Направляющая РНК
Подтип РНК, участвующий в редактировании нуклеиновых кислот

Направляющая РНК (гРНК) или одинарная направляющая РНК (сгРНК) — это короткая последовательность РНК , которая функционирует как направляющая для Cas9 -эндонуклеазы или других Cas-белков [1] , которые разрезают двухцепочечную ДНК и, таким образом, могут использоваться для редактирования генов. [2] У бактерий и архей гРНК являются частью системы CRISPR -Cas, которая служит адаптивной иммунной защитой, защищающей организм от вирусов. Здесь короткие гРНК служат детекторами чужеродной ДНК и направляют Cas-ферменты, которые разрушают чужеродную нуклеиновую кислоту. [1] [3]

История

Руководство по редактированию РНК РНК было открыто в 1990 году Б. Блюмом, Н. Бакаларой и Л. Симпсоном с помощью гибридизации Northern Blot в митохондриальной максикольцевой ДНК эукариотического паразита Leishmania tarentolae. Последующие исследования в середине 2000-х и в последующие годы изучали структуру и функцию gRNA и системы CRISPR-Cas. Значительный прорыв произошел в 2012 году, когда было обнаружено, что gRNA может направлять эндонуклеазу Cas9 для внесения специфичных для цели разрезов в двухцепочечную ДНК. Это открытие привело к Нобелевской премии 2020 года, присужденной Дженнифер Дудне и Эммануэль Шарпантье за ​​их вклад в разработку технологии редактирования генов CRISPR-Cas9.

Направляющая РНК у простейших

У трипаносоматидных простейших и других кинетопластид есть процесс посттранскрипционной модификации РНК, известный как «редактирование РНК», который выполняет вставку/удаление уридина внутри митохондрий . [4] [5] Эта митохондриальная ДНК является кольцевой и разделена на максикруги и миникруги. Митохондрия содержит около 50 максикругов , которые имеют как кодирующие, так и некодирующие области и состоят приблизительно из 20 килооснований (кб). Кодирующая область высококонсервативна (16-17 кб), а некодирующая область варьируется в зависимости от вида. Миникруги небольшие (около 1 кб), но более многочисленные, чем максикруги, митохондрия содержит несколько тысяч миникругов. [6] [7] [8] Максикруги могут кодировать « криптогены » и некоторые гРНК; миникруги могут кодировать большинство гРНК. Некоторые гены gRNA показывают идентичные сайты вставки и удаления, даже если они имеют разные последовательности, тогда как другие последовательности gRNA не комплементарны предварительно отредактированной мРНК. Молекулы максикругов и миникругов объединены в гигантскую сеть ДНК внутри митохондрии. [9] [8] [10]

Большинство транскриптов maxicircle не могут быть транслированы в белки из-за сдвигов рамки в их последовательностях. Эти сдвиги рамки корректируются посттранскрипционно посредством вставки и удаления остатков уридина в точных местах, которые затем создают открытую рамку считывания . Эта открытая рамка считывания впоследствии транслируется в белок, который гомологичен митохондриальным белкам, обнаруженным в других клетках. [11] Процесс вставки и удаления уридина опосредуется короткими направляющими РНК (gRNA), которые кодируют информацию о редактировании через комплементарные последовательности и допускают спаривание оснований между гуанином и урацилом (GU), а также между гуанином и цитозином (GC), облегчая процесс редактирования. [12]

Функция комплекса гРНК-мРНК

Направляющие РНК в основном транскрибируются из межгенной области максикруга ДНК и имеют последовательности, комплементарные мРНК. 3'-конец гРНК содержит олиго-хвост 'U' (длиной 5-24 нуклеотида), который находится в некодируемой области, но взаимодействует и образует стабильный комплекс с богатыми A и G областями предварительно отредактированной мРНК и гРНК, которые термодинамически стабилизированы 5'- и 3'-якорями. [13] Этот начальный гибрид помогает распознавать определенный участок мРНК, который нужно отредактировать. [14]

