Домен S1

Доступные структуры белков:
Пфам	структуры / ECOD
ПДБ	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	резюме структуры
ПДБ	1сн8

Домен S1
Домен S1
	Кристаллическая структура домена S1 РНКазы E из E. coli (производное Pb).
Идентификаторы
Символ	С1
Пфам	ПФ00575
Клан ПФАМ	CL0021
ИнтерПро	IPR003029
УМНЫЙ	С1
ПРОСИТ	PDOC00053
МЕРОПС	С15
СКОП2	1sro / SCOPe / SUPFAM
CDD	cd00164
Пфам
Доступные структуры белков:
Пфам	структуры / ECOD
ПДБ	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	резюме структуры
ПДБ	1сн8

Домен белка

Домен S1 — это домен белка , который изначально был идентифицирован в рибосомальном белке S1, но обнаружен во многих РНК-ассоциированных белках. Структура РНК-связывающего домена S1 из полинуклеотидфосфорилазы Escherichia coli была определена с помощью методов ЯМР и состоит из пятицепочечной антипараллельной бета-бочонка. Консервативные остатки на одной стороне бочонка и смежные петли образуют предполагаемый сайт связывания РНК. ^[2]

Структура домена S1 очень похожа на структуру белков холодового шока. Это говорит о том, что они оба могут быть получены из древнего белка, связывающего нуклеиновую кислоту. ^[2]

Функция

Домен S1 играет важную роль в трансляции белка, поскольку он взаимодействует с рибосомой и матричной РНК . S1 связывается с РНК специфическим для определенной последовательности образом.

Структура

Этот домен белка содержит шесть мотивов и 70 аминокислот и сворачивается в пятицепочечный антипараллельный бета-бочонок . Структура домена S1 очень похожа на структуру белков холодового шока . Это говорит о том, что они оба могут быть получены из древнего белка, связывающего нуклеиновую кислоту. Сохранившиеся остатки на одной стороне бочонка и смежные петли образуют предполагаемый сайт связывания РНК. ^[2]

Ссылки

^ Schubert M, Edge RE, Lario P и др. (июль 2004 г.). «Структурная характеристика домена S1 РНКазы E и идентификация его интерфейсов связывания олигонуклеотидов и димеризации». J. Mol. Biol . 341 (1): 37–54 . CiteSeerX 10.1.1.513.8431 . doi :10.1016/j.jmb.2004.05.061. PMID 15312761.
^ abc Bycroft M, Hubbard TJ, Proctor M, Freund SM, Murzin AG (январь 1997). «Структура решения домена связывания РНК S1: член древней складки связывания нуклеиновой кислоты». Cell . 88 (2): 235– 42. doi : 10.1016/S0092-8674(00)81844-9 . PMID 9008164. S2CID 9623142.

В статье использован текст из общедоступных источников Pfam и InterPro : IPR003029

[pmid15312761-1] Schubert M, Edge RE, Lario P и др. (июль 2004 г.). «Структурная характеристика домена S1 РНКазы E и идентификация его интерфейсов связывания олигонуклеотидов и димеризации». J. Mol. Biol . 341 (1): 37–54 . CiteSeerX 10.1.1.513.8431 . doi :10.1016/j.jmb.2004.05.061. PMID 15312761.

[pmid9008164-2] Bycroft M, Hubbard TJ, Proctor M, Freund SM, Murzin AG (январь 1997). «Структура решения домена связывания РНК S1: член древней складки связывания нуклеиновой кислоты». Cell . 88 (2): 235– 42. doi : 10.1016/S0092-8674(00)81844-9 . PMID 9008164. S2CID 9623142.