Роберт Дж. Шмитц
Роберт Дж. Шмитц | |
|---|---|
| Рожденный | 1980 |
| Гражданство | Соединенные Штаты |
| Образование | Институт Солка |
| Альма-матер | Университет Аризоны , Университет Висконсина, Мэдисон |
| Известный | Характеристика эпиаллелей по всему геному |
| Научная карьера | |
| Поля | Геномика , Эпигенетика , Биология растений |
| Учреждения | Университет Джорджии |
| Тезис | Яровизация: модель для исследования эпигенетики и регуляции эукариотических генов в Arabidopsis thaliana (2007) |
| научный руководитель | Ричард Амасино |
| Другие научные консультанты | Джозеф Р. Экер |
| Веб-сайт | schmitzlab.genetics.uga.edu |
Роберт Дж. Шмитц — американский биолог растений и эпигеномист в Университете Джорджии , где он изучает генерацию и фенотипические последствия растительных эпиаллелей, а также разрабатывает новые методы для идентификации и изучения цис-регуляторных последовательностей. Он является доцентом кафедры генетики и профессором наук о панталогиях Фонда UGA. [1]
Образование и карьера
Шмитц учился в Университете Аризоны для получения степени бакалавра и в Университете Висконсина для получения степени доктора философии. [2] Будучи аспирантом, он работал в лаборатории Ричарда Амасино, изучая роль эпигенетических модификаций в яровизации Arabidopsis thaliana . Он окончил Висконсинский университет в 2007 году. [1] С 2007 по 2013 год он был научным сотрудником Джо Экера в Институте Солка . В 2013 году он был принят на работу в качестве доцента на кафедру генетики в Университете Джорджии в Афинах, где он продолжает работать в качестве доцента и директора Georgia Genomics & Bioinformatics Core. [1]
Исследовать
Будучи постдоком, Шмитц разработал технологии для определения статуса метилирования отдельных цитозинов в геномах растений с использованием технологий секвенирования и использовал их для количественной оценки того, как паттерн метилирования варьировался у разных особей одного и того же вида. [3] [4] Он использовал ту же технологию для картирования сегрегирующих дифференциально метилированных регионов в рекомбинантных инбредных популяциях сои, обнаружив, что лежащий в основе генетический гаплотип не всегда предсказывает, какое состояние метилирования родителя будет наблюдаться в данном генотипе. [5] Он продемонстрировал, что потеря хромометилазы 3, растительной метилтрансферазы, отменяет метилирование тела гена, и что эта потеря неоднократно происходила у диких видов растений. [6]
Его исследовательская группа работает над использованием эпигенетической вариации для изменения фенотипа растений. Они работают с естественными эпимутациями, но также разработали наборы эпи-RIL, которые имеют идентичную ДНК, но разное метилирование ДНК. [1] [7] Используя фермент человека, они могут удалить метилирование из специально выбранных генов в растениях, пробуждая гены, которые долгое время находились в состоянии покоя в геноме. [8] [9]
Он также работает над применением эпигеномного профилирования для обнаружения некодирующих регуляторных последовательностей в различных видах растений. [1] Его лаборатория идентифицировала цис-регуляторные элементы в кукурузе, которые контролируют экспрессию генов, расположенных на большом расстоянии в геноме. [10] Они объединяют ATAC-seq с сортировкой ядер, активированных флуоресценцией, для определения местоположений открытых областей хроматина и участков связывания факторов транскрипции в геномах растений. [11]
Признание
- Pew Biomedical Scholar (2015) [3]
- Стипендиат Ганса Фишера, Мюнхенский технический университет (2018) [12]
Ссылки
- ^ abcde "Боб Шмитц | Отдел генетики".
- ^ "Боб Шмитц". 8 апреля 2018 г.
- ^ ab "Роберт Дж. Шмитц, доктор философии."
- ^ Шмитц, Роберт Дж.; Шульц, Мэтью Д.; Урих, Марк А.; Нери, Джозеф Р.; Пелиццола, Маттиа; Либигер, Ондрей; Аликс, Эндрю; МакКош, Ричард Б.; Чен, Хуамин; Шорк, Николас Дж.; Экер, Джозеф Р. (2013). «Модели эпигеномного разнообразия популяций». Nature . 495 (7440): 193– 198. Bibcode :2013Natur.495..193S. doi :10.1038/nature11968. PMC 3798000 . PMID 23467092.
