STRIDE (алгоритм)
В структуре белка STRIDE ( Structural identification ) — это алгоритм для назначения элементов вторичной структуры белка с учетом атомных координат белка, определенных с помощью рентгеновской кристаллографии , ЯМР белка или другого метода определения структуры белка. В дополнение к критериям водородных связей , используемым более распространенным алгоритмом DSSP , критерии назначения STRIDE также включают потенциалы двугранного угла . Таким образом, его критерии для определения отдельных вторичных структур более сложны, чем критерии DSSP. Энергетическая функция STRIDE содержит термин водородной связи, содержащий подобный Леннард-Джонсу 8-6 потенциал, зависящий от расстояния, и два фактора угловой зависимости, отражающие планарность оптимизированной геометрии водородной связи. Критерии для отдельных вторичных структурных элементов, которые делятся на те же группы, что и те, о которых сообщает DSSP, также содержат статистические факторы вероятности , полученные из эмпирических исследований решенных структур с визуально назначенными элементами вторичной структуры, извлеченными из банка данных белков .
Хотя DSSP является более старым методом и продолжает оставаться наиболее часто используемым, первоначальное определение STRIDE сообщало, что он дает более удовлетворительное структурное назначение по крайней мере в 70% случаев. В частности, было замечено, что STRIDE корректирует склонность DSSP назначать более короткие вторичные структуры, чем были бы назначены экспертом-кристаллографом, обычно из-за незначительных локальных изменений в структуре, которые наиболее распространены вблизи концов элементов вторичной структуры. [1] При использовании метода скользящего окна для сглаживания изменений в назначении отдельных концевых остатков текущие реализации STRIDE и DSSP, как сообщается, согласуются в 95,4% случаев. [2] Как полагают, как STRIDE, так и DSSP, среди других распространенных методов назначения вторичной структуры, недооценивают пи-спирали . [3]
Смотрите также
Ссылки
- ^ Фришман Д., Аргос П. (1995). Назначение вторичной структуры белка на основе знаний. Белки 23(4):566-79. doi :10.1002/prot.340230412 PMID 8749853
- ^ Martin J, * Letellier G, Marin A, Taly JF, de Brevern AG, Gibrat JF. (2005). Пересмотр назначения вторичной структуры белка: подробный анализ различных методов назначения. BMC Struct Biol 5:17. PMID 16164759
- ^ Fodje MN, Al-Karadaghi S. (2002). Распространение, конформационные особенности и склонности аминокислот к пи-спирали. Protein Eng 15(5):353-8. PMID 12034854
Внешние ссылки
- STRIDE — включает веб-интерфейс, распечатку оригинальной статьи STRIDE и документацию по программному обеспечению.
- Статья об оригинальной реализации веб-сервера
