Одноцепочечный конформационный полиморфизм
Одноцепочечный конформационный полиморфизм ( SSCP ), или одноцепочечный цепной полиморфизм, определяется как конформационное различие одноцепочечных нуклеотидных последовательностей одинаковой длины, вызванное различиями в последовательностях при определенных экспериментальных условиях. Это свойство позволяет различать последовательности с помощью гель -электрофореза , который разделяет фрагменты в соответствии с их различными конформациями. [1]
Физическое происхождение
Изменение одного нуклеотида в определенной последовательности, как это видно в двухцепочечной ДНК, невозможно различить методами гель-электрофореза, что можно объяснить тем фактом, что физические свойства двухцепочечных ДНК практически идентичны для обоих аллелей. После денатурации одноцепочечная ДНК претерпевает характерное трехмерное сворачивание и может принимать уникальное конформационное состояние на основе ее последовательности ДНК. Различие в форме между двумя одноцепочечными цепями ДНК с разными последовательностями может привести к тому, что они будут по-разному мигрировать через электрофорезный гель, даже если число нуклеотидов одинаково, что, по сути, является применением SSCP.
Применение в молекулярной биологии
SSCP раньше был способом обнаружения новых полиморфизмов ДНК помимо секвенирования ДНК, но теперь его вытесняют методы секвенирования из-за эффективности и точности. [2] В наши дни SSCP наиболее применим в качестве диагностического инструмента в молекулярной биологии. Его можно использовать в генотипировании для обнаружения гомозиготных особей с различными аллельными состояниями, а также гетерозиготных особей, каждая из которых должна демонстрировать различные паттерны в эксперименте с электрофорезом. [3] SSCP также широко используется в вирусологии для обнаружения вариаций в различных штаммах вируса, идея заключается в том, что конкретная вирусная частица, присутствующая в обоих штаммах, претерпит изменения из-за мутации, и что эти изменения заставят две частицы принять разные конформации и, таким образом, быть дифференцируемыми на геле SSCP. [4]
Ссылки
- ^ Масато Орита; Хироюки Ивахана; Хироши Кназава; Кенши Хаяши; Такато Секия (1989). «Обнаружение полиморфизмов человеческой ДНК методом гельэлектрофореза как полиморфизмов одноцепочечной конформации». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 86 (8): 2766– 2770. Bibcode :1989PNAS...86.2766O. doi : 10.1073/pnas.86.8.2766 . PMC 286999 . PMID 2565038.
- ^ Тахира, Т.; Кукита, Ю.; Хигаса, К.; Оказаки, Ю.; Ёсинага, А.; Хаяши, К. (2009). «Оценка частот аллелей SNP с помощью SSCP-анализа объединенной ДНК». Однонуклеотидные полиморфизмы . Методы молекулярной биологии. Том. 578. С. 193–207 . doi : 10.1007/978-1-60327-411-1_12. ISBN 978-1-60327-410-4. PMID 19768595.
- ^ Мичиеи Ото; Сатоши Мияке; Ясухито Юаса (1993). «Оптимизация анализа нерадиоизотопного одноцепочечного конформационного полиморфизма с помощью обычного прибора для электрофореза в мини-лабе». Аналитическая биохимия . 213 (1): 19– 22. doi :10.1006/abio.1993.1379. PMID 8238876.
- ^ Karen Sumire Kubo; RM Stuart; J. Freitas-Astúa1; R. Antonioli-Luizon; EC Locali-Fabris; HD Coletta-Filho1; MA Machado; EW Kitajima (21 мая 2009 г.). «Оценка генетической изменчивости вируса пятнистости орхидеи с помощью анализа одноцепочечного конформационного полиморфизма и секвенирования нуклеотидов фрагмента гена нуклеокапсида». Архивы вирусологии . 154 (6). Отдел вирусологии Международного союза микробиологических обществ: 1009– 14. doi :10.1007/s00705-009-0395-8. PMID 19458901. S2CID 27491943.
{{cite journal}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
