Обсуждение:Альфа-спираль

Эта статья имеет рейтинг B-класса по шкале оценки контента Википедии . Она представляет интерес для следующих WikiProjects :

Молекулярная биология : МКБ This article is within the scope of WikiProject Molecular Biology, a collaborative effort to improve the coverage of Molecular Biology on Wikipedia. If you would like to participate, please visit the project page, where you can join the discussion and see a list of open tasks.Molecular BiologyWikipedia:WikiProject Molecular BiologyTemplate:WikiProject Molecular BiologyMolecular Biology ??? This article has not yet received a rating on the importance scale. This article is supported by the Molecular and Cell Biology task force (assessed as Mid-importance). Biophysics (inactive) This article is within the scope of WikiProject Biophysics, a project which is currently considered to be inactive.BiophysicsWikipedia:WikiProject BiophysicsTemplate:WikiProject BiophysicsBiophysics

К вашему сведению, Лайнус Полинг получил свою первую Нобелевскую премию за открытие альфа-спирали, поэтому хорошим источником информации для этой статьи будет лекция Полинга при вручении Нобелевской премии... Dwmyers 18:05, 20 сентября 2003 (UTC)

Я не доверяю некоторым вещам на этой странице. — Предыдущий неподписанный комментарий добавлен Bensaccount ( обсуждение • вклад ) 04:16, 18 февраля 2004 (UTC)[ отвечать ]

Не делайте подобных комментариев, не указав на них веской причины. — Предыдущий неподписанный комментарий, добавленный 70.18.106.30 (обсуждение • вклад ) 02:46, 18 октября 2004 (UTC)[ отвечать ]

50 нанометров не равно 5 ангстремам, какая мера правильная? Если это 50 нанометров, то это будет 500 ангстремов, а если это 5 ангстремов, то это будет 0,5 нанометров. —Предыдущий неподписанный комментарий добавлен 172.157.138.41 (обсуждение • вклад ) 23:30, 14 мая 2005 г.

Это определенно не 50 нанометров!! Белки были бы гигантскими!! Некоторые микоплазмы всего 500 нанометров, и они все еще содержат огромное количество белков. 5 ангстомов — правильное значение, так что 0,5 нанометров... Эдвард Митчард — Предыдущий неподписанный комментарий, добавленный 163.1.42.165 (обсуждение • вклад ) 21:53, 18 июня 2005 (UTC)[ отвечать ]

Я изменил диаметр альфа-спирали со 120 нанометров на 1,2 нанометра. Обратите внимание, что 10 ангстремов — это 1 нанометр, это должно быть темой новой страницы, знакомящей с единицей ангстрем, которая равна 0,1 нанометра. Диаметр альфа-спирали указывается как 12 ангстремов (Å). —Предыдущий неподписанный комментарий добавлен 155.198.232.196 (обсуждение • вклад ) 11:22, 29 ноября 2005 (UTC)[ отвечать ]

Почему 1,2 нм? Есть ли ссылка? Альбертс (Молекулярная биология клетки. 4-е издание. Альбертс Б., Джонсон А., Льюис Дж. и др.

Нью-Йорк: Garland Science; 2002.) дает 0,5 нм = 5 ангстрем на рисунке 3-11 Раздел: Форма и структура белков. — Предыдущий неподписанный комментарий добавлен 132.187.23.124 (обсуждение) 09:38, 17 июля 2012 (UTC) [ ответить ]

Я попытался прояснить формулировку о диаметре спирали. Также постараюсь вернуться в ближайшее время к добавлению дополнительных ссылок к этой статье. Dcrjsr ( talk ) 21:03, 17 июля 2012 (UTC) [ ответить ]

Я думаю, что эту страницу нужно немного подчистить, особенно раздел о спиральной геометрии. Я не из тех, кто это делает, но я просто комментирую форматирование. Дэйв — Предыдущий неподписанный комментарий, добавленный 72.225.63.56 (обсуждение • вклад ) 04:13, 18 августа 2006 (UTC) [ ответить ]

