Синергистота
Тип бактерий
Wikispecies содержит информацию, связанную с Synergistota .

Синергистота
Научная классификация Редактировать эту классификацию
Домен:Бактерии
Юмас-Билак и др. 2021 [1]
Тип:Синергистота
Юмас-Билак и др. 2009 год
Сорт:Synergistia
Jumas-Bilak et al. 2009 год
Заказ:Synergistales
Jumas-Bilak et al. 2009 год
Семьи
  • Ацетомикробиальные
  • Аминифиловые
  • Аминитиофиловые
  • Аминобактериальные
  • Dethiosulfovibrionaceae
  • Синергистовые
  • Термосинергистовые
  • Термовирговые
Синонимы
  • «Синергистеота» Орен и др. 2015 год
  • «Синергистетес» Юмас-Билак и др. 2009 год
  • «Синергистота» Уитмена и др. 2018 год

Synergistota — это тип анаэробных бактерий, которые окрашиваются на грамотрицательные цвета и имеют форму палочек/вибриоидных клеток. [2] [3] Хотя Synergistota имеют двудермальную клеточную оболочку, [4] [5] гены различных белков, участвующих в биосинтезе липополисахаридов , до сих пор не обнаружены у Synergistota, что указывает на то, что у них может быть атипичная внешняя клеточная оболочка. [4] [5] Synergistota населяют большинство анаэробных сред, включая желудочно-кишечный тракт животных, почву, нефтяные скважины и очистные сооружения сточных вод, а также присутствуют в местах человеческих заболеваний, таких как кисты, абсцессы и области заболеваний пародонта . [6] [7] Из-за их присутствия в местах, связанных с заболеваниями, предполагается, что Synergistota являются условно-патогенными микроорганизмами, но их также можно обнаружить у здоровых людей в микробиоме пупка и в нормальной вагинальной флоре . [7] [8] Виды этого типа также были вовлечены в заболевания пародонта , [9] желудочно-кишечные инфекции и инфекции мягких тканей. [7] Другие виды этого типа были идентифицированы как важные участники деградации ила для производства биогаза в анаэробных реакторах и являются потенциальными кандидатами для использования в производстве возобновляемой энергии посредством производства ими газообразного водорода. [10] Все известные виды и роды Synergistota в настоящее время являются частью одного класса (Synergistia), порядка (Synergistiales) и семейства (Synergistaceae). [3]

Сравнительная геномика и молекулярные сигнатуры

Недавние сравнительные анализы секвенированных геномов Synergistota привели к идентификации большого количества консервативных сигнатурных инделей (CSI) в белковых последовательностях, которые специфичны либо для всех секвенированных видов Synergistota, либо для некоторых их подкладов, которые наблюдаются в филогенетических деревьях . [11] Из CSI, которые были идентифицированы, 32 в широко распространенных белках, таких как RpoB, RpoC, UvrD, GyrA, PolA, PolC, MraW, NadD, PyrE, RpsA, RpsH, FtsA, RadA и т. д., включая большую вставку >300 аминокислот в белке RpoC, присутствуют в различных видах Synergistota, но за исключением изолированных бактерий, эти CSI не обнаружены в белковых гомологах всех других организмов. Эти CSI предоставляют новые молекулярные маркеры для различения видов Synergistota от всех других бактерий. [11] Было обнаружено, что семь других CSI в важных белках, включая 13 аминокислот в RpoB, уникально присутствуют в видах Jonquetella , Pyramidobacter и Dethiosulfovibrio , что указывает на тесную и специфическую связь между этими бактериями, что также убедительно подтверждается филогенетическими деревьями. Пятнадцать дополнительных CSI, которые присутствовали только в Jonquetella и Pyramidobacter, указывают на тесную связь между этими двумя видами. [11] Наконец, тесная связь между видами Aminomonas и Thermanaerovibrio также подтверждается 9 идентифицированными CSI. Идентифицированные молекулярные маркеры предоставляют надежные средства для разделения видов из типа Synergistota на промежуточные таксономические ранги, такие как семейства и отряды. [11]

Филогения

LTP на основе 16S рРНК _10_2024 [12] [13] [14]120 маркерных белков на основе GTDB 09-RS220 [15] [16] [17]
Синергистота
Аминитиофиловые

Aminithiophilus ramosus Pradel et al. 2023 год

Термовирговые

Thermovirga Lienii Дале и Биркеланд, 2006 г.