Редактирование РНК обычно происходит от 3'-конца к 5'-концу мРНК. Начальный процесс редактирования начинается, когда гРНК образует дуплекс РНК с комплементарной последовательностью мРНК, расположенной сразу за сайтом редактирования. Это спаривание привлекает ряд рибонуклеопротеиновых комплексов, которые направляют расщепление первого несовпадающего основания, прилегающего к якорю гРНК-мРНК. После этого уридилтрансфераза вставляет 'U' на 3'-конце, а затем РНК-лигаза соединяет два разрезанных конца. Процесс повторяется на следующем сайте редактирования выше по течению аналогичным образом. Одна гРНК обычно кодирует информацию для нескольких сайтов редактирования (редактирование «блока»), редактирование которого производит полный дуплекс гРНК/мРНК. Этот процесс последовательного редактирования известен как каскадная модель ферментов. [14] [12] [15]

В случае «пан-редактированных» мРНК [16] дуплекс раскручивается, и другая гРНК образует дуплекс с отредактированной последовательностью мРНК, инициируя еще один раунд редактирования. Эти перекрывающиеся гРНК образуют «домен» редактирования. Некоторые гены содержат несколько доменов редактирования. [17] Степень редактирования для любого конкретного гена различается среди видов трипаносоматид. Изменение заключается в потере редактирования на стороне 3', вероятно, из-за потери классов миникольцевых последовательностей, которые кодируют определенные гРНК. Была предложена ретропозиционная [18] модель для объяснения частичной, а в некоторых случаях и полной потери редактирования в ходе эволюции. Хотя потеря редактирования обычно летальна, такие потери наблюдались в старых лабораторных штаммах. Поддержание редактирования на протяжении долгой эволюционной истории этих древних протистов предполагает наличие селективного преимущества, точная природа которого до сих пор не определена. [16]

Неясно, почему трипаносоматиды используют такой сложный механизм для производства мРНК. Он мог возникнуть в ранних митохондриях предка кинтопластидной протистической линии, поскольку он присутствует у бодонид, которые являются предками трипаносоматид, [19] и может не присутствовать у эвгленоидей , которые произошли от того же общего предка, что и кинетопластиды.

Направляющие последовательности РНК

У простейшего Leishmania tarentolae 12 из 18 митохондриальных генов редактируются с помощью этого процесса. Одним из таких генов является Cyb. Фактически мРНК редактируется дважды подряд. Для первого редактирования соответствующая последовательность мРНК выглядит следующим образом:

мРНК 5' AAAGAAAAGGCUUUAACUUCAGGUUGU 3'

3'-конец используется для закрепления gRNA (gCyb-I gRNA в данном случае) путем спаривания оснований (используются некоторые пары G/U). 5'-конец не совпадает в точности, и одна из трех специфических эндонуклеаз расщепляет мРНК в месте несовпадения.

гРНК 3' ААУАААААААУУУУАААААААААААААААУГААГУУКАГУА 5'мРНК 5' AA AGAAA AGGC UUUAACUUCAGGUUGU 3'

Теперь мРНК «ремонтируется» путем последовательного добавления U в каждом месте редактирования, что дает следующую последовательность:

гРНК 3' ААУАААААААУУУУАААААААААААААААУГААГУУКАГУА 5'мРНК 5' УУАУААУУАГАААААУУУАУГУУГУКУУУУААКУУКАГГУУГУ 3'

Этот конкретный ген имеет два перекрывающихся участка редактирования gRNA. 5'-конец этого участка является 3'-якорем для другой gRNA (gCyb-II gRNA). [9]

