Streptomyces albidoflavus

Виды бактерий
Streptomyces albidoflavus
Научная классификация Редактировать эту классификацию
Домен:Бактерии
Тип:Актиномицеты
Сорт:Актиномицеты
Заказ:Стрептомицеты
Семья:Стрептомицетовые
Род:Стрептомицеты
Разновидность:
S. albidoflavus
Биномиальное имя
Streptomyces albidoflavus
(Росси Дориа 1891) Ваксман и Хенрици 1948 (Утвержденные списки 1980) [1]
Тип штамма
AS 4.1291, ATCC 25422, BCRC 13699, CBS 416.34, CBS 920.69, CCRC 13699, CGMCC 4.1291, CIP 105122, DSM 40455, ETH 10209, ICMP 12537, ICSSB 1006, IFO 13010, IMRU 850, IMSNU 20133, IMSNU 21006, ISP 5455, JCM 4446, KCC S-0446, KCC S-0466, KCC S-1072, KCCS-0466, KCTC 9202, Lanoot R-8660, LMG 19300, MTCC 932, NBIMCC 2386, NBRC 13010, NCIB 10043, NCIMB 10043, NRRL B-1271, NRRL B-2663, NRRL BB-2663, NRRL-ISP 5455, RIA 1202, штамм ATCC 25422, VKM Ac-746, VTT E-991429 [2] ]
Синонимы [3] [4]
  • « Actinomyces albidoflavus » (Росси Дориа 1891) Гасперини 1894
  • " Actinomyces globisporus subsp. caucasicus " Кудрина 1957
  • « Actinomyces sampsonii » Миллард и Берр 1926
  • « Cladothrix albido-flava » [ ​​так в оригинале ] (Росси Дориа, 1891 г.), Булава, 1901 г.
  • Streptomyces canescens Waksman 1957 (Утвержденные списки 1980)
  • Streptomyces champavatii Ума и Нарасимха Рао 1959 (Утвержденные списки 1980)
  • Streptomyces coelicolor (Müller 1908) Waksman и Henrici 1948 (Утвержденные списки 1980)
  • Streptomyces felleus Lindenbein 1952 (Утвержденные списки 1980)
  • Streptomyces globisporus subsp. caucasicus (Кудрина 1957) Придхэм и др . 1958 (Утвержденные списки 1980)
  • Streptomyces griseus subsp. solvifaciens Pridham 1970 (Утвержденные списки 1980)
  • Streptomyces limosus Lindenbein 1952 (Утвержденные списки 1980)
  • Streptomyces odorifer (Rullmann 1895) Waksman 1953 (Утвержденные списки 1980)
  • Streptomyces sampsonii (Миллард и Берр 1926) Ваксман 1953 (Утвержденные списки 1980)
  • " Streptothrix albidoflava " Росси Дориа 1891 г.
  • « Streptotrix albidoflava » [ так в оригинале ] Росси Дориа 1891 г.
  • " Streptothrix coelicolor " Мюллер 1908 г.

Streptomyces albidoflavus — вид бактерий из рода Streptomyces , выделенный из почвы в Польше . [1] [3] [4] [5] Streptomyces albidoflavus производит дибутилфталат и стрептотрицины. [6] [7]

Малая некодирующая РНК

Бактериальные малые РНК участвуют в посттранскрипционной регуляции. С помощью глубокого секвенирования был проанализирован транскриптом S. albidoflavus в конце экспоненциального роста. Было идентифицировано 63 малых РНК. Экспрессия 11 из них была подтверждена с помощью Нозерн-блоттинга. Было показано, что sRNA присутствуют только у видов Streptomyces . [8]

sRNA scr4677 ( Streptomyces coelicolor sRNA 4677) расположена в межгенной области между геном антисигма-фактора SCO4677 и предполагаемым регуляторным геном белка SCO4676 . Экспрессия scr4677 требует активности SCO4677 , а сама sRNA scr4677, по-видимому, влияет на уровни транскриптов, связанных с SCO4676 . [9]

