmericanBreakfast: Я только что быстро проверил статью об антителах . Вы правы, говоря, что диапазон _KD не указан, хотя «сродство» упоминается в общей сложности 20 раз. Я думаю, было бы неплохо указать типичный диапазон _KD для «полезных» аптамеров. Есть ли разница между аптамерами на основе ДНК, РНК, XNA и пептидов? На данный момент я не думаю, что требуется долгое обсуждение — одного предложения в каждом из основных разделов и в разделе свойств может быть достаточно. С наилучшими пожеланиями, Mertbiol ( обсуждение ) 19:48, 18 декабря 2022 (UTC) [ ответить ]

Привет, Mertbiol. «Полезный» диапазон Kd полностью зависит от конкретного применения. Например, in vivo биосенсор, которому необходимо обнаружить физиологически значимые уровни определенного белка, будет иметь свой полезный Kd, определяемый физиологическими уровнями в определенном месте, а также зависящий от состояния заболевания, воспаления и т. д. Напротив, аптамер, используемый для аффинной хроматографии, может иметь совершенно другой «полезный» диапазон, потенциально требующий значительной аффинности, но гораздо ниже той, которая требуется для обнаружения физиологических уровней. В других случаях ключевым фактором, определяющим полезность аптамера, может быть специфичность, а не аффинность. Поскольку динамический диапазон аптамера зависит от аффинности, наличие чрезмерно высокой аффинности может быть на самом деле плохим для некоторых применений. Однако мы могли бы привести диапазон аффинностей, которые были описаны в литературе, просто чтобы показать, чего удалось достичь на данный момент. AllAmericanBreakfast ( обсуждение ) 20:15, 18 декабря 2022 (UTC) [ ответить ]

Спасибо @AllAmericanBreakfast: Да, я думаю, что было бы неплохо включить ряд сродств, о которых сообщалось до сих пор. А также краткое обсуждение приложений, для которых связывание с очень высоким сродством не подходит. С наилучшими пожеланиями, Mertbiol ( обсуждение ) 20:38, 18 декабря 2022 (UTC) [ ответить ]

Хорошо, я внедрил эти изменения в первый абзац лида и в раздел приложений. Дайте мне знать, что вы думаете. AllAmericanBreakfast ( обсуждение ) 22:49, 18 декабря 2022 (UTC) [ ответить ]

«Неясно, что подразумевается под «пептидным аптамером». Это аптамер с аминокислотным остовом или аптамер на основе нуклеиновой кислоты с нуклеотидами, модифицированными путем добавления аминокислот?»

Я считаю, что раздел охватывает это в "В то время как большинство аптамеров основаны на нуклеиновых кислотах, пептидные аптамеры представляют собой искусственные белки, выбранные или сконструированные для связывания определенных целевых молекул". Дайте мне знать, если это недостаточно ясно. Спасибо! AllAmericanBreakfast ( обсуждение ) 19:41, 18 декабря 2022 (UTC) [ ответ ]

Спасибо @AllAmericanBreakfast: теперь я вижу объяснение ниже в разделе — я не заглядывал вперед. Я думаю, что определение «Пептидные аптамеры» находится не в том месте — его нужно разместить выше, когда этот термин впервые вводится. С наилучшими пожеланиями, Mertbiol ( обсуждение ) 19:48, 18 декабря 2022 (UTC) [ ответить ]

Я переместил определение сразу под заголовок, надеюсь, так понятнее. Спасибо! AllAmericanBreakfast ( обсуждение ) 20:16, 18 декабря 2022 (UTC) [ ответить ]

Привет @AllAmericanBreakfast: Спасибо за ваши ответы. Я думаю, нам нужно взглянуть на организацию статьи и еще раз подумать о том, как разные части информации распределяются по разным разделам.

