ТМЕМ81
Ген, кодирующий белок у вида Homo sapiens
ТМЕМ81
Идентификаторы
ПсевдонимыTMEM81 , HC3107, KVLA2788, UNQ2788, трансмембранный белок 81
Внешние идентификаторыMGI : 1921876; HomoloGene : 12579; GeneCards : TMEM81; OMA :TMEM81 - ортологи
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Энтрез

388730

74626

Ансамбль

ENSG00000174529

ENSMUSG00000048174

UniProt

Q6P7N7

Q9D5K1

РефСек (мРНК)

NM_203376

NM_029025

RefSeq (белок)

NP_976310

NP_083301

Местоположение (UCSC)Хр 1: 205.08 – 205.08 МбХр 1: 132.43 – 132.44 Мб
Поиск в PubMed[3][4]
Викиданные
Просмотр/редактирование человекаПросмотр/редактирование мыши
Предсказанная третичная структура TMEM81 (только внеклеточная область) из I-TASSER. [5] Структура была визуализирована с помощью PyMol .

Трансмембранный белок 81 или TMEM81 — это белок , который у людей кодируется геном TMEM81. TMEM81 — это плохо охарактеризованный трансмембранный белок , содержащий внеклеточный домен иммуноглобулина . [6]

Ген

TMEM81 также известен как HC3107, UNQ2788, KVLA2788, [6] или MGC75217. [7] У людей TMEM81 расположен на хромосомной полосе 1q32.1 между генами CNTN2 и RBBP5 на обратной цепи. [8] Ген TMEM81 имеет длину 1332 пары оснований и кодирует один транскрипт, содержащий один экзон . [6] [9]

Предсказанный участок промотора (GXP_180875) для TMEM81 имеет длину 1158 п.н. и простирается от 205 084 360 до 205 085 517 на обратной цепи. [10]

Белок

Схематическое изображение пептида TMEM81

Длина пептида-предшественника TMEM81 составляет 255 аминокислот , предполагаемая молекулярная масса — 28,5 кДа, а pI = 8,92. [11]

Белок содержит спиральную трансмембранную область, внеклеточный домен иммуноглобулина и сайт гликозилирования, связанный с N. Предполагается, что дисульфидный мостик образуется между остатками Cys104 и Cys156. [11]

Состав белка

Иллюстрация человеческого пептида TMEM81, созданного с использованием Protter [12]

Зрелая форма (сигнальный пептид удален) TMEM81 имеет немного увеличенный состав валина и несколько уменьшенное содержание метионина по сравнению со средними белками. [13] TMEM81 также содержит три зарядовых пробега, каждый из которых имеет длину три аминокислоты:

ЗаряжатьАминокислотыРасположение
+Arg -Arg- Lys71–73
-Asp -Asp- Glu131–133
+Лис-Лис-Лис221–223

Вторичная структура

Внеклеточная область TMEM81, как предполагается, состоит из бета-слоев, в то время как внутриклеточная область, вероятно, принимает конформацию альфа-спирали . Трансмембранная область TMEM81 является спиральной. [14] Выравнивание зрелых пептидных последовательностей TMEM81 в H. sapiens , M. musculus и G. gallus было использовано для предсказания вторичной структуры TMEM81 с помощью Ali2D. [15]

Вторичная структура TMEM81 (предсказано Ali2D)

В результатах предсказания, приведенных выше, синий цвет указывает на бета-тяжи, а красный — на альфа-спирали. Насыщенность цвета пропорциональна достоверности предсказания.

Третичная структура

TMEM81 предсказал третичную структуру (Phyre2)

Третичная структура TMEM81 была предсказана с использованием белка слияния сперматозоидов и яйцеклеток izumo 1 в качестве шаблона. Изображение справа показывает модель остатков 19-152 с 97,3%-ной уверенностью и 56%-ным покрытием, полученную с использованием Phyre2. [16] Градация цвета от красного к синему указывает на направленность структуры от N-конца к C-концу .