Направляющая РНК в прокариотах

CRISPR в прокариотах

Прокариоты, такие как бактерии и археи, используют CRISPR (кластеризованные регулярно интерспейсированные короткие палиндромные повторы) и связанные с ним ферменты Cas в качестве своей адаптивной иммунной системы. Когда прокариоты инфицированы фагами и им удается отразить атаку, специфические ферменты Cas разрезают ДНК фага (или РНК) и интегрируют фрагменты в промежутки последовательности CRISPR. Эти сохраненные сегменты затем распознаются во время будущих вирусных атак, что позволяет ферментам Cas использовать РНК-копии этих сегментов вместе с их связанными последовательностями CRISPR в качестве gRNA для идентификации и нейтрализации чужеродных последовательностей. [20] [21] [22]

Схематическая структура тройного комплекса Cas9-sgRNA-ДНК

Структура

Направляющая РНК нацеливается на комплементарные последовательности с помощью простого спаривания оснований Уотсона-Крика. [23] В системе CRISPR/cas типа II sgRNA направляет фермент Cas на целевые области генома для целевого расщепления ДНК. sgRNA представляет собой искусственно созданную комбинацию двух молекул РНК: CRISPR РНК ( crRNA ) и трансактивирующей crRNA ( tracrRNA ). Компонент crRNA отвечает за связывание с целевой областью ДНК, в то время как компонент tracrRNA отвечает за активацию эндонуклеазной активности Cas9. Эти два компонента связаны короткой тетрапетлевой структурой, что приводит к образованию sgRNA. TracrRNA состоит из пар оснований, которые образуют структуру стебель-петля, что позволяет ей прикрепляться к ферменту эндонуклеазы . Транскрипция локуса CRISPR генерирует crRNA, которая содержит спейсерные области, фланкированные последовательностями повторов, обычно длиной 18-20 пар оснований (п.н.). Эта crRNA направляет эндонуклеазу Cas9 к комплементарному целевому региону на ДНК, где она расщепляет ДНК, образуя то, что известно как эффекторный комплекс. Модификации в последовательности crRNA в sgRNA могут изменить место связывания, позволяя точно нацеливаться на различные регионы ДНК, фактически делая ее программируемой системой для редактирования генома. [24] [25] [26]

Приложения

Проектирование гРНК

Специфичность нацеливания CRISPR-Cas9 определяется 20-нуклеотидной (нт) последовательностью на 5'-конце gRNA. Желаемая целевая последовательность должна предшествовать Protospacer Adjacent Motif (PAM), который представляет собой короткую последовательность ДНК, обычно длиной 2-6 пар оснований, которая следует за областью ДНК, предназначенной для расщепления системой CRISPR, такой как CRISPR-Cas9. PAM требуется для разрезания нуклеазой Cas и обычно располагается на 3-4 нуклеотида ниже по течению от места разрезания. Как только основание gRNA спаривается с целью, Cas9 вызывает двухцепочечный разрыв примерно на 3 нуклеотида выше PAM. [27] [28]

Оптимальное содержание GC в направляющей последовательности должно быть более 50%. Более высокое содержание GC повышает стабильность дуплекса РНК-ДНК и снижает нецелевую гибридизацию. Длина направляющих последовательностей обычно составляет 20 п.н., но может также варьироваться от 17 до 24 п.н. Более длинная последовательность минимизирует нецелевые эффекты. Направляющие последовательности короче 17 п.н. подвержены риску нацеливания на несколько локусов . [29] [30] [24]

CRISPR-Cas9

Комплекс cas9, иллюстрирующий гРНК, PAM и двухцепочечный разрыв, индуцированный в целевой ДНК.