• Как в основном разделе, так и в разделе «Этимология» указано, что аптамеры основаны на нуклеиновых кислотах («Аптамеры — это короткие последовательности искусственной ДНК или РНК, которые связываются с определенной целевой молекулой», и «обычно их используют для описания синтетически созданного лиганда на основе нуклеиновой кислоты, специфичного для определенной целевой молекулы»). Поэтому первое упоминание об аптамерах на основе пептидов и XNA находится в подразделе «Структура» раздела «Свойства», где они не определены должным образом.
  • Думаю, нам следует пока оставить раздел «Вводная часть» и вернуться к нему позже в обзоре.
  • Пожалуйста, удалите последнее предложение раздела «Этимология» (начинающееся со слов «Формального определения не существует...»). Ссылка на Джойса 1994 года теперь явно устарела.
• Пожалуйста, создайте новый раздел под названием «Классификация» или «Типы аптамеров» или «Классы аптамеров» или что-то подобное, который, по моему мнению, должен располагаться над разделом «История». Пожалуйста, поместите любую информацию, которая поможет читателям понять разницу между аптамерами на основе ДНК, РНК, XNA и пептидов, в этот новый раздел из раздела «Свойства». Пожалуйста, имейте в виду, что не все, кто читает эту статью, будут специалистами.
• Пожалуйста, перенесите последний абзац текущего подраздела "Структура" (начиная с Немодифицированные аптамеры быстро выводятся из кровотока...) в новый раздел под названием " Очищение и деградация in vivo " или подобный. На данный момент этот новый раздел следует поместить под разделом "Применение".
• После этого еще раз просмотрите статью и убедитесь, что все темы сгруппированы под соответствующими заголовками.

Когда закончите, пожалуйста, напишите мне, и я еще раз посмотрю. С наилучшими пожеланиями, Mertbiol ( обсуждение ) 19:34, 19 декабря 2022 (UTC) [ ответить ]

Привет, Mertbiol. Я думаю, что необходимо обсудить классификацию аптамеров, прежде чем вносить дальнейшие изменения. Не существует окончательного источника, предлагающего консенсусное определение «аптамера», но показательным примером такого определения является:

«Аптамеры — это одноцепочечные олигонуклеотиды, которые складываются в четко определенные трехмерные формы, что позволяет им связывать свои мишени с высокой аффинностью и специфичностью».

Однако сообщество пептидных аптамеров определяет «пептидный аптамер» следующим образом:

«Пептидные аптамеры — это небольшие комбинаторные белки, которые выбираются для связывания с определенными участками на целевых молекулах. Пептидные аптамеры состоят из коротких, длинных последовательностей из 5–20 аминокислотных остатков, обычно встроенных в виде петли в стабильный белковый каркас... короткая аминокислотная последовательность, встроенная («двойное ограничение») в контекст небольшого и очень стабильного белкового остова («каркас»). Конформационное ограничение важно, поскольку оно стабилизирует вставную петлю и повышает вероятность ее сворачивания и распознавания родственных поверхностей»

Если принять первое определение, то "пептидные аптамеры" вообще не являются аптамерами, поскольку они не являются олигонуклеотидами. Я могу ошибаться, но подозреваю, что нет источника, предлагающего всеобъемлющее, единое определение "аптамера", которое охватывало бы все случаи использования.

Я считаю, что на сегодняшний день наиболее распространенным использованием термина «аптамер» является обозначение олигонуклеотида с высокой аффинностью к определенной цели. Однако латинское название просто означает «подходить», и поэтому имело бы смысл определить этот термин более широко, как любой небольшой полимер, который связывает определенную цель или набор целей с высокой аффинностью. Но у меня нет источника, дающего такое определение — на самом деле, мне кажется, что лишь немногие авторы в сообществе исследователей аптамеров, если таковые вообще имеются, прилагают усилия для классификации аптамеров с таким уровнем точности. Это термин для удобства. Поскольку это Википедия, я не хочу навязывать статье свое собственное определение, и все же я также не ожидаю, что смогу найти единое определение, которое охватывает все варианты использования. Моим лучшим компромиссом было бы предложить несколько наборов определений и позволить читателю разобраться во всех из них. Что вы думаете? AllAmericanBreakfast ( обсуждение ) 20:25, 19 декабря 2022 (UTC) [ ответить ]

Привет @AllAmericanBreakfast: Спасибо за ваше сообщение. До прочтения этой статьи я не сталкивался с «пептидными аптамерами», но, судя по небольшому чтению сегодня, этот термин используется уже около 20+ лет, поэтому я не думаю, что эта статья в Википедии может его игнорировать. Я бы предпочел дать максимально широкое определение «аптамеру», а затем заявить, что существует четыре основных типа (основанные на ДНК, РНК, КсНК и пептидах). Я думаю, это был бы лучший способ решения «проблемы определения». Я думаю, если бы вы попытались представить несколько определений бок о бок, вы бы просто запутали читателя. С наилучшими пожеланиями Mertbiol ( обсуждение ) 21:03, 19 декабря 2022 (UTC) [ ответить ]

