Основа цикла

Циклы в графе, которые генерируют все циклы
Симметрическая разность двух циклов является эйлеровым подграфом

В теории графов , разделе математики, базис циклов неориентированного графа — это набор простых циклов , который образует базис пространства циклов графа. То есть, это минимальный набор циклов, который позволяет выразить каждый подграф четной степени как симметричную разность базисных циклов.

Фундаментальный циклический базис может быть сформирован из любого связующего дерева или связующего леса данного графа путем выбора циклов, образованных комбинацией пути в дереве и одного ребра вне дерева. В качестве альтернативы, если ребра графа имеют положительные веса, циклический базис минимального веса может быть построен за полиномиальное время .

В планарных графах множество ограниченных циклов вложения графа образует базис циклов. Базис циклов минимального веса планарного графа соответствует дереву Гомори–Ху двойственного графа .

Определения

Связующий подграф данного графа G имеет тот же набор вершин , что и сам G , но, возможно, меньше ребер. Граф G или один из его подграфов называется эйлеровым , если каждая из его вершин имеет четную степень (число инцидентных ребер). Каждый простой цикл в графе является эйлеровым подграфом, но могут быть и другие. Пространство циклов графа — это совокупность его эйлеровых подграфов. Оно образует векторное пространство над конечным полем из двух элементов . Операция сложения векторов — это симметрическая разность двух или более подграфов, которая образует другой подграф, состоящий из ребер, которые появляются нечетное число раз в аргументах операции симметрической разности. [1]

Базис цикла — это базис этого векторного пространства, в котором каждый базисный вектор представляет простой цикл. Он состоит из набора циклов, которые могут быть объединены с использованием симметричных разностей для формирования каждого эйлерова подграфа, и который является минимальным с этим свойством. Каждый базис цикла данного графа имеет одинаковое количество циклов, которое равно размерности его пространства циклов. Это число называется рангом цикла графа, и оно равно где — количество ребер в графе, — количество вершин, — количество связанных компонентов . [2] м н + с {\displaystyle m-n+c} м {\displaystyle м} н {\displaystyle n} с {\displaystyle с}

Специальные велосипедные базы

Было изучено несколько специальных типов базисов циклов, включая фундаментальные базисы циклов, слабо фундаментальные базисы циклов, разреженные (или 2-) базисы циклов и целочисленные базисы циклов. [3]

Индуцированные циклы

Каждый граф имеет базис цикла, в котором каждый цикл является индуцированным циклом . В графе с тремя вершинами всегда существует базис, состоящий из периферийных циклов , циклов, удаление которых не разделяет оставшийся граф. [4] [5] В любом графе, кроме графа, образованного добавлением одного ребра к циклу, периферийный цикл должен быть индуцированным циклом.

Фундаментальные циклы

Если — остовное дерево или остовный лес данного графа , и — ребро, которое не принадлежит , то фундаментальный цикл, определяемый как — это простой цикл, состоящий из вместе с путем, соединяющим конечные точки . Существует ровно фундаментальных циклов, по одному для каждого ребра, которое не принадлежит . Каждый из них линейно независим от остальных циклов, поскольку он включает ребро , которое не присутствует ни в каком другом фундаментальном цикле. Следовательно, фундаментальные циклы образуют базис для пространства циклов. [1] [2] Базис циклов, построенный таким образом, называется фундаментальным базисом циклов или строго фундаментальным базисом циклов . [3] Т {\displaystyle Т} Г {\displaystyle G} е {\displaystyle е} Т {\displaystyle Т} С е {\displaystyle C_{e}} е {\displaystyle е} е {\displaystyle е} Т {\displaystyle Т} е {\displaystyle е} м н + с {\displaystyle m-n+c} Т {\displaystyle Т} е {\displaystyle е}