- ^ Schmitz, RJ; He, Y.; Valdes-Lopez, O.; Khan, SM; Joshi, T.; Urich, MA; Nery, JR; Diers, B.; Xu, D.; Stacey, G.; Ecker, JR (2013). «Эпигеномное наследование вариантов метилирования цитозина в рекомбинантной инбредной популяции». Genome Research . 23 (10): 1663– 1674. doi :10.1101/gr.152538.112. PMC 3787263 . PMID 23739894.
- ^ Бьюик, Адам Дж.; Цзи, Лесян; Нидерхут, Чад Э.; Воля, Ева-Мария; Хофмайстер, Бриджит Т.; Ши, Сюлин; Ван, Ли; Лу, Зефу; Рор, Николас А.; Хартвиг, Бенджамин; Кифер, Кристиана; Дил, Роджер Б.; Шмутц, Джереми; Гримвуд, Джейн; Страуд, Хьюм; Якобсен, Стивен Э.; Шнебергер, Корбиниан; Чжан, Сяоюй; Шмитц, Роберт Дж. (2016). «О происхождении и эволюционных последствиях метилирования ДНК тела гена». Труды Национальной академии наук . 113 (32): 9111–9116 . Бибкод : 2016PNAS..113.9111B. doi : 10.1073/pnas.1604666113 . PMC 4987809. PMID 27457936 .
- ^ Хофмейстер, Бригитта Т.; Ли, Кевин; Рор, Николас А.; Холл, Дэвид В.; Шмитц, Роберт Дж. (2017). «Стабильное наследование метилирования ДНК позволяет создавать карты эпигенотипов и изучать закономерности наследования эпиаллелей при отсутствии генетической изменчивости». Genome Biology . 18 (1): 155. doi : 10.1186/s13059-017-1288-x . PMC 5559844 . PMID 28814343.
- ^ "Исследователи UGA разрабатывают метод улучшения урожая". 6 марта 2018 г.
- ^ Цзи, Лесян; Джордан, Уильям Т.; Ши, Сюлин; Ху, Лулу; Он, Чуан; Шмитц, Роберт Дж. (2018). «ТЕТ-опосредованный эпимутагенез метилома Arabidopsis thaliana». Природные коммуникации . 9 (1): 895. Бибкод : 2018NatCo...9..895J. дои : 10.1038/s41467-018-03289-7. ПМЦ 5832761 . ПМИД 29497035.
- ^ Риччи, Уильям А.; Лу, Зефу; Цзи, Лесян; Маранд, Александр П.; Этридж, Кристина Л.; Мерфи, Натали Г.; Ношай, Жаклин М.; Галли, Мэри; Мехия-Гуэрра, Мария Кэтрин; Коломе-Татше, Мария; Йоханнес, Франк; Роули, М. Джордан; Корсес, Виктор Г.; Чжай, Цзисянь; Скэнлон, Майкл Дж.; Баклер, Эдвард С.; Галлавотти, Андреа; Спрингер, Натан М.; Шмитц, Роберт Дж.; Чжан, Сяоюй (2019). «Распространенные цис-регуляторные элементы дальнего действия в геноме кукурузы». Природные растения . 5 (12): 1237– 1249. doi : 10.1038/s41477-019-0547-0. PMC 6904520. PMID 31740773 .
- ^ Лу, Зефу; Хофмейстер, Бригитта Т.; Фоллмерс, Кристофер; Дюбуа, Ребекка М.; Шмитц, Роберт Дж. (2017). «Объединение ATAC-seq с сортировкой ядер для обнаружения цис-регуляторных областей в геномах растений». Nucleic Acids Research . 45 (6): e41. doi :10.1093/nar/gkw1179. PMC 5389718. PMID 27903897 .
- ^ "Шмитц, Роберт Дж. - Институт перспективных исследований (IAS)".
Внешние ссылки
- Публикации Роберта Дж. Шмитца, проиндексированные Google Scholar