Термосинергистовые

Термосинергисты пирувативораны Yang et al. 2021 год

Ацетомикробы
Ацетомикробий

A. flavidum Сутчек и др. 1985

A. mobile (Menes & Muxi 2002) Бен Ханиа и др. 2016 год

A. Hydrogeniformans (Maune & Tanner 2012) Бен Ханиа и др. 2016 год

A. thermoterrenum (Rees et al. 1997) Ben Hania et al. 2016 год

Аминифиловые

AminiphiluscircscriptusDíaz et al. 2007 г.

Синергистовые

Aminomonas paucivorans Baena et al. 1999 год

Терманаэровибрион

T. acidaminovorans (Guangsheng et al. 1997) Baena et al. 1999 год

Т. velox Заварзина и др. 2000 г.

Synergistes jonesii Allison et al. 1993 год

Клоацибацилла

C. evryensis Ganesan et al. 2008 год

C. porcorum Лофт и др. 2013

Аминивибрионовые

Lactivibrio Alcoholus Qiu et al. 2014 год

Аминивибрио пируватифилус Хонда и др. 2013 год

Fretibacterium fastidiosum Вартукян и др. 2013

Аминобактерии

A. thunnarium Hamdi et al. 2015 год

A. colombiense Baena et al. 1999 г. (тип сп.)

А. мобильный Баена и др. 2000

Dethiosulfovibrionaceae

Jonquetella anthropi Jumas-Bilak et al. 2007 г.

Rarimicrobium hominis Jumas-Bilak et al. 2015 год

Пирамидобактер

P. piscolens Downes et al. 2009 год

P. porci Виленсек и др. 2021

Детиосульфовибрион

D. salsuginis Диас-Карденас и др. 2010 год

D. faecalis Грабовски и др. 2022

D. peptidovorans Magot et al. 1997 (тип sp.)

D. marinus Сурков и др. 2001

D. acidaminovorans Сурков и др. 2001 г.

D. russensis Сурков и др. 2001 г.

Синергистота
Термосинергистовые

Термосинергисты пирувативоранс

Ацетомикробиальные
Термовирговые

Thermovirga lienii

Аминифиловые

Аминифилус циркумскриптус

Аминитиофиловые

Аминитиофилус ветвистый

Синергистовые

Синергистес Джонса

" К.  Какокола"

« Ca. C. faecigallinarum» Gilroy et al. 2021 год

« Ca. C. faecipullorum» Gilroy et al. 2021 год

Клоацибацилла
Аминобактериальные

Аминивибрион пируватифиллус

Fretibacterium fastidiosum

Dethiosulfovibrionaceae

Жонкетелла антропи

Пирамидобактер

P. писколенс

П. порчи

Детиосульфовибрион

D. сальсугинис

D. фекальный

Таксономия

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих постоянное место в номенклатуре (LSPN) [18] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI). [19]

  • Тип Synergistota Jumas-Bilak et al. 2021 год
    • Класс Synergistia Jumas-Bilak et al. 2009 год
      • Отряд Synergistales Jumas-Bilak et al. 2009 год
        • Род « Pacaella » Ndongo et al. 2017 год
          • Виды « P. Massiliensis » Ndongo et al. 2017 год
        • Род « Candidatus Tammella» Hongoh et al. 2007 г.
          • Виды « Ca. T. caduceiae» Hongoh et al. 2007 г.
        • Семейство Aminithiophilaceae Прадель и др. 2023
          • Род Aminithiophilus Pradel et al. 2023 год
        • Семейство Acetomicrobiaceae Прадель и др. 2023
          • Род Acetomicrobium Soutschek et al. 1985 [ Anaerobaculum Rees et al. 1997 ]
        • Семейство Aminiphilaceae Прадель и др. 2023
          • Род « Аминирод » Liu et al. 2021 год
            • Виды?» A. propionatiphilus « Liu et al. 2021 год
          • Род Aminiphilus Díaz et al. 2007 г.
        • Семейство Aminobacteriaceae Прадель и др. 2023
        • Семейство Dethiosulfovibrionaceae Pradel et al. 2023 год
          • Род Dethiosulfovibrio Magot et al. 1997 год
          • Род Jonquetella Jumas-Bilak et al. 2007 г.
          • Род Pyramidobacter Даунс и др. 2009
          • Род Rarimicrobium Jumas-Bilak et al. 2015 год
        • Семейство Synergistaceae Jumas-Bilak et al. 2009 [Семейство Clostridiales XV; Thermosynergistaceae Yang et al. 2021 ]
          • Род Aminomonas Baena et al. 1999 год
          • Род « Candidatus Caccocola» Gilroy et al. 2021 год
          • Род Cloacibacillus Ganesan et al. 2008 г., поправки. Лофт и др. 2013 год
          • Род « Candidatus Equadaptatus» Gilroy et al. 2022 год
            • Виды " Ca. E. faecalis" Гилрой и др. 2022
          • Род Synergistes Эллисон и др. 1993
          • Род Thermanaerovibrio Baena et al. Поправка 1999 года. Паланиаппан и др. 2013 год
        • Семейство Thermosynergistaceae Ян и др. 2021
          • Род Thermosynergites Yang et al. 2021 год
        • Семейство Thermovirgaceae Прадель и др. 2023

