Санта-Элена расположена на берегу озера Петен-Ица в департаменте Петен в Гватемале . Она соединена дамбой с городом-побратимом Флорес (столицей департамента Петен), и оба (вместе с Сан-Бенито ) часто называются просто Флорес. Это место расположения международного аэропорта Мундо-Майя , который находится недалеко от города.
16°55′02″с.ш. 89°53′56″з.д. / 16,917146°с.ш. 89,899026°з.д. / 16,917146; -89,899026