Обсуждение:5-гидроксиметилцитозин

Эта статья имеет рейтинг C-класса по шкале оценки контента Википедии . Она представляет интерес для следующих WikiProjects :

Химикаты средней важности Эта статья находится в рамках WikiProject Chemicals , дочернего проекта WikiProject Chemistry , который направлен на улучшение освещения химикатов в Википедии . Чтобы принять участие, помогите улучшить эту статью или посетите страницу проекта для получения подробной информации о проекте.Химические вещества Википедия: WikiProject Химические вещества Шаблон: WikiProject Химические вещества Середина This article has been rated as Mid-importance on the project's importance scale.

Я должен раскрыть, что я являюсь членом лаборатории Рао (и промежуточным автором в одной из цитируемых статей), и поэтому имел личный интерес в добавлении нашего исследования на страницу. Тем не менее, мы публиковались бок о бок с Heintz в Science, и я думаю, что наша работа с нуклеотидом заслуживает включения. Конечно, фермент, который генерирует hmC, и его существование вне клеток мозга имеет реальное значение.

Я думаю внести еще две правки, но хотел бы узнать, есть ли возражения. Во-первых, я хотел бы удалить часть hmC, играющую роль в работе мозга. Мы показали, что hmC присутствует в мышиных ES-клетках, а статья Хайнца, похоже, показывает hmC в других тканях, около предела обнаружения. К сожалению, ТСХ просто недостаточно хороша для количественной оценки уровней hmC в большинстве объемных тканей, но он, вероятно, обнаружен во многих типах клеток. Да, он играет роль в мозге, но вы бы не написали «глюкоза, вероятно, играет роль в работе мозга, потому что она обнаружена в мозге». Мы не должны здесь выделять органы. Я бы не возражал, если бы кто-то захотел написать, что он, вероятно, играет большую роль в нейронах Пуркинье, потому что он обнаружен там в поистине гигантских количествах.

Во-вторых, я не против признать предыдущие работы, но я думаю о том, чтобы поставить под сомнение статью Юры (1972) или вообще удалить этот абзац. Они утверждали, что hmC составлял до 15% всего цитозина в мозге и печени, и что 5-mC едва ли присутствовал в этих органах! Заметьте, только около 8% цитозинов сопровождаются гуанином. Лаборатория Юры увидела hmC только тогда, когда они извлекли ДНК с помощью очень необычной техники, и заявила, что причина, по которой никто другой его не видит, заключается в том, что он разрушается во время обычной экстракции ДНК. На самом деле hmC химически абсолютно стабилен. Люди долгое время работали с hmC в контексте фагов и могут обращаться с основанием и извлекать его, не давая ему волшебным образом исчезнуть. И тот факт, что ни мы, ни кто-либо другой за последние 35 лет не наблюдали полной замены mC на hmC в мозге и печени, делает данные Юры весьма сомнительными. Я не знаю, что там происходило, но они не обнаружили эндогенный hmC.

Привет, Аноним — Предыдущий неподписанный комментарий добавлен 71.232.117.70 (обсуждение) 00:36, 31 мая 2009 (UTC) [ ответить ]

У меня нет возражений против ваших мыслей. Dogposter ( обсуждение ) 00:30, 2 июня 2009 (UTC) [ ответить ]

Молекулярная структура

Я только что заметил, что картинка, которую мы имеем для 5-hmC, неверна. N1 должен быть протонирован, а не N3. И мы, вероятно, должны иметь 5-hmC, ориентированный с N1 внизу, так же, как на картинках цитозина и 5-метилцитозина в соответствующих статьях. Я выложу исправленную картинку сегодня вечером.

Анонимный участник лаборатории Рао снова — Предыдущий неподписанный комментарий добавлен 134.174.6.108 (обсуждение) 23:19, 10 июля 2009 (UTC) [ ответить ]

Ладно, видимо, мне придется создать учетную запись в Википедии и подождать некоторое время, прежде чем добавлять изображения. Сделаю. А пока я удаляю нашу текущую картинку 5-hmC. Лучше никакой диаграммы, чем неправильная.

