ТМЕМ69
| ТМЕМ69 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | TMEM69 , C1orf154, трансмембранный белок 69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | MGI : 3045357; HomoloGene : 9531; GeneCards : TMEM69; OMA :TMEM69 - ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TMEM69 , также известный как трансмембранный белок 69 , представляет собой белок , который у людей кодируется геном TMEM69 . [ 5] Примечательной особенностью белка, кодируемого TMEM69, является наличие пяти трансмембранных сегментов. [6]
Справочная информация
| Инвентарные номера | Расположение | Идентификаторы | МВт | пи |
|---|---|---|---|---|
| мРНК: NM_016486.3 белок: NP_057570.2 [5] | 1п34.1 | HSPC229, C1orf154, FLJ21029, LOC51249 | 27,6 кДа | 10.3 |
Ген
Ген TMEM69, расположенный на хромосоме 1p34.1, охватывает 7,24 кб. [7] Он находится на плюс-цепи в геномной последовательности от 46152886 до 46160121 и кодирует первичный транскрипт мРНК , содержащий 3 экзона и имеющий длину 6262 п.н. Предполагается, что три альтернативных транскрипта кодируют ген TMEM69. [8]
Соседство генов
| Имя Джина | Расположение | Ориентация | Функция | |
|---|---|---|---|---|
| GPBP1L1 (GC-богатый промотор, связывающий белок 1-подобный 1) | 1п34.1 | минус | Функции в регуляции транскрипции [9] | |
| CCDC17 (спирально-спиральный домен, содержащий 17) | 1п34.1 | минус | Функциональная информация не найдена | |
| MAST2 (серин/треониновая киназа 2, ассоциированная с микротрубочками) | 1п34.1 | плюс | Функции в мультибелке Комплекс в созревании сперматид. Регулирует синтез ИЛ-12, индуцированный липополисахаридом, в макрофагах [10] || | |
| IPP (полипептид, промотируемый внутрицистернальной частицей А) | 1п34-п32 | минус | взаимодействует с актином [11] |
Функция
Точная функция TMEM69 пока не понята научным сообществом. Однако считается, что он играет роль белка-скаффолдера в комплексе рецепторов G-связанного белка в Xenopus tropicalis . Было показано, что он образует кластер с геном xtGPR54-2 IPP и GPBP1 в scaffold_41. [12] Этот комплекс является частью рецептора G-связанного белка, который действует как рецептор для связывающего лиганда, кисспептина в плазматической мембране клеток мозга. [12]
Белок
Длина TMEM69 составляет 247 аминокислот . Присутствуют пять трансмембранных сегментов, а также домен неизвестной функции, DUF3429, который охватывает аминокислоты 91-232. [13]
Прогнозируемые характеристики
Свойства TMEM69, предсказанные с помощью инструментов биоинформатики :
- Молекулярный вес: 27,6 кДа. [7]
- Изоэлектрическая точка: 10,3 [14]
- Посттрансляционная модификация : Программа NetPhos на ExPASy предсказала несколько сайтов фосфорилирования . NetPhos предсказала 7 для аминокислоты серина в позициях 12, 27, 33, 85, 93, 183 и 234; 1 для треонина в позиции 26; и 2 для тирозина в позициях 57 и 159. [15] NetGlyc на ExPASy предсказала 5 сайтов гликирования в позициях 7, 60, 73, 156 и 239.