CRISPR (короткие палиндромные повторы, регулярно расположенные кластерами)/Cas9 — это метод, используемый для редактирования генов и генной терапии. Cas — это фермент эндонуклеаза, который разрезает ДНК в определенном месте, указанном направляющей РНК. Это метод, специфичный для мишени, который может вводить нокауты или нокины генов в зависимости от пути репарации двухцепочечной ДНК. Данные показывают, что как in vitro, так и in vivo, для связывания Cas9 с целевой последовательностью ДНК требуется tracrRNA. Система CRISPR-Cas9 состоит из трех основных этапов. Первый этап включает расширение оснований в области локуса CRISPR путем добавления чужеродных спейсеров ДНК в последовательность генома. Такие белки, как cas1 и cas2, помогают в поиске новых спейсеров. Следующий этап включает транскрипцию CRISPR: pre-crRNA (предшественник CRISPR РНК) экспрессируется путем транскрипции массива повторов-спейсеров CRISPR. При дальнейшей модификации pre-crRNA преобразуется в области с одним спейсером, фланкированные, образуя короткую crRNA. Процесс созревания РНК похож в типах I и III, но отличается в типе II. Третий этап включает связывание белка cas9 и направление его на расщепление сегмента ДНК. Белок Cas9 связывается с объединенной формой crRNA и tracrRNA, образуя эффекторный комплекс. Это служит направляющей РНК для белка cas9, направляя его эндонуклеазную активность. [31] [2] [3]