Привет @AllAmericanBreakfast: Не могли бы вы сообщить мне, готовы ли вы продолжить работу над разделом «Свойства» самостоятельно или вам нужна помощь от меня? С наилучшими пожеланиями, Mertbiol ( обсуждение ) 21:10, 22 декабря 2022 (UTC) [ ответить ]

Да, если бы вы могли поделиться своими дальнейшими мыслями по поводу улучшений в разделе свойств, это было бы полезно. Спасибо. AllAmericanBreakfast ( обсуждение ) 02:18, 23 декабря 2022 (UTC) [ ответить ]

Привет @AllAmericanBreakfast: Я думал об этой статье во время рождественских каникул. Я также перечитывал статью об антителах , чтобы дать небольшое руководство по структуре. Как вы сказали, наша главная проблема в том, что нет хорошего унифицированного определения для «аптамера», что означает, что определение области действия является сложным. Пептидные аптамеры, по-видимому, имеют лишь ограниченную связь с аптамерами на основе нуклеиновых кислот, и поэтому объединение их в единую связную статью очень сложно.
На данном этапе я склонен предложить разделить ее на две отдельные статьи — Аптамеры на основе нуклеиновых кислот и Пептидные аптамеры или что-то подобное. (Текущая статья останется либо страницей устранения неоднозначности, либо перенаправлением на статью Аптамеры на основе нуклеиновых кислот.) Я отмечаю, что аптамеры, нуклеотиды и аптамеры, пептиды уже существуют в качестве перенаправлений. Разделение, конечно, должно происходить вне процесса рецензирования и потребует консультаций с другими редакторами. После удаления пептидных аптамеров материал на основе нуклеиновых кислот можно было бы легко отшлифовать и повторно отправить на рассмотрение GA.
В качестве альтернативы мы могли бы продолжить работу над статьей в ее нынешнем виде. Мне кажется, что для соответствия критериям 1a и 3b потребуется серьезная реорганизация.
Пожалуйста, дайте мне знать, что вы об этом думаете. С наилучшими пожеланиями, Mertbiol ( talk ) 10:49, 28 декабря 2022 (UTC) [ ответить ]

Привет @AllAmericanBreakfast: Надеюсь, ты хорошо отдохнул в праздничный сезон. Не мог бы ты поделиться своими мыслями по поводу вышесказанного? Спасибо Mertbiol ( talk ) 21:00, 5 января 2023 (UTC) [ ответить ]

Извините, я не успел написать половину ответа, а потом мне пришлось сесть в самолет.

Прежде чем принять решение о разделении статей, давайте рассмотрим аргументы в пользу их объединения.

«Аптамер» не имеет жесткого определения, но это не обязательное условие для темы, имеющей статью в Википедии. Например, у искусства есть страница в Википедии, как и у порнографии , хотя это клише, что разница в том, что «мы узнаем это, когда увидим». Для меня то, что объединяет аптамеры на основе пептидов и нуклеиновых кислот, — это комбинация размера, функции в качестве аффинного лиганда и основы для этого сродства в химии комбинаторных полимеров. Если бы некая третья химия, допускающая комбинаторные полимеры, оказалась плодотворной для создания аффинных лигандов против широкого спектра специфических целей, то у нас могли бы быть аптамеры, основанные на этой химии. Только потому, что у нас есть всего два примера (на основе нуклеиновых кислот и белков) и из-за отсутствия усилий со стороны области для достижения ясности определений, конкретная химия выделяется как дифференциатор, а абстрактное единство термина замаскировано. Разделение статьи и перенаправление «аптамера» на «аптамер на основе нуклеиновой кислоты» еще больше маскирует это единство. Это не то, чтобы это был верный аргумент, просто нам тогда пришлось бы защищать это решение перед другими редакторами, склонными к объединению, а не к разделению, и я не думаю, что в ближайшем будущем появится официальный источник консенсуса, на который можно будет сослаться.