Посттрансляционные модификации

Было обнаружено экспериментальное доказательство наличия сайта N-гликозилирования, расположенного в Asn45, что указывает на то, что TMEM81 является гликопротеином . [ 14] Было предсказано, что несколько остатков тирозина в TMEM81 подвергаются сульфатированию . [17]

Субклеточное расположение

Предполагается, что TMEM81 локализуется в плазматической мембране . [6] Однако иммуногистохимические эксперименты с использованием антител , специфичных к TMEM81, обнаружили локализацию в промежуточных филаментах [18] и микрофиламентах . [19]

Выражение

Выражение у людей

Эксперименты по секвенированию РНК в рамках проекта GTEx показали, что TMEM81 повсеместно экспрессируется у людей, но демонстрирует повышенную экспрессию в мозжечке и полушарии мозжечка. [20] Другие ткани и органы, демонстрирующие несколько повышенную экспрессию мРНК, включают яички и селезенку .

Экспрессия у грызунов

У мышей ( M. musculus ) и крыс ( R. norvegicus ) TMEM81 демонстрирует повышенную экспрессию в яичках и относительно низкую экспрессию в других тканях. [21] [22] Кроме того, экспрессия TMEM81 не локализуется в мозжечке у мышей. [23]

TMEM81 демонстрирует моноаллельную экспрессию как у H. sapiens, так и у M. musculus . [24]

Экспрессия белка

У H. sapiens и M. musculus TMEM81 присутствует в концентрации чуть менее 1 ppm. [25] [26] По сравнению с другими белками TMEM81 присутствует в концентрации немного ниже среднего уровня.

Клиническое значение

Изменения метилирования в TMEM81 связаны с повышенным риском прерывистого эксплозивного расстройства . [27] Кроме того, однонуклеотидные полиморфизмы , расположенные в TMEM81, влияют на тромбопоэз , средний объем тромбоцитов , [28] и были связаны с болезнью Меньера . [29]

Рак

Регион 1q32.1 показал увеличение числа копий с частотой 68,9% в исследовании 46 случаев рака молочной железы [30] и был получен в случае экстравентрикулярной центральной нейроцитомы . [31] TMEM81 также участвует в развитии гепатоцеллюлярной карциномы . [32]

Гомология

Паралогов гена TMEM81 у людей не существует. Ортологи гена были обнаружены в различных линиях челюстноротых , наиболее отдаленные ортологи были обнаружены среди хрящевых . Ортологи TMEM81 не были обнаружены среди бесчелюстных , ланцетников , оболочников и беспозвоночных .

Таксономическое названиеОбщее названиеДата расхождения (млн лет назад) [33]Регистрационный номер NCBIДлина (аа)Идентичность (%) [34]
Homo sapiensЧеловек0NP_976310255100
Mus musculusМышь89NP_083301.125969,8
Tursiops truncatusДельфин94XP_019773842.125181.4
Loxodonta африканскаяСлон102XP_023404078.127670,6
Орниторинхус анатинусУтконос180XP_001507541.128154.4
Aptenodytes forsteriПингвин318XP_009271191.126445.7
Нотехис скутатусЗмея318XP_026532625.124141.9
Melopsittacus undulatusВолнистый попугайчик318XP_005140927.229736.9
Микроцецилия одноцветнаяЦецилий352XP_030077474.126638.1
Латимерия лопастнаяЦелакант414XP_005989300.125434.4
Амфиприон глазчатыйРыба-клоун433XP_023128675.125624.9
Ринкодон типусКитовая акула465XP_020374416.125729.2