РНК-мутагенез

Одним из важных методов регуляции генов является мутагенез РНК, который может быть введен посредством редактирования РНК с помощью gRNA. [32] Направляющая РНК заменяет аденозин на инозин в определенных целевых участках, изменяя генетический код. [33] Аденозиндезаминаза действует на РНК, внося посттранскрипционную модификацию путем изменения кодонов и различных функций белков. Направляющие РНК представляют собой небольшие ядрышковые РНК, которые вместе с рибопротеинами выполняют внутриклеточные изменения РНК, такие как рибометилирование в рРНК и введение псевдоуридина в прерибосомальную РНК. [34] Направляющие РНК связываются с антисмысловой последовательностью РНК и регулируют модификацию РНК. Было замечено, что малые интерферирующие РНК (siRNA) и микроРНК (miRNA) обычно используются в качестве целевых последовательностей РНК, и модификации сравнительно легко вводить из-за их небольшого размера. [35]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ ab Мали, Прашант; Янг, Лухан; Эсвельт, Кевин М.; Аах, Джон; Гуэлл, Марк; ДиКарло, Джеймс Э.; Норвилл, Джули Э.; Чёрч, Джордж М. (2013-02-15). "РНК-управляемая инженерия генома человека с помощью Cas9". Science . 339 (6121): 823– 826. Bibcode :2013Sci...339..823M. doi :10.1126/science.1232033. ISSN  1095-9203. PMC  3712628 . PMID  23287722.
  2. ^ ab Doudna, Jennifer A.; Charpentier, Emmanuelle (2014-11-28). "Новый рубеж генной инженерии с CRISPR-Cas9". Science . 346 (6213). doi :10.1126/science.1258096. ISSN  0036-8075. PMID  25430774.
  3. ^ ab Jinek, Martin; Chylinski, Krzysztof; Fonfara, Ines; Hauer, Michael; Doudna, Jennifer A.; Charpentier, Emmanuelle (2012-08-17). "Программируемая двухРНК-направляемая ДНК-эндонуклеаза в адаптивном бактериальном иммунитете". Science . 337 (6096): 816– 821. Bibcode :2012Sci...337..816J. doi :10.1126/science.1225829. ISSN  1095-9203. PMC 6286148 . PMID  22745249. 
  4. ^ Симпсон, Ларри; Сбицего, Сандро; Афазижев, Руслан (2003-03-01). "Редактирование РНК с вставкой/удалением уридина в митохондриях трипаносом: сложное дело". РНК . 9 (3): 265– 276. doi :10.1261/rna.2178403. ISSN  1355-8382. PMC 1370392 . PMID  12591999. 
  5. ^ Ли, Фэн; Ге, Пэн; Хуэй, Вонг Х.; Атанасов, Иво; Роджерс, Кестрел; Го, Цян; Осато, Дарен; Фалик, Арнольд М.; Чжоу, З. Хонг; Симпсон, Ларри (2009-07-28). "Структура комплекса редактирования ядра (L-комплекс), участвующего в редактировании РНК с помощью вставки/делеции уридина в митохондриях трипаносоматид". Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 106 (30): 12306– 12310. Bibcode : 2009PNAS..10612306L. doi : 10.1073/pnas.0901754106 . ISSN  1091-6490. PMC 2708173. PMID  19590014 . 
  6. ^ Эстевес, Антонио М.; Симпсон, Ларри (ноябрь 1999 г.). «Редактирование РНК с вставкой/удалением уридина в митохондриях трипаносом — обзор». Gene . 240 (2): 247– 260. doi :10.1016/S0378-1119(99)00437-0. PMID  10580144.
  7. ^ Оксенрайтер, Торстен; Сиприано, Майкл; Хайдук, Стивен Л. (01.01.2007). «KISS: Инструмент поиска последовательностей редактирования РНК кинетопластидов». РНК . 13 (1): 1– 4. doi :10.1261/rna.232907. ISSN  1355-8382. PMC 1705751. PMID 17123956  . 
  8. ^ ab Купер, Синклер; Уодсворт, Элизабет С.; Оксенрайтер, Торстен; Ивенс, Аласдер; Сэвилл, Николас Дж.; Шнауфер, Ахим (2019-10-30). «Сборка и аннотация генома митохондриального мини-кольца штамма Trypanosoma brucei, компетентного в дифференциации». Nucleic Acids Research . 47 (21): 11304– 11325. doi : 10.1093/nar/gkz928. ISSN  0305-1048. PMC 6868439. PMID 31665448  . 
  9. ^ ab Blum, B.; Bakalara, N.; Simpson, L. (1990-01-26). "Модель редактирования РНК в кинетопластидных митохондриях: молекулы "направляющей" РНК, транскрибированные с максикольцевой ДНК, предоставляют отредактированную информацию". Cell . 60 (2): 189– 198. doi :10.1016/0092-8674(90)90735-w. ISSN  0092-8674. PMID  1688737. S2CID  19656609.
