Консорциум SBGrid

Консорциум SBGrid ^[1] — это исследовательская вычислительная группа, финансируемая участвующими исследовательскими лабораториями и работающая на базе Гарвардской медицинской школы . SBGrid предоставляет глобальному сообществу структурной биологии поддержку для исследовательских вычислений. Члены консорциума SBGrid финансируют текущую деятельность SBGrid посредством ежегодных членских взносов. Получившаяся организация представляет собой поддерживаемый и управляемый пользователями ресурс сообщества. ^{[ необходима ссылка ]}

Основная услуга SBGrid — сбор, развертывание и обслуживание всеобъемлющего набора программного обеспечения и вычислительных инструментов, полезных в исследованиях структурной биологии. По состоянию на 2015 год SBGrid курирует коллекцию из 300 приложений структурной биологии для установки на компьютеры в лабораториях SBGrid по всему миру.

SBGrid также разрабатывает специализированную исследовательскую вычислительную инфраструктуру для структурных биологов в районе Бостона .

Фон

SBGrid был впервые создан Петром Слизом в качестве внутренних усилий для поддержки и обслуживания нескольких десятков рентгеновских кристаллографов в лаборатории Стивена К. Харрисона и покойного Дона Крейга Уайли , затем в Гарвардском университете и Бостонской детской больнице . После добавления поддержки дополнительных лабораторий SBGrid начал взимать плату с пользователей для покрытия эксплуатационных расходов в 2002 году. Он также расширил поддержку программного обеспечения, включив электронную микроскопию (ЭМ), ядерный магнитный резонанс (ЯМР) и другие методы структурной биологии. В ответ на запросы пользователей о поддержке компьютеров Macintosh SBGrid перекомпилировал большинство своих приложений для работы на платформе Mac OS X в 2004 году. К 2006 году консорциум SBGrid включал 37 лабораторий в 14 различных учреждениях.

Ориентированное на пользователя сообщество SBGrid начало укрепляться в 2008 году с первой встречи пользователей: Quo Vadis Structural Biology («Куда движется структурная биология?»). Встреча привлекла около 300 участников и включила симпозиум по структурной биологии и три семинара: научное программирование с Python ; молекулярная визуализация с Maya; и программирование macOS. SBGrid провела последующие встречи в Бостоне (2009, 2013, 2014). В 2011 году SBGrid провела собрание Open Science Grid All-Hands Meeting в Гарвардской медицинской школе после создания виртуальной организации (SBGrid VO) в Open Science Grid (OSG) и развертывания портала вычислений grid в 2010 году. SBGrid стал одним из крупнейших пользователей OSG (за исключением пользователей физики высоких энергий) и использует ~5 000 000 часов ЦП в год.

В 2012 году SBGrid запустила программу вебинаров, включающую в себя руководства по программному обеспечению от разных разработчиков каждый месяц. Записи доступны для общественности на канале SBGridTV YouTube. Члены команды SBGrid также опубликовали руководство по лицензированию программного обеспечения ^[2], редакционную статью, которая выступает за лучшее раскрытие исходного кода ^[3] и рекомендации по оптимизации рецензирования исходного кода программного обеспечения. ^[4]

К 2014 году в состав SBGrid входило 245 лабораторий по всему миру.

Членство

В процессе регистрации сотрудник SBGrid будет консультировать новые лаборатории относительно требований к оборудованию и вычислениям для развертывания поддержки SBGrid на месте. После того, как оборудование новой лаборатории-участника установлено, большинство новых участников полностью готовы к работе с SBGrid в течение двух недель после присоединения. ^{[ необходима цитата ]}

Программные услуги SBGrid для участников

Команда SBGrid устанавливает и поддерживает свою коллекцию приложений структурной биологии на компьютерах Linux и OS X в лабораториях-участниках, включая ноутбуки. Также поддерживаются несколько коммерческих приложений, включая Geneious для клонирования и биоинформатики, сборки Invention для PyMOL и для североамериканских лабораторий Schrödinger Small-Molecule Drug Discovery Suite. Участники получают доступ к полной среде выполнения, которая включает набор приложений структурной биологии, предварительно настроенных для работы без дополнительных настроек.

SBGrid отслеживает все сайты программного обеспечения на предмет обновлений и ежемесячно устанавливает основные обновления программного обеспечения. Команда SBGrid также перекомпилирует существующее программное обеспечение для новых версий поддерживаемых операционных систем и отвечает на сообщения об ошибках пользователей и запросы на новое программное обеспечение.

Обучение для членов SBGrid

SBGrid проводит ежемесячные вебинары в прямом эфире, на которых представлены обучающие материалы от разработчиков, а также участники могут задать вопросы разработчикам напрямую.

Ресурсы для членов SBGrid

Техническая группа SBGrid предлагает руководство для новых членов по настройке адекватной вычислительной инфраструктуры. Члены также получают выгоду от доступа к ряду других специализированных вычислительных ресурсов.

Ресурсы SBGrid для разработчиков программного обеспечения

SBGrid предоставляет разработчикам приложений, поддерживаемых SBGrid, доступ к вычислительной сети SBGrid для сборки и тестирования в Гарвардской медицинской школе для создания и тестирования программного обеспечения на различных операционных системах.

Ссылки

^ Морин, А. (2013). «На переднем крае: совместная работа позволяет извлечь максимальную пользу из программного обеспечения» (PDF) . eLife . 2 : e01456. doi : 10.7554/eLife.01456 . PMC 3771563 . PMID 24040512.
^ Морин, Эндрю; Урбан, Дженнифер; Слиз, Петр (2012). «Краткое руководство по лицензированию программного обеспечения для ученого-программиста». PLOS Computational Biology . 8 (7): e1002598. Bibcode : 2012PLSCB...8E2598M. doi : 10.1371/journal.pcbi.1002598 . PMC 3406002. PMID 22844236 .
^ Морин, А.; Урбан, Дж.; Адамс, П.Д.; Фостер, И.; Сали, А.; Бейкер, Д.; Слиз, П. (2012). «Проливаем свет на черные ящики». Science . 336 (6078): 159– 60. Bibcode :2012Sci...336..159M. doi :10.1126/science.1218263. PMC 4203337 . PMID 22499926.
^ Sliz, P.; Morin, A. (2013). «Оптимизация рецензирования программного кода». Science . 341 (6143): 236– 237. doi :10.1126/science.341.6143.236-b. PMID 23869002.

[1] Морин, А. (2013). «На переднем крае: совместная работа позволяет извлечь максимальную пользу из программного обеспечения» (PDF) . eLife . 2 : e01456. doi : 10.7554/eLife.01456 . PMC 3771563 . PMID 24040512.

[plos2012-2] Морин, Эндрю; Урбан, Дженнифер; Слиз, Петр (2012). «Краткое руководство по лицензированию программного обеспечения для ученого-программиста». PLOS Computational Biology . 8 (7): e1002598. Bibcode : 2012PLSCB...8E2598M. doi : 10.1371/journal.pcbi.1002598 . PMC 3406002. PMID 22844236 .

[science2012-3] Морин, А.; Урбан, Дж.; Адамс, П.Д.; Фостер, И.; Сали, А.; Бейкер, Д.; Слиз, П. (2012). «Проливаем свет на черные ящики». Science . 336 (6078): 159– 60. Bibcode :2012Sci...336..159M. doi :10.1126/science.1218263. PMC 4203337 . PMID 22499926.

[science2013-4] Sliz, P.; Morin, A. (2013). «Оптимизация рецензирования программного кода». Science . 341 (6143): 236– 237. doi :10.1126/science.341.6143.236-b. PMID 23869002.