Учитывая отсутствие обоснованного экспертного консенсуса, я думаю, лучше просто оставить и «аптамер нуклеиновой кислоты», и «аптамер пептида» в статье «аптамер» в качестве двух примеров того, чем может быть аптамер. Возможно, мне просто нужно пристальнее поискать — было бы удивительно, если бы количество источников, дающих единое определение «аптамера», включающее как аптамеры нуклеиновой кислоты, так и пептидные аптамеры, было равно нулю. 2601:400:C100:5510:2F0F:8D85:FA47:CB4D (обсуждение) 21:28, 5 января 2023 (UTC) [ ответить ]

Спасибо @AllAmericanBreakfast: Тогда в таком случае мы продолжим без разделения. Для меня главная проблема статьи в ее нынешнем виде заключается в том, что она в первую очередь посвящена аптамерам нуклеиновых кислот, с (коротким) отдельным подразделом о пептидных аптамерах примерно в середине страницы, после чего история возвращается к версиям ДНК/РНК. Теперь задача будет заключаться в том, чтобы интегрировать материал о пептидных аптамерах в остальную часть статьи, чтобы она не выглядела как второстепенная мысль. Я подумаю об этом еще в течение следующих нескольких дней и дам вам больше информации на выходных. С наилучшими пожеланиями, Mertbiol ( обсуждение ) 21:41, 5 января 2023 (UTC) [ ответить ]

Я думаю, проблема, с которой мы сталкиваемся, заключается в том, что термин «аптамер» используется как сокращение от «аптамер нуклеиновой кислоты», потому что именно в этом заключается суть исследования, и потому что на практическом уровне белки и нуклеиновые кислоты имеют различные инженерные приложения. Мы видим это в предложении «Аптамеры и антитела могут использоваться во многих из тех же приложений, но структура аптамеров на основе нуклеиновых кислот , которые в основном являются олигонуклеотидами , сильно отличается от структуры антител на основе аминокислот , которые являются белками . Это различие может сделать аптамеры лучшим выбором, чем антитела, для некоторых целей (см. замена антител )».

Подозреваю, что это и есть причина напряженности. В рамках исследования аптамеров подразумевается, что «аптамер» означает «аптамер нуклеиновой кислоты», если не указано иное, но мы также можем признать, что в аннотации «аптамер» имеет более широкое определение, которое включает пептидные аптамеры и, возможно, другие химические вещества. Большинство людей, которые сталкиваются с идеей аптамеров (например, на занятиях по биохимии), будут применять этот термин именно к аптамерам нуклеиновых кислот, не вдаваясь в такие подробности.

При написании статьи в том виде, в котором я ее представил, я стремился сделать ее отражающей то, как обычно используется язык (по крайней мере, по моему опыту), и то, что, как я думаю, ожидают пользователи. Когда люди думают «аптамер», они думают «ДНК- или РНК-лиганд, разработанный с помощью SELEX» как центральный пример, а идея аптамера, разработанного с помощью рационального дизайна, или пептидного аптамера, является деталью, которую следует рассмотреть позже в статье. Вот как я структурировал статью, с центральным примером вверху и подробностями в основном тексте статьи. 2601:400:C100:5510:23F:84C2:22B:6429 (обсуждение) 22:54, 5 января 2023 (UTC) [ ответить ]

Привет @AllAmericanBreakfast: Боюсь, этот подход не работает. У вас есть одна конкретная точка зрения, но ее не разделяют другие. Они будут категорически не согласны с "В рамках исследований аптамеров подразумевается, что "аптамер" означает "аптамер нуклеиновой кислоты", если не указано иное". У вас есть надежный источник, подтверждающий ваше утверждение?

Вы не можете притворяться в большей части статьи, что "Аптамер = ДНК/РНК Аптамер", а затем внезапно ввести пептидные аптамеры на полпути. Вот почему я предоставил вам выбор - разделить статью и доработать материал ДНК/РНК-аптамеров до статьи качества GA (легко) или полностью интегрировать материал пептидных аптамеров с остальным (гораздо сложнее). Вы выбрали второй вариант, но вы можете передумать.