Также возможно охарактеризовать фундаментальные циклические базисы без указания дерева, для которого они являются фундаментальными. Существует дерево, для которого данный циклический базис является фундаментальным тогда и только тогда, когда каждый цикл содержит ребро, которое не включено ни в один другой базисный цикл, то есть каждый цикл независим от других. Из этого следует, что совокупность циклов является фундаментальным циклическим базисом тогда и только тогда, когда она обладает свойством независимости и имеет правильное количество циклов, чтобы быть базисом . [6] Г {\displaystyle G} Г {\displaystyle G}

Слабо фундаментальные циклы

Базис цикла называется слабо фундаментальным, если его циклы можно поместить в линейный порядок таким образом, что каждый цикл включает по крайней мере одно ребро, которое не включено ни в один более ранний цикл. Базис фундаментального цикла автоматически является слабо фундаментальным (для любого порядка ребер). [3] [7] Если каждый базис цикла графа является слабо фундаментальным, то же самое верно для каждого минора графа. Основываясь на этом свойстве, класс графов (и мультиграфов ), для которых каждый базис цикла является слабо фундаментальным, можно охарактеризовать пятью запрещенными минорами : граф квадратной пирамиды , мультиграф, образованный удвоением всех ребер цикла с четырьмя вершинами, два мультиграфа, образованные удвоением двух ребер тетраэдра , и мультиграф, образованный утроением ребер треугольника. [8]

Циклы лица

Если связный конечный планарный граф вложен в плоскость, то каждая грань вложения ограничена циклом ребер. Одна грань обязательно неограничена (она включает точки, сколь угодно далекие от вершин графа), а остальные грани ограничены. По формуле Эйлера для планарных графов существуют ровно ограниченные грани. Симметрическая разность любого набора циклов граней является границей соответствующего набора граней, а различные наборы ограниченных граней имеют различные границы, поэтому невозможно представить один и тот же набор как симметричную разность циклов граней более чем одним способом; это означает, что набор циклов граней линейно независим. Как линейно независимый набор достаточного количества циклов, он обязательно образует базис циклов. [9] Он всегда является слабо фундаментальным базисом циклов и является фундаментальным тогда и только тогда, когда вложение графа является внешнепланарным . м н + 1 {\displaystyle m-n+1}

Для графов, правильно вложенных в другие поверхности так, что все грани вложения являются топологическими дисками, в общем случае неверно, что существует базис циклов, использующий только циклы граней. Циклы граней этих вложений порождают собственное подмножество всех эйлеровых подграфов. Группа гомологий данной поверхности характеризует эйлеровы подграфы, которые не могут быть представлены как граница множества граней. Критерий планарности Маклейна использует эту идею для характеристики планарных графов в терминах базисов циклов: конечный неориентированный граф является планарным тогда и только тогда, когда он имеет разреженный базис циклов или 2-базис [3] , базис, в котором каждое ребро графа участвует не более чем в двух базисных циклах. В планарном графе базис циклов, образованный множеством ограниченных граней, обязательно является разреженным, и наоборот, разреженный базис циклов любого графа обязательно образует множество ограниченных граней планарного вложения его графа. [9] [10] ЧАС 2 ( С , З 2 ) {\displaystyle H_{2}(S,\mathbb {Z} _{2})} С {\displaystyle S}

Интегральные базы

Пространство циклов графа можно интерпретировать с помощью теории гомологии как группу гомологий симплициального комплекса с точкой для каждой вершины графа и отрезком прямой для каждого ребра графа. Эту конструкцию можно обобщить до группы гомологий над произвольным кольцом . Важным частным случаем является кольцо целых чисел , для которого группа гомологий является свободной абелевой группой , подгруппой свободной абелевой группы, порожденной ребрами графа. Менее абстрактно, эту группу можно построить, назначив произвольную ориентацию ребрам данного графа; тогда элементы являются маркировками ребер графа целыми числами со свойством, что в каждой вершине сумма входящих меток ребер равна сумме исходящих меток ребер. Групповая операция — сложение этих векторов меток. Целочисленный базис циклов — это набор простых циклов, который порождает эту группу. [3] ЧАС 1 ( Г , З 2 ) {\displaystyle H_{1}(G,\mathbb {Z} _{2})} ЧАС 1 ( Г , Р ) {\displaystyle H_{1}(Г,Р)} Р {\displaystyle R} ЧАС 1 ( Г , З ) {\displaystyle H_{1}(G,\mathbb {Z})} ЧАС 1 ( Г , З ) {\displaystyle H_{1}(G,\mathbb {Z})}

