Малый ядерный рибонуклеопротеиновый полипептид F

СНРПФ
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	3CW1, 3PGW, 3S6N, 4F7U, 4PJO, 4V98, 4WZJ, 3JCR
Идентификаторы
Псевдонимы	SNRPF , SMF, Sm-F, snRNP-F, Малый ядерный рибонуклеопротеиновый полипептид F
Внешние идентификаторы	ОМИМ : 603541; МГИ : 1917128; гомологен : 130366; GeneCards : SNRPF; ОМА :SNRPF - ортологи
Расположение гена ( человек )
Хр.	Хромосома 12 (человек)
Конец	95,903,828 п.н.
Расположение гена ( Мышь )
Хр.	Хромосома 10 (мышь)
Конец	93,425,568 п.н.
Паттерн экспрессии РНК
	Верх выражен в
	ооцит; ; эмбрион; ; ганглионарное возвышение; ; эпителий толстой кишки; ; желудочковая зона; ; слизистая оболочка глотки; ; костный мозг; ; слизистая оболочка поперечно-ободочной кишки; ; полость рта; ; перикард;
	Верх выражен в
	желточный мешок; ; эмбрион; ; эмбрион; ; эпибласт; ; желудочковая зона; ; ганглионарное возвышение; ; линза; ; зигота; ; нервная трубка; ; плацента;
	Больше данных по справочным выражениям
	Больше данных по справочным выражениям
Генная онтология
Молекулярная функция	связывание белков; Связывание РНК;
Клеточный компонент	U4 snRNP; Белковый комплекс SMN-Sm; белковый комплекс pICln-Sm; ядро; U7 snRNP; каталитический шаг 2 сплайсосома; U1 snRNP; цитоплазма; sno(s)РНК-содержащий рибонуклеопротеиновый комплекс; нуклеоплазма; малый ядерный рибонуклеопротеиновый комплекс; Сплайсосомный комплекс типа U12; метилосома; цитозоль; сплайсосомный комплекс; Сплайсосома каталитического шага 2 типа U2; Комплекс три-мяРНП U4/U6 x U5; Прекаталитическая сплайсосома типа U2;
Биологический процесс	прекращение транскрипции РНК-полимеразы II; метаболический процесс мРНК гистонов; процессинг мРНК; сплайсинг мРНК через сплайсосому; Сплайсинг РНК; импорт в ядро; сплайсосомная сборка snRNP;
	Источники:Amigo/QuickGO
Ортологи
	6636
	69878
	ENSG00000139343
	ENSMUSG00000020018
	Р62306
	Р62307
	NM_003095 ; NM_001394209
	NM_027246
	NP_003086
	NP_081522
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Ген, кодирующий белок у вида Homo sapiens

Малый ядерный рибонуклеопротеин F — это белок , который у людей кодируется геном SNRPF . [ ^5]^[6]

Взаимодействия

Было показано, что малый ядерный рибонуклеопротеиновый полипептид F взаимодействует с DDX20 ^[7] , малым ядерным рибонуклеопротеином D2 ^[8] и малым ядерным рибонуклеопротеиновым полипептидом E ^[8] .

Ссылки

^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000139343 – Ensembl , май 2017 г.
^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000020018 – Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Hermann H, Fabrizio P, Raker VA, Foulaki K, Hornig H, Brahms H, Lührmann R (май 1995). "белки snRNP Sm имеют два эволюционно консервативных мотива последовательности, которые участвуют во взаимодействиях белок-белок Sm". The EMBO Journal . 14 (9): 2076– 88. doi :10.1002/j.1460-2075.1995.tb07199.x. PMC 398308 . PMID 7744013.
^ "Ген Энтреза: небольшой ядерный рибонуклеопротеиновый полипептид F SNRPF".
^ Charroux B, Pellizzoni L, Perkinson RA, Shevchenko A, Mann M, Dreyfuss G (декабрь 1999 г.). "Gemin3: новый белок DEAD box, который взаимодействует с SMN, продуктом гена спинальной мышечной атрофии, и является компонентом gems". The Journal of Cell Biology . 147 (6): 1181– 94. doi :10.1083/jcb.147.6.1181. PMC 2168095 . PMID 10601333.
^ ab Fury MG, Zhang W, Christodoulopoulos I, Zieve GW (ноябрь 1997 г.). «Множественные белки: взаимодействия белков между общими основными белками snRNP». Experimental Cell Research . 237 (1): 63– 9. doi :10.1006/excr.1997.3750. PMID 9417867.