  10. ^ Блом, Даниэль; Хаан, Аннетт Де; Бург, Дженни Ван Ден; Берг, Марлен Ван Ден; Слуф, Пол; Йирку, Милан; Люкс, Юлиус; Бенне, Роб (январь 2000 г.). «Митохондриальные миникольца у свободноживущих бодонид Bodo saltans содержат две кассеты генов гРНК и не встречаются в крупных сетях». РНК . 6 (1): 121–135 . doi :10.1017/S1355838200992021 (неактивно с 1 ноября 2024 г.). ISSN  1355-8382. ПМК 1369900 . ПМИД  10668805. {{cite journal}}: CS1 maint: DOI inactive as of November 2024 (link)
  11. ^ Read, LK; Myler, PJ; Stuart, K ​​(январь 1992 г.). «Обширное редактирование как обработанных, так и предварительно обработанных транскриптов maxicircle CR6 в Trypanosoma brucei». Журнал биологической химии . 267 (2): 1123– 1128. doi : 10.1016/s0021-9258(18)48405-0 . ISSN  0021-9258. PMID  1730639.
  12. ^ ab Афазижев, Руслан; Афазижева, Инна (сентябрь 2011 г.). «Редактирование вставки/делеции уридина в трипаносомах: игровая площадка для передачи информации под управлением РНК». WIREs RNA . 2 (5): 669– 685. doi :10.1002/wrna.82. ISSN  1757-7004. PMC 3154072 . PMID  21823228. 
  13. ^ Блюм, Бит; Симпсон, Ларри (июль 1990 г.). «Направляющие РНК в митохондриях кинетопластидов имеют некодируемый 3′ олиго(U) хвост, участвующий в распознавании предварительно отредактированной области». Cell . 62 (2): 391– 397. doi :10.1016/0092-8674(90)90375-o. ISSN  0092-8674. PMID  1695552. S2CID  2181338.
  14. ^ ab Connell, Gregory J.; Byrne, Elaine M.; Simpson, Larry (1997-02-14). "Вставка уридина, независимая от направляющей РНК и зависимая от направляющей РНК, в мРНК цитохрома b в митохондриальном лизате Leishmania tarentolae. РОЛЬ ВТОРИЧНОЙ СТРУКТУРЫ РНК". Журнал биологической химии . 272 ​​(7): 4212– 4218. doi : 10.1074/jbc.272.7.4212 . ISSN  0021-9258. PMID  9020135.
  15. ^ Бирн, Э. М.; Коннелл, Г. Дж.; Симпсон, Л. (декабрь 1996 г.). «Руководство по редактированию РНК с помощью вставки уридина in vitro». Журнал EMBO . 15 (23): 6758– 6765. doi :10.1002/j.1460-2075.1996.tb01065.x. ISSN  0261-4189. PMC 452499. PMID 8978701  . 
  16. ^ ab Маслов, Дмитрий А. (октябрь 2010 г.). "Полный набор митохондриальных пан-редактированных мРНК в Leishmania mexicana amazonensis LV78". Молекулярная и биохимическая паразитология . 173 (2): 107– 114. doi :10.1016/j.molbiopara.2010.05.013. ISSN  0166-6851. PMC 2913609. PMID 20546801  . 
  17. ^ Маслов, Дмитрий А.; Симпсон, Ларри (август 1992 г.). «Полярность редактирования в домене, опосредованном множественной gRNA, обусловлена ​​образованием якорей для восходящих gRNA путем нисходящего редактирования». Cell . 70 (3): 459– 467. doi :10.1016/0092-8674(92)90170-H. PMID  1379519.
  18. ^ Брозиус, Юрген (2003), «Вклад РНК и ретропозиции в эволюционные новшества», Происхождение и эволюция новых функций генов , Современные проблемы генетики и эволюции, т. 10, Дордрехт: Springer Netherlands, стр.  99–116 , doi :10.1007/978-94-010-0229-5_1, ISBN 978-94-010-3982-6, получено 2024-02-24
  19. ^ Дешам, П.; Лара, Э.; Маранде, В.; Лопес-Гарсия, П.; Экелунд, Ф.; Морейра, Д. (28.10.2010). «Филогеномный анализ кинетопластид подтверждает, что трипаносоматиды произошли от бодонид». Молекулярная биология и эволюция . 28 (1): 53–58 . doi :10.1093/molbev/msq289. ISSN  0737-4038. PMID  21030427.
  20. ^ Виденхефт, Блейк; Стернберг, Сэмюэл Х.; Дудна, Дженнифер А. (февраль 2012 г.). «Системы РНК-управляемого генетического подавления у бактерий и архей». Nature . 482 (7385): 331– 338. Bibcode :2012Natur.482..331W. doi :10.1038/nature10886. ISSN  1476-4687. PMID  22337052. S2CID  205227944.
  21. ^ Бхайя, Деваки; Дэвисон, Мишель; Баррангу, Родольф (2011). «Системы CRISPR-Cas у бактерий и архей: универсальные малые РНК для адаптивной защиты и регуляции». Annual Review of Genetics . 45 : 273–297 . doi :10.1146/annurev-genet-110410-132430. ISSN  1545-2948. PMID  22060043.
  22. ^ Тернс, Майкл П.; Тернс, Ребекка М. (июнь 2011 г.). «Адаптивные иммунные системы на основе CRISPR». Current Opinion in Microbiology . 14 (3): 321– 327. doi :10.1016/j.mib.2011.03.005. ISSN  1879-0364. PMC 3119747. PMID 21531607  . 