Минимальный вес

Если рёбрам графа заданы действительные числовые веса, вес подграфа может быть вычислен как сумма весов его рёбер. Минимальный весовой базис пространства циклов обязательно является базисом циклов: по теореме Веблена [11] каждый эйлеров подграф, который сам по себе не является простым циклом, может быть разложен на несколько простых циклов, которые обязательно имеют меньший вес.

По стандартным свойствам базисов в векторных пространствах и матроидах, базис цикла минимального веса не только минимизирует сумму весов своих циклов, но и минимизирует любую другую монотонную комбинацию весов циклов. Например, это базис цикла, который минимизирует вес своего самого длинного цикла. [12]

Алгоритмы полиномиального времени

В любом векторном пространстве и, в более общем смысле, в любом матроиде минимальный весовой базис может быть найден жадным алгоритмом , который рассматривает потенциальные базисные элементы по одному за раз, в отсортированном порядке по их весам, и который включает элемент в базис, когда он линейно независим от ранее выбранных базисных элементов. Проверка на линейную независимость может быть выполнена методом исключения Гаусса . Однако неориентированный граф может иметь экспоненциально большой набор простых циклов, поэтому было бы вычислительно невыполнимо сгенерировать и протестировать все такие циклы.

Хортон (1987) предоставил первый алгоритм полиномиального времени для поиска базиса минимального веса в графах, для которых вес каждого ребра положителен. Его алгоритм использует этот подход генерации и проверки, но ограничивает сгенерированные циклы небольшим набором циклов, называемых циклами Хортона . Цикл Хортона является фундаментальным циклом дерева кратчайшего пути данного графа. Существует не более n различных деревьев кратчайшего пути (по одному для каждой начальной вершины), и каждое имеет менее m фундаментальных циклов, что дает ограничение на общее количество циклов Хортона. Как показал Хортон, каждый цикл в базисе цикла минимального веса является циклом Хортона. [13] Использование алгоритма Дейкстры для поиска каждого дерева кратчайшего пути, а затем использование гауссовского исключения для выполнения шагов тестирования алгоритма жадного базиса приводит к алгоритму полиномиального времени для базиса цикла минимального веса. Последующие исследователи разработали улучшенные алгоритмы для этой задачи, [14] [15] [16] [17] уменьшив временную сложность наихудшего случая для поиска базиса цикла минимального веса в графе с ребрами и вершинами до . [18] О ( м н ) {\displaystyle O(mn)} m {\displaystyle m} n {\displaystyle n} O ( m 2 n / log n ) {\displaystyle O(m^{2}n/\log n)}

NP-твердость

Нахождение фундаментального базиса с минимально возможным весом тесно связано с задачей нахождения остовного дерева, которое минимизирует среднее значение попарных расстояний; обе задачи являются NP-трудными . [19] Нахождение слабо фундаментального базиса с минимальным весом также является NP-трудным, [7] аппроксимация его является MAXSNP -трудной . [20] Если допускаются отрицательные веса и отрицательно взвешенные циклы, то нахождение минимального циклического базиса (без ограничений) также является NP-трудным, поскольку его можно использовать для нахождения гамильтонова цикла : если граф является гамильтоновым, и всем ребрам задан вес −1, то минимальный весовой циклический базис обязательно включает в себя по крайней мере один гамильтонов цикл.

