Системная биология Графическое обозначение
Стандартное графическое представление
Логотип графической нотации системной биологии

Системная биологическая графическая нотация (SBGN) — это стандартное графическое представление, призванное способствовать эффективному хранению, обмену и повторному использованию информации о сигнальных путях, метаболических сетях и сетях регуляции генов среди сообществ биохимиков, биологов и теоретиков. Система создавалась в течение нескольких лет сообществом биохимиков , модельеров и компьютерных ученых . [1]

SBGN состоит из трех ортогональных языков для представления различных представлений о биологических системах: описания процессов , отношения сущностей и потоки активности . Каждый язык определяет полный набор символов с точной семантикой, а также подробные синтаксические правила, касающиеся построения и интерпретации карт. Используя эти три нотации, ученый-биолог может представлять недвусмысленным образом сети взаимодействий (например, биохимические взаимодействия). Эти нотации используют идею и символы, аналогичные тем, которые используются инженерами-электриками и другими инженерами и известны как блок-схема . Простота синтаксиса и семантики SBGN делает карты SBGN подходящими для использования на уровне средней школы. [ необходима цитата ]

Некоторая программная поддержка SBGN уже доступна, в основном для языка описания процессов. [2] Визуализации SBGN можно обменивать с помощью формата файлов на основе XML SBGN-ML. [3]

Язык описания процесса SBGN

пример карты описания процесса SBGN

Язык описания процессов SBGN (PD) показывает временные течения биохимических взаимодействий в сети. Его можно использовать для отображения всех молекулярных взаимодействий, происходящих в сети биохимических сущностей, причем одна и та же сущность может появляться несколько раз на одной и той же диаграмме. [4]

Язык отношений сущностей SBGN

пример карты отношений сущностей SBGN

Язык SBGN Entity Relationship (ER) позволяет увидеть все отношения, в которых участвует данная сущность, независимо от временных аспектов. Отношения можно рассматривать как правила, описывающие влияние узлов сущностей на другие отношения. [5]

Язык потока действий SBGN

пример карты потока активности SBGN

Язык потока активности SBGN (AF) описывает поток информации между биохимическими сущностями в сети. Он опускает информацию о переходах состояний сущностей и особенно удобен для представления эффектов возмущений, будь то генетических или экологических по своей природе. [6]

История

Работа по определению набора символов для описания взаимодействий и отношений молекул была начата Куртом Коном в Национальном институте рака с его Картами молекулярных взаимодействий (MIM). [7] Разработка SBGN была инициирована Хироаки Китано при поддержке финансирования от Японской организации по развитию новых энергетических и промышленных технологий . Встреча, которая инициировала разработку Графической нотации системной биологии, состоялась 11–12 февраля 2006 года в Национальном институте передовой промышленной науки и технологий (AIST) в Токио, Япония.

Первая спецификация языка описания процессов SBGN, тогда называвшаяся «Диаграммы процессов», была выпущена 23 августа 2008 г. (версия 1 уровня 1). [8] Исправления документа были выпущены 1 сентября 2009 г. (версия 1 уровня 1.1), [9] 3 октября 2010 г. (версия 1 уровня 1.2) [10] и 14 февраля 2011 г. (версия 1 уровня 1.3). [4]

Первая спецификация языка отношений сущностей SBGN была выпущена 1 сентября 2009 г. (версия 1 уровня 1). [11] Исправления документа были выпущены 6 октября 2010 г. (версия 1 уровня 1.1) [12] и 14 апреля 2011 г. (версия 1 уровня 1.2). [5]

Первая спецификация языка Activity Flow SBGN была выпущена 1 сентября 2009 года. [6]

Редакторы

Редакторы SBGN работают над разработкой согласованных спецификаций документов. Ниже приведен список бывших редакторов SBGN и даты их работы: [13]