Согласно моему учебнику по биохимии "Принципы биохимии" Ленингера (4-е изд.) на стр. 154 в задаче 2 конкретно говорится, что интервал между единицами, обнаруженный Эстбери, был 5,2 ангстрема, а не 5,1, как сообщается в этой статье. Кроме того, в учебнике говорится, что в то время он не мог интерпретировать результаты как альфа-спираль. Я доверяю этому учебнику больше, чем нецитированной информации здесь, но любой желающий перепроверить (поскольку я сейчас готовлюсь к экзамену) пожалуйста, сделайте это! Спасибо! —Предыдущий неподписанный комментарий добавлен 140.192.135.35 (обсуждение • вклад ) 20:08, 3 октября 2006 (UTC) [ ответить ]

Я проверю Lehninger на этот счет. Вероятно, они имеют в виду, что у Astbury не было достаточных структурных данных, чтобы показать, что существующая модель α-спирали была единственно правильной возможностью. Другими словами, его данные допускали множество моделей, хотя, как указано в тексте, не все из них были физически правдоподобны, поскольку имели стерические столкновения или плохие водородные связи. Скоро поговорим, Willow 11:33, 18 октября 2006 (UTC) [ ответить ]

В -спирали есть 3 шипа водородных связей, поэтому связь должна быть i -> i + 3. Таким образом, пептидная группа аминокислоты 1 должна образовать водородную связь с пептидной группой аминокислоты 4. Надеюсь, тот, кто создал запись, сможет ответить, или я что-то не так понял. Но если вы видите рисунок -спирали , там тоже связь 1->4, поэтому i -> i + 3. Данко Георгиев, доктор медицинских наук 09:17, 18 октября 2006 (UTC) [ ответить ]${\displaystyle \alpha }$${\displaystyle \alpha }$

Думаю, вы правы, что картинка в статье неверна; если я не ошибаюсь, она показывает спираль 3 ₁₀ , а не α-спираль. Однако определение верно, как написано: альфа-спираль определяется водородными связями i+4→i . Извините за путаницу с картинками; я давно не проверял статью, и ошибки иногда могут вкрадываться, даже у самых лучших редакторов. Willow 11:33, 18 октября 2006 (UTC) [ ответить ]

Черт! Я только что посмотрел, и эта неправильная картинка была там, даже когда я редактировал в мае. :( Мне очень жаль, что я это упустил! Я заменю ее на правильную модель позже сегодня, что-то похожее на мои модели спирали пи , спирали 3_10 и спирали полипролина . Willow 11:42, 18 октября 2006 (UTC) [ ответить ]

Привет, но цифры верны! Недавно я работал над солитонами Давыдова, поэтому мне было интересно индексирование, а затем я вспомнил статью в Wiki и понял, что там есть какая-то ошибка. -спираль - это спираль с 3,6 аминокислотами на виток. Это означает, что aa1 связывается с aa4. Правильная индексация, таким образом, i+3 -> i-связь. Рисунок со -спиралью действительно i+4 -> i-связь. То есть aa1 связывается с aa5 водородной связью. Во всех работах по -спирали шипы водородных связей равны 3! В -спирали я вижу 4 шипа. Шип - это цепочка водородно-связанных пептидных групп. Так что я думаю, что я прав в своем комментарии, вы что-то упустили. Данко Георгиев, доктор медицины , 12:38, 18 октября 2006 (UTC) [ ответить ]${\displaystyle \alpha }$${\displaystyle \pi }$${\displaystyle \alpha }$${\displaystyle \pi }$

Извините, но я думаю, что может быть недопонимание того, как нумеруются остатки. Карбонильная группа считается принадлежащей к C ^α до , тогда как амидный азот считается принадлежащим к C ^α после ; таким образом, «остаток» в белке - это -NH-C ^α -C(=O)-. Так что если вы хотите посчитать пептидные группы, да, (i+3)-я пептидная группа водородно связана с (i)-й пептидной группой в альфа-спирали; но карбонильный кислород остатка i водородно связан с азотом остатка i+4 . Надеюсь, это имеет смысл, Willow 13:22, 18 октября 2006 (UTC) [ ответить ]