- Трансмембранные сегменты: TMEM69 содержит 5 трансмембранных областей, расположенных в положениях 97–117, 122–142, 159–179, 185–205 и 216–236. [16]
Выражение
TMEM69 экспрессируется повсеместно на низком уровне по всему организму человека, хотя данные профиля EST показывают, что TMEM69 экспрессируется особенно высоко в нейроэндокринных тканях, таких как печень , миндалевидное тело , гиппокамп и гипоталамус . [17] Было обнаружено, что TMEM69 экспрессируется в значениях ниже нормы у пациентов, страдающих атеросклерозом . [18]
Гомология
Ортологи
Ген TMEM69 глубоко сохранен в нескольких формах жизни. Хотя он показывает самую высокую степень сохранения среди ортологов млекопитающих, наряду с другими хордовыми, такими как рыбы, птицы и амфибии, существует некоторая степень сохранения у растений, насекомых, грибов и бактерий. [13]
| Род/Вид | Общее название организма | Регистрационный номер | Идентификация последовательности | Длина (АА) | |
|---|---|---|---|---|---|
| Macaca fascicularis | Макака, поедающая крабов | EHH61428.1 | 89% | 246 | |
| Callithrix jacchus | Обезьяна | XP_002750811.1 | 83% | 249 | |
| Mus musculus | Домовая мышь | ААИ06179.1 | 69% | 245 | |
| Xenopus tropicalis | Лягушка | NP_001016103.1 | 49% | 253 | |
| Rattus norvegicus | Крыса | EDL90276.1 | 70% | 247 | |
| Ориктолагус куникулус | Кролик | XP_002715715 | 74% | 250 | |
| Анолис каролинский | Ящерица | XP_003220264.1 | 50% | 257 | |
| Данио рерио | Зебрафиш | XP_685684.1 | 49% | 249 | |
| Салмо Салар | Лосось | NP_001134056.1 | 50% | 259 | |
| Дафия пулекс | Водяная блоха | EFX84634.1 | 35% | 208 | |
| Остреококкус таури | Зелёные водоросли | XP_003081614.1 | 34% | 166 | |
| Псевдомонас путада W619 | Почвенная бактерия | YP_001748891.1 | 32% | 152 | |
| Schizophyllum commune | Грибок | XP_003035659.1 | 27% | 363 |
Паралоги
Паралогов для TMEM69 не обнаружено.
Сохранение
TMEM69 хорошо сохраняется в различных организмах. Хотя большинство ортологов обнаружено у плацентарных млекопитающих, некоторые ортологи обнаружены у бактерий и грибов. Наиболее отдаленный ортолог, у которого обнаружено сходство последовательностей с TMEM69, — это Pseudomonas putida W619 , тип почвенной бактерии. [19] Особенно хорошо сохраняется даже у самых отдаленных ортологов, включая Pseudomonas putida W619 , большая часть второго трансмембранного сегмента TMEM69. У строгих ортологов сохраняются все пять трансмембранных доменов. [20] Консервативные домены, обнаруженные в TMEM69, являются частью DUF3429, который представляет собой семейство неохарактеризованных белков, обнаруженных у бактерий и эукариот. [13]
Ссылки
- ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000159596 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000055900 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ ab "Entrez Gene: TMEM69 Transmembrane Protein 69" . Получено 22 апреля 2012 г. .
- ^ "Expasy: SOSUI". Архивировано из оригинала 15 мая 2012 года . Получено 15 апреля 2012 года .
- ^ ab "TMEM69" . Получено 2 февраля 2012 г.
- ^ "Transcript VariantsTMEM69". Архивировано из оригинала 3 марта 2012 г. Получено 13 февраля 2012 г.
- ^ "NCBI:Gene" . Получено 13 апреля 2012 г.
- ^ "NCBI:Gene" . Получено 13 апреля 2012 г.
- ^ "NCBI:Gene" . Получено 13 апреля 2012 г.
- ^ ab "Молекулярная эволюция множественных форм кисспептинов и рецепторов GPR54 у позвоночных". Архивировано из оригинала 14 апреля 2013 г. Получено 22 апреля 2012 г.
- ^ abc "BLAST" . Получено 16 февраля 2012 г.
- ^ "Computer pI/Mw" . Получено 11 апреля 2012 г.
- ^ "NetPhos" . Получено 13 апреля 2012 г.
- ^ "UniProtKB" . Получено 22 февраля 2012 г.
- ^ "GeneCards" . Получено 18 апреля 2012 г.
- ^ "GEOProfiles" . Получено 22 февраля 2012 г.
- ^ "Ensembl Genome Browser: TMEM69" . Получено 22 апреля 2012 г.
- ^ "Biology Workbench: CLUSTALW" . Получено 22 апреля 2012 г.[ постоянная мертвая ссылка ]
В данной статье использован текст из Национальной медицинской библиотеки США , являющийся общественным достоянием .