В планарных графах

Базис цикла минимального веса для планарного графа не обязательно совпадает с базисом, образованным его ограниченными гранями: он может включать циклы, которые не являются гранями, и некоторые грани могут не быть включены в качестве циклов в базис цикла минимального веса. Однако существует базис цикла минимального веса, в котором никакие два цикла не пересекаются друг с другом: для каждых двух циклов в базисе либо циклы охватывают непересекающиеся подмножества ограниченных граней, либо один из двух циклов охватывает другой. Этот набор циклов соответствует в двойственном графе данного планарного графа набору разрезов , которые образуют дерево Гомори–Ху двойственного графа, базис минимального веса его пространства разрезов . [21] На основе этой двойственности неявное представление базиса цикла минимального веса в планарном графе может быть построено за время . [22] O ( n log 3 n ) {\displaystyle O(n\log ^{3}n)}

Приложения

Базы циклов использовались для решения периодических задач планирования, таких как задача определения расписания для системы общественного транспорта. В этом приложении циклы базиса цикла соответствуют переменным в целочисленной программе для решения задачи. [23]

В теории структурной жесткости и кинематики циклические базисы используются для руководства процессом создания системы неизбыточных уравнений, которые могут быть решены для прогнозирования жесткости или движения конструкции. В этом приложении циклические базисы минимального или почти минимального веса приводят к более простым системам уравнений. [24]

В распределенных вычислениях циклические базы использовались для анализа количества шагов, необходимых для стабилизации алгоритма. [25]

В биоинформатике циклические основания использовались для определения информации о гаплотипе из данных о последовательности генома. [26] Циклические основания также использовались для анализа третичной структуры РНК . [27]

База цикла минимального веса ближайшего соседнего графика точек, выбранных из трехмерной поверхности, может быть использована для получения реконструкции поверхности. [28]

В хемоинформатике минимальный циклический базис молекулярного графа называется наименьшим набором наименьших колец . [29] [30] [31]