Были идентифицированы цели двух некодирующих РНК S. albidoflavus . Было показано, что некодирующая РНК глутаминсинтетазы I модулирует продукцию антибиотиков. [10] Малая РНК scr5239 ( мРНК Streptomyces coelicolor выше SCO5239) имеет две цели. Она ингибирует экспрессию агаразы DagA путем прямого спаривания оснований с кодирующей областью dagA и подавляет трансляцию метионинсинтазы metE (SCO0985) на 5'-конце ее открытой рамки считывания . [11] [12]

Синтез жирных кислот

Кристаллическая структура доступна для S -малонилтрансферазы [ацил-переносящего белка] S. albidoflavus . ACP S -MT S. albidoflavus участвует как в синтезе жирных кислот II, так и в поликетидсинтазе и структурно похож на аналог Escherichia coli . [13]

Использование в биотехнологии

Штаммы S. albidoflavus продуцируют различные антибиотики , включая актинородин , метиленомицин , ундецилпродигиозин , [14] и перимицин . [15] [16] Некоторые штаммы S. albidoflavus могут быть использованы для экспрессии гетерологичных белков . [17]

восстановление ДНК

Гомолог Ku - SCF55.25c. Он содержит домен, подобный щелочной фосфатазе креветок (SAP-подобный) на С-конце . S. albidoflavus производит (предположительно) однодоменный белок SC9H11.09c, который гомологичен NucDom LigD, который является общим для многих бактериальных LigD. ( LigD - это подсемейство ДНК-лигаз . У бактерий многие, но не все LigD имеют дополнительные нуклеазные домены, ответвляющиеся от повсеместно присутствующего центрального лигазного домена. Если он присутствует - как в этом случае - нуклеазный домен является расширением N-конца .) [18]

Генетика

Геном состоит из одной линейной молекулы, и хотя можно было бы ожидать, что Ku будет выполнять функцию поддержания конечного состояния, до сих пор ничего подобного не наблюдалось. [18]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ ab LPSN bacterio.net
  2. ^ Информация о штамме Streptomyces albidoflavus
  3. ^ ab UniProt
  4. ^ ab Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen [1]
  5. ^ Swiontek Brzezinska, M.; Jankiewicz, U.; Burkowska, A. (2013). «Очистка и характеристика противогрибковых компонентов Streptomyces albidoflavus». Applied Biochemistry and Microbiology . 49 (5): 451. doi :10.1134/S0003683813050025. S2CID  17097515.
  6. ^ Рой, РН; Ласкар, С.; Сен, СК (2006). «Дибутилфталат, биоактивное соединение, продуцируемое Streptomyces albidoflavus 321.2». Микробиологические исследования . 161 (2): 121–6. doi : 10.1016/j.micres.2005.06.007 . PMID  16427514.
  7. ^ Стюарт Шапиро (1989). Регуляция вторичного метаболизма у актиномицетов . CRC Press. ISBN 0-8493-6927-4.
  8. ^ Vockenhuber MP, Sharma CM, Statt MG, Schmidt D, Xu Z, Dietrich S, et al. (Май 2011). «Глубокая идентификация малых некодирующих РНК в Streptomyces coelicolor на основе секвенирования». RNA Biology . 8 (3): 468–77. doi :10.4161/rna.8.3.14421. PMC 3218513 . PMID  21521948. 
  9. ^ Moody MJ, Jones SE, Elliot MA (2014-01-01). "Сложная внутриоперонная динамика, опосредованная малой РНК в Streptomyces coelicolor". PLOS ONE . 9 (1): e85856. Bibcode : 2014PLoSO...985856H. doi : 10.1371/journal.pone.0085856 . PMC 3896431. PMID  24465751 . 
  10. ^ Д'Алия Д., Низельт К., Стейгеле С., Мюллер Дж., Вербург И., Такано Э. (февраль 2010 г.). «Некодирующая РНК глютаминсинтетазы I модулирует выработку антибиотиков у Streptomyces coelicolor A3 (2)». Журнал бактериологии . 192 (4): 1160–4. дои : 10.1128/JB.01374-09. ПМК 2812974 . ПМИД  19966003. 
  11. ^ Vockenhuber MP, Suess B (февраль 2012 г.). «Streptomyces coelicolor sRNA scr5239 ингибирует экспрессию агаразы путем прямого спаривания оснований с кодирующей областью dagA». Микробиология . 158 (Pt 2): 424–435. doi : 10.1099/mic.0.054205-0 . PMID  22075028.
  12. ^ Vockenhuber MP, Heueis N, Suess B (2015-01-01). "Идентификация metE как второй цели sRNA scr5239 в Streptomyces coelicolor". PLOS ONE . ​​10 (3): e0120147. Bibcode :2015PLoSO..1020147V. ​​doi : 10.1371/journal.pone.0120147 . PMC 4365011 . PMID  25785836. 
  13. ^ Уайт, Стивен В.; Чжэн, Цзе; Чжан, Юн-Мэй; Рок, Чарльз О. (2005). «Структурная биология биосинтеза жирных кислот типа II». Annual Review of Biochemistry . 74 (1). Annual Reviews : 791–831. doi :10.1146/annurev.biochem.74.082803.133524. ISSN  0066-4154. PMID  15952903.
  14. ^ Brian P, Riggle PJ, Santos RA, Champness WC (июнь 1996 г.). «Глобальная отрицательная регуляция синтеза антибиотиков Streptomyces coelicolor, опосредованная предполагаемой системой передачи сигнала, кодируемой absA». Журнал бактериологии . 178 (11): 3221–31. doi :10.1128/jb.178.11.3221-3231.1996. PMC 178074. PMID  8655502 . 
  15. ^ Liu CM, McDaniel LE, Schaffner CP (март 1972). «Фунгимицин, биогенез его ароматической части». Журнал антибиотиков . 25 (3): 187–8. doi : 10.7164/antibiotics.25.187 . PMID  5034814.
  16. ^ Lee CH, Schaffner CP (май 1969). «Перимицин. Структура некоторых продуктов деградации». Tetrahedron . 25 (10): 2229–32. doi :10.1016/S0040-4020(01)82770-8. PMID  5788396.
  17. ^ "Streptomyces coelicolor". John Innes Center. Архивировано из оригинала 19 октября 2005 года . Получено 25 января 2010 года .
  18. ^ ab Pitcher, Robert S.; Brissett, Nigel C.; Doherty, Aidan J. (2007). «Негомологичное соединение концов у бактерий: микробная перспектива». Annual Review of Microbiology . 61 (1). Annual Reviews : 259–282. doi : 10.1146/annurev.micro.61.080706.093354. ISSN  0066-4227. PMID  17506672.

