Стрептомицетовые
| Стрептомицетовые | |
|---|---|
 | |
| Культура на предметном стекле вида Streptomyces | |
Научная классификация  | |
| Домен: | Бактерии |
| Тип: | Актиномицеты |
| Сорт: | Актиномицеты |
| Заказ: | Streptomycetales Кавальер-Смит 2002 [2] |
| Семья: | Streptomycetaceae Waksman и Henrici 1943 (Утвержденные списки 1980) [1] |
| Роды [3] | |
См. текст | |
| Синонимы | |
| |
Streptomycetaceae — семейство класса Actinomycetota , входящее в монотипный порядок Streptomycetales . Включает важный род Streptomyces . Он был первоначальным источником многих антибиотиков , в частности стрептомицина , первого антибиотика против туберкулеза .
Геномика
Выравнивание последовательностей геномов актиномицетов привело к идентификации трех консервативных сигнатурных инделей , которые являются уникальными для порядка Streptomycetales. Фермент PBGD содержит вставку из четырех аминокислот, которая присутствует во всех видах Streptomyces и Kitasatospora setae , но не в других актиномицетах. Аналогично, вставка из одной аминокислоты присутствует в консервативной области аденилаткиназы и встречается во всех видах Streptomyces и K. setae , но не встречается в других актиномицетах. Также были идентифицированы пять консервативных сигнатурных белков, которые присутствуют в различных секвенированных видах Streptomyces , но не в K. setae ; однако, поскольку полный геном K. setae еще не секвенирован, эти белки могут присутствовать в K. setae . Кроме того, было идентифицировано 11 консервативных сигнатурных белков, которые обнаружены во всех секвенированных видах Streptomycetales и K. setae . Считается, что эти белки уникальны для порядка Streptomycetales, поэтому они предоставляют молекулярные маркеры , которые можно использовать для различения этой группы от остальной части Actinomycetota. Филогенетические деревья указывают на то, что порядок Catenulisporales тесно связан с порядком Streptomycetales. Этот вывод подтверждается одноаминокислотной консервативной сигнатурной инделей, которая уникально обнаружена во всех видах Streptomycetales и Catenulisporales acidiphilia , единственном виде Catenulisporales, полный геном которого был секвенирован. Кроме того, было идентифицировано три консервативных сигнатурных белка, которые обнаружены во всех видах Streptomycetales и C. acidiphilia . Как консервативная сигнатурная инделей, так и консервативные сигнатурные белки свидетельствуют о том, что порядки Streptomycetales и Catenulisporales тесно связаны. [4]
Филогения
Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих постоянное место в номенклатуре (LPSN) [3] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI) [5].
| Анализ всего генома [6] [a] | LTP на основе 16S рРНК _08_2023 [7] [8] [9] | 120 маркерных белков на основе GTDB 08-RS214 [10] [11] [12] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
Роды incertae sedis:
- « Мариниспора » Квон и др. 2006 г.
- « Parastreptomyces » Николс и др. 2005
- « Трихотомоспора » Лиан, Лю и Чжан, 1985 г.
- " Вертицилломицеты Шинобу 1965
Смотрите также
Примечания
- ^ Allostreptomyces не включен в это филогенетическое дерево.
Ссылки
- ^ Waksman SA, Henrici AT (1943). «Номенклатура и классификация актиномицетов». J Bacteriol . 46 (4): 337–341. doi :10.1128/jb.46.4.337-341.1943. PMC 373826. PMID 16560709. S2CID 8824754 .
- ^ Кавальер-Смит Т. (2002). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация». Int J Syst Evol Microbiol . 52 (Pt 1): 7–76. doi : 10.1099/00207713-52-1-7 . PMID 11837318.
- ^ ab AC Parte; et al. "Streptomycetaceae". Список названий прокариот со стоянием в номенклатуре (LPSN) . Получено 09.09.2023 .
- ^ Гао, Б.; Гупта, Р.С. (2012). «Филогенетические рамки и молекулярные сигнатуры для основных кладов филума актинобактерий». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 76 (1): 66–112. doi :10.1128/MMBR.05011-11. PMC 3294427. PMID 22390973 .
- ^ Sayers; et al. "Streptomycetaceae". База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 2023-09-09 .
- ^ Nouioui I, Carro L, García-López M, Meier-Kolthoff JP, Woyke T, Kyrpides NC, Pukall R, Klenk HP, Goodfellow M, Markus Göker M (2018). "Геномная таксономическая классификация типа актинобактерий". Front. Microbiol . 9 : 2007. doi : 10.3389/fmicb.2018.02007 . PMC 6113628. PMID 30186281 .
- ^ "The LTP" . Получено 20 ноября 2023 г. .
- ^ "Дерево LTP_all в формате newick" . Получено 20 ноября 2023 г. .
- ^ "LTP_08_2023 Release Notes" (PDF) . Получено 20 ноября 2023 г.
- ^ "GTDB release 08-RS214". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
- ^ "bac120_r214.sp_label". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
- ^ "История таксона". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
Внешние ссылки