  • Угур Догрусоз (январь 2022 г. - декабрь 2024 г.)
  • Адриен Рунь (янв. 2022 г. - дек. 2024 г.)
  • Александр Мазеин (янв. 2021 г. - дек. 2023 г.)
  • Ирина Балаур (январь 2021 г. - декабрь 2023 г.)
  • Эмек Демир (январь 2020 г. - декабрь 2022 г.)
  • Андреас Дрэгер (январь 2018 г. – декабрь 2021 г.)
  • Фальк Шрайбер (сен 2008 - дек 2010, янв 2012 - дек 2014)
  • Анатолий Сорокин (сен 2008 - дек 2009, янв 2012 - дек 2014)
  • Стюарт Муди (сен 2008 г. - дек 2011 г., сен 2012 г. - дек 2015 г.)
  • Николя Ле Новер (сентябрь 2008 г. - декабрь 2012 г., декабрь 2015 г. - декабрь 2016 г.)
  • Эмек Демир (январь 2010 г. - декабрь 2012 г.)
  • Алиса Виллегер (январь 2011 г. - декабрь 2013 г.)
  • Хуайюй Ми (январь 2009 г. – декабрь 2011 г., декабрь 2013 г. – декабрь 2016 г.)
  • Тобиас Чаудерна (янв. 2012 г. - дек. 2015 г., дек. 2016 г. - дек. 2017 г.)
  • Робин Хоу (декабрь 2014 г. - декабрь 2017 г.)
  • Августин Луна (декабрь 2014 г. - декабрь 2017 г.)
  • Александр Мазеин (дек. 2015 г. - дек. 2018 г.)
  • Угур Догрусоз (декабрь 2016 г. - декабрь 2019 г.)
  • Васундра Туре (январь 2018 г. - февраль 2021 г.)
  • Адриен Руни (янв. 2018 г. - февр. 2021 г.)
  • http://sbgn.org/

Ссылки

  1. ^ Le Novère N, Hucka M, Mi H, Moodie S, Schreiber F, Sorokin A и др. (2009). «Графическая нотация системной биологии». Nat Biotechnol . 27 (8): 735–41 . doi : 10.1038/nbt.1558 . PMID  19668183.
  2. ^ "Community#SBGN_Software". sbgn.org. Архивировано из оригинала 2012-05-07 . Получено 2009-11-30 .
  3. ^ "Графическая нотация системной биологии". Графическая нотация системной биологии . Получено 2020-08-11 .
  4. ^ ab Moodie SL, Le Novère N, Demir E, Mi H и Villéger A. Графическая нотация системной биологии: язык описания процессов, уровень 1. Nature Precedings (2011) doi :10.1038/npre.2011.3721.4
  5. ^ ab Le Novère N, Demir E, Mi H, Moodie S & Villéger A. Графическая нотация системной биологии: язык отношений сущностей, уровень 1. Nature Precedings (2010) doi :10.1038/npre.2011.5902.1
  6. ^ ab Mi H, Schreiber F, Le Novère N, Moodie S, Sorokin A. Графическая нотация системной биологии: язык потока деятельности, уровень 1. Nature Precedings (2009) doi :10.1038/npre.2009.3724.1
  7. ^ Kohn KW, Aladjem MI, Weinstein JN, Pommier Y. Карты молекулярных взаимодействий биорегуляторных сетей: общая рубрика для системной биологии. Mol Biol Cell (2006) doi :10.1091/mbc.E05-09-0824
  8. ^ Le Novère N, Moodie S, Sorokin A, Hucka M, Schreiber F, Demir E, Mi H, Matsuoka Y, Wegner K, Kitano H. Графическая нотация системной биологии: диаграмма процесса уровня 1. Nature Precedings (2008) doi:10101/npre.2008.2320.1
  9. ^ Moodie S, Le Novère N, Sorokin A, Mi H, Schreiber F. Графическая нотация системной биологии: язык описания процессов, уровень 1. Nature Precedings (2009) doi :10.1038/npre.2009.3721.1
  10. ^ Moodie SL, Le Novère N, Demir E, Mi H, Schreiber F. Графическая нотация системной биологии: язык описания процессов, уровень 1. Nature Precedings (2010) doi:10101/npre.2010.3721.2
  11. ^ Le Novère N, Moodie S, Sorokin A, Schreiber F, Mi H. Графическая нотация системной биологии: язык отношений сущностей, уровень 1. Nature Precedings (2009) doi :10.1038/npre.2009.3719.1
  12. ^ Le Novère N, Moodie S, Demir E, Schreiber F, Mi H. Графическая нотация системной биологии: язык отношений сущностей, уровень 1. Nature Precedings (2010) doi :10.1038/npre.2010.3719.2
  13. ^ "О SBGN". ​​sbgn.org . 20 июля 2021 г.
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Графическая_нотация_системной_биологии&oldid=1202106256"