Анализ рибосомального межгенного спейсера

Анализ межгенного спейсера рибосомальной РНК ( рРНК ) ( RISA ) — это метод анализа микробного сообщества , который позволяет сравнивать различные среды или воздействия обработки без предвзятости, налагаемой подходами, зависящими от культуры. ^[1] RISA включает ПЦР- амплификацию области оперона гена рРНК между малой ( 16S ) и большой ( 23S ) субъединицами, называемой межгенной спейсерной областью ISR. ^[2]

Используя олигонуклеотидные праймеры, нацеленные на консервативные области в генах 16S и 23S, фрагменты RISA могут быть получены из большинства доминирующих бактерий в образце окружающей среды. В то время как большая часть оперона рРНК выполняет структурную функцию, части межгенной области 16S-23S могут кодировать тРНК в зависимости от вида бактерий. Однако таксономическая ценность ISR заключается в значительной гетерогенности как длины, так и нуклеотидной последовательности. В RISA мы пытаемся использовать гетерогенность длины ISR, которая, как было показано, находится в диапазоне от 150 до 1500 п.н., при этом большинство длин ISR находятся в диапазоне от 150 до 500 п.н. ^[3]

Полученный продукт ПЦР будет представлять собой смесь фрагментов, предоставленных несколькими доминирующими членами сообщества. Этот продукт подвергается электрофорезу в полиакриламидном геле , а ДНК визуализируется после окрашивания. Результатом является сложный рисунок полос, который обеспечивает профиль, специфичный для сообщества, причем каждая полоса ДНК соответствует бактериальной популяции в исходной сборке.

Ссылки

^ Sigler, WV; Zeyer, J. (2002). «Микробное разнообразие и активность вдоль передовых полей двух отступающих ледников». Microb. Ecol . 43 (4): 397– 407. Bibcode :2002MicEc..43..397S. doi :10.1007/s00248-001-0045-5. PMID 11953808. S2CID 1095559.
^ Борнеман, Дж.; Триплетт, Э.У. (1997). «Молекулярное микробное разнообразие в почвах восточной Амазонии: доказательства необычных микроорганизмов и сдвигов микробной популяции, связанных с вырубкой лесов». Appl. Environ. Microbiol . 63 (7): 2647–2653 . Bibcode : 1997ApEnM..63.2647B. doi : 10.1128 / AEM.63.7.2647-2653.1997 . PMC 168563. PMID 9212415.
^ Sigler, WV; Crivii, S; Zeyer, J (2002). «Бактериальная сукцессия в ледниковых предполевых почвах, характеризующаяся структурой сообщества, активностью и оппортунистической динамикой роста». Microb. Ecol . 44 (4): 306–316 . Bibcode : 2002MicEc..44..306S. doi : 10.1007/s00248-002-2025-9. PMID 12399899. S2CID 45554678.

[1] Sigler, WV; Zeyer, J. (2002). «Микробное разнообразие и активность вдоль передовых полей двух отступающих ледников». Microb. Ecol . 43 (4): 397– 407. Bibcode :2002MicEc..43..397S. doi :10.1007/s00248-001-0045-5. PMID 11953808. S2CID 1095559.

[2] Борнеман, Дж.; Триплетт, Э.У. (1997). «Молекулярное микробное разнообразие в почвах восточной Амазонии: доказательства необычных микроорганизмов и сдвигов микробной популяции, связанных с вырубкой лесов». Appl. Environ. Microbiol . 63 (7): 2647–2653 . Bibcode : 1997ApEnM..63.2647B. doi : 10.1128 / AEM.63.7.2647-2653.1997 . PMC 168563. PMID 9212415.

[3] Sigler, WV; Crivii, S; Zeyer, J (2002). «Бактериальная сукцессия в ледниковых предполевых почвах, характеризующаяся структурой сообщества, активностью и оппортунистической динамикой роста». Microb. Ecol . 44 (4): 306–316 . Bibcode : 2002MicEc..44..306S. doi : 10.1007/s00248-002-2025-9. PMID 12399899. S2CID 45554678.