Согласен! Извините, это был мой недосмотр. Я интуитивно подсчитал пептидные группы в шипиках, когда создавал идексирование, но я не учел тот факт, что пептидная группа создается 2 аа, таким образом, действительно правильная связь i+4 аа -> i аа, но когда дело доходит до пептидных групп, связь i+3 пг -> i пг. Я признаю, что мне пришлось быть более осторожным, прежде чем задавать вопрос. Но, возможно, стоит все это прояснить в основном тексте. Данко Георгиев, доктор медицины 02:08, 19 октября 2006 (UTC) [ ответить ]

Растягиваются или сжимаются ли альфа-спиральные белки? Может ли одна альфа-спираль быть плотнее другой? —Предыдущий неподписанный комментарий добавлен 75.72.21.221 ( обсуждение ) 01:31, 6 декабря 2007 (UTC) [ ответить ]

Нет, они совершенно одинаковы. Атомы не имеют индивидуальности. Он будет более или менее упругим в зависимости от температуры, я бы предположил

Альфа-спираль не может стать еще плотнее, поскольку последовательные витки уже находятся в ван-дер-ваальсовом контакте, а также в водородных связях, и атомы не могут стать значительно ближе. Они могут растягиваться в динамическом смысле, но вернутся в благоприятное положение равновесия. Конечно, эксперимент Эстбери показывает предельную растяжимость спирали — вплоть до расширенной бета-структуры. Возможно, слово «пружина» во введении несколько вводит в заблуждение; я заменю его на «спираль». Dcrjsr ( talk ) 21:35, 31 января 2010 (UTC) [ ответить ]

Там говорится, что боковые цепи направлены немного вниз. Относится ли это к водороду, который имеет полярную связь с кислородом? Если так, то он направлен почти полностью вниз. Боковые цепи — это обычно аминоцепи, такие как эта... Нам нужно отредактировать текст под основным изображением. Он сбивает с толку. — Предыдущий неподписанный комментарий добавлен Speshuldusty ( обсуждение • вклад ) 09:56, 4 декабря 2009 (UTC) [ ответ ]

Я уточнил подпись к рисунку, основываясь на комментарии выше - надеюсь, это поможет. Обратите внимание, что я также проделал большую работу по редактированию этой страницы за последнюю неделю - добавил изображения и ссылки, а также уточнил/исправил многие моменты, поскольку это находится в пределах моей компетенции. Еще многое предстоит сделать, но я был бы очень признателен за любые отзывы. Dcrjsr ( talk ) 21:29, 31 января 2010 (UTC) [ reply ]

Я не уверен, что этот раздел должен быть здесь, но я все еще недостаточно знаю политику Википедии, чтобы официально оправдать его удаление. Xandrox ( обсуждение ) 05:41, 11 декабря 2012 (UTC) [ ответ ]

Подпись к первому рисунку включает следующий текст:

«Два водорода ДЛЯ одной и той же пептидной группы»

На первый взгляд, это неграмотно, и заглавные буквы в "FOR" странные. Или FOR — это аббревиатура чего-то? В любом случае, это можно было бы пояснить. Gwideman ( talk ) 21:29, 6 октября 2014 (UTC) [ ответить ]

Я не знаю, является ли "Headbomb" куклой-марионеткой для одного из цитируемых исследователей, но информация (я предполагаю) является законной. Как рассматриваются такие случаи? У меня нет опыта, чтобы переписать раздел, не копируя его по сути. Есть ли вторичные ссылки, охватывающие тот же материал? Я нашел эту статью ^[1] , которая, по-видимому, о схеме "спиральной сети". Jimw338 ( обсуждение ) 05:04, 14 февраля 2020 (UTC) [ ответ ]

Анимация в верхней части статьи с подписью «Трехмерная структура альфа-спирали в белке крамбине» великолепна, за исключением того, что нет способа ее приостановить, или, по крайней мере, нет очевидного способа. Очень важно иметь возможность приостановить такую ​​анимацию, чтобы внимательно рассмотреть ее часть или всю, пока она не движется. Polar Apposite ( talk ) 16:31, 9 ноября 2022 (UTC) [ ответить ]