Ссылки

  1. ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000174529 – Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000048174 – Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ "I-TASSER (итеративное усовершенствование сборки потоков). Zhang Lab.
  6. ^ abcd "TMEM81". GeneCards . Институт науки Вейцмана.
  7. ^ "Отчет о символах для TMEM81". GeneNames . Комитет по номенклатуре генов HUGO (HGNC).
  8. ^ "TMEM81". BioCyc . SRI International.
  9. ^ "Ген: TMEM81". Ensembl Genome Browser . Европейский институт биоинформатики (EMBL-EBI).
  10. ^ "Геномы и аннотации: ElDorado". Genomatix Software Suite . Genomatix GmbH. Архивировано из оригинала 2016-06-02 . Получено 2022-02-13 .
  11. ^ ab "TMEM81 - Протеомика". neXtProt . Швейцарский институт биоинформатики.
  12. ^ "Проттер". Лаборатория ETH Zurich Wollscheid.
  13. ^ «Статистический анализ структуры белка». Европейский институт биоинформатики (EMBL-EBI).
  14. ^ ab "Homo sapiens transmembrane protein 81 (TMEM81), mRNA". База данных нуклеотидов NCBI . Национальный центр биотехнологической информации. 12 декабря 2020 г.
  15. ^ "Ali2D". MPI Bioinformatics Toolkit . Институт биологии развития общества Макса Планка.
  16. ^ "Phyre2". Механизм распознавания гомологии/аналогов белков V 2.0 . Имперский колледж Лондона.
  17. ^ "Sulfinator". Expasy . Швейцарский институт биоинформатики.
  18. ^ "TMEM81 Subcellular". Атлас белков человека . SciLifeLab, Университет Уппсалы, Королевский технологический институт KTH.
  19. ^ "Антитело против TMEM81, полученное у кролика". MilliporeSigma . Merck Group.
  20. ^ "Gene Page TMEM81". Портал GTEx . Институт Брода Массачусетского технологического института и Гарварда.
  21. ^ "Трансмембранный белок Tmem81 81 [ Mus musculus (домашняя мышь) ]". База данных генов NCBI . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).
  22. ^ "Трансмембранный белок Tmem81 81 [ Rattus norvegicus (норвежская крыса) ]". База данных генов NCBI . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).
  23. ^ "TMEM81 Brain". Атлас белков человека . SciLifeLab, Университет Уппсалы, Королевский технологический институт KTH.
  24. ^ "dbMAE". dbMAE: база данных аутосомной моноаллельной экспрессии . Gimelbrant Lab.
  25. ^ "TMEM81 Homo sapiens protein". PAXdb: База данных белковой распространенности . Швейцарский институт биоинформатики, Цюрихский университет.
  26. ^ "Tmem81 Mus musculus protein". PAXdb: База данных белкового изобилия . Швейцарский институт биоинформатики, Цюрихский университет.
  27. ^ Montalvo-Ortiz JL, Zhang H, Chen C, Liu C, Coccaro EF (январь 2018 г.). «Изменения метилирования ДНК по всему геному, связанные с прерывистым взрывным расстройством: анализ функционального обогащения на основе генов». Международный журнал нейропсихофармакологии . 21 (1): 12– 20. doi : 10.1093/ijnp/pyx087. PMC 5789263. PMID  29106553 . 
  28. ^ Шамир К, Денни Дж. К., Динг К, Джуни Х, Кросслин Д. Р., де Андраде М. и др. (январь 2014 г.). «Исследование ассоциаций на уровне генома и фенома для выявления генетических вариантов, влияющих на количество и объем тромбоцитов, и их плейотропных эффектов». Генетика человека . 133 (1): 95–109 . doi :10.1007/s00439-013-1355-7. PMC 3880605. PMID  24026423 . 
  29. ^ Кэмпбелл, Калифорния (2010). \Идентификация генетического вклада в болезнь Меньера (диссертация на степень доктора философии). Университет Айовы, США).
  30. ^ Каваучи С., Фуруя Т., Икемото К., Накао М., Ямамото С., Ока М., Сасаки К. (октябрь 2010 г.). «Аберрации числа копий ДНК, связанные с анеуплоидией и хромосомной нестабильностью при раке молочной железы». Oncology Reports . 24 (4): 875–83 . doi : 10.3892/or.2010.875 . PMID  20811667.
  31. ^ Myung JK, Cho HJ, Park CK, Chung CK, Choi SH, Kim SK, Park SH (апрель 2013 г.). «Клинико-патологические и генетические характеристики экстравентрикулярных нейроцитом». Neuropathology . 33 (2): 111– 121. doi : 10.1111/j.1440-1789.2012.01330.x . PMID  22672632. S2CID  2024518.
  32. ^ Chen J, Qian Z, Li F, Li J, Lu Y (январь 2017 г.). «Интегральный анализ данных микрочипов для выявления закономерностей регуляции в патогенезе гепатоцеллюлярной карциномы». Gut and Liver . 11 (1): 112– 120. doi :10.5009/gnl16063. PMC 5221868. PMID  27458175 . 
  33. ^ "TimeTree". Университет Темпл.
  34. ^ "Standard Protein BLAST". BLAST . Национальный центр биотехнологической информации.
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=TMEM81&oldid=1212884586"