С наилучшими пожеланиями, Mertbiol ( обсуждение ) 23:09, 5 января 2023 (UTC) [ ответить ]

Привет @AllAmericanBreakfast: Я думаю, что сейчас лучше всего расширить раздел «Классификация». Я определил материал в разделе «Свойства», чтобы переместить его вверх по статье. Вставка ниже показывает, как, по моему мнению, должен быть структурирован этот раздел. Очевидно, вам нужно будет расширить текст под каждым заголовком (включая аптамеры XMA, которые в статье в ее текущем виде упоминаются очень мало):

Исходя из раздела "Классификация", я думаю, что следующий раздел должен обсудить синтез и выбор различных типов аптамеров. Опять же, вставка ниже дает представление о том, как, по моему мнению, должен выглядеть этот раздел:

Все материалы, оставшиеся в разделе «Свойства», следует перенести в существующий раздел «Приложение» (включая текущий подраздел «Цели»).

Здесь предстоит многое сделать, чтобы не только реорганизовать статью, но и расширить области, которые недостаточно освещены в текущем тексте. (Например, SELEX посвятил этому целый абзац в вводном разделе, но не упоминает его за пределами раздела «История» в основной части статьи.) С наилучшими пожеланиями, Mertbiol ( обсуждение ) 16:25, 8 января 2023 (UTC) [ ответить ]

@ Mertbiol , похоже, номинатор неактивен и неактивен уже более 3 недель. Возможно, вам придется оценить эту статью на основе ее текущего состояния или попытаться найти кого-то другого, кто возьмет на себя обязанности «номинатора» по реагированию на комментарии и улучшению контента. ♠ PMC ♠ (обсуждение) 07:08, 17 января 2023 (UTC) [ ответить ]

@ Mertbiol , вы так и не ответили на вышеизложенное, а номинатор все еще неактивен. Каковы ваши планы на этот обзор GA? ♠ PMC ♠ (обсуждение) 18:05, 3 марта 2023 (UTC) [ ответить ]

Привет @AllAmericanBreakfast: Кажется, за последние шесть недель статья не претерпела существенных улучшений, и я обеспокоен тем, что вы не занимались этим обзором с начала января. Попытка отделить материал по пептидным аптамерам, похоже, не увенчалась успехом, и я также обеспокоен тем, что есть WP:COI с включением этого веб-сайта в статью.
Я думаю, что на этом этапе будет лучше, если я положу конец обзору. Я отменю удаление материала по пептидным аптамерам. Я также удалю потенциальное содержание WP:COI . С наилучшими пожеланиями, Mertbiol ( talk ) 17:04, 6 марта 2023 (UTC) [ ответить ]

Спасибо за вашу помощь в попытках внести улучшения - у меня сложилось впечатление, что вы вышли из обзора с вашим комментарием "остановимся здесь на время". Если вы сможете восстановить материал пептидного аптамера, это было бы превосходно, я был очень расстроен человеком, который решил удалить страницу пептидного аптамера после того, как я перенес ее туда, и думал, что она навсегда утеряна. AllAmericanBreakfast ( обсуждение ) 17:28, 6 марта 2023 (UTC) [ ответ ]

Обзор GA ( здесь можно узнать , какие критерии существуют, а здесь — какие нет)

1. Написано достаточно хорошо .

   а (проза, орфография и грамматика) : б ( MoS для лида , макета , выбора слов , художественной литературы и списков ) :

2. Это фактически точно и проверяемо .

   a ( справочный раздел ) : b (ссылки на надежные источники ) : c ( ИЛИ ) : d ( копирование и плагиат ) :

3. Он имеет широкий охват .

   а ( основные аспекты ) : б ( фокусированные ) :

4. Придерживается политики нейтральной точки зрения .

   Справедливое представительство без предвзятости :

5. Он стабилен .

   Никаких войн правок и т.п .:

6. Там, где это возможно и уместно, он проиллюстрирован изображениями и другими материалами.

   а (изображения помечены, а несвободный контент имеет обоснования несвободного использования ) : б ( надлежащее использование с подходящими подписями ) :

7. Общий :

   Сдал/Не сдал :

Здравствуйте, я не эксперт в этой теме, но я думаю, что подпись к 1-й иллюстрации неверна. Последняя строка подписи в настоящее время гласит: «Части аптамера, которые контактируют с белком, выделены красным». Я не думаю, что это правда. Я думаю, что должно быть написано: «Части белка, которые контактируют с аптамером, выделены красным». Может ли кто-то более экспертный в этой теме взглянуть на подпись? DlronW ( talk ) 02:11, 27 июля 2023 (UTC) [ ответить ]