  23. ^ Стюарт, Кеннет Д.; Шнауфер, Ахим; Эрнст, Нэнси Льюис; Паниграхи, Асвини К. (февраль 2005 г.). «Управление комплексами: редактирование РНК в трипаносомах». Тенденции в биохимических науках . 30 (2): 97– 105. doi :10.1016/j.tibs.2004.12.006. ISSN  0968-0004. PMID  15691655.
  24. ^ ab Jiang, Fuguo; Doudna, Jennifer A. (2017-05-22). "Структуры и механизмы CRISPR–Cas9". Annual Review of Biophysics . 46 (1): 505– 529. doi :10.1146/annurev-biophys-062215-010822. ISSN  1936-122X. PMID  28375731.
  25. ^ Chylinski, Krzysztof; Makarova, Kira S.; Charpentier, Emmanuelle; Koonin, Eugene V. (2014-04-11). "Классификация и эволюция систем CRISPR-Cas II типа". Nucleic Acids Research . 42 (10): 6091– 6105. doi :10.1093/nar/gku241. ISSN  1362-4962. PMC 4041416. PMID 24728998  . 
  26. ^ Chylinski, Krzysztof; Le Rhun, Anaïs; Charpentier, Emmanuelle (май 2013 г.). «Семейства tracrRNA и Cas9 систем иммунитета CRISPR-Cas типа II». RNA Biology . 10 (5): 726– 737. doi :10.4161/rna.24321. ISSN  1547-6286. PMC 3737331. PMID  23563642 . 
  27. ^ Hsu, Patrick D.; Scott, David A.; Weinstein, Joshua A.; Ran, F. Ann; Konermann, Silvana; Agarwala, Vineeta; Li, Yinqing; Fine, Eli J.; Wu, Xuebing; Shalem, Ophir; Cradick, Thomas J.; Marraffini, Luciano A.; Bao, Gang; Zhang, Feng (сентябрь 2013 г.). "Специфичность РНК-направленного воздействия на ДНК нуклеаз Cas9". Nature Biotechnology . 31 (9): 827– 832. doi :10.1038/nbt.2647. ISSN  1546-1696. PMC 3969858 . PMID  23873081. 
  28. ^ Doench, John G.; Hartenian, Ella; Graham, Daniel B.; Tothova, Zuzana; Hegde, Mudra; Smith, Ian; Sullender, Meagan; Ebert, Benjamin L.; Xavier, Ramnik J.; Root, David E. (декабрь 2014 г.). «Рациональный дизайн высокоактивных sgRNAs для инактивации генов с помощью CRISPR-Cas9». Nature Biotechnology . 32 (12): 1262– 1267. doi :10.1038/nbt.3026. ISSN  1546-1696. PMC 4262738 . PMID  25184501. 
  29. ^ Лин, Янни; Крэдик, Томас Дж.; Браун, Мэтью Т.; Дешмукх, Харшавардхан; Ранджан, Пиюш; Сароде, Неха; Уайл, Брайан М.; Вертино, Паула М.; Стюарт, Фрэнк Дж.; Бао, Ганг (июнь 2014 г.). «Системы CRISPR/Cas9 имеют нецелевую активность со вставками или делециями между целевой ДНК и направляющими последовательностями РНК». Nucleic Acids Research . 42 (11): 7473– 7485. doi :10.1093/nar/gku402. ISSN  1362-4962. PMC 4066799. PMID 24838573  . 
  30. ^ Вонг, Натан; Лю, Вэйцзюнь; Ван, Сяовэй (2015-09-18). "WU-CRISPR: характеристики функциональных направляющих РНК для системы CRISPR/Cas9". Genome Biology . 16 : 218. bioRxiv 10.1101/026971 . doi : 10.1186/s13059-015-0784-0 . PMC 4629399. PMID  26521937 .  
  31. ^ Карвелис, Таутвидас; Гасюнас, Гедрюс; Миксис, Альгирдас; Баррангу, Родольф; Хорват, Филипп; Сикснис, Виргиниюс (1 мая 2013 г.). «crRNA и tracrRNA направляют Cas9-опосредованную интерференцию ДНК у Streptococcus thermophilus». Биология РНК . 10 (5): 841–851 . doi :10.4161/rna.24203. ISSN  1547-6286. ПМЦ 3737341 . ПМИД  23535272. 
  32. ^ Басс, Бренда Л. (2002). «Редактирование РНК аденозиндезаминазами, действующими на РНК». Annual Review of Biochemistry . 71 : 817– 846. doi : 10.1146/annurev.biochem.71.110601.135501. ISSN  0066-4154. PMC 1823043. PMID 12045112  . 
  33. ^ Фукуда, Масатора; Умено, Хиромицу; Нос, Канако; Нишитарумидзу, Азуса; Ногучи, Рёма; Накагава, Хироюки (2 февраля 2017 г.). «Создание направляющей РНК для сайт-направленного мутагенеза РНК с использованием внутриклеточного редактирования РНК A-to-I». Научные отчеты . 7 : 41478. Бибкод : 2017NatSR...741478F. дои : 10.1038/srep41478. ISSN  2045-2322. ПМЦ 5288656 . ПМИД  28148949. 
  34. ^ Maden, BE (1990). «Многочисленные модифицированные нуклеотиды в эукариотической рибосомальной РНК». Progress in Nucleic Acid Research and Molecular Biology . 39 : 241– 303. doi :10.1016/s0079-6603(08)60629-7. ISBN 978-0-12-540039-8. ISSN  0079-6603. PMID  2247610.
  35. ^ Ха, Минджу; Ким, В. Нарри (август 2014 г.). «Регулирование биогенеза микроРНК». Nature Reviews. Молекулярная клеточная биология . 15 (8): 509– 524. doi :10.1038/nrm3838. ISSN  1471-0080. PMID  25027649.