Анонимный член лаборатории Рао

Изображение не неверное - это просто другой таутомер, чем тот, который вы предлагаете. Оба будут существовать в равновесии друг с другом. ChemNerd ( обсуждение ) 13:07, 15 июля 2009 (UTC) [ ответить ]

В контексте dNTP или реальной физиологической ДНК представленный таутомер не будет существовать в значительных количествах. N1 будет связан с рибозой и, следовательно, будет гораздо менее склонен к образованию двойной связи. Кроме того, гуанин образует пару с цитозином, а представленный таутомер НЕ будет образовывать пару с гуанином (вместо образования водородной связи у вас будут водороды, врезающиеся друг в друга). Если ничего другого, мы должны представить тот же таутомер, который мы показываем для цитозина и 5-метилцитозина. Текущая картина может быть технически правильной только для основания, но она не так важна и собьет с толку невинных биологов. У вас никогда не будет статьи о цитозине, которая показала бы, что таутомер неспособен к спариванию Уотсона-Крика! Я собираюсь заменить эту картинку как можно скорее. —Предыдущий неподписанный комментарий добавлен 71.232.117.70 (обсуждение) 00:12, 19 июля 2009 (UTC) [ ответить ]

О, да, я думаю, что эта страница должна быть в "Молекулярной и клеточной биологии WikiProject", и эта молекула в основном интересна своим существованием в ДНК. Кстати, это я вносил эти анонимные правки, включая последний комментарий. У меня просто не было учетной записи раньше, и я забыл войти только что. — Предыдущий неподписанный комментарий добавлен Rotsapsky ( обсуждение • вклад ) 00:21, 19 июля 2009 (UTC) [ ответ ]

Извините, это не должно было звучать как требование или вызов. Эта молекула очень дорога моему сердцу, я могу немного разволноваться. —Предыдущий неподписанный комментарий добавлен Rotsapsky ( talk • contribs ) 00:45, 19 июля 2009 (UTC) [ ответить ]

Меня очень смущает это предложение: «Эмбриональные и нейрональные стволовые клетки содержат значительно меньше гидроксиметилцитозина, чем полностью дифференцированные клетки.[8][9]». Мне оно кажется двусмысленным и, возможно, неверным, поскольку в эмбриональных стволовых клетках очень высокое содержание 5hmC. Также неясно, о каком типе дифференцированных клеток идет речь. --Juliathedog (обсуждение) 14:26, 13 мая 2011 (UTC) [ ответить ]

@Juliathedog- Я с вами согласен. Кроме того, приведенные ссылки, похоже, не подтверждают это утверждение напрямую. Shadlese (обсуждение) 06:23, 27 мая 2011 (UTC) [ ответить ]

@Shadlese- Я пойду и удалю это предложение. Мне кажется, что связь между изменениями в количестве 5hmC и дифференциацией на данный момент не очень хорошо охарактеризована.Juliathedog (обсуждение) 04:25, 30 мая 2011 (UTC) [ ответить ]

Действительно ли этому следует присвоить низкую важность? Автор сообщения Dog 16:56, 12 августа 2009 (UTC) Хорошо, я изменю важность на среднюю, потому что никто не ответил. Автор сообщения Dog 01:31, 9 ноября 2009 (UTC) [ ответить ]

Следующая цитата была добавлена ​​в конец статьи, но, по-видимому, не для поддержки содержания статьи, поэтому я переношу ее сюда на случай, если кто-то сочтет ее полезной для улучшения статьи: Ruzov A, Tsenkina Y, Serio A, Dudnakova T, Fletcher J, Bai Y, Chebotareva T, Pells S, Hannoun Z, Sullivan G, Chandran S, Hay DC, Bradley M, Wilmut I, De Sousa P (2011). Lineage-specific distribution of high levels of genomic 5-hydroxymethylcytosine in infantian development. Cell Res. doi :10.1038/cr.2011.113-- Ed ( Edgar181 ) 22:10, 17 июля 2011 (UTC) [ ответить ]