Репрессия экспрессии гена теплового шока (ROSE) элемент

Репрессия экспрессии гена теплового шока (ROSE) элемент
Репрессия экспрессии гена теплового шока (ROSE) элемент
	Предсказанная вторичная структура и сохранение последовательности ROSE
Идентификаторы
Символ	РОЗА
Рфам	РФ00435
Другие данные
Тип РНК	Цис-рег ; терморегулятор
Домены	Бактерии
ТАК	SO:0000204
Структуры PDB	ПДБе

РНК-семейство

Элемент репрессии экспрессии гена теплового шока (ROSE) — это элемент РНК, обнаруженный в 5'-нетранслируемой области мРНК некоторых белков теплового шока . Элемент ROSE — это РНК-термометр , который отрицательно регулирует экспрессию гена теплового шока . Считается, что вторичная структура изменяется под воздействием температуры, поэтому это РНК-термометр. Эта структура блокирует доступ к сайту связывания рибосомы при нормальных температурах. Однако во время теплового шока структура изменяется, освобождая сайт связывания рибосомы и позволяя происходить экспрессии. ^[2]^[3]

Частичная структура этого элемента РНК была определена с помощью ЯМР . ^[1]

РОЗА₁и РОЗА_АТ2

ROSE ₁ и ROSE _AT2 являются конкретными примерами элементов ROSE. ^[4] ROSE ₁ обнаружен в Bradyrhizobium japonicum , тогда как ROSE _AT2 является близкородственным элементом из Agrobacterium tumefaciens . Два элемента РНК имеют схожие вторичные структуры, причем ROSE ₁ имеет дополнительную шпильку . ^[4] Все элементы ROSE содержат характерную «выпуклую G» напротив сайта связывания последовательности Шайна-Дальгарно , без этого нуклеотида РНК-термометр теряет свою температурную чувствительность. ^[5]

ИПБА

Экспрессия белка теплового шока IpbA в видах Pseudomonas контролируется РНК-термометром типа ROSE. Этот термометр состоит всего из двух шпилек. Он ингибирует трансляцию IpbA при низких температурах и разрешает трансляцию при повышении температуры. ^[6]

рчлАилсдИЭлементы, подобные ROSE

Факторы вирулентности, зависящие от кворум-сенсинга Pseudomonas aeruginosa , могут быть терморегулируемыми. Термометр ROSE, присутствующий в 5'UTR rhlA , и термометр ROSE-подобный в 5'UTR lasI блокируют трансляцию при более низких температурах.^[7]

Смотрите также

Ссылки

^ аб Чоудхури С., Марис С., Аллен Ф.Х., Нарберхаус Ф. (2006). «Молекулярные основы измерения температуры с помощью РНК-термометра». ЭМБО Дж . 25 (11): 2487–2497 . doi :10.1038/sj.emboj.7601128. ПМК 1478195 . ПМИД 16710302.
^ Нокер, А; Хаушерр Т; Балсигер С; Крстулович Н.П.; Хеннеке Х; Нарберхаус Ф. (2001). «Термосенсор на основе мРНК контролирует экспрессию генов теплового шока ризобий». Nucleic Acids Res . 29 (23): 4800– 4807. doi :10.1093/nar/29.23.4800. PMC 96696. PMID 11726689 .
^ Balsiger, S; Ragaz C; Baron C; Narberhaus F (2004). «Репликон-специфическая регуляция малых генов теплового шока в Agrobacterium tumefaciens». J Bacteriol . 186 (20): 6824– 6829. doi : 10.1128 /JB.186.20.6824-6829.2004. PMC 522190. PMID 15466035.
^ ab Narberhaus F, Waldminghaus T, Chowdhury S (январь 2006 г.). "РНК-термометры". FEMS Microbiol. Rev. 30 ( 1): 3– 16. doi :10.1111/j.1574-6976.2005.004.x. PMID 16438677.
^ Nocker A, Hausherr T, Balsiger S, Krstulovic NP, Hennecke H, Narberhaus F (декабрь 2001 г.). «Термосенсор на основе мРНК контролирует экспрессию генов теплового шока ризобий». Nucleic Acids Res . 29 (23): 4800– 4807. doi :10.1093/nar/29.23.4800. PMC 96696. PMID 11726689 .
^ Краевский, СС; Нагель, М; Нарберхаус, Ф (2013). «Короткие РНК-термометры типа ROSE контролируют синтез IbpA у видов Pseudomonas». PLOS ONE . 8 (5): e65168. Bibcode : 2013PLoSO...865168K. doi : 10.1371/journal.pone.0065168 . PMC 3669281. PMID 23741480 .
^ Гроссо-Бесерра, Мария Виктория; Крода-Гарсия, Херардо; Мерино, Энрике; Сервин-Гонсалес, Луис; Мохика-Эспиноза, Рауль; Соберон-Чавес, Глория (28 октября 2014 г.). «Регуляция факторов вирулентности Pseudomonas aeruginosa с помощью двух новых РНК-термометров». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 111 (43): 15562–15567 . Бибкод : 2014PNAS..11115562G. дои : 10.1073/pnas.1402536111 . ISSN 1091-6490. ПМЦ 4217398 . PMID 25313031.