Дальнейшее чтение

  • Руководство по редактированию РНК-управляемой вставки уридина in vitrohttp://www.jbc.org/content/272/7/4212.full
  • Блюм, Бит; Симпсон, Ларри (1990). «Направляющие РНК в митохондриях кинетопластидов имеют некодируемый 3′ олиго(U) хвост, участвующий в распознавании предварительно отредактированной области». Cell . 62 (2): 391– 397. doi :10.1016/0092-8674(90)90375-O. PMID  1695552. S2CID  2181338.
  • Курата, Морито; Вольф, Натали К.; Лар, Уокер С.; Вег, Мэдисон Т.; Клюснер, Митчелл Г.; Ли, Саманта; Хуэй, Кай; Шираива, Масано; Веббер, Бо Р.; Мориарти, Бранден С. (2018). «Высокомультиплексная генная инженерия с использованием массивов CRISPR/Cas9 gRNA». PLOS ONE . ​​13 (9): e0198714. Bibcode :2018PLoSO..1398714K. doi : 10.1371/journal.pone.0198714 . PMC  6141065 . PMID  30222773.
  • Хан, Фехад Дж.; Юэнь, Гармен; Луо, Цзи (2019). «Мультиплексный нокаут гена CRISPR/Cas9 с простой котрансфекцией crRNA:tracrRNA». Cell & Bioscience . 9 : 41. doi : 10.1186/s13578-019-0304-0 . PMC  6528186 . PMID  31139343.
  • Нишимасу, Хироши; Нуреки, Осаму (2017). «Структуры и механизмы эффекторных нуклеаз, управляемых CRISPR РНК». Current Opinion in Structural Biology . 43 : 68–78 . doi : 10.1016/j.sbi.2016.11.013 . PMID  27912110.
  • Чуай, Гохуэй; Ма, Ханьхуэй; Ян, Цзифан; Чен, Мин; Хун, Наньфанг; Сюэ, Дунъюй; Чжоу, Чи; Чжу, Чэньюй; Чен, Кэ; Дуань, Бин; Гу, Фэн; Цюй, Шэн; Хуан, Дешуан; Вэй, Цзя; Лю, Ци (2018). «DeepCRISPR: оптимизированный дизайн РНК, управляющий CRISPR, посредством глубокого обучения». Геномная биология . 19 (1): 80. дои : 10.1186/s13059-018-1459-4 . ПМК  6020378 . ПМИД  29945655.
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Guide_RNA&oldid=1254909994"