Ссылки

  1. ^ ab Diestel, Reinhard (2012), "1.9 Некоторые элементы линейной алгебры", Теория графов , Graduate Texts in Mathematics, т. 173, Springer, стр.  23–28.
  2. ^ ab Gross, Jonathan L.; Yellen, Jay (2005), "4.6 Графы и векторные пространства", Теория графов и ее приложения (2-е изд.), CRC Press, стр.  197–207 , ISBN 9781584885054.
  3. ^ abcde Либхен, Кристиан; Рицци, Ромео (2007), «Классы баз циклов», Дискретная прикладная математика , 155 (3): 337– 355, doi : 10.1016/j.dam.2006.06.007 , MR  2303157.
  4. ^ Дистель (2012), стр. 32, 65.
  5. ^ Tutte, WT (1963), «Как нарисовать график», Труды Лондонского математического общества , Третья серия, 13 : 743–767 , doi :10.1112/plms/s3-13.1.743, MR  0158387, См. в частности теорему 2.5.
  6. ^ Крибб, Д.У.; Рингайзен, Р.Д.; Шиер, Д.Р. (1981), «О циклических базах графа», Труды Двенадцатой юго-восточной конференции по комбинаторике, теории графов и вычислениям, т. I (Батон-Руж, Луизиана, 1981) , Congressus Numerantium, т. 32, стр.  221–229 , MR  0681883.
  7. ^ ab Rizzi, Romeo (2009), «Минимальные слабо фундаментальные циклические базы трудно найти», Algorithmica , 53 (3): 402– 424, doi :10.1007/s00453-007-9112-8, MR  2482112, S2CID  12675654.
  8. ^ Хартвигсен, Дэвид; Земель, Эйтан (1989), «Является ли каждый базис цикла фундаментальным?», Journal of Graph Theory , 13 (1): 117–137 , doi : 10.1002/jgt.3190130115, MR  0982873.
  9. ^ аб Дистель (2012), стр. 105–106.
  10. ^ Мак Лейн, С. (1937), «Комбинаторное условие для плоских графов» (PDF) , Fundamenta Mathematicae , 28 : 22–32 , doi : 10.4064/fm-28-1-22-32.
  11. ^ Веблен, Освальд (1912), «Применение модульных уравнений в анализе situs», Annals of Mathematics , Вторая серия, 14 (1): 86–94 , doi :10.2307/1967604, JSTOR  1967604.
  12. ^ Чикеринг, Дэвид М.; Гейгер, Дэн; Хеккерман, Дэвид (1995), «О поиске циклического базиса с кратчайшим максимальным циклом», Information Processing Letters , 54 (1): 55– 58, CiteSeerX 10.1.1.650.8218 , doi : 10.1016/0020-0190(94)00231-M, MR  1332422 .
  13. ^ Хортон, Дж. Д. (1987), «Алгоритм полиномиального времени для поиска кратчайшего базиса цикла графа», SIAM Journal on Computing , 16 (2): 358–366 , doi :10.1137/0216026.
  14. ^ Бергер, Франциска; Грицманн, Питер; де Врис, Свен (2004), «Минимальные базисы циклов для сетевых графов», Algorithmica , 40 (1): 51–62 , doi : 10.1007/s00453-004-1098-x, MR  2071255, S2CID  9386078.
  15. ^ Мельхорн, Курт ; Михаил, Димитриос (2006), «Реализация алгоритмов минимального базиса цикла», ACM Journal of Experimental Algorithmics , 11 : 2.5, CiteSeerX 10.1.1.60.1087 , doi : 10.1145/1187436.1216582, S2CID  6198296 .
  16. ^ Кавита, Теликепалли ; Мельхорн, Курт ; Михаил, Димитриос; Палух, Катаржина Э. (2008), « Алгоритм базиса графов с минимальным циклом», Algorithmica , 52 (3): 333–349 , doi : 10.1007/s00453-007-9064-z , MR  2452919 O ~ ( m 2 n ) {\displaystyle {\tilde {O}}(m^{2}n)} .
  17. ^ Кавита, Теликепалл; Либхен, Кристиан; Мельхорн, Курт ; Михаил, Димитриос; Рицци, Ромео; Уккердт, Торстен; Цвейг, Катарина А. (2009), «Базы циклов в графах: характеристика, алгоритмы, сложность и приложения», Computer Science Review , 3 (4): 199– 243, doi :10.1016/j.cosrev.2009.08.001.
  18. ^ Амальди, Эдоардо; Юлиано, Клаудио; Рицци, Ромео (2010), «Эффективные детерминированные алгоритмы для поиска минимального базиса цикла в неориентированных графах», Целочисленное программирование и комбинаторная оптимизация: 14-я международная конференция, IPCO 2010, Лозанна, Швейцария, 9-11 июня 2010 г., Труды , Lecture Notes in Computer Science, т. 6080, Springer, стр.  397–410 , Bibcode : 2010LNCS.6080..397A, doi : 10.1007/978-3-642-13036-6_30, ISBN 978-3-642-13035-9, г-н  2661113.