Дальнейшее чтение

De La Fuente, M.; Valera, S.; Martínez-Guitarte, JL (2012). «NcRNAs и терморегуляция: взгляд на прокариоты и эукариоты». FEBS Letters . 586 (23): 4061– 4069. doi : 10.1016/j.febslet.2012.10.018 . PMID 23098758.

Внешние ссылки

Страница элемента подавления экспрессии гена теплового шока (ROSE) в Rfam

Эта статья по молекулярной или клеточной биологии — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

[pmid16710302-1] аб Чоудхури С., Марис С., Аллен Ф.Х., Нарберхаус Ф. (2006). «Молекулярные основы измерения температуры с помощью РНК-термометра». ЭМБО Дж . 25 (11): 2487–2497 . doi :10.1038/sj.emboj.7601128. ПМК 1478195 . ПМИД 16710302.

[2] Нокер, А; Хаушерр Т; Балсигер С; Крстулович Н.П.; Хеннеке Х; Нарберхаус Ф. (2001). «Термосенсор на основе мРНК контролирует экспрессию генов теплового шока ризобий». Nucleic Acids Res . 29 (23): 4800– 4807. doi :10.1093/nar/29.23.4800. PMC 96696. PMID 11726689 .

[3] Balsiger, S; Ragaz C; Baron C; Narberhaus F (2004). «Репликон-специфическая регуляция малых генов теплового шока в Agrobacterium tumefaciens». J Bacteriol . 186 (20): 6824– 6829. doi : 10.1128 /JB.186.20.6824-6829.2004. PMC 522190. PMID 15466035.

[Narb06-4] Narberhaus F, Waldminghaus T, Chowdhury S (январь 2006 г.). "РНК-термометры". FEMS Microbiol. Rev. 30 ( 1): 3– 16. doi :10.1111/j.1574-6976.2005.004.x. PMID 16438677.

[5] Nocker A, Hausherr T, Balsiger S, Krstulovic NP, Hennecke H, Narberhaus F (декабрь 2001 г.). «Термосенсор на основе мРНК контролирует экспрессию генов теплового шока ризобий». Nucleic Acids Res . 29 (23): 4800– 4807. doi :10.1093/nar/29.23.4800. PMC 96696. PMID 11726689 .

[6] Краевский, СС; Нагель, М; Нарберхаус, Ф (2013). «Короткие РНК-термометры типа ROSE контролируют синтез IbpA у видов Pseudomonas». PLOS ONE . 8 (5): e65168. Bibcode : 2013PLoSO...865168K. doi : 10.1371/journal.pone.0065168 . PMC 3669281. PMID 23741480 .

[7] Гроссо-Бесерра, Мария Виктория; Крода-Гарсия, Херардо; Мерино, Энрике; Сервин-Гонсалес, Луис; Мохика-Эспиноза, Рауль; Соберон-Чавес, Глория (28 октября 2014 г.). «Регуляция факторов вирулентности Pseudomonas aeruginosa с помощью двух новых РНК-термометров». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 111 (43): 15562–15567 . Бибкод : 2014PNAS..11115562G. дои : 10.1073/pnas.1402536111 . ISSN 1091-6490. ПМЦ 4217398 . PMID 25313031.