Дальнейшее чтение

Sauterer RA, Goyal A, Zieve GW (январь 1990 г.). «Цитоплазматическая сборка малых ядерных рибонуклеопротеиновых частиц из 6 S и 20 S РНК-свободных промежуточных продуктов в фибробластах мыши L929». Журнал биологической химии . 265 (2): 1048–58 . doi : 10.1016/S0021-9258(19)40157-9 . PMID 1688550.
Feeney RJ, Sauterer RA, Feeney JL, Zieve GW (апрель 1989). «Цитоплазматическая сборка и ядерное накопление зрелых малых ядерных рибонуклеопротеиновых частиц». Журнал биологической химии . 264 (10): 5776– 83. doi : 10.1016/S0021-9258(18)83617-1 . PMID 2522439.
Woppmann A, Rinke J, Lührmann R (декабрь 1988 г.). «Прямое сшивание белков snRNP F и 70K с snRNAs ультрафиолетовым излучением in situ». Nucleic Acids Research . 16 (23): 10985– 1004. doi : 10.1093 /nar/16.23.10985. PMC 338992. PMID 2974540.
Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (сентябрь 1996 г.). «Нормализация и вычитание: два подхода к облегчению открытия генов». Genome Research . 6 (9): 791– 806. doi : 10.1101/gr.6.9.791 . PMID 8889548.
Plessel G, Lührmann R, Kastner B (январь 1997). «Электронная микроскопия промежуточных продуктов сборки ядра snRNP: морфологическое сходство между гетеромером белка без РНК (EFG) и неповрежденным ядром snRNP». Журнал молекулярной биологии . 265 (2): 87– 94. doi :10.1006/jmbi.1996.0713. PMID 9020971.
Fury MG, Zhang W, Christodoulopoulos I, Zieve GW (ноябрь 1997 г.). «Множественные белки: взаимодействия белков между общими основными белками snRNP». Experimental Cell Research . 237 (1): 63– 9. doi :10.1006/excr.1997.3750. PMID 9417867.
Kambach C, Walke S, Young R, Avis JM, de la Fortelle E, Raker VA, Lührmann R, Li J, Nagai K (февраль 1999 г.). "Кристаллические структуры двух комплексов белков Sm и их влияние на сборку сплайсосомных snRNP". Cell . 96 (3): 375– 87. doi : 10.1016/S0092-8674(00)80550-4 . PMID 10025403. S2CID 17379935.
Бюлер Д., Рейкер В., Люрманн Р., Фишер У. (декабрь 1999 г.). "Важная роль домена tudor SMN в сборке сплайсосомного U snRNP: последствия для спинальной мышечной атрофии". Human Molecular Genetics . 8 (13): 2351– 7. doi : 10.1093/hmg/8.13.2351 . PMID 10556282.
Charroux B, Pellizzoni L, Perkinson RA, Shevchenko A, Mann M, Dreyfuss G (декабрь 1999 г.). "Gemin3: новый белок DEAD box, который взаимодействует с SMN, продуктом гена спинальной мышечной атрофии, и является компонентом gems". Журнал клеточной биологии . 147 (6): 1181– 94. doi : 10.1083/jcb.147.6.1181. PMC 2168095. PMID 10601333 .
Charroux B, Pellizzoni L, Perkinson RA, Yong J, Shevchenko A, Mann M, Dreyfuss G (март 2000 г.). "Gemin4. Новый компонент комплекса SMN, который обнаруживается как в гемах, так и в ядрышках". The Journal of Cell Biology . 148 (6): 1177– 86. doi :10.1083/jcb.148.6.1177. PMC 2174312 . PMID 10725331.
Urlaub H, Raker VA, Kostka S, Lührmann R (январь 2001 г.). «Взаимодействия белка Sm и РНК сайта Sm в пределах внутреннего кольца структуры ядра сплайсосомного snRNP». The EMBO Journal . 20 ( 1– 2): 187– 96. doi :10.1093/emboj/20.1.187. PMC 140196. PMID 11226169 .
Pellizzoni L, Baccon J, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (март 2002 г.). «Очистка нативного выживания комплексов двигательных нейронов и идентификация Gemin6 как нового компонента». Журнал биологической химии . 277 (9): 7540– 5. doi : 10.1074/jbc.M110141200 . PMID 11748230.
Friesen WJ, Wyce A, Paushkin S, Abel L, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (март 2002 г.). «Новый компонент белка WD-повтора метилосомы связывает белки Sm». Журнал биологической химии . 277 (10): 8243– 7. doi : 10.1074/jbc.M109984200 . PMID 11756452.
Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR, Grigorieff N, Moore MJ (апрель 2002 г.). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, подходящих для трехмерного структурного анализа». RNA . 8 (4): 426– 39. doi :10.1017/S1355838202021088. PMC 1370266 . PMID 11991638.
Will CL, Schneider C, Hossbach M, Urlaub H, Rauhut R, Elbashir S, Tuschl T, Lührmann R (июнь 2004 г.). «Человеческий 18S U11/U12 snRNP содержит набор новых белков, не обнаруженных в U2-зависимой сплайсосоме». РНК . 10 (6): 929– 41. doi :10.1261/rna.7320604. PMC 1370585 . PMID 15146077.
Lehner B, Sanderson CM (июль 2004 г.). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Genome Research . 14 (7): 1315– 23. doi :10.1101/gr.2122004. PMC 442147. PMID 15231747 .
Ma Y, Dostie J, Dreyfuss G, Van Duyne GD (июнь 2005 г.). "Гетеродимер Gemin6-Gemin7 из комплекса выживания двигательных нейронов имеет структуру, подобную белку Sm". Структура . 13 (6): 883– 92. doi : 10.1016/j.str.2005.03.014 . PMID 15939020.