  19. ^ Део, Нарсингх; Прабху, ГМ; Кришнамурти, М.С. (1982), «Алгоритмы для генерации фундаментальных циклов в графе», ACM Transactions on Mathematical Software , 8 (1): 26– 42, doi : 10.1145/355984.355988 , MR  0661120, S2CID  2260051.
  20. ^ Галбиати, Джулия; Амальди, Эдоардо (2004), «Об аппроксимируемости проблемы минимального фундаментального цикла», Аппроксимация и онлайн-алгоритмы: Первый международный семинар, WAOA 2003, Будапешт, Венгрия, 16-18 сентября 2003 г., Пересмотренные статьи , Lecture Notes in Computer Science, т. 2909, Берлин: Springer, стр.  151–164 , doi :10.1007/978-3-540-24592-6_12, ISBN 978-3-540-21079-5, МР  2089904.
  21. ^ Хартвигсен, Дэвид; Мардон, Рассел (1994), «Проблема минимального разреза для всех пар и проблема минимального базиса цикла на планарных графах», SIAM Journal on Discrete Mathematics , 7 (3): 403– 418, doi :10.1137/S0895480190177042, MR  1285579.
  22. ^ Боррадайл, Гленкора; Эппштейн, Дэвид ; Найери, Амир; Вульф-Нильсен, Кристиан (2016), "Минимальные разрезы всех пар за почти линейное время для графов с вложенными поверхностями", Proc. 32nd Int. Symp. Computational Geometry , Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), т. 51, Schloss Dagstuhl, стр. 22:1–22:16, arXiv : 1411.7055 , doi : 10.4230/LIPIcs.SoCG.2016.22 , S2CID  215762172.
  23. ^ Либхен, Кристиан (2007), «Оптимизация периодического расписания в общественном транспорте», Труды по исследованию операций 2006 , т. 2006, стр.  29–36 , doi :10.1007/978-3-540-69995-8_5, ISBN 978-3-540-69994-1.
  24. ^ Касселл, А.К.; Де Хендерсон, Дж.К.; Кавех, А. (1974), «Циклические основы для анализа гибкости конструкций», Международный журнал численных методов в машиностроении , 8 (3): 521– 528, Bibcode : 1974IJNME...8..521C, doi : 10.1002/nme.1620080308.
  25. ^ Булинье, Кристиан; Пети, Франк; Виллен, Винсент (2004), «Когда теория графов помогает самостабилизации», Труды двадцать третьего ежегодного симпозиума ACM по принципам распределенных вычислений (PODC '04) , Нью-Йорк, США: ACM, стр.  150–159 , CiteSeerX 10.1.1.79.2190 , doi :10.1145/1011767.1011790, ISBN  978-1581138023, S2CID  14936510.
  26. ^ Агиар, Дерек; Истраил, Сорин (2012), «HapCompass: быстрый алгоритм на основе цикла для точной сборки гаплотипов данных о последовательностях», Журнал вычислительной биологии , 19 (6): 577–590 , doi :10.1089/cmb.2012.0084, PMC 3375639 , PMID  22697235 .
  27. ^ Лемье, Себастьен; Мейджор, Франсуа (2006), «Автоматизированное извлечение и классификация циклических мотивов третичной структуры РНК», Nucleic Acids Research , 34 (8): 2340–2346 , doi :10.1093/nar/gkl120, PMC 1458283 , PMID  16679452 .
  28. ^ Гоцман, Крейг; Калигоси, Канела; Мельхорн, Курт ; Михаил, Димитриос; Пирга, Евангелия (2007), «Циклические базы графов и выборочных многообразий», Компьютерное геометрическое проектирование , 24 ( 8–9 ): 464–480 , CiteSeerX 10.1.1.298.9661 , doi :10.1016/j.cagd.2006.07. 001, МР  2359763 .
  29. ^ Мэй, Джон В.; Стейнбек, Кристоф (2014), «Эффективное восприятие колец для набора для разработки химии», Журнал химинформатики , 6 (3): 3, doi : 10.1186/1758-2946-6-3 , PMC 3922685 , PMID  24479757 
  30. ^ Даунс, GM; Джиллет, VJ; Холлидей, JD; Линч, MF (1989), "Обзор алгоритмов восприятия колец для химических графов", J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 29 (3): 172– 187, doi :10.1021/ci00063a007
  31. ^ Замора, А. (1979), «Алгоритм нахождения наименьшего набора наименьших колец», J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 16 (1): 40– 43, doi :10.1021/ci60005a013
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Cycle_basis&oldid=1237254914"