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Oren A, Garrity GM (2021). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот». Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID  34694987.
  2. ^ Hugenholtz, P., Hooper, SD, и Kyrpides, NC (2009). Focus: Synergistetes. Environ. Microbiol. 11, 1327–1329.
  3. ^ ab Jumas-Bilak, E.; Roudiere, L.; Marchandin, H. (2009). «Описание фил. нов. 'Synergistetes' и исправленное описание филума 'Deferribacteres' и семейства Syntrophomonadaceae, филума 'Firmicutes'». Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 59 : 1028– 1035. doi : 10.1099/ijs.0.006718-0 .
  4. ^ ab Gupta, RS (2011) Происхождение двудермальных (грамотрицательных) бактерий: давление отбора антибиотиков, а не эндосимбиоз, вероятно, привело к эволюции бактериальных клеток с двумя мембранами. Антони ван Левенгук. 100: 171–182
  5. ^ ab Sutcliffe, IC (2010). «Взгляд на архитектуру бактериальной клеточной оболочки на уровне филума». Trends Microbiol . 18 : 464–470 . doi :10.1016/j.tim.2010.06.005. PMID  20637628.
  6. ^ Джумас-Билак, Э.; Карлье, JP; Жан-Пьер, Х.; Цитрон, Д.; Бернард, К.; Дамей, А.; Гей, Б.; Тейсье, К.; Кампос, Дж.; Маршандин, Х. (2007). «Jonquetella anthropi gen. nov., sp. nov., первый представитель кандидатного типа Synergistetes, выделенный от человека». Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 57 : 2743–2748 . doi : 10.1099/ijs.0.65213-0 . ПМИД  18048718.
  7. ^ abc Вартукиан, SR, Палмер, RM и Уэйд, WG (2007). Подразделение «Synergistes». Анаэробы. 13, 99–106.
  8. ^ Маршандин, Х., Дамей, А., Рудьер, Л., Тейссье, К., Зорньотти, И., Дешо, Х., Жан-Пьер, Х. и Жюмас-Билак, Э. (2010). Филогения, разнообразие и специализация хозяина в типе Synergistetes с акцентом на штаммы и клоны человеческого происхождения. Res. Microbiol. 161, 91–100.
  9. ^ Horz, HP; DM Citron; YA Warren; EJ Goldstein; G. Conrads (август 2006 г.). «Организмы группы Synergistes человеческого происхождения». Журнал клинической микробиологии . 44 (8): 2914– 2920. doi :10.1128/JCM.00568-06. PMC 1594628. PMID  16891512 . 
  10. ^ Ривьер, Д., Девинь, В., Пеллетье, Э., Шоссоннери, С., Гермази, С., Вайссенбах, Дж., Ли, Т., Камачо, П. и Сгир, А. (2009). К определению ядра микроорганизмов, участвующих в анаэробном переваривании ила. ИСМЕ. Дж. 3, 700–714.
  11. ^ abcd Бхандари, В.; Гупта, Р.С. (2012). «Молекулярные сигнатуры для типа Synergistetes и некоторых его субкладов». Антони ван Левенгук . 102 : 517– 40. doi :10.1007/s10482-012-9759-2. PMID  22711299.
  12. ^ "The LTP" . Получено 10 декабря 2024 г. .
  13. ^ "Дерево LTP_all в формате newick" . Получено 10 декабря 2024 г. .
  14. ^ "LTP_10_2024 Release Notes" (PDF) . Получено 10 декабря 2024 г. .
  15. ^ "GTDB release 09-RS220". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2024 г.
  16. ^ "bac120_r220.sp_labels". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2024 г.
  17. ^ "История таксона". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2024 г.
  18. ^ JP Euzéby. "Synergistetes". Список названий прокариот, имеющих место в номенклатуре (LPSN) . Получено 20.03.2016 .
  19. ^ Sayers; et al. "Synergistetes". База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 20.03.2016 .
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Synergistota&oldid=1270381225"