Дальнейшее чтение

  • Августин, СК; Бхавсар, СП; Кападнис, Б.П. (2005). «Неполиеновый противогрибковый антибиотик из Streptomyces albidoflavus PU 23». Журнал биологических наук . 30 (2): 201–11. дои : 10.1007/bf02703700. PMID  15886456. S2CID  9722766.
  • Hain, T; Ward-Rainey, N; Kroppenstedt, RM; Stackebrandt, E; Rainey, FA (1997). «Дискриминация штаммов Streptomyces albidoflavus на основе размера и количества межгенных спейсеров рибосомальной ДНК 16S-23S». Международный журнал систематической бактериологии . 47 (1): 202–6. doi : 10.1099/00207713-47-1-202 . PMID  8995823.
  • Ченг, Кун; Ронг, Сяоин; Пинто-Томас, Адриан А.; Фернандес-Вильялобос, Марсела; Мурильо-Крус, Каталина; Хуан, Ин (2015). «Популяционно-генетический анализ Streptomyces albidoflavus выявляет барьеры среды обитания для гомологичной рекомбинации при диверсификации стрептомицетов». Прикладная и экологическая микробиология . 81 (3): 966–75. Бибкод : 2015ApEnM..81..966C. дои : 10.1128/AEM.02925-14. ПМЦ  4292468 . ПМИД  25416769.
  • Скиннер, ФА (1953). "Ингибирование Fusarium culmorum Streptomyces albidoflavus". Nature . 172 (4391): 1191. Bibcode :1953Natur.172.1191S. doi : 10.1038/1721191a0 . PMID  13111286. S2CID  4195458.
  • Q. Ashton Acton (2013). Достижения в исследовании и применении Streptomycetaceae: издание 2013 г.: ScholarlyBrief . ScholarlyEditions. ISBN 978-1-4816-7198-9.
  • Типовой штамм Streptomyces albidoflavus в BacDive — базе метаданных бактериального разнообразия


Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Streptomyces_albidoflavus&oldid=1242465127"