Эта статья о гене на хромосоме 12 человека — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000139343 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000020018 – Ensembl , май 2017 г.

[3] "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid7744013-5] Hermann H, Fabrizio P, Raker VA, Foulaki K, Hornig H, Brahms H, Lührmann R (май 1995). "белки snRNP Sm имеют два эволюционно консервативных мотива последовательности, которые участвуют во взаимодействиях белок-белок Sm". The EMBO Journal . 14 (9): 2076– 88. doi :10.1002/j.1460-2075.1995.tb07199.x. PMC 398308 . PMID 7744013.

[entrez-6] "Ген Энтреза: небольшой ядерный рибонуклеопротеиновый полипептид F SNRPF".

[pmid10601333-7] Charroux B, Pellizzoni L, Perkinson RA, Shevchenko A, Mann M, Dreyfuss G (декабрь 1999 г.). "Gemin3: новый белок DEAD box, который взаимодействует с SMN, продуктом гена спинальной мышечной атрофии, и является компонентом gems". The Journal of Cell Biology . 147 (6): 1181– 94. doi :10.1083/jcb.147.6.1181. PMC 2168095 . PMID 10601333.

[pmid9417867-8] Fury MG, Zhang W, Christodoulopoulos I, Zieve GW (ноябрь 1997 г.). «Множественные белки: взаимодействия белков между общими основными белками snRNP». Experimental Cell Research . 237 (1): 63– 9. doi :10.1006/excr.1997.3750. PMID 9417867.